川島武士

J-GLOBALへ         更新日: 18/05/08 11:26
 
アバター
研究者氏名
川島武士
 
カワシマ タケシ
ハンドル
Takeshi Kawashima
URL
https://kaken.nii.ac.jp/d/r/10378531.ja.html
所属
国立遺伝学研究所
部署
生命情報研究センター
職名
助教
学位
博士(理学)(京都大学理学研究科)
科研費研究者番号
10378531

プロフィール

地球上の生物の多様性がどのように生み出されてきたか、これからどうなっていくのかに興味があります。

研究分野

 
 

経歴

 
2017年3月
 - 
現在
国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 助教
 
2016年4月
 - 
2017年2月
国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 特任研究員
 
2015年4月
 - 
2016年3月
筑波大学 生命環境系 助教
 
2014年4月
 - 
2015年3月
学校法人 沖縄科学技術大学院大学 マリンゲノミックス・ユニット スタッフサイエンティストIIIグループリーダー
 
2013年4月
 - 
2015年3月
自然科学研究機構 基礎生物学研究所 生物進化研究部門 特別訪問研究員
 
2011年11月
 - 
2014年3月
学校法人 沖縄科学技術大学院大学学園 マリンゲノミックス・ユニット グループリーダー
 
2012年
   
 
沖縄科学技術大学院大学 研究員
 
2010年4月
 - 
2011年10月
沖縄科学技術研究基盤整備機構 マリンゲノミックス・ユニット グループリーダー
 
2008年4月
 - 
2010年3月
独立行政法人 沖縄科学技術研究基盤整備機構 マリンゲノミックス・ユニット 研究員
 
2006年4月
 - 
2008年3月
米国エネルギー省共同ゲノム研究所 ロークサー研究室 日本学術振興会 海外特別研究員、客員研究員
 
2003年12月
 - 
2006年3月
京都大学 理学研究科 動物学教室 助手
 
2001年4月
 - 
2003年11月
京都大学 化学研究所 日本学術振興会特別研究員(PD)
 

