中井謙太 (Kenta Nakai) - マイポータル

基本情報

所属: 東京大学医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター機能解析イン・シリコ分野教授

学位: 博士(理学)(京都大学)

J-GLOBAL ID: 200901015730028046
researchmap会員ID: 1000144633

外部リンク: http://www.hgc.jp/~knakai/

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研究分野

経歴

1999年 - 2003年

東京大学医科学研究所助教授
1999年 - 2003年

Associate Professor, The Institute of Medical Science, The University of Tokyo
2003年

- 東京大学医科学研究所教授
1995年 - 1999年

大阪大学細胞生体工学センター助教授
1995年 - 1999年

Associate Professor, Institute of Molecular and Cellular Biology
1992年 - 1995年

岡崎国立共同研究機構基礎生物学研究所助手
1992年 - 1995年

Research Associate, National Institute for Basic Biology
1989年 - 1991年

京都大学化学研究所助手
1989年 - 1991年

Research Assistant, Institute for Chemical Research, Kyoto Univeersity

学歴

論文

158

OmniClust: A versatile clustering toolkit for single-cell and spatial transcriptomics data.

Yaxuan Cui, Yang Cui, Yi Ding, Kenta Nakai, Leyi Wei, Yuyin Le, Xiucai Ye, Tetsuya Sakurai

Methods (San Diego, Calif.) 238 84-94 2025年6月
Gene2role: a role-based gene embedding method for comparative analysis of signed gene regulatory networks.

Xin Zeng, Shu Liu, Bowen Liu, Weihang Zhang, Wanzhe Xu, Fujio Toriumi, Kenta Nakai

BMC bioinformatics 26(1) 134-134 2025年5月24日
STAIG: Spatial transcriptomics analysis via image-aided graph contrastive learning for domain exploration and alignment-free integration.

Yitao Yang, Yang Cui, Xin Zeng, Yubo Zhang, Martin Loza, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Nature communications 16(1) 1067-1067 2025年1月27日
RNA secondary structure prediction by conducting multi-class classifications.

Jiyuan Yang, Kengo Sato, Martin Loza, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Computational and structural biotechnology journal 27 1449-1459 2025年
In Silico Analysis Revealed Marco (SR-A6) and Abca1/2 as Potential Regulators of Lipid Metabolism in M1 Macrophage Hysteresis.

Yubo Zhang, Wenbo Yang, Yutaro Kumagai, Martin Loza, Yitao Yang, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

International journal of molecular sciences 26(1) 2024年12月26日
Comparative single-cell transcriptomic analysis reveals putative differentiation drivers and potential origin of vertebrate retina.

Xin Zeng, Fuki Gyoja, Yang Cui, Martin Loza, Takehiro G Kusakabe, Kenta Nakai

NAR genomics and bioinformatics 6(4) lqae149 2024年9月
Single-cell transcriptomic analysis of B cells reveals new insights into atypical memory B cells in COVID-19.

Melissa García-Vega, Mara Anais Llamas-Covarrubias, Martin Loza, Mónica Reséndiz-Sandoval, Diana Hinojosa-Trujillo, Edgar Melgoza-González, Olivia Valenzuela, Verónica Mata-Haro, Miguel Hernández-Oñate, Alan Soto-Gaxiola …

Journal of medical virology 96(8) e29851 2024年8月
A computational approach for deciphering the interactions between proximal and distal gene regulators in GC B-cell response.

Sung-Joon Park, Kenta Nakai

NAR genomics and bioinformatics 6(2) lqae050 2024年6月
Characterization of trans-spliced chimeric RNAs: insights into the mechanism of trans-splicing.

Rui Yokomori, Takehiro G Kusakabe, Kenta Nakai

NAR genomics and bioinformatics 6(2) lqae067 2024年6月
HyGAnno: hybrid graph neural network-based cell type annotation for single-cell ATAC sequencing data.

Weihang Zhang, Yang Cui, Bowen Liu, Martin Loza, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Briefings in bioinformatics 25(3) 2024年3月27日
Genome-wide ATAC-see screening identifies TFDP1 as a modulator of global chromatin accessibility.

Satoko Ishii, Taishi Kakizuka, Sung-Joon Park, Ayako Tagawa, Chiaki Sanbo, Hideyuki Tanabe, Yasuyuki Ohkawa, Mahito Nakanishi, Kenta Nakai, Yusuke Miyanari

Nature genetics 56(3) 473-482 2024年3月
Epigenetic characterization of housekeeping core promoters and their importance in tumor suppression.

