井上潤 (Jun Inoue) - マイポータル

基本情報

所属: 東京大学大気海洋研究所海洋生命科学部門准教授

学位: 博士

研究者番号: 10596779
J-GLOBAL ID: 201801017729026610
researchmap会員ID: B000335479

外部リンク: http://www.fish-evol.org/index.html

研究キーワード

研究分野

経歴

2022年10月 - 現在

東京大学大気海洋研究所
2020年5月 - 2022年9月

東京大学大気海洋研究所, 地球表層圏変動研究センター, 助教
2019年7月 - 2020年4月

国立遺伝学研究所 (斎藤成也研究室), 特任准教授
2019年4月 - 2019年6月

国立遺伝学研究所 (斎藤成也研究室), 特任研究員
2016年4月 - 2019年3月

沖縄科学技術大学院大学 (佐藤矩行研究室), スタッフ・サイエンティスト
2013年4月 - 2016年3月

沖縄科学技術大学院大学 (Robert Sinclair 研究室), 研究員〜スタッフ・サイエンティスト
2010年4月 - 2013年3月

東京大学大気海洋研究所 (塚本勝巳研究室), 特任研究員
2008年4月 - 2010年3月

ロンドン大学 (Ziheng Yang 研究室), 研究員
2007年7月 - 2008年3月

フロリダ州立大学 (Gavin Naylor 研究室), 研究員
2005年7月 - 2007年6月

日本学術振興会 (フロリダ州立大学・Gavin Naylor 研究室), 海外特別研究員
2002年4月 - 2005年3月

日本学術振興会 (東京大学海洋研究所・西田睦研究室), 特別研究員
2001年4月 - 2002年3月

東京大学大学院 (東京大学海洋研究所・塚本勝巳研究室), 農学特定研究員

学歴

1998年4月 - 2001年3月

東京大学大学院, 農学生命科学研究科, 水圏生命科学専攻・博士課程
1996年4月 - 1998年3月

東京大学大学院, 農学生命科学研究科, 水圏生命科学専攻・修士課程
1992年4月 - 1996年3月

早稲田大学, 教育学部, 理学科, 生物学専修

受賞

2016年8月

研究奨励賞, 日本進化学会

井上潤
2014年10月

オープン・サイエンス・アワードウェブサイト部門 (3位), ライフサイエンス統合データベースセンター

井上潤
2011年7月

教育啓蒙賞, 日本進化学会

井上潤
2006年10月

奨励賞, 日本魚類学会

井上潤

論文

Extensive mitochondrial genomic analyses reveal dynamic gene order rearrangements in the class Octocorallia (Cnidaria: Anthozoa)

Yuki Yoshioka, Megumi Kanai, Shogo Gishitomi, Nana Arakaki, Tatsuki Koido, Chuya Shinzato, Jun Inoue, Tomofumi Nagata, Noriyuki Satoh

Gene Reports 102111-102111 2024年12月
6

phyloBARCODER: A web tool for phylogenetic classification of eukaryote metabarcodes using custom reference databases.

Jun Inoue, Chuya Shinzato, Junya Hirai, Sachihiko Itoh, Yuki Minegishi, Shin-Ichi Ito, Susumu Hyodo

Molecular biology and evolution 2024年6月8日
Environmental DNA in the Kuroshio reveals environment-dependent distribution of economically important small pelagic fish

Zeshu Yu, Marty Kwok-Shing Wong, Jun Inoue, Sk Istiaque Ahmed, Tomihiko Higuchi, Susumu Hyodo, Sachihiko Itoh, Kosei Komatsu, Hiroaki Saito, Shin-ichi Ito

Frontiers in Marine Science 10 2023年6月1日
Active Expression of Genes for Protein Modification Enzymes in Habu Venom Glands

Akiko Isomoto, Eiichi Shoguchi, Kanako Hisata, Jun Inoue, Yinrui Sun, Kenji Inaba, Noriyuki Satoh, Tomohisa Ogawa, Hiroki Shibata

Toxins 14(5) 300-300 2022年4月22日
Two Hidden mtDNA-Clades of Crown-of-Thorns Starfish in the Pacific Ocean

Nina Yasuda, Jun Inoue, Michael R. Hall, Manoj R. Nair, Mehdi Adjeroud, Miguel D. Fortes, Mutsumi Nishida, Nat Tuivavalagi, Rachel Ravago-Gotanco, Zac H. Forsman …

Frontiers in Marine Science 9 2022年4月
Comparison of species-specific qPCR and metabarcoding methods to detect small pelagic fish distribution from open ocean environmental DNA.