学歴

 
1996年4月
 - 
2001年3月
京都大学大学院 理学研究科 動物学系
 
1992年4月
 - 
1996年3月
大阪府立大学 工学部 化学工学科
 
1998年4月
 - 
1991年3月
雲雀丘学園高等学校  
 

委員歴

 
2017年4月
 - 
現在
日本バイオインフォマティクス学会  理事
 
2014年4月
 - 
現在
日本バイオインフォマティクス学会  幹事
 
2012年4月
 - 
2016年3月
日本バイオインフォマティクス学会  理事
 
2012年1月
 - 
2013年12月
日本進化学会  庶務幹事
 
2011年5月
 - 
2013年3月
生命情報科学若手の会  スタッフ
 

論文

 
Collaborative environmental DNA sampling from petal surfaces of flowering cherry Cerasus × yedoensis ‘Somei-yoshino’ across the Japanese archipelago
Tazro Ohta, Takeshi Kawashima, Natsuko Shinozaki, Akito Dobashi, Satoshi Hiraoka, Tatsuhiko Hoshino, Keiichi Kanno, Takafumi Kataoka, Shuichi Kawashima, Motomu Matsui, Wataru Nemoto, Suguru Nishijima, Natsuki Suganuma, Haruo Suzuki, Y-h. Taguchi, Yoichi Takenaka, Yosuke Tanigawa, Momoka Tsuneyoshi, Kazutoshi Yoshitake, Yukuto Sato, Riu Yamashita, Kazuharu Arakawa, Wataru Iwasaki
the Journal of Plant Research.      2018年   [査読有り]
Simakov O, Kawashima T
Developmental biology   427(2) 179-192   2017年7月   [査読有り]
Takeuchi T, Koyanagi R, Gyoja F, Kanda M, Hisata K, Fujie M, Goto H, Yamasaki S, Nagai K, Morino Y, Miyamoto H, Endo K, Endo H, Nagasawa H, Kinoshita S, Asakawa S, Watabe S, Satoh N, Kawashima T
Zoological letters   2 3   2016年   [査読有り]
Sato A, Kawashima T, Fujie M, Hughes S, Satoh N, Shimeld SM
Scientific reports   5    2015年11月   [査読有り]
Simakov O, Kawashima T, Marlétaz F, Jenkins J, Koyanagi R, Mitros T, Hisata K, Bredeson J, Shoguchi E, Gyoja F, Yue JX, Chen YC, Freeman RM Jr, Sasaki A, Hikosaka-Katayama T, Sato A, Fujie M, Baughman KW, Levine J, Gonzalez P, Cameron C, Fritzenwanker JH, Pani AM, Goto H, Kanda M, Arakaki N, Yamasaki S, Qu J, Cree A, Ding Y, Dinh HH, Dugan S, Holder M, Jhangiani SN, Kovar CL, Lee SL, Lewis LR, Morton D, Nazareth LV, Okwuonu G, Santibanez J, Chen R, Richards S, Muzny DM, Gillis A, Peshkin L, Wu M, Humphreys T, Su YH, Putnam NH, Schmutz J, Fujiyama A, Yu JK, Tagawa K, Worley KC, Gibbs RA, Kirschner MW, Lowe CJ, Satoh N, Rokhsar DS, Gerhart J
Nature   527(7579) 465   2015年11月   [査読有り]
Satoh N, Tagawa K, Lowe CJ, Yu JK, Kawashima T, Takahashi H, Ogasawara M, Kirschner M, Hisata K, Su YH, Gerhart J
Genesis (New York, N.Y. : 2000)   52(12) 925-934   2014年12月   [査読有り]
Gusev O, Suetsugu Y, Cornette R, Kawashima T, Logacheva MD, Kondrashov AS, Penin AA, Hatanaka R, Kikuta S, Shimura S, Kanamori H, Katayose Y, Matsumoto T, Shagimardanova E, Alexeev D, Govorun V, Wisecaver J, Mikheyev A, Koyanagi R, Fujie M, Nishiyama T, Shigenobu S, Shibata TF, Golygina V, Hasebe M, Okuda T, Satoh N, Kikawada T
Nature communications   5    2014年9月   [査読有り]
Tagawa K, Arimoto A, Sasaki A, Izumi M, Fujita S, Humphreys T, Fujiyama A, Kagoshima H, Shin-I T, Kohara Y, Satoh N, Kawashima T
Zoological science   31(7) 414-420   2014年7月   [査読有り]
Mungpakdee S, Shinzato C, Takeuchi T, Kawashima T, Koyanagi R, Hisata K, Tanaka M, Goto H, Fujie M, Lin S, Satoh N, Shoguchi E
Genome biology and evolution   6(6) 1408-1422   2014年5月   [査読有り]
Kawashima T, Takeuchi T, Koyanagi R, Kinoshita S, Endo H, Endo K
Zoological science   30(10) 794-796   2013年10月   [査読有り]
Koyanagi R, Takeuchi T, Hisata K, Gyoja F, Shoguchi E, Satoh N, Kawashima T
Zoological science   30(10) 797-800   2013年10月   [査読有り]
Shoguchi E, Shinzato C, Kawashima T, Gyoja F, Mungpakdee S, Koyanagi R, Takeuchi T, Hisata K, Tanaka M, Fujiwara M, Hamada M, Seidi A, Fujie M, Usami T, Goto H, Yamasaki S, Arakaki N, Suzuki Y, Sugano S, Toyoda A, Kuroki Y, Fujiyama A, Medina M, Coffroth MA, Bhattacharya D, Satoh N
Current biology : CB   23(15) 1399-1408   2013年8月   [査読有り]
Matsumae H, Hamada M, Fujie M, Niimura Y, Tanaka H, Kawashima T
Gene   519(1) 82-90   2013年4月   [査読有り]
Shoguchi E, Tanaka M, Shinzato C, Kawashima T, Satoh N
Gene   515(2) 426-431   2013年2月   [査読有り]
Hamada M, Shoguchi E, Shinzato C, Kawashima T, Miller DJ, Satoh N
Molecular biology and evolution   30(1) 167-176   2013年1月   [査読有り]
