門田満隆 (Mitsutaka Kadota) - マイポータル

基本情報

所属: 特定国立研究開発法人理化学研究所生命機能科学研究センター発生ゲノムシステム研究チーム技師

学位: 博士（生命科学）(2003年3月鳥取大学)

研究者番号: 50558111
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-1674-6697
J-GLOBAL ID: 202001017256482440
researchmap会員ID: R000000536

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 分子生物学 /

経歴

2023年4月 - 現在

理化学研究所生命機能科学研究センター発生ゲノムシステム研究チーム
2018年4月 - 2023年3月

理化学研究所生命機能科学研究センター分子配列比較解析チーム
2014年11月 - 2018年3月

理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター分子配列比較解析ユニット
2012年3月 - 2014年11月

理化学研究所発生・再生科学総合研究センターゲノム資源解析ユニット
2003年7月 - 2012年2月

Laboratory of Population Genetics, National Cancer Institute, National Institutes of Health
2003年1月 - 2003年7月

鳥取大学医学部ゲノム医工学講座

論文

Squalomix: shark and ray genome analysis consortium and its data sharing platform

Osamu Nishimura, John Rozewicki, Kazuaki Yamaguchi, Kaori Tatsumi, Yuta Ohishi, Tazro Ohta, Masaru Yagura, Taiki Niwa, Chiharu Tanegashima, Akinori Teramura, Shotaro Hirase, Akane Kawaguchi, Milton Tan, Salvatore D'Aniello, Filipe Castro, André Machado, Mitsumasa Koyanagi, Akihisa Terakita, Ryo Misawa, Masayuki Horie, Junna Kawasaki, Takashi Asahida, Atsuko Yamaguchi, Kiyomi Murakumo, Rui Matsumoto, Iker Irisarri, Norio Miyamoto, Atsushi Toyoda, Sho Tanaka, Tatsuya Sakamoto, Yasuko Semba, Shinya Yamauchi, Kazuyuki Yamada, Kiyonori Nishida, Itsuki Kiyatake, Keiichi Sato, Susumu Hyodo, Mitsutaka Kadota, Yoshinobu Uno, Shigehiro Kuraku

F1000Research 11 1077-1077 2022年9月21日
Molecular and morphological investigations on the renal mechanisms enabling euryhalinity of red stingray Hemitrygon akajei

Naotaka Aburatani, Wataru Takagi, Marty Kwok-Shing Wong, Shigehiro Kuraku, Chiharu Tanegashima, Mitsutaka Kadota, Kazuhiro Saito, Waichiro Godo, Tatsuya Sakamoto, Susumu Hyodo

Frontiers in Physiology 13 2022年8月9日査読有り
Repeated translocation of a supergene underlying rapid sex chromosome turnover in Takifugu pufferfish

Ahammad Kabir, Risa Ieda, Sho Hosoya, Daigaku Fujikawa, Kazufumi Atsumi, Shota Tajima, Aoi Nozawa, Takashi Koyama, Shotaro Hirase, Osamu Nakamura, Mitsutaka Kadota, Osamu Nishimura, Shigehiro Kuraku, Yasukazu Nakamura, Hisato Kobayashi, Atsushi Toyoda, Satoshi Tasumi, Kiyoshi Kikuchi

Proceedings of the National Academy of Sciences 119(23) e2121469119 2022年6月7日査読有り
Single cell transcriptomics of ferrets reveal a common temporal pattern of progenitors in brain development of gyrencephalic mammals

Merve Bilgic, Quan Wu, Taeko Suetsugu, Yuji Tsunekawa, Atsunori Sitamukai, Mitsutaka Kadota, Osamu Nishimura, Shigehiro Kuraku, Fumio Matsuzaki

BioRxiv 2022年5月6日
Evolution of variable lymphocyte receptor B antibody loci in jawless vertebrates

Sabyasachi Das, Jonathan P. Rast, Jianxu Li, Mitsutaka Kadota, John A. Donald, Shigehiro Kuraku, Masayuki Hirano, Max D. Cooper

Proceedings of the National Academy of Sciences 118(50) e2116522118-e2116522118 2021年12月14日査読有り
Technical considerations in Hi-C scaffolding and evaluation of chromosome-scale genome assemblies.