Zeshu Yu, Shin-Ichi Ito, Marty Kwok-Shing Wong, Susumu Yoshizawa, Jun Inoue, Sachihiko Itoh, Ryuji Yukami, Kazuo Ishikawa, Chenying Guo, Minoru Ijichi …

PloS one 17(9) e0273670 2022年
Novel Mitochondrial DNA Markers for Scleractinian Corals and Generic-Level Environmental DNA Metabarcoding

Chuya Shinzato, Haruhi Narisoko, Koki Nishitsuji, Tomofumi Nagata, Noriyuki Satoh, Jun Inoue

Frontiers in Marine Science 8 2021年11月30日最終著者
160

ORTHOSCOPE*: A Phylogenetic Pipeline to Infer Gene Histories from Genome-Wide Data

Jun Inoue

Molecular Biology and Evolution 2021年10月18日査読有り筆頭著者最終著者責任著者
A Preliminary Single-Cell RNA-Seq Analysis of Embryonic Cells That Express Brachyury in the Amphioxus, Branchiostoma japonicum

Noriyuki Satoh, Hitoshi Tominaga, Masato Kiyomoto, Kanako Hisata, Jun Inoue, Koki Nishitsuji

Frontiers in Cell and Developmental Biology 9 2021年7月15日査読有り
Identification of ancient viruses from metagenomic data of the Jomon people

Luca Nishimura, Ryota Sugimoto, Jun Inoue, Hirofumi Nakaoka, Hideaki Kanzawa-Kiriyama, Ken-ichi Shinoda, Ituro Inoue

Journal of Human Genetics 66(3) 287-296 2020年9月30日
Identification of non-venom protein genes highly expressed in the venom gland of Habu (Protobothrops flavoviridis) and their potential contribution to the quality control of venom proteins

Akiko Isomoto, Kanako Hisata, Jun Inoue, Eiichi Shoguchi, Noriyuki Satoh, Tomohisa Ogawa, Hiroki Shibata

Toxicon 177 S53-S53 2020年4月
dbCNS: a new database for conserved noncoding sequences

Inoue, J, Saitou, N

Molecular Biology and Evolution 2020年査読有り
Phylogenetic analyses of Glycosyl Hydrolase Family 6 genes in tunicates: Possible horizontal transfer

Kun-Lung Li, Keisuke Nakashima, Jun Inoue, Noriyuki Satoh

Genes (Basel) 11(8) 937-937 2020年査読有り
Eighteen coral genomes reveal the evolutionary origin of Acropora strategies to accommodate environmental changes

Chuya Shinzato, Konstantin Khalturin, Jun Inoue, Takeshi Takeuchi, Yuna Zayasu, Asuka Arimoto, Yi-Jyun Luo, Eiichi Shoguchi, Miyuki Kanda, Nana Arakaki …

Molecular Biology and Evolution 2020年査読有り
An investigation into the genetic history of Japanese populations of three starfish, Acanthaster planci, Linckia laevigata, and Asterias amurensis, based on complete mitochondrial DNA sequences.

Inoue, J, Hisata, K, Yasuda, N, Satoh, N

G3: GENES, GENOMES, GENETICS 10(7) 2519-2528 2020年査読有り筆頭著者
分子系統樹を用いた分岐年代推定と生物多様化プロセス解析の概要

昆健志, 井上潤

化石 106 5-17 2019年9月査読有り
A key metabolic gene for recurrent freshwater colonization and radiation in fishes

Ishikawa, A, Kabeya, N, Ikeya, K, Kakioka, R, Cech, JN, Osada, N, Leal, MC, Inoue J, Kume, M, Toyoda, A …

Science 364(6443) 886-889 2019年5月査読有り
ORTHOSCOPE Analysis Reveals the Presence of the Cellulose Synthase Gene in All Tunicate Genomes but Not in Other Animal Genomes

Inoue J, Nakashima K, Satoh, N

Genes 10 294 2019年4月査読有り
Repertoires of G protein-coupled receptors for Ciona-specific neuropeptides

Shiraishi A, Okuda T, Miyasaka N, Osugi T, Okuno Y, Inoue J, Satake H

Proceedings of the National Academy of Sciences 116(16) 7847-7856 2019年4月査読有り
ORTHOSCOPE: An Automatic Web Tool for Phylogenetically Inferring Bilaterian Orthogroups with User-Selected Taxa

Inoue J, Satoh N

Molecular Biology and Evolution 2019年3月査読有り

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MISC

Commentary on ORTHOSCOPE: a web tool for genome comparisons

Jun Inoue

Journal of Genetics and Genomes 2021年1月査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者
Distribution, abundance and life history characteristics of the anguilliform leptocephali in the Celebes and Sulu Seas during the KH-00-1-cruise

