堤璃水 (Rio Tsutsumi) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学高等研究院ヒト生物学高等研究拠点(ASHBi) 特定助教

研究者番号: 60876241
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0001-9473-3923
J-GLOBAL ID: 202401009233944079
researchmap会員ID: R000062166

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 発生生物学 /

経歴

2022年4月 - 現在

京都大学, ヒト生物学高等研究拠点(ASHBi), 特定助教
2019年11月 - 2021年3月

京都大学, ヒト生物学高等研究拠点(ASHBi), 特別研究員
2015年10月 - 2019年8月

University of California, San Diego, Division of Biological Sciences, 研究員
2015年5月 - 2016年3月

独立行政法人日本学術振興会, 学振特別研究員(PD)
2015年5月 - 2015年10月

京都大学, 大学院理学研究科, 学振特別研究員(PD)

学歴

2012年4月 - 2015年5月

京都大学, 大学院理学研究科, 生物科学専攻
2010年4月 - 2012年3月

京都大学, 大学院理学研究科, 生物科学専攻
2006年4月 - 2010年3月

京都大学, 理学部

受賞

2025年9月

Young Researcher Poster Award, Emergent Tissue Morphogenesis in Limb Development: A Synergy of 2.5D, 3D Cultures and Mathematical Modeling, International Symposium on Multimodal ECM −Toward Elucidating ECM Dynamics−

Rio Tsutsumi, Steffen Plunder, Antoine Diez, Ryuichi Kimura, Shinya Oki, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Mototsugu Eiraku
2024年11月

Oral presentation prize, Decoding a dynamic cellular algorithm for the emergence of limb morphology using organoid model, EMBO/CoB Workshop

Rio Tsutsumi
2021年4月

The ISSCR Zhongmei Chen Yong Award for Scientific Excellence, Modeling limb skeletogenesis in organoid culture derived from mouse embryonic Limb bud and human ES cells, ISSCR

Rio Tsutsumi
2017年3月

Postdoc Poster Award at SDB West Coast Regional Meeting, Cellular mechanisms of evolutionary loss of foot muscles in three-toed jerboa (Jaculus jaculus), SDB West Coast Regional Meeting

Rio Tsutsumi

論文

Mechanochemical instabilities drive digit morphogenesis in organoids

Rio Tsutsumi, Antoine Diez, Steffen Plunder, Ryuichi Kimura, Oki Shinya, Kaori Takizawa, Rei Nakano, Haruhiko Akiyama, Ritsuko Takada, Shinji Takada …

2025年9月4日
How might we build limbs in vitro informed by the modular aspects and tissue-dependency in limb development?

Rio Tsutsumi, Mototsugu Eiraku

Frontiers in cell and developmental biology 11 1135784-1135784 2023年査読有り筆頭著者責任著者
Maturating Articular Cartilage Can Induce Ectopic Joint-Like Structures in Neonatal Mice

Shinichirou Miura, Rio Tsutsumi, Kiyokazu Agata, Tetsuya Endo

Regenerative Engineering and Translational Medicine 6(4) 373-382 2020年12月査読有り
Convergent metatarsal fusion in jerboas and chickens is mediated by similarities and differences in the patterns of osteoblast and osteoclast activities.

Haydee L Gutierrez, Rio Tsutsumi, Talia Y Moore, Kimberly L Cooper

Evolution & development 21(6) 320-329 2019年11月査読有り筆頭著者
Evolutionary loss of foot muscle during development with characteristics of atrophy and no evidence of cell death.

Mai P Tran, Rio Tsutsumi, Joel M Erberich, Kevin D Chen, Michelle D Flores, Kimberly L Cooper

eLife 8 2019年10月15日査読有り
Changing While Staying the Same: Preservation of Structural Continuity During Limb Evolution by Developmental Integration.

Rio Tsutsumi, Mai P Tran, Kimberly L Cooper

Integrative and comparative biology 57(6) 1269-1280 2017年12月1日筆頭著者
Functional joint regeneration is achieved using reintegration mechanism in Xenopus laevis.

Rio Tsutsumi, Shigehito Yamada, Kiyokazu Agata

Regeneration (Oxford, England) 3(1) 26-38 2016年2月査読有り筆頭著者責任著者
Epigenetic modification maintains intrinsic limb-cell identity in Xenopus limb bud regeneration.

Shinichi Hayashi, Akane Kawaguchi, Ikuo Uchiyama, Aiko Kawasumi-Kita, Takuya Kobayashi, Hiroyo Nishide, Rio Tsutsumi, Kazuhiko Tsuru, Takeshi Inoue, Hajime Ogino …

Developmental biology 406(2) 271-82 2015年10月15日査読有り
Reintegration of the regenerated and the remaining tissues during joint regeneration in the newt Cynops pyrrhogaster.

Rio Tsutsumi, Takeshi Inoue, Shigehito Yamada, Kiyokazu Agata

Regeneration (Oxford, England) 2(1) 26-36 2015年2月1日査読有り筆頭著者責任著者
Lens regenerates by means of similar processes and timeline in adults and larvae of the newt Cynops pyrrhogaster.

