フレミングジェームス (James Fleming) - マイポータル - researchmap

基本情報

所属: 国立研究開発法人海洋研究開発機構

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0001-9987-3984
J-GLOBAL ID: 202501003278713522
researchmap会員ID: R000086508

研究キーワード

6

研究分野

2

経歴

4

2025年7月 - 現在

バーセロナ大学
2024年7月 - 2025年7月

国立研究開発法人海洋研究開発機構
2020年12月 - 2024年6月

University of Oslo, Natural History Museum
2018年11月 - 2020年12月

慶應義塾大学

学歴

2

2014年9月 - 2020年6月

University of Bristol, Department of Earth Sciences, PhD Geology "On the Evolution of the Opsin Protein"
2010年9月 - 2014年7月

University of Bristol, Department of Earth Sciences, MSci Geology & Biology (Palaeontology & Evolution)

委員歴

1

2024年11月 - 現在

European Reference Genome Atlas, Social Justice Committee (Co-Chair)

受賞

7

論文

21

The Dayhoff Exchange Score: A New Metric to Quantify Entropic Site Saturation in Amino Acid Data Sets Prior to Phylogenetic Analysis

James F Fleming, Torsten Hugo Struck

Systematic Biology 2026年10月5日
Evaluating 18S Phylogenetic Placement Accuracy to Uncover Hidden Diversity in Non‐Bilaterian Animals

Javier Arañó‐Ansola, Inés Galán‐Luque, Marc Domènech, Laura Rico‐Martín, Edmund R. R. Moody, Megha Suresh, James F. Fleming, Daniel Vaulot, Javier del Campo, Mattia Giacomelli …

Environmental DNA 2026年7月
The phylogenetic affinities of Chaetognathifera, with considerations of systematic error and the robusticity of macrosyntenic results

James F. Fleming, Nickellaus G. Roberts, Holger Herlyn, Wilko Ahrlichs, Kevin M. Kocot, Torsten H. Struck

2026年6月8日
Biological surveys reveal unexpectedly high faunal diversity at Nankai Trough methane seeps

Chong Chen, Hiromi Kayama Watanabe, Natsumi Hookabe, Shoki Shiraki, Verity Nye, James F. Fleming, Naoto Jimi

Ecosphere 2025年11月
Scoutknife: A naïve, whole genome informed phylogenetic robusticity metric

James Fleming, Pia Merete Eriksen, Torsten Hugo Struck

F1000Research 2024年7月10日
Hagfish genome elucidates vertebrate whole-genome duplication events and their evolutionary consequences

Daqi Yu, Yandong Ren, Masahiro Uesaka, Alan J. S. Beavan, Matthieu Muffato, Jieyu Shen, Yongxin Li, Iori Sato, Wenting Wan, James Clark …

Nature Ecology & Evolution 2024年1月12日
The Evolution of Temperature and Desiccation-Related Protein Families in Tardigrada Reveals a Complex Acquisition of Extremotolerance

James F Fleming, Davide Pisani, Kazuharu Arakawa

Genome Biology and Evolution 2024年1月5日
Identifying and addressing methodological incongruence in phylogenomics: A review

James F. Fleming, Alberto Valero‐Gracia, Torsten H. Struck

Evolutionary Applications 2023年6月
The wealth of shared resources: Improving molecular taxonomy using eDNA and public databases

James F. Fleming

Zoologica Scripta 2023年5月
nRCFV: a new, dataset-size-independent metric to quantify compositional heterogeneity in nucleotide and amino acid datasets

James F. Fleming, Torsten H. Struck

BMC Bioinformatics 2023年4月12日
The Ediacaran origin of Ecdysozoa: integrating fossil and phylogenomic data

Richard J. Howard, Mattia Giacomelli, Jesus Lozano-Fernandez, Gregory D. Edgecombe, James F. Fleming, Reinhardt M. Kristensen, Xiaoya Ma, Jørgen Olesen, Martin V. Sørensen, Philip F. Thomsen …

Journal of the Geological Society 2022年7月
Eye-Transcriptome and Genome-Wide Sequencing for Scolecophidia: Implications for Inferring the Visual System of the Ancestral Snake

David Gower, James F Fleming, Davide Pisani, Freek J Vonk, Harald M I Kerkkamp, Leo Peichl, Sonja Meimann, Nicholas Casewell, Christiaan Henkel, Michael Richardson …

Genome Biology and Evolution 2021年12月1日
Comprehensive Transcriptome Sequencing of Tanaidacea with Proteomic Evidences for Their Silk

Keiichi Kakui, James F Fleming, Masaru Mori, Yoshihiro Fujiwara, Kazuharu Arakawa

Genome Biology and Evolution 2021年12月1日
New Tardigrade Opsins and Differential Expression Analyses Show Ontogenic Variation in Light Perception

James F Fleming, Davide Pisani, Kazuharu Arakawa

Genome Biology and Evolution 13(8) 2021年8月3日
Systematics of tardigrada: A reanalysis of tardigrade taxonomy with specific reference to Guil et al. (2019)

James F. Fleming, Kazuharu Arakawa

Zoologica Scripta 2021年5月
A Novel Approach to Investigate the Effect of Tree Reconstruction Artifacts in Single-Gene Analysis Clarifies Opsin Evolution in Nonbilaterian Metazoans

Fleming, J.F., Feuda, R., Roberts, N.W., Pisani, D.

