望月孝子 (Takako Mochizuki) - マイポータル

基本情報

所属: 国立遺伝学研究所大量遺伝情報研究室特任研究員

学位: 修士 (学術)

J-GLOBAL ID: 201301085889431322
researchmap会員ID: B000232276

研究分野

論文

Best Practices for Comprehensive Annotation of Neuropeptides of Gryllus bimaculatus

Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Hitomi Seike, Zhen Zhu, Yi Jun Zhou, Keisuke Fukumura, Shinji Nagata, Yasukazu Nakamura

Insects 14(2) 121-121 2023年1月25日査読有り
A highly contiguous genome assembly of red perilla (Perilla frutescens) domesticated in Japan

Keita Tamura, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Takako Mochizuki, Shuji Matsushita, Yoshihiro Kato, Takeshi Ishikawa, Keisuke Okuhara, Yasukazu Nakamura, Hidemasa Bono

2022年9月16日
MarpolBase Expression: A Web-based, Comprehensive Platform for Visualization and Analysis of Transcriptomes in the Liverwort Marchantia polymorpha

Shogo Kawamura, Facundo Romani, Masaru Yagura, Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Shohei Yamaoka, Ryuichi Nishihama, Yasukazu Nakamura, Katsuyuki T Yamato, John L Bowman, Takayuki Kohchi, Yasuhiro Tanizawa

Plant and Cell Physiology 2022年9月9日
Genome evolution of a nonparasitic secondary heterotroph, the diatom Nitzschia putrida.

Ryoma Kamikawa, Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Takuro Nakayama, Ryo Onuma, Ugo Cenci, Daniel Moog, Samuel Speak, Krisztina Sarkozi, Andrew Toseland, Cock van Oosterhout, Kaori Oyama, Misako Kato, Keitaro Kume, Motoki Kayama, Tomonori Azuma, Ken-Ichiro Ishii, Hideaki Miyashita, Bernard Henrissat, Vincent Lombard, Joe Win, Sophien Kamoun, Yuichiro Kashiyama, Shigeki Mayama, Shin-Ya Miyagishima, Goro Tanifuji, Thomas Mock, Yasukazu Nakamura

Science advances 8(17) eabi5075 2022年4月29日
Identification of the sex-determining factor in the liverwort Marchantia polymorpha reveals unique evolution of sex chromosomes in a haploid system

31(24) 5522-5532.e7 2021年12月
Chromatin Organization in Early Land Plants Reveals an Ancestral Association between H3K27me3, Transposons, and Constitutive Heterochromatin.

Sean A Montgomery, Yasuhiro Tanizawa, Bence Galik, Nan Wang, Tasuku Ito, Takako Mochizuki, Svetlana Akimcheva, John L Bowman, Valérie Cognat, Laurence Maréchal-Drouard, Heinz Ekker, Syuan-Fei Hong, Takayuki Kohchi, Shih-Shun Lin, Li-Yu Daisy Liu, Yasukazu Nakamura, Lia R Valeeva, Eugene V Shakirov, Dorothy E Shippen, Wei-Lun Wei, Masaru Yagura, Shohei Yamaoka, Katsuyuki T Yamato, Chang Liu, Frédéric Berger

Current biology : CB 30(4) 573-588 2020年1月24日査読有り
DNApod: DNA polymorphism annotation database from next-generation sequence read archives.

Takako Mochizuki, Yasuhiro Tanizawa, Takatomo Fujisawa, Tazro Ohta, Naruo Nikoh, Tokurou Shimizu, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Nori Kurata, Hideki Nagasaki, Eli Kaminuma, Yasukazu Nakamura

PloS one 12(2) e0172269 2017年査読有り
Draft Sequencing of the Heterozygous Diploid Genome of Satsuma (Citrus unshiu Marc.) Using a Hybrid Assembly Approach.

