上田卓見 (Ueda Takumi) - マイポータル

基本情報

所属: 大阪大学大学院薬学研究科教授

学位: 薬学博士(東京大学大学院薬学系研究科)

J-GLOBAL ID: 201401007076551297
researchmap会員ID: B000234886

外部リンク: http://kaken.nii.ac.jp/d/r/20451859.ja.html

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 薬系分析、物理化学 /

経歴

2019年5月 - 現在

東京大学大学院薬学系研究科, 生命物理化学教室, 准教授 (薬学博士)
2007年1月 - 2019年4月

東京大学, 薬学研究科(研究院), 助教

論文

Bottom-up design of peptide nanoshapes in water using oligomers of N-methyl-L/D-alanine

Jumpei Morimoto, Yota Shiratori, Marin Yokomine, Takumi Ueda, Takayuki Nakamuro, Kiyofumi Takaba, Saori Maki-Yonekura, Koji Umezawa, Koichiro Miyanishi, Yasuhiro Fukuda …

2023年5月16日
Amide-to-ester substitution as a stable alternative to N-methylation for increasing membrane permeability in cyclic peptides.

Yuki Hosono, Satoshi Uchida, Moe Shinkai, Chad E Townsend, Colin N Kelly, Matthew R Naylor, Hsiau-Wei Lee, Kayoko Kanamitsu, Mayumi Ishii, Ryosuke Ueki …

Nature communications 14(1) 1416-1416 2023年3月17日
Residue-based program of a β-peptoid twisted strand shape via a cyclopentane constraint.

Jungyeon Kim, Hiroka Kobayashi, Marin Yokomine, Yota Shiratori, Takumi Ueda, Koh Takeuchi, Koji Umezawa, Daisuke Kuroda, Kouhei Tsumoto, Jumpei Morimoto …

Organic & biomolecular chemistry 2022年8月22日
Ultrafast water permeation through nanochannels with a densely fluorous interior surface.

Yoshimitsu Itoh, Shuo Chen, Ryota Hirahara, Takeshi Konda, Tsubasa Aoki, Takumi Ueda, Ichio Shimada, James J Cannon, Cheng Shao, Junichiro Shiomi …

Science (New York, N.Y.) 376(6594) 738-743 2022年5月13日
Activation mechanism of the mu-opioid receptor by an allosteric modulator

Shun Kaneko, Shunsuke Imai, Nobuaki Asao, Yutaka Kofuku, Takumi Ueda, Ichio Shimada

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 119(16) e2121918119 2022年4月
Oligo(N-methylalanine) as a Peptide-Based Molecular Scaffold with a Minimal Structure and High Density of Functionalizable Sites.

Marin Yokomine, Jumpei Morimoto, Yasuhiro Fukuda, Yota Shiratori, Daisuke Kuroda, Takumi Ueda, Koh Takeuchi, Kouhei Tsumoto, Shinsuke Sando

Angewandte Chemie (International ed. in English) 61(14) e202200119 2022年3月28日
Function-related dynamics of GPCRs.

Takumi Ueda, Shunsuke Imai, Ichio Shimada

Journal of magnetic resonance (San Diego, Calif. : 1997) 336 107164-107164 2022年3月
Biphasic activation of β-arrestin 1 upon interaction with a GPCR revealed by methyl-TROSY NMR

Yutaro Shiraishi, Yutaka Kofuku, Takumi Ueda, Shubhi Pandey, Hemlata Dwivedi-Agnihotri, Arun K. Shukla, Ichio Shimada

Nature Communications 12(1) 7158-7158 2021年12月
Function-Related Dynamics in Multi-Spanning Helical Membrane Proteins Revealed by Solution NMR.