Freeman R, Ikuta T, Wu M, Koyanagi R, Kawashima T, Tagawa K, Humphreys T, Fang GC, Fujiyama A, Saiga H, Lowe C, Worley K, Jenkins J, Schmutz J, Kirschner M, Rokhsar D, Satoh N, Gerhart J
Current biology : CB   22(21) 2053-2058   2012年11月   [査読有り]
Shinzato C, Hamada M, Shoguchi E, Kawashima T, Satoh N
Zoological science   29(8) 510-517   2012年8月   [査読有り]
Takeuchi T, Kawashima T, Koyanagi R, Gyoja F, Tanaka M, Ikuta T, Shoguchi E, Fujiwara M, Shinzato C, Hisata K, Fujie M, Usami T, Nagai K, Maeyama K, Okamoto K, Aoki H, Ishikawa T, Masaoka T, Fujiwara A, Endo K, Endo H, Nagasawa H, Kinoshita S, Asakawa S, Watabe S, Satoh N
DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes   19(2) 117-130   2012年4月   [査読有り]
Gyoja F, Kawashima T, Satoh N
Development genes and evolution   222(2) 63-76   2012年4月   [査読有り]
Katayama T, Wilkinson MD, Vos R, Kawashima T, Kawashima S, Nakao M, Yamamoto Y, Chun HW, Yamaguchi A, Kawano S, Aerts J, Aoki-Kinoshita KF, Arakawa K, Aranda B, Bonnal RJ, Fernández JM, Fujisawa T, Gordon PM, Goto N, Haider S, Harris T, Hatakeyama T, Ho I, Itoh M, Kasprzyk A, Kido N, Kim YJ, Kinjo AR, Konishi F, Kovarskaya Y, von Kuster G, Labarga A, Limviphuvadh V, McCarthy L, Nakamura Y, Nam Y, Nishida K, Nishimura K, Nishizawa T, Ogishima S, Oinn T, Okamoto S, Okuda S, Ono K, Oshita K, Park KJ, Putnam N, Senger M, Severin J, Shigemoto Y, Sugawara H, Taylor J, Trelles O, Yamasaki C, Yamashita R, Satoh N, Takagi T
Journal of biomedical semantics   2(1)    2011年8月   [査読有り]
Shinzato C, Shoguchi E, Kawashima T, Hamada M, Hisata K, Tanaka M, Fujie M, Fujiwara M, Koyanagi R, Ikuta T, Fujiyama A, Miller DJ, Satoh N
Nature   476(7360) 320-323   2011年7月   [査読有り]
Hellsten U, Harland RM, Gilchrist MJ, Hendrix D, Jurka J, Kapitonov V, Ovcharenko I, Putnam NH, Shu S, Taher L, Blitz IL, Blumberg B, Dichmann DS, Dubchak I, Amaya E, Detter JC, Fletcher R, Gerhard DS, Goodstein D, Graves T, Grigoriev IV, Grimwood J, Kawashima T, Lindquist E, Lucas SM, Mead PE, Mitros T, Ogino H, Ohta Y, Poliakov AV, Pollet N, Robert J, Salamov A, Sater AK, Schmutz J, Terry A, Vize PD, Warren WC, Wells D, Wills A, Wilson RK, Zimmerman LB, Zorn AM, Grainger R, Grammer T, Khokha MK, Richardson PM, Rokhsar DS
Science (New York, N.Y.)   328(5978) 633-636   2010年4月   [査読有り]
Chapman JA, Kirkness EF, Simakov O, Hampson SE, Mitros T, Weinmaier T, Rattei T, Balasubramanian PG, Borman J, Busam D, Disbennett K, Pfannkoch C, Sumin N, Sutton GG, Viswanathan LD, Walenz B, Goodstein DM, Hellsten U, Kawashima T, Prochnik SE, Putnam NH, Shu S, Blumberg B, Dana CE, Gee L, Kibler DF, Law L, Lindgens D, Martinez DE, Peng J, Wigge PA, Bertulat B, Guder C, Nakamura Y, Ozbek S, Watanabe H, Khalturin K, Hemmrich G, Franke A, Augustin R, Fraune S, Hayakawa E, Hayakawa S, Hirose M, Hwang JS, Ikeo K, Nishimiya-Fujisawa C, Ogura A, Takahashi T, Steinmetz PR, Zhang X, Aufschnaiter R, Eder MK, Gorny AK, Salvenmoser W, Heimberg AM, Wheeler BM, Peterson KJ, Böttger A, Tischler P, Wolf A, Gojobori T, Remington KA, Strausberg RL, Venter JC, Technau U, Hobmayer B, Bosch TC, Holstein TW, Fujisawa T, Bode HR, David CN, Rokhsar DS, Steele RE
Nature   464(7288) 592-596   2010年3月   [査読有り]
Kawashima T, Kawashima S, Tanaka C, Murai M, Yoneda M, Putnam NH, Rokhsar DS, Kanehisa M, Satoh N, Wada H
Genome research   19(8) 1393-1403   2009年8月   [査読有り]
[Decoding of amphioxus genome and evolution of chordates].
Satoh N, Kawashima T, Shoguchi E
Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme   54(1) 20-28   2009年1月   [査読有り]
Holland LZ, Albalat R, Azumi K, Benito-Gutiérrez E, Blow MJ, Bronner-Fraser M, Brunet F, Butts T, Candiani S, Dishaw LJ, Ferrier DE, Garcia-Fernàndez J, Gibson-Brown JJ, Gissi C, Godzik A, Hallböök F, Hirose D, Hosomichi K, Ikuta T, Inoko H, Kasahara M, Kasamatsu J, Kawashima T, Kimura A, Kobayashi M, Kozmik Z, Kubokawa K, Laudet V, Litman GW, McHardy AC, Meulemans D, Nonaka M, Olinski RP, Pancer Z, Pennacchio LA, Pestarino M, Rast JP, Rigoutsos I, Robinson-Rechavi M, Roch G, Saiga H, Sasakura Y, Satake M, Satou Y, Schubert M, Sherwood N, Shiina T, Takatori N, Tello J, Vopalensky P, Wada S, Xu A, Ye Y, Yoshida K, Yoshizaki F, Yu JK, Zhang Q, Zmasek CM, de Jong PJ, Osoegawa K, Putnam NH, Rokhsar DS, Satoh N, Holland PW