Shimizu T, Tanizawa Y, Mochizuki T, Nagasaki H, Yoshioka T, Toyoda A, Fujiyama A, Kaminuma E, Nakamura Y

Frontiers in genetics 8 180-180 2017年査読有り
A genomic approach to selecting robust and versatile SNP sets from next-generation sequencing data for genome-wide association study in citrus cultivars

T. Shimizu, E. Kaminuma, K. Nonaka, T. Yoshioka, S. Goto, T. Matsumoto, Y. Katayose, T. Mochizuki, Y. Tanizawa, A. Toyoda, A. Fujiyama, Y. Nakamura

Acta Horticulturae 1135 23-32 2016年7月1日査読有り
Hybrid Origins of Citrus Varieties Inferred from DNA Marker Analysis of Nuclear and Organelle Genomes.

Shimizu T, Kitajima A, Nonaka K, Yoshioka T, Ohta S, Goto S, Toyoda A, Fujiyama A, Mochizuki T, Nagasaki H, Kaminuma E, Nakamura Y

PloS one 11(11) e0166969 2016年査読有り
OryzaGenome: Genome Diversity Database of Wild Oryza Species.

Hajime Ohyanagi, Toshinobu Ebata, Xuehui Huang, Hao Gong, Masahiro Fujita, Takako Mochizuki, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Eli Kaminuma, Yasukazu Nakamura, Qi Feng, Zi-Xuan Wang, Bin Han, Nori Kurata

Plant & cell physiology 57(1) e1 2016年1月査読有り
Global expression differences and tissue specific expression differences in rice evolution result in two contrasting types of differentially expressed genes.

Youko Horiuchi, Yoshiaki Harushima, Hironori Fujisawa, Takako Mochizuki, Masahiro Fujita, Hajime Ohyanagi, Nori Kurata

BMC genomics 16 1099-1099 2015年12月23日査読有り
遺伝研スパコンとコマンドラインでのNGSデータ使い倒し講座

神沼英里, 望月孝子, 門田有希, 小林正明, 大柳一, 矢野健太郎

育種学研究 17(2) 88-93 2015年
Draft Genome Sequence of Lactobacillus oryzae Strain SG293T.

Yasuhiro Tanizawa, Takatomo Fujisawa, Takako Mochizuki, Eli Kaminuma, Yasukazu Nakamura, Masanori Tohno

Genome announcements 2(4) 2014年8月28日査読有り
Draft Genome Sequence of Weissella oryzae SG25T, Isolated from Fermented Rice Grains.

Yasuhiro Tanizawa, Takatomo Fujisawa, Takako Mochizuki, Eli Kaminuma, Yutaka Suzuki, Yasukazu Nakamura, Masanori Tohno

Genome announcements 2(4) 2014年7月10日査読有り
DDBJ read annotation pipeline: a cloud computing-based pipeline for high-throughput analysis of next-generation sequencing data.

Hideki Nagasaki, Takako Mochizuki, Yuichi Kodama, Satoshi Saruhashi, Shota Morizaki, Hideaki Sugawara, Hajime Ohyanagi, Nori Kurata, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi, Eli Kaminuma, Yasukazu Nakamura

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 20(4) 383-90 2013年8月査読有り
Diversification and Evolution of two subspecies of Oryza sativa and three wild accessions of Oryza rufipogon

OHYANAGI Hajime, NAGASAKI Hideki, NAGATA Toshifumi, MOCHIZUKI Takako, KAMINUMA Eli, NAKAMURA Yasukazu, TAKESHITA Sayumi, AIZU Tomoyuki, TOYODA Atsushi, FUJIYAMA Asao, ZHAO Qiang, HAN Bin, KURATA Nori

Genes & Genetic Systems 86(6) 386-386 2011年12月査読有り
OryzaExpress: An Integrated Database of Gene Expression Networks and Omics Annotations in Rice