Koh Takeuchi, Yutaka Kofuku, Shunsuke Imai, Takumi Ueda, Yuji Tokunaga, Yuki Toyama, Yutaro Shiraishi, Ichio Shimada

Membranes 11(8) 2021年8月9日
Multi-state structure determination and dynamics analysis reveals a new ubiquitin-recognition mechanism in yeast ubiquitin C-terminal hydrolase

Mayu Okada, Yutaka Tateishi, Eri Nojiri, Tsutomu Mikawa, Sundaresan Rajesh, Hiroki Ogasa, Takumi Ueda, Hiromasa Yagi, Toshiyuki Kohno, Takanori Kigawa …

2021年4月22日
Activation of adenosine A2A receptor by lipids from docosahexaenoic acid revealed by NMR

Takuya Mizumura, Keita Kondo, Masatoshi Kurita, Yutaka Kofuku, Mei Natsume, Shunsuke Imai, Yutaro Shiraishi, Takumi Ueda, Ichio Shimada

Science Advances 6(12) eaay8544-eaay8544 2020年3月
Structural equilibrium underlying ligand-dependent activation of β2-adrenoreceptor.

Shunsuke Imai, Tomoki Yokomizo, Yutaka Kofuku, Yutaro Shiraishi, Takumi Ueda, Ichio Shimada

Nature chemical biology 16(4) 430-439 2020年1月20日査読有り
Function-related conformational dynamics of G protein-coupled receptors revealed by NMR.

Ueda T, Kofuku Y, Okude J, Imai S, Shiraishi Y, Shimada I

Biophysical reviews 11(3) 409-418 2019年6月査読有り
GPCR drug discovery: integrating solution NMR data with crystal and cryo-EM structures.

Ichio Shimada, Takumi Ueda, Yutaka Kofuku, Matthew T Eddy, Kurt Wüthrich

Nature reviews. Drug discovery 18(1) 59-82 2019年1月査読有り
Phosphorylation-induced conformation of β₂-adrenoceptor related to arrestin recruitment revealed by NMR.

Shiraishi Y, Natsume M, Kofuku Y, Imai S, Nakata K, Mizukoshi T, Ueda T, Iwaï H, Shimada I

Nature communications 9(1) 194-194 2018年12月1日査読有り
Deuteration and selective labeling of alanine methyl groups of β₂-adrenergic receptor expressed in a baculovirus-insect cell expression system.

Kofuku Y, Yokomizo T, Imai S, Shiraishi Y, Natsume M, Itoh H, Inoue M, Nakata K, Igarashi S, Yamaguchi H …

Journal of biomolecular NMR 71(3) 185-192 2018年7月査読有り
Endogenous Membrane Receptor Labeling by Reactive Cytokines and Growth Factors to Chase Their Dynamics in Live Cells

Yousuke Takaoka, Shohei Uchinomiya, Daichi Kobayashi, Masataka Endo, Takahiro Hayashi, Yoshiaki Fukuyama, Haruko Hayasaka, Masayuki Miyasaka, Takumi Ueda, Ichio Shimada …

Chem 4(6) 1451-1464 2018年6月14日査読有り
Dynamic domain arrangement of CheA-CheY complex regulates bacterial thermotaxis, as revealed by NMR

Yuichi Minato, Takumi Ueda, Asako Machiyama, Hideo Iwai, Ichio Shimada

SCIENTIFIC REPORTS 7(1) 16462-16462 2017年11月査読有り
Conductance of P2X(4) purinergic receptor is determined by conformational equilibrium in the transmembrane region

Yuichi Minato, Shiho Suzuki, Tomoaki Hara, Yutaka Kofuku, Go Kasuya, Yuichiro Fujiwara, Shunsuke Igarashi, Ei-ichiro Suzuki, Osamu Nureki, Motoyuki Hattori …

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 113(17) 4741-4746 2016年4月査読有り
Elucidation of the CCR1- and CCR5-binding modes of MIP-1α by application of an NMR spectra reconstruction method to the transferred cross-saturation experiments.

Yoshiura C, Ueda T, Kofuku Y, Matsumoto M, Okude J, Kondo K, Shiraishi Y, Shimada I

Journal of biomolecular NMR 63(4) 333-340 2015年12月査読有り

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MISC

103

溶液NMR法によるGPCRの活性と直結する動的構造平衡の解明—Function-Related Conformational Dynamics of GPCRs Revealed by Solution NMR—ミニ特集生理学的環境での生体高分子の挙動の観察可能性の追求

上田卓見, 幸福裕, 竹内恒, 今井駿輔, 白石勇太郎, 嶋田一夫

日本結晶学会誌 = Journal of the Crystallographic Society of Japan 64(4) 279-284 2022年12月
GPCRのNMR・ESR解析—Dynamics of GPCR revealed by NMR/ESR—特集 Gタンパク質共役型受容体(GPCR)の新展開