Genome Biology and Evolution 12(2) 2020年
Pancrustacean Evolution Illuminated by Taxon-Rich Genomic-Scale Data Sets with an Expanded Remipede Sampling

Jesus Lozano-Fernandez, Mattia Giacomelli, James F Fleming, Albert Chen, Jakob Vinther, Philip Francis Thomsen, Henrik Glenner, Ferran Palero, David A Legg, Thomas M Iliffe …

Genome Biology and Evolution 11(8) 2055-2070 2019年8月1日
Molecular palaeontology illuminates the evolution of ecdysozoan vision

James F. Fleming, Reinhardt Møbjerg Kristensen, Martin Vinther Sørensen, Tae-Yoon S. Park, Kazuharu Arakawa, Mark Blaxter, Lorena Rebecchi, Roberto Guidetti, Tom A. Williams, Nicholas W. Roberts …

Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 285(1892) 20182180-20182180 2018年12月5日
Parsimony and maximum-likelihood phylogenetic analyses of morphology do not generally integrate uncertainty in inferring evolutionary history: a response to Brown et al.

Puttick MN, O'Reilly JE, Oakley D, Tanner AR, Fleming JF, Clark J, Holloway L, Lozano-Fernandez J, Parry LA, Tarver JE …

Proceedings. Biological sciences 284(1864) 2017年10月
Uncertain-tree: discriminating among competing approaches to the phylogenetic analysis of phenotype data.

Puttick MN, O'Reilly JE, Tanner AR, Fleming JF, Clark J, Holloway L, Lozano-Fernandez J, Parry LA, Tarver JE, Pisani D …

Proceedings. Biological sciences 284(1846) 2017年1月

もっとみる

講演・口頭発表等

7

BOSTIn: User-friendly Software to assess potential problems in genomic datasets

James Fleming

Norwegian Biodiversity and Genomics Conference 2024年4月招待有り
Scoutknife: Understanding Likelihood in an Era of Perfect Data

James Fleming

Biodiversity Genomics 2023 2023年10月招待有り
Wammel: Evaluating Phylogenetic Hypotheses Directly

James Fleming

Progress and Development in Phylogenetic Methods 2023 2023年3月招待有り
Anhydrobiosis: Cheating Death and Telling the Tale

James Fleming

Royal Societ Special Meeting: Cryptobiosis 2022年3月招待有り
Evolution and Expression of Tardigrade Opsins

James Fleming

Molecular Biology Society of Japan 2020 2020年12月
Tardigrada and Terrestrialisation: Genes, Rocks and Clocks

James Fleming

PalaeoVC2020 2020年5月招待有り
Old Fossils, New Tricks: Outreach in Palaeontology and Neontology

James Fleming

Society for Molecular Biology and Evolution 2019 2019年7月招待有り

担当経験のある科目(授業)

3

2022年3月 - 2024年3月

Biology & Systematics (University of Oslo)
2022年11月 - 2023年11月

Bioinformatics (ForBio)
2014年9月 - 2018年3月

Bioinformatics (University of Bristol)

共同研究・競争的資金等の研究課題

2

現生脱皮動物全動物門のゲノム情報に基づく、脱皮動物の系統と進化の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2025年4月 - 2028年3月

山崎博史, 藤本心太, Fleming JamesFrederick
網羅的ゲノム解析によるクマムシ陸上進出進化過程の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2018年11月 - 2021年3月

荒川和晴, FLEMING JAMES

学術貢献活動

2

Biodiversity Genomics 2023

パネル司会・セッションチェア等

Wellcome Sanger Institute 2023年10月10日 - 2023年10月14日
Progress and Development in Phylogenetic Methods

企画立案・運営等, パネル司会・セッションチェア等

Peder Sather Center 2022年10月1日 - 2023年8月30日

社会貢献活動

4

Meiobenthos, Zoology Plaza

講師

Zoological Society of Japan 2024年11月1日 - 2024年11月30日
UK IPO Lecture Series

出演, 講師

UK Intellectual Property office 2019年 - 2019年
Famelab Academy Mentor

講師, 情報提供, その他

FameLab 2017年9月1日 - 2017年12月1日
Bristol Dinosaur Project/Bristol Rocks and Soils Project

出演, 講師

University of Bristol Rocks and Soils Project 2011年9月1日 - 2014年7月1日

メディア報道

10

Invincible Moss Piglets

BBC Curious Cases London 2024年11月テレビ・ラジオ番組
Enthusiasts spend their vacation looking for an animal that may not exist

University of Oslo Titan Oslo 2024年10月インターネットメディア
The squid and the snail are related, but nobody knows exactly how

University of Oslo Titan Oslo 2024年1月インターネットメディア
The animal that rises from the dead, completely naturally

University of Oslo Titan Oslo 2023年4月インターネットメディア
Tardigrades probably see in black and white

LiveScience LiveScience 2021年8月インターネットメディア
Tardigrades: Nature's Great Survivors

Guardian Media Group The Observer London 2021年3月新聞・雑誌
Annelida.de (Regular Contributions 2021-2024)

University of Oslo Oslo 2021年1月インターネットメディア
Episode 97: Opsins

Palaeocast Palaeocast Bristol 2019年3月インターネットメディア
Mapping Taxonomy of Perception, Changing Mindsets in School and Making Memories Stick

SpeakEzee SpeakEzee Bristol 2017年6月インターネットメディア
Patterns in Palaeontology: A Story of Vision

Palaeontology Online Palaeontology Online Bristol 2016年8月インターネットメディア