Kazuki Hamada, Kohei Hongo, Keita Suwabe, Akifumi Shimizu, Taishi Nagayama, Reina Abe, Shunsuke Kikuchi, Naoki Yamamoto, Takaaki Fujii, Koji Yokoyama, Hiroko Tsuchida, Kazumi Sano, Takako Mochizuki, Nobuhiko Oki, Youko Horiuchi, Masahiro Fujita, Masao Watanabe, Makoto Matsuoka, Nori Kurata, Kentaro Yano

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 52(2) 220-229 2011年2月査読有り
Rice Expression Atlas In Reproductive Development

Masahiro Fujita, Youko Horiuchi, Yayoi Ueda, Yoko Mizuta, Takahiko Kubo, Kentaro Yano, Shinichiro Yamaki, Katsutoshi Tsuda, Toshifumi Nagata, Mitsuru Niihama, Hirotaka Kato, Shunsuke Kikuchi, Kazuki Hamada, Takako Mochizuki, Takeshi Ishimizu, Hiroaki Iwai, Nobuhiro Tsutsumi, Nori Kurata

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 51(12) 2060-2081 2010年12月査読有り
A simple optimization can improve the performance of single feature polymorphism detection by Affymetrix expression arrays

Youko Horiuchi, Yoshiaki Harushima, Hironori Fujisawa, Takako Mochizuki, Masanori Kawakita, Takayuki Sakaguchi, Nori Kurata

BMC GENOMICS 11 315 2010年5月査読有り

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MISC

集団遺伝学のモデル菌類としてのスエヒロタケのゲノム解析

松前ひろみ, 坂本美佳, 小木曽映里, 須藤恵美, クリュコフキリル, 望月孝子, 谷澤靖洋, 今西規, 今西規, 豊田敦, 中村保一, 亀井克彦, 細矢剛

日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 24th 2022年
ゲノム進化のモデル生物と疾患の解明を目指すスエヒロタケの全ゲノム解析

松前ひろみ, 坂本美佳, 小木曽映里, 須藤恵美, KRYUKOV K., 望月孝子, 谷澤靖洋, 今西規, 今西規, 豊田敦, 中村保一, 亀井克彦, 細矢剛

日本菌学会大会講演要旨集 66th 2022年
様々なヘテロ接合度の生物を用いたハプロイドセット構築のためのゲノムアセンブリ手法の評価

望月孝子, 坂本美佳, 谷澤靖洋, 中山卓郎, 谷藤吾朗, 神川龍馬, 中村保一

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
珪藻のゲノム解析支援:Nitzschia sp.PL1-4株のゲノムアセンブリ

望月孝子, 坂本美佳, 谷澤靖洋, 矢倉勝, 中山卓郎, 谷藤吾朗, 神川龍馬, 中村保一

日本植物生理学会年会(Web) 62nd 2021年
ユーストマの全ゲノム解読とDNAマーカー開発

川勝恭子, 豊田敦, 永野惇, 川勝泰二, 中野善公, 今村仁, 福田直子, 久松完, 山口博康, 望月孝子, 谷澤靖洋, 坂本美佳, 中村保一

育種学研究 23 2021年
Marpolbase:ゼニゴケのための遺伝子情報および発現量データベースの開発

谷澤靖洋, 川村昇吾, 矢倉勝, 望月孝子, 坂本美佳, 山岡尚平, 西浜竜一, 大和勝幸, 河内孝之, LIU Chang, BERGER Frederic, 中村保一

日本植物生理学会年会(Web) 62nd 2021年
ゼニゴケ・高密度な実験情報の集約によるモデル植物化の加速

中村保一, 谷澤靖洋, 望月孝子, 矢倉勝, 坂本美佳, 大和勝幸, 上田貴志, 金澤健彦, 西浜竜一, 山岡尚平, 河内孝之

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 37th 2019年
Genome analysis for the liverwort Marchantia polymorpha and the diatom Nitzschia sp. NIES4239