Takeshi Inoue, Ryo Inoue, Rio Tsutsumi, Kikuo Tada, Yuko Urata, Chiaki Michibayashi, Shota Takemura, Kiyokazu Agata

Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists 241(10) 1575-83 2012年10月査読有り

書籍等出版物

ギルバート発生生物学第2版

阿形清和, 高橋淑子 (担当:共訳, 範囲:第21章四肢動物の肢の発生)

メディカル・サイエンス・インターナショナル 2025年3月31日 (ISBN: 4815731268)
医用工学ハンドブック

堤璃水, 永樂元次 (担当:分担執筆, 範囲:幹細胞からのオルガノイド形成とその生物学的背景)

エヌ・ティー・エス 2022年2月 (ISBN: 9784860437350)
ギルバート発生生物学

阿形, 清和, 高橋, 淑子 (担当:共訳, 範囲:第14章四肢動物の肢の発生) (原著:スコットギルバート)

メディカル・サイエンス・インターナショナル 2015年3月 (ISBN: 9784895928052)

講演・口頭発表等

Digit Morphogenesis Emerges from Self-Organizing Limb Mesenchyme Organoids

Rio Tsutsumi, Antoine N. Diez, Steffen Plunder, Yusuke Hamazaki, Ryuichi Kimura, Shinya, Oki, Kaori Takizawa, Minami Hashimoto, Rei Nakano, Haruhiko Akiyama, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Marco Musy, James Sharpe, Mototsugu Eiraku

The 59th Annual meeting of JSDB 2026年6月12日
Self-organized mechano-chemical instabilities drive the emergence of tissue morphogenesis in “digit organoids”.

Rio Tsutsumi, Antoine Diez, Steffen Plunder, Ryuichi Kimura, Shinya, Oki, Haruhiko Akiyama, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Marco Musy, James Sharpe, Mototsugu Eiraku

EMBO Workshop: Limb development and regeneration: quantitative, ecological, and diversification studies 2026年3月25日招待有り
Emergent Tissue Morphogenesis in Limb Development: A Synergy of digit organoids and Mathematical Modeling

Rio Tsutsumi

ASHBi Retreat 2026 2026年2月13日
From cell behaviors to tissue dynamics: modeling digit emergence as fingering instability in limb mesenchyme organoids

Tsutsumi Rio, Antoine Diez, Steffen Plunder, Yusuke Hamazaki, Ryuichi Kimura, Shiya Oki, Kaori Takizawa, Marco Musy, Haruhiko Akiyama, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Mototsugu Eiraku

The 12th Takeda Science Foundation Symposium on PharmaSciences: ORGANOID 4D: Development, Disease, Diversity and Discovery 2026年1月23日
細胞たちが手の形を作るということについて、真剣に向き合った話

Rio Tsutsumi, Antoine N. Diez, Steffen Plunder, Ryuichi Kimura, Shinya, Oki, Kaori Takizawa, Minami Hashimoto, Rei Nakano, Haruhiko Akiyama, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Marco Musy, James Sharpe, Mototsugu Eiraku

Scienc-ome 2025年12月3日 Scienc-ome 招待有り
Digit organoid and mathematical models determine the sufficient conditions for the emergence of fingers driven by fingering instabilities

Rio Tsutsumi, Steffen Plunder, Antoine Diez, Ryuichi Kimura, Shinya Oki, Haruhiko Akiyama, Mii Yusuke, Takada Ritsuko, Takada Shinji, Mototsugu Eiraku

Lime Retreat 2025年10月14日 LiMe, Kyoto University
The emergence of tissue morphogenesis in digit organoids is driven by self-organized fingering instabilities

2025 多細胞CREST若手の会 2025年9月10日 CREST [多細胞]
Emergent Tissue Morphogenesis in Limb Development: A Synergy of 2.5D, 3D Cultures and Mathematical Modeling

Rio Tsutsumi, Steffen Plunder, Antoine Diez, Ryuichi Kimura, Shinya Oki, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Mototsugu Eiraku

The International Symposium on Multimodal ECM 2025年9月3日 Multimodal ECM Transformative Research Area (A)
Emergent Tissue Morphogenesis in Limb Development: A Synergy of 2.5D, 3D Cultures and Mathematical Modeling

Rio Tsutsumi, Steffen Plunder, Antoine Diez, Ryuichi Kimura, Shinya Oki, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Mototsugu Eiraku

Multimodal ECM Transformative Research Area (A) 4th Group Meeting 2025年9月1日 Multimodal ECM Transformative Research Area (A)
Digit organoid and mathematical models determine the sufficient conditions for the emergence of fingers driven by fingering instabilities

Rio Tsutsumi, Steffen Plunder, Antoine Diez, Ryuichi Kimura, Shinya Oki, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Mototsugu Eiraku

The Joint Meeting of JSCB 77th and JSDB 58th. 2025年7月17日 JSDB/JSCB
Limb digit organoids and mathematical model reveal a novel principle of the emergence of tissue morphologies

Rio Tsutsumi, Plunder Steffen, Antoine N. Diez, Ryuichi Kimura, Shinya Oki, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Mototsugu Eiraku