Martin Loza, Alexis Vandenbon, Kenta Nakai

Nucleic acids research 52(3) 1107-1119 2024年2月9日
Resting heart rate and risk of dementia: a Mendelian randomization study in the international genomics of Alzheimer's Project and UK Biobank.

Xingxing Chen, Yi Zheng, Jun Wang, Blake Yue, Xian Zhang, Kenta Nakai, Lijing L Yan

PeerJ 12 e17073 2024年
Integrative analysis of cancer multimodality data identifying COPS5 as a novel biomarker of diffuse large B-cell lymphoma.

Yutong Dai, Jingmei Li, Keita Yamamoto, Susumu Goyama, Martin Loza, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Frontiers in genetics 15 1407765-1407765 2024年
TF-EPI: an interpretable enhancer-promoter interaction detection method based on Transformer.

Bowen Liu, Weihang Zhang, Xin Zeng, Martin Loza, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Frontiers in genetics 15 1444459-1444459 2024年
Editorial: Emerging talents in computational genomics.

Junichi Iwata, Kenta Nakai

Frontiers in genetics 15 1512594-1512594 2024年
Computational analysis of the functional impact of MHC-II-expressing triple-negative breast cancer.

Yang Cui, Weihang Zhang, Xin Zeng, Yitao Yang, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Frontiers in immunology 15 1497251-1497251 2024年
CoraL: interpretable contrastive meta-learning for the prediction of cancer-associated ncRNA-encoded small peptides.

Zhongshen Li, Junru Jin, Wenjia He, Wentao Long, Haoqing Yu, Xin Gao, Kenta Nakai, Quan Zou, Leyi Wei

Briefings in bioinformatics 24(6) 2023年9月22日
LONRF2 is a protein quality control ubiquitin ligase whose deficiency causes late-onset neurological deficits.

Dan Li, Yoshikazu Johmura, Satoru Morimoto, Miyuki Doi, Keiko Nakanishi, Manabu Ozawa, Yuji Tsunekawa, Akane Inoue-Yamauchi, Hiroya Naruse, Takashi Matsukawa …

Nature aging 3(8) 1001-1019 2023年8月
Grand challenges in bioinformatics education and training.

Esra Büşra Işık, Michelle D Brazas, Russell Schwartz, Bruno Gaeta, Patricia M Palagi, Celia W G van Gelder, Prashanth Suravajhala, Harpreet Singh, Sarah L Morgan, Hilyatuz Zahroh …

Nature biotechnology 41(8) 1171-1174 2023年8月

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MISC

A systematic sequencing-based approach for microbial contaminant detection and functional inference.

Sung-Joon Park, Satoru Onizuka, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Takanori Iwata, Kenta Nakai

BMC biology 17(1) 72-72 2019年9月13日
CRISPR/Cas9ゲノム編集技術を用いたがん抗原特異的CD8+T細胞の作製

大内靖夫, Patil Ashwini, 西増弘志, 濡木理, 中井謙太, 植松智

生命科学系学会合同年次大会 2017年度 [2P-0947] 2017年12月
CRISPR/Cas9ゲノム編集技術を用いたがん抗原特異的CD8+T細胞の作製

大内靖夫, Patil Ashwini, 西増弘志, 濡木理, 中井謙太, 植松智

生命科学系学会合同年次大会 2017年度 [2P-0947] 2017年12月
Targeted deletion of miRNAs and cis-regulatory modules associated with cone opsin genes in medaka

Yutaka Daido, Kenta Nakai, Yutaka Suzuki, Takehiro G. Kusakabe

MECHANISMS OF DEVELOPMENT 145 S145-S146 2017年7月
Prediction of subcellular locations of proteins: Where to proceed?

Kenichiro Imai, Kenta Nakai

Proteomics 10(22) 3970-3983 2010年11月
FINDING PROTEIN SEQUENCE(S) OF YOUR INTEREST FROM PUBLIC DATABASES

Kenta Nakai

JOURNAL OF PHYSIOLOGICAL SCIENCES 59 118-118 2009年
Large-scale analysis of human alternative protein isoforms: pattern classification and correlation with subcellular localization signals

NAKAO Mitsuteru, BARRERO Roberto A, MUKAI Yuri, MOTONO Chie, SUWA Makiko, NAKAI Kenta

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 33(8) 2355-2363 2005年
2E1415 プロモーター領域の種間配列比較によるマイコプラズマ属の転写制御機構の解析(21.ゲノム生物学,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)

蒔田由布子, 寺井悟朗, 中井謙太

生物物理 42(2) S111 2002年
A novel bacterial gene-finding system with improved accuracy in locating start codons