MOCHIZUKI Takako, TANIZAWA Yasuhiro, YAMAOKA Shohei, NISHIHAMA Ryuichi, KANAZAWA Takehiko, MONTGOMERY Sean A, LIU Chang, GALIK Bence, BERGER Frederic, UEDA Takashi, YAMATO Katsuyuki T, KOHCHI Takayuki, TANIFUJI Goro, KAMIKAWA Ryoma, NAKAMURA Yasukazu

日本植物生理学会年会(Web) 60th 896 (WEB ONLY) 2019年
ウンシュウミカンの全配列解読と遺伝子機能の予測

清水徳朗, 谷澤靖洋, 望月孝子, 長崎英樹, 長崎英樹, 吉岡照高, 豊田敦, 藤山秋佐夫, 神沼英里, 中村保一

農研機構果樹茶業研究部門成果情報(Web) 2017 2017年
全ゲノム配列解読によるウンシュウミカン系統間変異の検出とDNAマーカー化

清水徳朗, 吉岡照高, 太田智, 喜多正幸, 望月孝子, 谷澤靖洋, 神沼英理, 中村保一

園芸学研究別冊 15(2) 87 2016年9月10日
カンキツの高密度連鎖地図の構築と参照ゲノム配列との比較

清水徳朗, 神沼英里, 野中圭介, 吉岡照高, 後藤新悟, 松本敏美, 片寄裕一, 望月孝子, 谷澤靖洋, 豊田敦, 藤山秋佐夫, 中村保一

育種学研究 18 68 2016年3月21日
DNApod:NGS公共データ由来のDNA多型と形質データとの統合に向けて

望月孝子, 谷澤靖洋, 藤澤貴智, 二河成男, 清水徳朗, 豊田敦, 豊田敦, 藤山秋佐夫, 藤山秋佐夫, 藤山秋佐夫, 倉田のり, 倉田のり, 長崎英樹, 神沼英里, 神沼英里, 中村保一, 中村保一

育種学研究 18 234 2016年3月21日
DNApod:ワークフローの仮想マシン化とGenotype Imputation

望月孝子, 鐘ケ江弘美, 谷澤靖洋, 藤澤貴智, 二河成男, 清水徳朗, 豊田敦, 藤山秋佐夫, 藤山秋佐夫, 倉田のり, 長崎英樹, 岩田洋佳, 神沼英里, 中村保一

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 39th ROMBUNNO.3P‐0879 (WEB ONLY) 2016年
Perl講習会

小林正明, 門田有希, 望月孝子, 工藤徹, 寺島伸, 中村幸乃, 中村保一, 矢野健太郎

育種学研究 18(1) 27-33 2016年
ソルガムリファレンスパネルの全ゲノム配列を利用した遺伝子型予測

鐘ケ江弘美, 望月孝子, 神沼英里, 南川舞, 小林正明, 豊島裕美, 大柳一, 高梨秀樹, 永野惇, 徳永毅, 佐塚隆志, 矢野健太郎, 中村保一, 堤伸浩, 岩田洋佳

育種学研究 17 43 2015年3月21日
ソルガムのHapMapの構築とゲノム育種への利用

鐘ケ江弘美, 望月孝子, 神沼英里, 南川舞, 小林正明, 豊島裕美, 大柳一, 高梨秀樹, 永野惇, 徳永毅, 佐塚隆志, 矢野健太郎, 中村保一, 堤伸浩, 岩田洋佳

育種学研究 16 32 2014年9月26日
寒冷地のサイレージより単離したLactobacillus hokkaidonensisのPacBioシーケンスによる全ゲノム解析

谷沢靖洋, 遠野雅徳, 藤澤貴智, 望月孝子, 神沼英里, 中村保一, 有田正規

日本乳酸菌学会誌 25(2) 117 2014年7月5日
DNApod:NGSアーカイブ配列からの統合DNA多型注釈データベース生物横断的解析への活用

望月孝子, 谷澤靖洋, 藤澤貴智, 長崎英樹, 神沼英里, 清水徳朗, 豊田敦, 藤山秋佐夫, 倉田のり, 二河成男, 中村保一

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 37th 1P-0032 (WEB ONLY) 2014年
新型シーケンサアーカイブ配列からのDNA多型統合データベースと解析ワークフローの構築

