山本直樹 (Naoki Yamamoto) - マイポータル

基本情報

所属: 自治医科大学医学部生理学講座　生物物理学部門講師

学位: 修士（理学）(神戸大学)
博士（理学）(神戸大学)

J-GLOBAL ID: 201301098522794474
researchmap会員ID: 7000003898

研究分野

自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 /

経歴

2022年11月 - 現在

自治医科大学, 医学部生理学講座生物物理学部門, 講師
2018年4月 - 2022年10月

自治医科大学, 医学部生理学講座生物物理学部門, 助教
2014年6月 - 2018年3月

神戸大学, 大学院理学研究科, 特命助教
2010年4月 - 2014年6月

神戸大学, 分子フォトサイエンス研究センター

学歴

- 2010年3月

神戸大学大学院理学研究科博士課程後期課程化学専攻修了

論文

Direct cryo-EM visualization of the β-sheet structure in curved amyloid protofibril

Naoki Yamamoto, Jin Inoue, Ritsumi Saito, Kei Nanatani, Ai Takahashi, Seizo Koshiba, Ryo Kanno

Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics 1874(1) 141105-141105 2026年1月査読有り筆頭著者
Targeting Both Monomer and Oligomer with Fibrinogen Efficiently Suppresses Amyloid Fibril Formation and Cell Toxicity of Amyloid β 1-42

Naoki Yamamoto, Keisuke Yuzu, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Daisuke Koyama, Eri Chatani

ACS Chemical Neuroscience 16(18) 3623-3630 2025年9月5日査読有り筆頭著者
Novel insights into the ULK2-FIP200-AMPK-mediated regulation of autophagy and BCR::ABL degradation in chronic myeloid leukemia

Daisuke Koyama, Naoki Yamamoto, Takaaki Abe, Kengo Suzuki, Yuki Sato, Manabu Suzuki, Naoya Shibayama, Takayuki Ikezoe

Biochemical and Biophysical Research Communications 778 152343-152343 2025年9月
Incoherent Neutron Scattering and Terahertz Time-Domain Spectroscopy on Protein and Hydration Water

Hiroshi Nakagawa, Naoki Yamamoto

Life 13(2) 318-318 2023年1月23日査読有り
Tracking the Structural Development of Amyloid Precursors in the Insulin B Chain and the Inhibition Effect by Fibrinogen

Naoki Yamamoto, Rintaro Inoue, Yoshiteru Makino, Hiroshi Sekiguchi, Naoya Shibayama, Akira Naito, Masaaki Sugiyama, Eri Chatani

The Journal of Physical Chemistry B 126(51) 10797-10812 2022年12月29日
Protein large-scale motions revealed by quantum beams -a new era in understanding protein dynamics-

Naoki Yamamoto, Rintaro Inoue, Ikuo Kurisaki, Tatsuhito Matsuo, Yuki Hishikawa, Wenyang Zhao, Hiroshi Sekiguchi

Biophysics and Physicobiology 19 n/a-n/a 2022年9月8日
Pathway Dependence of the Formation and Development of Prefibrillar Aggregates in Insulin B Chain.

Yuki Yoshikawa, Keisuke Yuzu, Naoki Yamamoto, Ken Morishima, Rintaro Inoue, Masaaki Sugiyama, Tetsushi Iwasaki, Masatomo So, Yuji Goto, Atsuo Tamura …

Molecules (Basel, Switzerland) 27(13) 2022年6月21日
Fast in-vitro screening of FLT3-ITD inhibitors using silkworm-baculovirus protein expression system

Naoki Yamamoto, Jiro Kikuchi, Yusuke Furukawa, Naoya Shibayama

PLOS ONE 17(5) e0261699-e0261699 2022年5月5日査読有り
Multistep growth of amyloid intermediates and its inhibition toward exploring therapeutic way: A case study using insulin B chain and fibrinogen

Naoki Yamamoto, Eri Chatani

Biophysics and Physicobiology 19 e190017 2022年査読有り筆頭著者
Protein hydration and its freezing phenomena: Toward the application for cell freezing and frozen food storage