Kazuaki Yamaguchi, Mitsutaka Kadota, Osamu Nishimura, Yuta Ohishi, Yuki Naito, Shigehiro Kuraku

Molecular ecology 2021年8月25日査読有り筆頭著者
Chromosomal-scale de novo genome assemblies of Cynomolgus Macaque and Common Marmoset

Vasanthan Jayakumar, Osamu Nishimura, Mitsutaka Kadota, Naoki Hirose, Hiromi Sano, Yasuhiro Murakawa, Yumiko Yamamoto, Masataka Nakaya, Tomoyuki Tsukiyama, Yasunari Seita, Shinichiro Nakamura, Jun Kawai, Erika Sasaki, Masatsugu Ema, Shigehiro Kuraku, Hideya Kawaji, Yasubumi Sakakibara

Scientific Data 8(1) 159-159 2021年6月査読有り
Cooperation of LIM domain-binding 2 (LDB2) with EGR in the pathogenesis of schizophrenia.

Tetsuo Ohnishi, Yuji Kiyama, Fumiko Arima-Yoshida, Mitsutaka Kadota, Tomoe Ichikawa, Kazuyuki Yamada, Akiko Watanabe, Hisako Ohba, Kaori Tanaka, Akihiro Nakaya, Yasue Horiuchi, Yoshimi Iwayama, Manabu Toyoshima, Itone Ogawa, Chie Shimamoto-Mitsuyama, Motoko Maekawa, Shabeesh Balan, Makoto Arai, Mitsuhiro Miyashita, Kazuya Toriumi, Yayoi Nozaki, Rumi Kurokawa, Kazuhiro Suzuki, Akane Yoshikawa, Tomoko Toyota, Toshihiko Hosoya, Hiroyuki Okuno, Haruhiko Bito, Masanari Itokawa, Shigehiro Kuraku, Toshiya Manabe, Takeo Yoshikawa

EMBO molecular medicine 13(4) e12574 2021年3月3日査読有り筆頭著者
Developmental hourglass and heterochronic shifts in fin and limb development.

Koh Onimaru, Kaori Tatsumi, Chiharu Tanegashima, Mitsutaka Kadota, Osamu Nishimura, Shigehiro Kuraku

eLife 10 2021年2月9日査読有り
Novel developmental bases for the evolution of hypobranchial muscles in vertebrates

Rie Kusakabe, Shinnosuke Higuchi, Masako Tanaka, Mitsutaka Kadota, Osamu Nishimura, Shigeru Kuratani

BMC Biology 18(1) 120-120 2020年12月査読有り
Early vertebrate origin of CTCFL, a CTCF paralog, revealed by proximity-guided shark genome scaffolding

Mitsutaka Kadota, Kazuaki Yamaguchi, Yuichiro Hara, Shigehiro Kuraku

Scientific Reports 10(1) 2020年12月査読有り筆頭著者
Inference of a genome-wide protein-coding gene set of the inshore hagfish Eptatretus burgeri

Kazuaki Yamaguchi, Yuichiro Hara, Kaori Tatsumi, Osamu Nishimura, Jeramiah J. Smith, Mitsutaka Kadota, Shigehiro Kuraku

2020年7月26日
Facilitated NaCl Uptake in the Highly Developed Bundle of the Nephron in Japanese Red Stingray Hemitrygon akajei Revealed by Comparative Anatomy and Molecular Mapping

Naotaka Aburatani, Wataru Takagi, Marty Kwok-Sing Wong, Mitsutaka Kadota, Shigehiro Kuraku, Kotaro Tokunaga, Kazuya Kofuji, Kazuhiro Saito, Waichiro Godo, Tatsuya Sakamoto, Susumu Hyodo

Zoological Science 37(5) 1-1 2020年7月17日査読有り
TGF-β1-driven reduction of cytoglobin leads to oxidative DNA damage in stellate cells during non-alcoholic steatohepatitis

Yoshinori Okina, Misako Sato-Matsubara, Tsutomu Matsubara, Atsuko Daikoku, Lisa Longato, Krista Rombouts, Le Thi Thanh Thuy, Hiroshi Ichikawa, Yukiko Minamiyama, Mitsutaka Kadota, Hideki Fujii, Masaru Enomoto, Kazuo Ikeda, Katsutoshi Yoshizato, Massimo Pinzani, Norifumi Kawada

Journal of Hepatology 73(4) 882-895 2020年4月査読有り
Multifaceted Hi-C benchmarking: what makes a difference in chromosome-scale genome scaffolding?