幸福裕, 今井駿輔, 上田卓見, 嶋田一夫

細胞 53(5) 280-284 2021年5月
健康・医療・創薬に貢献する物理系薬学研究の最前線 Gタンパク質共役型受容体のシグナル伝達制御機構の解明

白石勇太郎, 夏目芽依, 幸福裕, 今井駿輔, 中田國夫, 水越利巳, 上田卓見, 岩井秀夫, 嶋田一夫

日本薬学会年会要旨集 139年会(1) 136-136 2019年3月
NMR法による脂質がGPCRの活性を制御する機構の解明

上田卓見, 幸福裕, 嶋田一夫

Annual report = 低温科学研究センター年報 / 低温科学研究センター編集委員会編 (11) 17-22 2019年
NMR 解析の最前線：分子間相互作用と動的構造

上田卓見, 嶋田一夫

月刊細胞 51 596-599 2019年
Gタンパク質共役型受容体のシグナル伝達制御機構の解明

白石勇太郎, 夏目芽依, 幸福裕, 今井駿輔, 中田國夫, 水越利巳, 上田卓見, 上田卓見, 岩井秀夫, 嶋田一夫

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 139th ROMBUNNO.S10‐2 2019年
NMRを用いたG蛋白質共役型受容体の機能制御メカニズムの解析

上田卓見, 嶋田一夫

生物物理 59(4) 181-187 2019年
NMR法による膜蛋白質の機能に直結した動的構造平衡の解明

上田卓見, 幸福裕, 嶋田一夫

東京大学低温センター年報 (9) 17‐22 2018年11月
区分同位体標識を用いたβ2アドレナリン受容体のリン酸化によるシグナル制御機構の解明

白石勇太郎, 夏目芽依, 幸福裕, 今井駿輔, 中田國夫, 水越利巳, 上田卓見, 岩井秀夫, 嶋田一夫

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 91回 [1P-376] 2018年9月
β2アドレナリン受容体のリン酸化によるシグナル制御機構の解明

夏目芽依, 白石勇太郎, 幸福裕, 今井駿輔, 中田國夫, 水越利巳, 上田卓見, 岩井秀夫, 嶋田一夫

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 91回 [1P-377] 2018年9月
いかに創薬を進めるか NMRで標的タンパク質の機能から創薬を

上田卓見, 上田卓見, 嶋田一夫

生体の科学 69(4) 315‐319-319 2018年8月15日
NMRで標的タンパク質の機能から創薬を (特集いかに創薬を進めるか)

上田卓見, 嶋田一夫

生体の科学 69(4) 315-319 2018年7月
区分同位体標識を用いたβ2アドレナリン受容体のリン酸化によるシグナル制御機構の解明

白石勇太郎, 夏目芽依, 幸福裕, 今井駿輔, 中田國夫, 水越利巳, 上田卓見, 岩井秀夫, 嶋田一夫

日本薬学会年会要旨集 138年会(2) 260-260 2018年3月
β2アドレナリン受容体のリン酸化によるシグナル制御機構の解明

夏目芽依, 白石勇太郎, 幸福裕, 今井駿輔, 中田國夫, 水越利巳, 上田卓見, 上田卓見, 岩井秀夫, 嶋田一夫

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 138th(2) ROMBUNNO.27PA‐am325S-261 2018年3月
昆虫細胞発現系におけるアラニン選択的安定同位体標識法の開発と脂質二重膜中のβ2‐アドレナリン受容体への応用

中田國夫, 五十嵐俊介, 幸福裕, 上田卓見, 上田卓見, 白石勇太郎, 夏目芽依, 横溝智貴, 今井駿輔, 山口秀幸 …

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 138th(2) ROMBUNNO.27PA‐am333-262 2018年3月
NMR法により解明した,マルチドメイン蛋白質複合体CheA‐CheYの動的ドメイン間相互作用による走温性制御機構

上田卓見, 上田卓見, 湊雄一, 町山麻子, 岩井秀夫, 嶋田一夫

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 138th(2) ROMBUNNO.27PA‐am334-262 2018年3月
区分同位体標識を用いたβ2アドレナリン受容体のリン酸化によるシグナル制御機構の解明