Genome research   18(7) 1100-1111   2008年7月   [査読有り]
Christiaen L, Davidson B, Kawashima T, Powell W, Nolla H, Vranizan K, Levine M
Science (New York, N.Y.)   320(5881) 1349-1352   2008年6月   [査読有り]
Putnam NH, Butts T, Ferrier DE, Furlong RF, Hellsten U, Kawashima T, Robinson-Rechavi M, Shoguchi E, Terry A, Yu JK, Benito-Gutiérrez EL, Dubchak I, Garcia-Fernàndez J, Gibson-Brown JJ, Grigoriev IV, Horton AC, de Jong PJ, Jurka J, Kapitonov VV, Kohara Y, Kuroki Y, Lindquist E, Lucas S, Osoegawa K, Pennacchio LA, Salamov AA, Satou Y, Sauka-Spengler T, Schmutz J, Shin-I T, Toyoda A, Bronner-Fraser M, Fujiyama A, Holland LZ, Holland PW, Satoh N, Rokhsar DS
Nature   453(7198) 1064-1071   2008年6月   [査読有り]
Azumi K, Sabau SV, Fujie M, Usami T, Koyanagi R, Kawashima T, Fujiwara S, Ogasawara M, Satake M, Nonaka M, Wang HG, Satou Y, Satoh N
Developmental biology   308(2) 572-582   2007年8月   [査読有り]
Sekiguchi T, Kawashima T, Satou Y, Satoh N
General and comparative endocrinology   150(2) 233-245   2007年1月   [査読有り]
Comparative pair-wise domain-combinations for screening the clade specific domain-architectures in metazoan genomes.
Kawashima S, Kawashima T, Putnam NH, Rokhsar DS, Wada H, Kanehisa M
Genome informatics. International Conference on Genome Informatics   19 50-60   2007年   [査読有り]
Shoguchi E, Kawashima T, Satou Y, Hamaguchi M, Sin-I T, Kohara Y, Putnam N, Rokhsar DS, Satoh N
Genome research   16(2) 297-303   2006年2月   [査読有り]
[Recent advances in developmental genomics of the ascidian Ciona intestinalis].
Kawashima T, Shoguchi E, Satou Y, Satoh N
Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme   50(16 Suppl) 2153-2159   2005年12月   [査読有り]
Satou Y, Kawashima T, Shoguchi E, Nakayama A, Satoh N
Zoological science   22(8) 837-843   2005年8月   [査読有り]
Shoguchi E, Kawashima T, Nishida-Umehara C, Matsuda Y, Satoh N
Zoological science   22(5) 511-516   2005年5月   [査読有り]
Kawashima T, Satou Y, Murakami SD, Satoh N
Development, growth & differentiation   47(3) 187-199   2005年4月   [査読有り]
Satou Y, Kawashima T, Kohara Y, Satoh N
Development genes and evolution   213(5-6) 314-318   2003年6月   [査読有り]
Kawashima T, Tokuoka M, Awazu S, Satoh N, Satou Y
Development genes and evolution   213(5-6) 284-290   2003年6月   [査読有り]
Dehal P, Satou Y, Campbell RK, Chapman J, Degnan B, De Tomaso A, Davidson B, Di Gregorio A, Gelpke M, Goodstein DM, Harafuji N, Hastings KE, Ho I, Hotta K, Huang W, Kawashima T, Lemaire P, Martinez D, Meinertzhagen IA, Necula S, Nonaka M, Putnam N, Rash S, Saiga H, Satake M, Terry A, Yamada L, Wang HG, Awazu S, Azumi K, Boore J, Branno M, Chin-Bow S, DeSantis R, Doyle S, Francino P, Keys DN, Haga S, Hayashi H, Hino K, Imai KS, Inaba K, Kano S, Kobayashi K, Kobayashi M, Lee BI, Makabe KW, Manohar C, Matassi G, Medina M, Mochizuki Y, Mount S, Morishita T, Miura S, Nakayama A, Nishizaka S, Nomoto H, Ohta F, Oishi K, Rigoutsos I, Sano M, Sasaki A, Sasakura Y, Shoguchi E, Shin-i T, Spagnuolo A, Stainier D, Suzuki MM, Tassy O, Takatori N, Tokuoka M, Yagi K, Yoshizaki F, Wada S, Zhang C, Hyatt PD, Larimer F, Detter C, Doggett N, Glavina T, Hawkins T, Richardson P, Lucas S, Kohara Y, Levine M, Satoh N, Rokhsar DS
Science (New York, N.Y.)   298(5601) 2157-2167   2002年12月   [査読有り]
Satou Y, Yamada L, Mochizuki Y, Takatori N, Kawashima T, Sasaki A, Hamaguchi M, Awazu S, Yagi K, Sasakura Y, Nakayama A, Ishikawa H, Inaba K, Satoh N
Genesis (New York, N.Y. : 2000)   33(4) 153-154   2002年8月   [査読有り]
Kawashima T, Murakami AR, Ogasawara M, Tanaka K, Isoda R, Sasakura Y, Nishikata T, Okano H, Makabe KW
Development genes and evolution   210(3) 162-165   2000年3月   [査読有り]
Kawashima T, Kawashima S, Kanehisa M, Nishida H, Makabe KW
Nucleic acids research   28(1) 133-135   2000年1月   [査読有り]