Naoki Yamamoto, Masahiro Nakanishi, Robin Rajan, Hiroshi Nakagawa

Biophysics and Physicobiology 18 284-288 2021年11月査読有り筆頭著者
アミロイド線維前駆中間体の観測とそれを標的とした線維形成阻害―インスリン由来モデルペプチドとフィブリノーゲンを用いた検証―

山本直樹, 茶谷絵理

生物物理 61(4) 236-239 2021年7月査読有り招待有り筆頭著者
Freezable and Unfreezable Hydration Water: Distinct Contributions to Protein Dynamics Revealed by Neutron Scattering.

Naoki Yamamoto, Maiko Kofu, Kenji Nakajima, Hiroshi Nakagawa, Naoya Shibayama

The journal of physical chemistry letters 12(8) 2172-2176 2021年2月25日査読有り
Multistep Changes in Amyloid Structure Induced by Cross-Seeding on a Rugged Energy Landscape

Keisuke Yuzu, Naoki Yamamoto, Masahiro Noji, Masatomo So, Yuji Goto, Tetsushi Iwasaki, Motonari Tsubaki, Eri Chatani

Biophysical Journal 120(2) 284-295 2020年12月査読有り
Iodine staining as a useful probe for distinguishing insulin amyloid polymorphs

Takato Hiramatsu, Naoki Yamamoto, Seongmin Ha, Yuki Masuda, Mitsuru Yasuda, Mika Ishigaki, Keisuke Yuzu, Yukihiro Ozaki, Eri Chatani

Scientific Reports 10(1) 16741-16741 2020年12月査読有り
Broadband dielectric spectroscopy from sub GHz to THz of hydrated lipid bilayer of DMPC

Yu Kadomura, Naoki Yamamoto, Keisuke Tominaga

The European Physical Journal E 42(10) 2019年10月
Structural Insights into the Inhibition of Amyloid Fibril Formation by Fibrinogen via Interaction with Prefibrillar Intermediates

YAMAMOTO Naoki, AKAI Taiki, INOUE Rintaro, SUGIYAMA Masaaki, TAMURA Atsuo, CHATANI Eri

Biochemistry 58(24) 2769-2781 2019年3月査読有り
A specific form of prefibrillar aggregates that functions as a precursor of amyloid nucleation

Naoki Yamamoto, Shoko Tsuhara, Atsuo Tamura, Eri Chatani

Scientific Reports 8(1) 62 2018年12月1日査読有り
Recent progress on understanding the mechanisms of amyloid nucleation

Eri Chatani, Naoki Yamamoto

Biophysical Reviews 10(2) 527-534 2018年4月1日査読有り
Effect of Temperature and Hydration Level on Purple Membrane Dynamics Studied Using Broadband Dielectric Spectroscopy from Sub-GHz to THz Regions

Naoki Yamamoto, Shota Ito, Masahiro Nakanishi, Eri Chatani, Keiichi Inoue, Hideki Kandori, Keisuke Tominaga

Journal of Physical Chemistry B 122(4) 1367-1377 2018年2月1日査読有り
Femtosecond-Laser-Enhanced Amyloid Fibril Formation of Insulin

Tsung-Han Liu, Ken-ichi Yuyama, Takato Hiramatsu, Naoki Yamamoto, Eri Chatani, Hiroshi Miyasaka, Teruki Sugiyama, Hiroshi Masuhara