Mitsutaka Kadota, Osamu Nishimura, Hisashi Miura, Kaori Tanaka, Ichiro Hiratani, Shigehiro Kuraku

GigaScience 9(1) 2020年1月1日査読有り筆頭著者
Cell Type-Specific Survey of Epigenetic Modifications by Tandem Chromatin Immunoprecipitation Sequencing

Mari Mito, Mitsutaka Kadota, Kaori Tanaka, Yasuhide Furuta, Kuniya Abe, Shintaro Iwasaki, Shinichi Nakagawa

Scientific Reports 8(1) 2018年12月査読有り
Shark genomes provide insights into elasmobranch evolution and the origin of vertebrates.

Yuichiro Hara, Kazuaki Yamaguchi, Koh Onimaru, Mitsutaka Kadota, Mitsumasa Koyanagi, Sean D Keeley, Kaori Tatsumi, Kaori Tanaka, Fumio Motone, Yuka Kageyama, Ryo Nozu, Noritaka Adachi, Osamu Nishimura, Reiko Nakagawa, Chiharu Tanegashima, Itsuki Kiyatake, Rui Matsumoto, Kiyomi Murakumo, Kiyonori Nishida, Akihisa Terakita, Shigeru Kuratani, Keiichi Sato, Susumu Hyodo, Shigehiro Kuraku

Nature ecology & evolution 2(11) 1761-1771 2018年11月査読有り
Embryonic transcriptome sequencing of the ocellate spot skate Okamejei kenojei.

Chiharu Tanegashima, Osamu Nishimura, Fumio Motone, Kaori Tatsumi, Mitsutaka Kadota, Shigehiro Kuraku

Scientific data 5 180200-180200 2018年10月8日査読有り
Loss of Fam60a, a Sin3a subunit, results in embryonic lethality and is associated with aberrant methylation at a subset of gene promoters

Ryo Nabeshima, Osamu Nishimura, Takako Maeda, Natsumi Shimizu, Takahiro Ide, Kenta Yashiro, Yasuo Sakai, Chikara Meno, Mitsutaka Kadota, Hidetaka Shiratori, Shigehiro Kuraku, Hiroshi Hamada

eLife 7 2018年8月2日査読有り
CTCF binding landscape in jawless fish with reference to Hox cluster evolution

Mitsutaka Kadota, Yuichiro Hara, Kaori Tanaka, Wataru Takagi, Chiharu Tanegashima, Osamu Nishimura, Shigehiro Kuraku

Scientific Reports 7(1) 2017年12月査読有り筆頭著者

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MISC

T2T時代の全ゲノム解析を支えるDNAシークエンス以外の要素：核DNA分子のサイズ計測とクロマチン構造の捕捉

工樂樹洋, 西村理, 門田満隆

Jxiv 2023年2月
iconHi-C protocol (v1.1) https://doi.org/10.6084/m9.figshare.14669751.v1

2021年5月筆頭著者
iconHi-C Protocol (ver. 1.0) v1 (protocols.io.4mjgu4n)

Mitsutaka Kadota, Osamu Nishimura, Hisashi Miura, Kaori Tanaka, Ichiro Hiratani, Shigehiro Kuraku

protocols.io 2019年6月23日
TChIP-Seq: Cell-Type-Specific Epigenome Profiling

Mari Mito, Mitsutaka Kadota, Shinichi Nakagawa, Shintaro Iwasaki

Journal of Visualized Experiments (143) 2019年1月23日

書籍等出版物

ChIP-seq実験を成功に導くための秘訣：ChIP条件の最適化とサンプルQCについて

田中かおり, 門田満隆 (担当:分担執筆)

実験医学 2016年10月 (ISBN: 9784758101561)
ヒストン修飾や転写因子の結合領域を同定するコツやポイント

門田満隆, 蓑田亜希子 (担当:分担執筆)

実験医学別冊・次世代シークエンス解析スタンダード 2014年 (ISBN: 9784758101912)

門田満隆

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