Miller MJ, Kawakami Y, Aoyama J, Inagaki T, Oya M, Shinoda A, Sameshima M, Inoue J, Kawai M, Marquet G …

Preliminary report of the R/V Hakuho Maru Cruise KH-00-1. Ocean research institute The university of Tokyo 39-47 2003年3月
ウナギ属 Anguilla の進化的起源

井上潤, 宮正樹

海洋と生物 133 153-159

書籍等出版物

魚類学の百科事典

井上潤 (担当:分担執筆, 範囲:古代魚の系統進化；下位真骨類の系統進化)

丸善出版 2018年10月 (ISBN: 9784621303177)
海洋の生命史〜生命は海でどう進化したか〜（海洋生命のダイナミクスⅠ）

井上潤 (担当:分担執筆, 範囲:古代魚の進化を探る)

東海大学出版 2009年

講演・口頭発表等

遺伝子の起源と機能を推定するウェブツール ORTHOSCOPE を用いた比較ゲノム解析：脊索動物の出現を可能にした脊索と筋肉獲得の分子基盤に迫る

井上潤, 佐藤矩行

分子生物学会 2019年12月5日招待有り
脊索動物の系統進化とゲノム進化

井上潤

東京大学大気海洋研究所・海洋生命科学部門セミナー 2018年12月13日
脊索動物の系統進化とゲノム進化

井上潤

JT 生命誌研究館 2018年10月
海を支配する真骨魚類のゲノム再編と爆発的な多様化の関係

井上潤, 佐藤行人, シンレクアロバート, 塚本勝巳, 西田睦

NGS現場の会第五回研究会 2017年5月
Selection of gene markers for teleost phylogenetics considering the whole genome duplication and the species tree

Inoue J, Sato, Y, Sinclair, R, Nishida, M

中央水産研究所 2016年3月
Origin and evolution of the freshwater eel

井上潤

うなぎプラネット，日本大学 2015年12月
Rapid genome reshaping by multiple-gene loss after whole-genome duplication in teleost fish suggested by mathematical modeling.

Inoue J, Sato, Y, Sinclair, R, Nishida, M

Introduction to the analysis of molecular evolution in the genomic era, Fudan University, Shanghai, China 2015年9月
Selecting molecular markers from transcriptome data for fish phylogenetics

井上潤

Fudan University, Shanghai, China 2014年3月
The estimation of phylogenetic relationships and divergence times among basal actinopterygians based on the whole mitochondrial genome sequences

井上潤

つくば進化生態学セミナー 2010年11月
Deep-ocean origin of the freshwater eels.

井上潤

東京大学大気海洋研究所 2010年11月
The divergence time estimation of the basal actinopterygians based on the whole mitochondrial genome sequences

井上潤

University of Konstanz, Konstanz, Germany 2010年7月
The phylogenetic relationships and divergence time of the basal actinopterygians based on the whole mitochondrial genome sequences

井上潤

Natural History Museum, London, UK 2009年9月
ミトコンドリアゲノム全長配列に基づく下位条鰭類の系統解析と分岐年代推定

井上潤

日本魚類学会 2006年10月招待有り

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

亜熱帯化する海への布石：高精度な環境 DNA 解析による海洋生物分布マップの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2021年4月 - 2026年3月

井上潤, 兵藤晋, 新里宙也, 伊藤幸彦
核ゲノム解析による進化速度の速い種の系統的位置決定：尾索動物オタマボヤ類を例に

日本学術振興会科学研究費・基盤研究 (C) 2018年4月 - 2020年3月

井上潤
脊椎動物の全ゲノム比較解析を可能にする統合オーソログ判定パイプラインの構築

日本学術振興会科学研究費・基盤研究 (C) 2015年4月 - 2018年3月

井上潤
核ゲノムデータを用いた条鰭類の系統解析に向けて：相同遺伝子選定パイプラインの構築

日本学術振興会科学研究費・若手研究 (B) 2012年4月 - 2016年3月

井上潤
脊椎動物ミトコンドリアゲノムの新たな分子進化モデル開発:より正確な系統推定の試み

日本学術振興会海外特別研究員・研究活動費 2005年7月 - 2007年6月

井上潤
ミトゲノミクスに基づく下位条鰭類大分類群の再考

日本学術振興会特別研究員・特別研究員奨励費 2003年4月 - 2005年3月

井上潤

社会貢献活動

分岐年代のベイズ推定

講師

三中信宏農林交流センターセミナー・ワークショップ (農林水産技術会議) 2011年 - 現在
井上潤のホームページ

情報提供

2005年 - 現在

井上潤

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

社会貢献活動

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