LANGMUIR 33(33) 8311-8318 2017年8月査読有り

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MISC

X線小角散乱によるアミロイド線維前駆中間体発達の時分割追跡

山本直樹, 赤井大気, 井上倫太郎, 杉山正明, 柴山修哉, 茶谷絵理

KURNS-EKR (Web) (6) 2020年
アミロイド核形成メカニズムの解明を目指した核形成中間体の捕捉と構造解析

吉川祐樹, 山本直樹, 井上倫太郎, 守島健, 杉山正明, 田村厚夫, 茶谷絵理

KURNS-EKR (Web) (6) 2020年
フィブリノーゲンによるインスリンB鎖アミロイド線維の形成阻害

茶谷絵理, 山本直樹, 赤井大気, 井上倫太郎, 杉山正明, 田村厚夫

KURNS-EKR (Web) (3) 2019年
タンパク質の動的挙動に及ぼす水和および熱活性の影響 : 広帯域誘電分光法による観測 (応用物理学会設立70周年記念号)

山本直樹, 太田薫, 田村厚夫, 富永圭介

応用物理 85(8) 689-692 2016年8月
3Fa04 部位特異的化学修飾された抗菌ペプチドThanatinのNMR構造解析と抗菌活性との関係(ペプチド工学・プロテオーム,一般講演)

折笠善丈, 今村智弘, 山本直樹, 田村厚夫, 橋本茂樹, 島田浩章, 田口精一

日本生物工学会大会講演要旨集 20 167-167 2008年

書籍等出版物

タンパク質の動的挙動に及ぼす水和および熱活性の影響広帯域誘電分光法による観測（応用物理 / 85 巻 (2016) 8 号）

山本直樹, 太田薫, 田村厚夫, 富永圭介 (担当:共著)

2016年
テラヘルツ時間領域分光による生体高分子の低振動スペクトルの観測 (OplusE 2013年2月号（第399号）

山本直樹, 富永圭介 (担当:分担執筆)

2013年2月
Temperature and hydration dependence of low-frequency dynamics of two muscle proteins studied by terahertz time-domain spectroscopy

Naoki Yamamoto, Feng Zhang, Atsuo Tamura, 富永圭介

Proceedings of 3rd International THz-Bio Workshop 2012年
Low-frequency dynamics of functional proteins studied by terahertz time-domain spectroscopy

Naoki Yamamoto, Feng Zhang, Atsuo Tamura, 富永圭介

Proceedings of the conference IRMMW-THz 2011 2011年
Charge Carrier Dynamics of ZnSe by Optical-Pump Terahertz-Probe Spectroscopy

Alvin Karlo, G. Tapia, Naoki Yamamoto, Carlito Ponseca Jr, 富永圭介

Proceedings of the conference IRMMW-THz 2011 2011年

講演・口頭発表等

弱酸性条件におけるAβ1-40のアミロイド線維形成と膜破壊機構の解明

曲師香緒里, 山本直樹, 平松貴人, 茶谷絵理

第4回新学術領域研究「動的秩序と機能」若手研究会 2017年11月
pHおよび塩濃度に依存したトランスサイレチン凝集反応の観察

下地恭平, 山本直樹, 茶谷絵理

第4回新学術領域研究「動的秩序と機能」若手研究会 2017年11月
弱酸性条件におけるAβ1-40のアミロイド線維化

曲師香緒里, 山本直樹, 平松貴人, 茶谷絵理

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月
広帯域誘電分光法によるホスホリルコリン基を有する脂質の動的挙動に及ぼす水和の影響

門村友, 山本直樹, 富永圭介

第11回分子科学討論会2017仙台 2017年9月
フィブリノーゲンによるアミロイド線維形成阻害機構の解明

赤井大気, 山本直樹, 茶谷絵理

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月
アミロイド核前駆体として機能する前駆中間凝集体のキャラクタリゼーション

山本直樹, 津原祥子, 田村厚夫, 茶谷絵理

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月
超音波照射によるインスリンB 鎖アミロイド前駆中間体の線維化誘導

山本直樹, 津原祥子, 田村厚夫, 茶谷絵理

第17回日本蛋白質科学会年会 2017年6月
弱酸性条件におけるAβ1-40アミロイド線維形成反応の観察

曲師香緒里, 平松貴人, 山本直樹, 茶谷絵理

第17回日本蛋白質科学会年会 2017年6月
Protein hydration and its thermal excitation studied by broadband dielectric spectroscopy

