中岡慎冶 (Shinji Nakaoka) - マイポータル

基本情報

所属: 北海道大学大学院先端生命科学研究院先端融合科学研究部門教授
: 独立行政法人理化学研究所数理創造研究センター客員研究員
: 早稲田大学ナノ・ライフ創新研究機構客員上級研究員

学位: 博士（理学）(静岡大学)

研究者番号: 30512040
J-GLOBAL ID: 201401084616735532
researchmap会員ID: B000241460

外部リンク: http://petadimension.org/

Publications
http://scholar.google.co.jp/citations?user=U8IgYzMAAAAJ&hl=ja

研究キーワード

研究分野

経歴

2025年3月 - 現在

北海道大学, 大学院先端生命科学研究院先端融合科学研究部門, 教授
2020年3月 - 2025年2月

北海道大学, 大学院先端生命科学研究院数理生物学教室, 准教授
2018年8月 - 2020年2月

北海道大学, 大学院先端生命科学研究院数理生物学教室, 特任講師
2016年 - 2018年

科学技術振興機構, さきがけ, 専任研究員
2016年 - 2016年

東京大学, 生産技術研究所, 特任助教
2014年 - 2016年

東京大学大学院, 医学系研究科, 助教
2013年 - 2014年

理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 上級研究員
2011年 - 2013年

理化学研究所, 免疫アレルギー科学総合研究センター, 上級研究員
2013年

独立行政法人理化学研究所, 研究員
2011年 - 2011年

科学技術振興機構, FIRST 合原複雑数理モデルプロジェクト, 研究員
2008年 - 2011年

日本学術振興会, 特別研究員, PD
2007年 - 2008年

科学技術振興機構, ERATO 合原複雑数理モデルプロジェクト, 研究員

学歴

2004年 - 2007年

静岡大学大学院, 理工学研究科, システム科学専攻
2002年 - 2004年

大阪府立大学大学院, 工学研究科, 数理情報学専攻(数理工学分野)
1998年 - 2002年

大阪府立大学, 工学部, 数理工学科
1995年 - 1998年

大阪府立三国丘高校

委員歴

2017年 - 2018年

日本数理生物学会, 事務局

受賞

2009年9月

若手研究奨励賞, 日本数理生物学会

中岡慎冶

論文

Modeling alternative strategies of male emergence timing.

Hidaka Kubo, Shinji Nakaoka, Ryo Yamaguchi

Journal of theoretical biology 612 112214-112214 2025年9月7日
Machine learning based characterization of high risk carriers of HTLV-1-associated myelopathy (HAM).

Md Ishtiak Rashid, Junya Sunagawa, Akari Matsuki, Asami Yamada, Toshiki Watanabe, Masako Iwanaga, Ki-Ryang Koh, Takafumi Shichijo, Masao Matsuoka, Jun-Ichirou Yasunaga …

Scientific reports 15(1) 25111-25111 2025年7月11日
Causal interactions among phytoplankton and Pseudo-nitzschia species revealed by empirical dynamic modelling

Ishara Uhanie Perera, So Fujiyoshi, Daiki Kumakura, Carolina Medel, Kyoko Yarimizu, Oscar Espinoza-González, Leonardo Guzmán, Shinji Nakaoka, Felipe Tucca, Alexander Jaramillo-Torres …

Marine Pollution Bulletin 211 117432-117432 2025年2月
Sucrose-preferring gut microbes prevent host obesity by producing exopolysaccharides

Hidenori Shimizu, Junki Miyamoto, Keiko Hisa, Ryuji Ohue-Kitano, Hiromi Takada, Mayu Yamano, Akari Nishida, Daiki Sasahara, Yuki Masujima, Keita Watanabe …

Nature Communications 16(1) 1145-1145 2025年1月29日
Prediction of cccDNA dynamics in hepatitis B patients by a combination of serum surrogate markers

Kwang Su Kim, Masashi Iwamoto, Kosaku Kitagawa, Hyeongki Park, Sanae Hayashi, Senko Tsukuda, Takeshi Matsui, Masanori Atsukawa, Kentaro Matsuura, Natthaya Chuaypen …

PLOS Computational Biology 21(1) e1012615-e1012615 2025年1月9日
Association between oral frailty and Prevotella percentage in the oral microbiota of community-dwelling older adults who participated in the CHEER Iwamizawa project, Japan.

Chizuru Kimura, Kazuhito Miura, Yutaka Watanabe, Haruhisa Baba, Kimiya Ozaki, Akira Hasebe, Tokiyoshi Ayabe, Kiminori Nakamura, Shinji Nakaoka, Katsuhiko Ogasawara …

Journal of oral rehabilitation 51(9) 1721-1729 2024年6月8日
Multiscale modeling of HBV infection integrating intra- and intercellular viral propagation to analyze extracellular viral markers

Kosaku Kitagawa, Kwang Su Kim, Masashi Iwamoto, Sanae Hayashi, Hyeongki Park, Takara Nishiyama, Naotoshi Nakamura, Yasuhisa Fujita, Shinji Nakaoka, Kazuyuki Aihara …

PLOS Computational Biology 20(3) e1011238-e1011238 2024年3月11日
An energy landscape approach reveals the potential key bacteria contributing to the development of inflammatory bowel disease.