望月孝子, 長崎英樹, 神沼英里, 大柳一, 清水徳朗, 豊田敦, 藤山秋佐夫, 倉田のり, 二河成男, 中村保一

育種学研究 15 55 2013年3月27日
カンキツおよび乳酸菌ゲノムのde novoアセンブリ手法とDDBJ Pipeline

谷澤靖洋, 望月孝子, 長崎英樹, 藤澤貴智, 神沼英里, 遠野雅徳, 清水徳朗, 豊田敦, 藤山秋佐夫, 倉田のり, 中村保一

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 36th 3P-0028 (WEB ONLY) 2013年

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書籍等出版物

育種学研究 Vol.17 No.2 2014年第56回シンポジウム(シンポジウム・ワークショップ)報告

神沼英里, 望月孝子, 門田有希, 小林正明, 大柳一, 矢野健太郎 (担当:共著, 範囲:遺伝研スパコンとコマンドラインでのNGSデータ使い倒し講座)

2015年7月
次世代シーケンス解析スタンダード

長崎英樹, 望月孝子, 谷沢靖洋, 神沼英里, 中村保一 (担当:共著, 範囲:(担当:共著, 範囲:Ⅵ-4 DDBJ Read Annotation Pipeline 解析パイプラインによるRNA-Seq de novo assemblyとイネ多型解析))

羊土社 2014年8月
細胞工学別冊「次世代シークエンサー：目的別アドバンストメソッド」

児玉悠一, 福田亜沙美, 神沼英里, 長崎英樹, 望月孝子, 中村保一 (担当:共著, 範囲:次世代シークエンサーのデータアーカイブとその周辺サービス)

学研メディカル秀潤社 2012年 (ISBN: 9784780908558)

講演・口頭発表等

フタホシコオロギ Gryllus bimaculatus の神経ペプチドと受容体の包括的アノテーションの事例紹介

望月孝, 坂本美, 谷澤靖, 永田晋治, 中村保

第45回日本分子生物学会年会45 2022年11月30日
様々なヘテロ接合度の生物を用いたハプロイドセット構築のためのゲノムアセンブリ手法の評価

望月孝子, 坂本美佳, 谷澤靖洋, 中山卓郎, 谷藤吾朗, 神川龍馬, 中村保一

第44回日本分子生物学会年会 2021年12月1日
様々なヘテロ接合度の生物を用いて検証したゲノムアセンブリ手法の提案

望月孝子

DDBJ データベース講習会 @ 第4回植物インフォマティクス研究会・年会(2021) 2021年10月5日
ユーストマの全ゲノム解読とDNAマーカー開発

川勝恭子, 豊田敦, 永野惇, 川勝泰二, 中野善公, 今村仁, 福田直子, 久松完, 山口博康, 望月孝子, 谷澤靖洋, 坂本美佳, 中村保一

育種学研究（日本育種学会）第139回講演会（令和3年度春季大会）招待有り
Supporting genome analysis of diatom: genome assembly of Nitzschia sp. PL1-4

第62回植物生理学会年会 2021年3月
ゼニゴケ Marchantia polymorpha と珪藻 Nitzschia sp. NIES4239 のゲノム解析

望月孝子, 谷澤靖洋, 山岡尚平, 西浜竜一, 金澤建彦, 上田貴志, 大, 和勝幸, 河内孝之, 谷藤吾朗, 神川龍馬, 中村保一

第60回日本植物生理学会年会 PF-209 2019年3月13日
Database for the Chromosome-Level Assembly for a Liverwort Marchantia polymorpha

Yasukazu Nakamura, Yasuhiro Tanizawa, Takako Mochizuki, Sean A. Montgomery, Chang Liu, Bence Galik, Frederic Berger