YAMAMOTO Naoki

The 1st Philippine-Japan Terahertz Research Workshop 2017年2月招待有り
Role of prefibrillar intermediates of insulin B chain in its amyloid fibril formation

○Naoki Yamamoto, Shoko Tsuhara, Atsuo Tamura, Eri Chatani

新学術領域「動的秩序と機能」第5回国際シンポジウム 2017年1月
Nucleation dynamics in amyloid formation as investigated by the analysis of prefibrillar intermediates

○Eri Chatani, Naoki Yamamoto

新学術領域「動的秩序と機能」第5回国際シンポジウム 2017年1月招待有り
A New fibrinogen function of trapping amyloid intermediate conformation

○Taiki Akai, Naoki Yamamoto, Eri Chatani

新学術領域「動的秩序と機能」第5回国際シンポジウム 2017年1月
Protein Hydration Dynamics Studied by Broadband Dielectric Spectroscopy

○Naoki Yamamoto, Shota Ito, Kaoru Ohta, Atsuo Tamura, Eri Chatani, Hideki Kandori, Keisuke Tominaga

Japan-Taiwan Medical Spectroscopy International Symposium 2016年12月
Investigation of protein aggregation processes leading to amyloid formation

○Eri Chatani, Naoki Yamamoto

Japan-Taiwan Medical Spectroscopy International Symposium 2016年12月
Molecular Exploration of Prefibrillar Intermediates That Lead to Formation of Amyloid Fibrils

〇Eri Chatani, Naoki Yamamoto

Indo-Japan Joint Seminar on "Frontiers in Molecular Spectroscopy: From Fundamentals to Applications on Material Science and Biology" 2016年11月招待有り
Hydration and Thermal-Excitation Effects of Purple Membrane Dynamics Probed by Broadband Dielectric Spectroscopy

〇Naoki Yamamoto, Shota Ito, Eri Chatani, Hideki Kandori, Keisuke Tominaga

Indo-Japan Joint Seminar on "Frontiers in Molecular Spectroscopy: From Fundamentals to Applications on Material Science and Biology" 2016年11月招待有り
Hydration and thermal-excitation effects of purple membrane dynamics probed by broadband dielectric spectroscopy

YAMAMOTO Naoki

Indo-Japan Discussion Meeting on Frontiers in Molecular Spectroscopy: From Fundamental to Applications on material science and biology 2016年11月招待有り
Fibrinogen inhibits amyloid fibrillation by stopping at the stage of intermediates

○Taiki Akai, Naoki Yamamoto, Eri Chatani

第54回日本生物物理学会年会 2016年11月
Effects of hydration on protein dynamics and its thermal excitation studied by broadband dielectric spectroscopy

YAMAMOTO Naoki

2nd International Aquaphotomics Symposium 2016年11月招待有り
線維前駆中間体に作用点をもつフィブリノーゲンのアミロイド線維化阻害機構

赤井大気, 山本直樹, 茶谷絵理

新学術領域研究「動的秩序と機能」第３回若手研究会 2016年10月

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担当経験のある科目(授業)

2019年9月 - 現在

疾病関連タンパク質概論 (自治医科大学)
2014年4月 - 2018年3月

有機化学II (神戸大学)

共同研究・競争的資金等の研究課題

クライオ電子顕微鏡による中間体を起点としたアミロイド線維形成の高分解能観測

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

山本直樹
水和水ダイナミクスによって誘起されるタンパク質機能関連モードの観測

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2018年4月 - 2021年3月

山本直樹, 富永圭介, 中西真大
線維前駆中間体の解析を基軸としたアミロイド線維の伝播性および毒性の構造基盤の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2016年4月 - 2020年3月

茶谷絵理, 山本直樹
アミロイド線維形成に関与する水和水ダイナミクスの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2016年4月 - 2018年3月

山本直樹, 富永圭介, 茶谷絵理, 中西真大

山本直樹

基本情報

研究分野

経歴

学歴

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

共同研究・競争的資金等の研究課題

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