T Yada, Y Totoki, T Takagi, K Naka

DNA RESEARCH 8(3) 97-106 2001年6月
Assessment of prediction accuracy of protein function from protein-protein interaction data

H Hishigaki, K Nakai, T Ono, A Tanigami, T Takagi

YEAST 18(6) 523-531 2001年4月
ORI-GENE: gene classification based on the evolutionary tree

H Mizuno, Y Tanaka, K Nakai, A Sarai

BIOINFORMATICS 17(2) 167-173 2001年2月
新世紀における蛋白質科学の進展

蛋白質核酸酵素増刊号 46(11) 1488-1495 2001年
DBTBS: a database of Bacillus subtilis promoters and transcription factors

T Ishii, K Yoshida, G Terai, Y Fujita, K Nakai

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 29(1) 278-280 2001年1月
Views : fundamental building blocks in the process of knowledge discovery

Proc. 14th Int. FLAIRS Conf. 223-238 2001年
An alternative-exon database and its statistical analysis

S Stamm, J Zhu, K Nakai, P Stoilov, O Stoss, MQ Zhang

DNA AND CELL BIOLOGY 19(12) 739-756 2000年12月
タンパク質の構造予測と機能予測

遺伝子医学 4(3) 377-382 2000年
Protein sorting signals and prediction of subcellular localization

K Nakai

ADVANCES IN PROTEIN CHEMISTRY, VOL 54 54 277-344 2000年
Modeling and predicting transcriptional units of Escherichia coli genes using hidden Markov models

T Yada, M Nakao, Y Totoki, K Nakai

BIOINFORMATICS 15(12) 987-993 1999年12月
ゲノム情報解析入門

31(6) 3-7 1999年
微生物ゲノム情報のコンピュータ解析

生物工学会誌 77(9) 390-393 1999年

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書籍等出版物

基礎生化学実験法

東京化学同人 2001年
プロテオミクスの基礎

講談社サイエンティフィク 2001年
ゲノム機能研究プロトコール(実験医学別冊ポストゲノム時代の実験講座1)

羊士社 2000年
細胞内局在化の知識ベースシステム (in シリーズニューバイオフィジックス11 ヒューマンゲノム計画)

共立出版 1997年
Prediction of mitochondrial targeting signals using hidden Markov models(共著)

Genome Informatics 1997 1997年
Functional prediction of B subtilis genes from their requlatory sequences(共著)

Proceedings, Fifth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology 1997年
Better prediction of protein cellular localization sites with the R nearest neighbor classifier(共著)

Proceedings, Fifth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology 1997年
Knowledge-based system for protein subcellular localization

1997年
Refinement of the prediction methods of signal peptides for the genome analyses of Saccharomyces cerevisiae and Bacillus subtilis

Genome Informatics 1996 1996年
A probabilistic classification system for predicting the cellular locarization sites of proteins(共著)

Proceedings, Fourth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology 1996年
バイオテクノロジーのためのコンピュータ入門(共著)

コロナ社 1995年
Introduction of Computer in Biotechnology

1995年
遺伝子スイッチのコントロール (in 遺伝子情報処理への挑戦〜コンピュータとバイオのフュージョン)

共立出版 1994年
基生研におけるネットワーク利用環境について(inもっと知りたいデータ解析・論文投稿スライド作成)

羊士社 1994年
Control mechanism of genetic switch

1994年
Computer network environment of the NIBB

1994年
コンピュータによる配列解析〜IDEASへの招待〜(in 核酸・蛋白質の構造情報)(共著)

東京大学出版会 1989年

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

AI主導による選択的スプライシング制御エレメントの網羅的検出と実験的検証

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2026年4月 - 2029年3月

中井謙太, 片岡直行
精緻な細胞系譜と空間オミクスに基づく中枢神経系の細胞多様性創出機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2026年3月

日下部岳広, 鈴木穣, 中井謙太
転写制御領域の構築原理解明

科学技術振興機構知識インフラの構築/バイオインフォマティクス推進センター事業/創造的な生物・情報知識融合型の研究開発 2006年 - 2009年

中井謙太
微生物遺伝子の転写調節領域のコンピュータ解析
タンパク質の細胞内局在部位のアミノ酸配列からの予測
データベースと人工知能を用いたRNAスプライス部位選択に関する研究
Computer analyses of transcriptional regulatory regions of microbial genes
Prediction of protein. subcellular localization sites from their amino acid sequences
Searching for a strategy of RNA splice-site selection using database and artificial intelligence techniques

中井謙太

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学歴

論文

MISC

書籍等出版物

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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