Kaiyang Zhang, Shinji Nakaoka

PloS one 19(6) e0302151 2024年
Anti-HTLV-1 immunity combined with proviral load as predictive biomarkers for adult T-cell leukemia-lymphoma.

Asami Yamada, Jun-Ichirou Yasunaga, Lihan Liang, Wenyi Zhang, Junya Sunagawa, Shinji Nakaoka, Shingo Iwami, Yasunori Kogure, Yuta Ito, Keisuke Kataoka …

Cancer science 115(1) 310-320 2023年11月10日
Disentangling the growth curve of microbial culture

Daiki Kumakura, Ryo Yamaguchi, Akane Hara, Shinji Nakaoka

Journal of Theoretical Biology 573 111597-111597 2023年8月
Comparison of RNA-Seq analysis data between tracheal mite-infested and uninfested Japanese honey bees (Apis cerana japonica).

Akihiko Suzuki, Masaki Kamakura, Takuya Shiramata, Shinji Nakaoka, Yoshiko Sakamoto

BMC research notes 16(1) 122-122 2023年6月26日
岩見沢市母子健康調査(SMILE Iwamizawa)における妊娠期から出産後の母体腸内細菌叢解析

和泉裕久, 両角麻衣, 田畑風華, 川上智美, 武田安弘, 宮地一裕, 中村公則, 綾部時芳, 中岡慎治, 相沢智康 …

腸内細菌学雑誌 37(2) 122-122 2023年4月
岩見沢市母子健康調査(SMILE Iwamizawa)における乳児の腸内細菌叢解析

両角麻衣, 和泉裕久, 田畑風華, 川上智美, 武田安弘, 宮地一裕, 中村公則, 綾部時芳, 中岡慎治, 相沢智康 …

腸内細菌学雑誌 37(2) 123-123 2023年4月
Data mining for prediction and interpretation of bacterial population behavior in food

Junpei Hosoe, Junya Sunagawa, Shinji Nakaoka, Shige Koseki, Kento Koyama

Frontiers in Food Science and Technology 2 2022年12月15日
COVID-19-related stress, exercise, and oral health-related quality of life among community-dwelling older adults who participated in the CHEER Iwamizawa project, Japan.

Kazuhito Miura, Yutaka Watanabe, Haruhisa Baba, Kimiya Ozaki, Takae Matsushita, Miyako Kondoh, Kazutaka Okada, Shinji Nakaoka, Katsuhiko Ogasawara, Teppei Suzuki …

Scientific reports 12(1) 20347-20347 2022年11月27日査読有り
Evolving neural networks through bio-inspired parent selection in dynamic environments.

Junya Sunagawa, Ryo Yamaguchi, Shinji Nakaoka

Bio Systems 218 104686-104686 2022年5月4日
Analysis of the Pancreatic Cancer Microbiome Using Endoscopic Ultrasound-Guided Fine-Needle Aspiration-Derived Samples.

Shintaro Nakano, Yasuyuki Kawamoto, Yoshito Komatsu, Rika Saito, Ken Ito, Takahiro Yamamura, Kazuaki Harada, Satoshi Yuki, Kazumichi Kawakubo, Ryo Sugiura …

Pancreas 51(4) 351-357 2022年4月1日
Antithetic effect of interferon-α on cell-free and cell-to-cell HIV-1 infection.

Ryuichi Kumata, Shoya Iwanami, Katrina B Mar, Yusuke Kakizoe, Naoko Misawa, Shinji Nakaoka, Yoshio Koyanagi, Alan S Perelson, John W Schoggins, Shingo Iwami …

PLoS computational biology 18(4) e1010053 2022年4月
Oral frailty and carriage of oral Candida in community-dwelling older adults (Check-up to discover Health with Energy for senior Residents in Iwamizawa; CHEER Iwamizawa).

Haruhisa Baba, Yutaka Watanabe, Kazuhito Miura, Kimiya Ozaki, Takae Matsushita, Miyako Kondoh, Kazutaka Okada, Akira Hasebe, Tokiyoshi Ayabe, Kiminori Nakamura …

Gerodontology 39(1) 49-58 2022年3月
Chemical-Mediated Microbial Interactions Can Reduce the Effectiveness of Time-Series-Based Inference of Ecological Interaction Networks.

Kenta Suzuki, Masato S Abe, Daiki Kumakura, Shinji Nakaoka, Fuki Fujiwara, Hirokuni Miyamoto, Teruno Nakaguma, Mashiro Okada, Kengo Sakurai, Shohei Shimizu …

International journal of environmental research and public health 19(3) 2022年1月22日