北村勇吉 (Kitamura Yuhkichi) - マイポータル - researchmap

基本情報

所属: 静岡大学工学部 - 化学バイオ工学科助教

学位: 博士（情報科学）(2015年3月名古屋大学大学院情報科学研究科)

J-GLOBAL ID: 202001004888048610
researchmap会員ID: R000014206

研究キーワード

9

研究分野

2

経歴

2

2020年10月 - 現在

静岡大学, 工学部, 助教
2015年4月 - 2020年9月

名古屋大学, 大学院情報学研究科複雑系科学専攻, 博士研究員

学歴

1

2013年4月 - 2015年3月

名古屋大学, 情報科学研究科

受賞

6

2021年6月

2021年奨学賞, ヘモグロビンのアロステリック制御に関する統計解析: T状態安定化に対する塩素イオンの役割, 日本コンピュータ化学会

田中美帆, 高橋由芽, 高見慧, 北村勇吉, 長岡正隆
2021年6月

2021年奨学賞, ヘモグロビンのアロステリック制御に関する統計解析: T状態安定化に対する塩素イオンの役割, 日本コンピュータ化学会

田中美帆, 高橋由芽, 高見慧, 北村勇吉, 長岡正隆
2020年11月

2020年奨学賞, ヒト成人ヘモグロビンのT-R状態間立体構造変化に対する進入酸素分子群の役割, 日本コンピュータ化学会

高見慧, 北村勇吉, 長岡正隆
2020年11月

2020年度奨学賞, ヒト成人ヘモグロビンのT-R状態間立体構造変化に対する進入酸素分子群の役割, 日本コンピュータ化学会

高見慧, 北村勇吉, 長岡正隆
2015年3月

エクセレントドクター賞, グリシン水溶液における微視的溶媒効果に関する理論的研究, 名古屋大学大学大学院情報学研究科

北村勇吉
2013年4月

日本学術振興会特別研究員 (DC2), 溶液反応におけるｐＨ依存特性の計算化学的解明－溶媒和構造と吸収スペクトル変化－, 日本学術振興会

北村勇吉

主要な論文

17

Theoretical analysis toward better description of the wavenumber shifts of the OH stretch of hydrogen‐bonded water

Yukichi Kitamura, Hajime Torii

Journal of Raman Spectroscopy 2022年4月15日査読有り
A Constant-pH Hybrid Monte Carlo Method with a Configuration-Selection Scheme Using the Zero Energy Difference Condition: Elucidation of Molecular Diffusivity Correlated with a pH-Dependent Solvation Shell

Yukichi Kitamura, Masataka Nagaoka

Journal of Chemical Theory and Computation 17(2) 1030-1044 2021年2月9日査読有り筆頭著者
Dual Approach to Vibrational Spectra in Solution: Microscopic Influence of Hydrogen Bonding to the State of Motion of Glycine in Water

Yukichi Kitamura, Norio Takenaka, Yoshiyuki Koyano, Masataka Nagaoka

Journal of Chemical Theory and Computation 10(8) 3369-3379 2014年8月12日査読有り筆頭著者
On the smoothing of free energy landscape of solute molecules in solution: A demonstration of the stability of glycine conformers via ab initio QM/MM free energy calculation

Yukichi Kitamura, Norio Takenaka, Yoshiyuki Koyano, Masataka Nagaoka

Chemical Physics Letters 514(4-6) 261-266 2011年10月査読有り筆頭著者

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MISC

1

博士論文紹介「グリシン水溶液における微視的溶媒効果に関する理論的研究」ー自由エネルギー勾配法の新展開：振動双解析法ー」

北村勇吉

分子シミュレーション研究会会誌“アンサンブル” 18(2) 115-122 2016年4月筆頭著者

主要な書籍等出版物

4

Quantum Modeling of Complex Molecular Systems (Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics), Eds. J.-L. Rivail. Manuel F. Ruiz-López and X. Assfeld,

Yukichi Kitamura, Norio Takenaka, Yoshiyuki Koyano, Masataka Nagaoka (担当:分担執筆, 範囲:Free Energy Gradient Method and its Recent Related Developments: Free Energy Optimization and Vibrational Frequency Analysis in Solution, pp. 219–252)

Springer 2015年 (ISBN: 9783319216256)

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主要な講演・口頭発表等

37

Theoretical analysis toward better description of the frequency shifts of the OH stretch of hydrogen-bonded water

Yukichi KITAMURA, Hajime TORII

Asia-Pacific Association of Theoretical and Computational Chemists (APCTCC-10) 2023年2月20日
Chloride's Allosteric Regulation of Hemoglobin by Time Series Clustering Method

Yukichi KITAMURA

12th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC2020) 2022年7月7日招待有り
A Constant-pH Hybrid Monte Carlo Method with a Configuration Selection Scheme: Application to pH-dependent Vibrational and Electronic Spectra

Yukichi Kitamura, Carlos Bistafa, Masataka Nagaoka

The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021 (PacifiChem 2021) 2021年12月17日

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担当経験のある科目(授業)

9

所属学協会

6

2021年9月 - 現在

溶液化学研究会
2019年11月 - 現在

日本化学会
2019年4月 - 現在

理論化学会
2019年3月 - 現在

日本コンピュータ化学会
2011年9月 - 現在

分子科学会
2010年4月 - 現在

分子シミュレーション学会

主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

6

量子化学的記述子を用いたアンサンブル機械学習モデルの開発と分光スペクトル解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

北村勇吉
pHや共溶質濃度の変化による蛋白質機能調節の機構解明:計算化学とデータ科学の融合

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

長岡正隆, 北村勇吉
溶液反応におけるｐＨ依存特性の計算化学的解明－溶媒和構造と吸収スペクトル変化－

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2013年4月 - 2015年3月

北村勇吉

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