Plant and Animal Genome conference 2019 2019年1月12日
Genome analysis for the liverwort Marchantia polymorpha and the diatom Nitzschia sp. NIES4239

Takako Mochizuki, Yasuhiro Tanizawa, Shohei Yamaoka, Ryuichi Nishihama, Takehiko Kanazawa, Sean A. Montgomery, Chang Liu, Bence Galik, Frederic Berger, Takashi Ueda, Katsuyuki T. Yamato, Takayuki Kohchi, Goro Tanifuji, Ryoma Kamikawa, Yasukazu Nakamura

文部科学省科学研究費新学術領域研究「先進ゲノム支援」国際シンポジウム 2019年1月9日
Development of Marchantia Gene Nomenclature Database

EMBO Workshop: New shores in land plant evolution 2018年6月21日
Marpolbase: Construction of the Marchantia polymorpha Genome Database

EMBO workshop New shores in land plant evolution 2018年6月21日
Marpolbase: ゼニゴケゲノムデータベースの構築

望月孝子, 谷澤靖洋, 長崎英樹, 山岡尚平, 西浜竜一, 金澤建彦, 上田貴志, 大和勝幸, 河内孝之, 中村保一

第59回日本植物生理学会年会 2018年3月30日
Marpolbase: Construction of the Marchantia Polymorpha Genome Database

The 65th NIBB Conference "Renaissance of Marchantia polymorpha ‐the genome and beyond" 2017年12月17日
バイオインフォマティクス講習会V (2017)

中村幸乃, 工藤徹, Matthew Shenton, 小林正明, 望月孝子, 中村保一, 矢野健太郎

第35回日本植物細胞分子生物学会 (さいたま) 大会 2017年8月30日
パラゴムノキHevea Brasiliensis ゲノム塩基配列の改善

中村保一, 望月孝子, 井手康平, 渡辺訓江

第35回日本植物細胞分子生物学会 (さいたま) 大会 2017年8月30日
DDBJ Read Annotation Pipeline: An analytical service for new-generation sequence data

Galaxy Australasia Meeting (GAMe 2017) 2017年2月4日
DNAPOD: Implementation of Virtual Machine for DNAPOD Workflow and Genotype Imputation

Takako Mochizuki, Hiromi Kajiya-Kanegae, Yasuhiro Tanizawa, Takatomo Fujisawa, Tazro Ohta, Naruo Nikoh, Tokurou Shimizu, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Nori Kurata, Hideki Nagasaki, Hiroyoshi Iwata, Eli Kaminuma, Yasukazu Nakamura

Plant & Animal Genome Conferenece XXIV P0330 2017年1月14日
DNApod: ワークフローの仮想マシン化とGenotype Imputation

望月孝子, 鐘ケ江弘美, 谷澤靖洋, 藤澤貴智, 二河成男, 清水徳朗, 豊田敦, 藤山秋佐夫, 倉田のり, 長崎英樹, 岩田洋佳, 神沼英里, 中村保一

2016年12月2日
GalaxyによるNGSデータ解析: Galaxy の活用事例 (2)

望月孝子

第５回生命医療情報学連合大会
DDBJ Pipeline を用いた DNA 多型注釈解析の実習

統合データベース講習会：AJACS安芸 2016年7月6日
DNApod: NGS 公共データ由来の DNA 多型と形質データとの統合に向けて

望月孝子, 谷澤靖洋, 藤澤貴智, 二河成男, 清水徳朗, 豊田敦, 藤山秋佐夫, 倉田のり, 長崎英樹, 神沼英里, 中村保一

第129回日本育種学会 2016年3月22日

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担当経験のある科目(授業)

2022年12月

先進ゲノム支援(PAGS)、DDBJ合同中級者情報解析講習会 (国立遺伝学研究所)
2022年10月

2022年度 PAGS・DDBJ合同初級者情報解析講習会「解析環境の構築」 (国立遺伝学研究所)

望月孝子

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論文

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書籍等出版物

講演・口頭発表等

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