書籍等出版物

 
Comparative Genomics: Basic and Applied Research
川島武士、将口栄一、佐藤ゆたか、佐藤矩行 (担当:分担執筆, 範囲:Comparative Genomics of Invertebrates)
CRC Press   2007年12月   
遺伝子とゲノムの進化 (シリーズ 進化学 (2))
川島武士、佐藤矩行 (担当:分担執筆, 範囲:第4章 多細胞生物の進化とゲノム)
岩波書店   2005年11月   
進化学事典
川島武士 (担当:分担執筆, 範囲:真核生物のゲノム、他、3項目)
共立出版   
次世代シーケンサー活用術: トップランナーの最新研究事例に学ぶ
佐藤矩行、将口栄一、新里宙也、竹内猛、川島武士 (担当:分担執筆, 範囲:7章 海洋生物のゲノム解読とその広がり)
化学同人   2015年2月   

講演・口頭発表等

 
Highlight Track: Independent evolution of genomic characters during major metazoan transitions
川島武士
Highlight Track   2017年9月28日   日本バイオインフォマティクス学会
来るべき将来における動物学と情報科学との関係を考える
川島武士
動物学と情報学の境界領域を切り開く   2017年9月22日   
トランスクリプトームデータを利用した天然化合物注釈方法の開発
川島武士
日本進化学会第19回大会   2017年8月25日   日本進化学会
遺伝子発現データと質量分析データの相互比較による化合物アノテーションの試み
川島武士
NGS現場の会第五回研究会   2017年5月23日   NGS現場の会
真核生物の代謝経路進化研究を再考する [招待有り]
川島武士
GEM Simposium   2017年3月28日   国立遺伝学研究所

競争的資金等の研究課題

 
日本近海の浅海域を北海道から沖縄までつなぐリアルタイム      生命観測ネットワークの構築をめざしたコミュニティ形成
情報システム研究機構: 平成29年度未来型投資プログラム調査研究(FS)
研究期間: 2017年8月 - 2017年3月    代表者: 川島武士

社会貢献活動

 
【講師, 企画, 運営参加・支援, 報告書執筆】  臨海ハック  臨海ハッカソン2017  (お茶の水女子大学 館山湾岸教育センター)  2017年6月12日 - 2017年6月16日