白石勇太郎, 夏目芽依, 幸福裕, 今井駿輔, 中田國夫, 水越利巳, 上田卓見, 岩井秀夫, 嶋田一夫

日本薬学会年会要旨集 138年会(2) 260-260 2018年3月
β2アドレナリン受容体のリン酸化によるシグナル制御機構の解明

夏目芽依, 白石勇太郎, 幸福裕, 今井駿輔, 中田國夫, 水越利巳, 上田卓見, 岩井秀夫, 嶋田一夫

日本薬学会年会要旨集 138年会(2) 261-261 2018年3月
アラニン側鎖メチル基を観測対象としたβ2-アドレナリン受容体のシグナル伝達機構の解明

横溝智貴, 今井駿輔, 幸福裕, 上田卓見, 白石勇太郎, 夏目芽依, 中田國夫, 五十嵐俊介, 水越利巳, 鈴木榮一郎 …

日本薬学会年会要旨集 138年会(2) 262-262 2018年3月
昆虫細胞発現系におけるアラニン選択的安定同位体標識法の開発と脂質二重膜中のβ2-アドレナリン受容体への応用

中田國夫, 五十嵐俊介, 幸福裕, 上田卓見, 白石勇太郎, 夏目芽依, 横溝智貴, 今井駿輔, 山口秀幸, 水越利巳 …

日本薬学会年会要旨集 138年会(2) 262-262 2018年3月

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

薬物とGPCRの弱い相互作用が滞在時間に応じて生体応答を制御する機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2021年9月 - 2023年3月

上田卓見
核磁気共鳴法によるG蛋白質共役型受容体の活性制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2020年4月 - 2023年3月

上田卓見
核磁気共鳴法による膜タンパク質のin situ機能解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特別推進研究 2017年4月 - 2022年3月

嶋田一夫, 上田卓見, 竹内恒, 西田紀貴
動的構造平衡情報に基づく数理解析によるGPCRのシグナル制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年4月 - 2021年3月

上田卓見
核磁気共鳴法による分子夾雑系膜環境におけるG蛋白質共役型受容体の機能解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年4月 - 2020年3月

上田卓見
ユビキチン―ユビキチン結合タンパク質複合体の動的構造解析法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2016年4月 - 2019年3月

上田卓見, 嶋田一夫
高次元NMRデータ解析法の開発およびGPCRの機能解明への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2016年4月 - 2018年3月

上田卓見
スパース性を使った新規多次元NMRスペクトル再構成法の開発とGPCR研究への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年4月 - 2016年3月

上田卓見
GPCRの、バイアスを含むシグナル制御機構の構造生物学的解明

文部科学省科学研究費補助金(基盤研究(C)) 基盤研究(C) 2013年 - 2015年

上田卓見
準安定的に形成される受容体・リガンド複合体間の相互作用解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2009年7月 - 2014年3月

嶋田一夫, 池晙求, 甲斐荘正恒, 大澤匡範, 上田卓見, 西田紀貴, 甲斐荘正恒
医学上重要なGPCRのシグナル制御機構の構造生物学的解明

文部科学省科学研究費補助金(新学術領域研究(研究領域提案型)) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2013年 - 2014年

上田卓見
GPCRのシグナル伝達機構の構造生物学的解明

文部科学省科学研究費補助金(新学術領域研究(研究領域提案型), 新学術領域研究(研究領域提案型)) 新学術領域研究(研究領域提案型), 新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年 - 2012年

上田卓見
二成分制御系における連鎖的シグナル伝達機構の構造生物学的解明

文部科学省科学研究費補助金(若手研究(B)) 若手研究(B) 2011年 - 2012年

上田卓見
相互作用に基づく光合成明反応膜蛋白質と電子輸送蛋白質の高効率電子輸送機構の解明

文部科学省科学研究費補助金(若手研究(B)) 若手研究(B) 2008年 - 2009年

上田卓見
NMRを用いたフェレドキシン―キノン還元酵素の機能解明

文部科学省科学研究費補助金(若手研究(スタートアップ)) 若手研究(スタートアップ) 2007年 - 2008年

上田卓見

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