日本原子力研究開発機構東濃地科学センターの瑞浪超深地層研究所(以下、研究所)では、研究所の研究坑道内に湧出した地下水(湧水)には自然由来のふっ素、ほう素が含まれており、地上の排水処理設備において放流先河川の環境基準が達成できる濃度まで除去した後に河川に放流している。排水処理技術は大規模地下施設の建設や維持管理におけるコスト低減の観点で重要な課題の一つであることから、ふっ素及びほう素の排水処理に関する最新の技術的知見を調査し、研究所の排水処理への適用可能性について検討を行った。その結果、ふっ素及びほう素を環境基準まで除去可能な技術は吸着法であることを確認した。しかし、研究所の湧水は天然の地下水を主体としているものの、掘削工事による浮遊物質(SS)の発生や坑道安定化のためにセメントを使用しているとともに、地下水中のふっ素とほう素の濃度の違いにより除去率が異なる等、一般的な工業排水等の処理と異なる点があるため、研究所の現行の排水処理方法である、前工程として凝集沈殿処理によるふっ素及びSSの除去やpH調整後に、ほう素を吸着法により除去する方法は適切であると判断された。大規模地下施設の建設・維持管理における坑内湧水の処理については、建設による水質の変動が想定されるため、その場所の地質や地下水の由来、溶存物質の把握とともに放流先水域の特徴も踏まえた上で、適用する処理技術の検討が必要である。