ISSCR 2025 Annual Meeting 2025年6月13日 ISSCR
Emergent Tissue Morphogenesis in Limb Development: A Synergy of 2.5D, 3D Cultures and Mathematical Modeling

Rio Tsutsumi, Steffen Plunder, Antoine Diez, Ryuichi Kimura, Shinya Oki, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Mototsugu Eiraku

2025 RIKEN BDR-CuSTOM Joint Organoid Symposium “Integrated organoid science: Stem cells, Engineering, Medicine" 2025年3月7日 Riken BDR
Emergent Tissue Morphogenesis in Limb Development: A Synergy of 2.5D, 3D Cultures and Mathematical Modeling

Rio Tsutsumi, Steffen Plunder, Antoine Diez, Ryuichi Kimura, Shinya Oki, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Mototsugu Eiraku

RIKEN BDR Symposium 2025 “Towards Redesigning Lifecycles" 2025年3月3日 Riken BDR
Decoding a dynamic cellular algorithm for the emergence of digits in limb organoid

Rio Tsutsumi, Steffen Plunder, Antoine Diez, Ryuichi Kimura, Shinya Oki, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Mototsugu Eiraku

ASHBi Retreat 2025 2025年2月1日 ASHBi
Decoding a dynamic cellular algorithm for the emergence of limb morphology using organoid model

Rio Tsutsumi, Steffen Plunder, Antoine Diez, Ryuichi Kimura, Shinya Oki, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Mototsugu Eiraku

EMBO | The Company of Biologists Workshop "Molecular mechanisms of developmental and regenerative biology" 2024年11月7日 EMBO|CoB
Decoding a dynamic cellular algorithm for the emergence of limb morphology using organoid model

Rio Tsutsumi, Steffen Plunder, Antoine Diez, Ryuichi Kimura, Shinya Oki, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Marco Musy, James Sharpe, Mototsugu Eiraku

Society for Developmental Biology 83rd Annual Meeting 2024年7月17日 Society of Developmental Biology
Decoding limb morphogenesis using organoids and stem cells

Rio Tsutsumi, Steffen Plunder, Antoine Diez, Ryuichi Kimura, Shinya Oki, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Marco Musy, James Sharpe, Mototsugu Eiraku

Seminar at Stanford University 2024年7月11日 Hiromitsu Nakauchi 招待有り
Decoding a dynamic cellular algorithm for the emergence of limb morphology using organoid model

Rio Tsutsumi, Steffen Plunder, Antoine Diez, Ryuichi Kimura, Shinya Oki, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Marco Musy, James Sharpe, Mototsugu Eiraku

PDN ectopic seminar 2024年7月5日 Alberto Rosello-Diez 招待有り
Decoding a dynamic cellular algorithm for the emergence of limb morphology using organoid model

Rio Tsutsumi, Steffen Plunder, Antoine Diez, Ryuichi Kimura, Shinya Oki, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Marco Musy, James Sharpe, Mototsugu Eiraku

The 57th Annual meeting of JSDB 2024年6月20日 JSDB
Decoding a dynamic cellular algorithm for the emergence of limb morphology using organoid model

Rio Tsutsumi, Steffen Plunder, Antoine Diez, Ryuichi Kimura, Shinya Oki, Yusuke Mii, Ritsuko Takada, Shinji Takada, Marco Musy, James Sharpe, Mototsugu Eiraku

International symposium on Mechanical control of biological self-organization 2024年6月17日

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担当経験のある科目(授業)

2026年3月 - 2026年3月

講演於・清風南海高校ASHBi研修 (ASHBi/清風南海高校)
2022年11月 - 2022年11月

ASHBi-MIP 英語プレゼンテーション演習会 (京都大学 ASHBi-メディカルイノベーション大学院プログラム(MIP))
2020年10月 - 2020年10月

大学院教育コース「再生医療・臓器再建医学コース」 (京都大学大学院医学研究科)

所属学協会

2020年6月 - 現在

International Society for Stem Cell Research
2020年6月 - 現在

The Society of Developmental Biology
2010年6月 - 現在

日本発生生物学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

間充織組織を自在に設計可能な細胞プログラム

JST 戦略的創造研究推進事業(さきがけ) 「多細胞動態の理解と制御による超生体組織の創出」 2025年10月 - 2029年3月
Generating organoids and inter-species chimeras to decode the control of limb morphology and size\

The Royal Society ISPF - International Collaboration Awards 2024 Round 2 (Japan) 2025年2月 - 2027年1月

Alberto Rosello Diez
肢オルガノイドを用いた軟骨形態形成・成長の再構成とその細胞基盤の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2022年4月 - 2025年3月

堤璃水
ヒト四肢オルガノイドを用いた種間・部位特異的な骨成長メカニズムの研究

日本学術振興会科学研究費助成事業研究活動スタート支援 2020年9月 - 2022年3月

堤璃水
イモリを用いた四肢再生過程における関節形成機構の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2014年4月 - 2016年3月

堤璃水

堤璃水

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研究分野

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受賞

論文

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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