源利文 (Toshifumi Minamoto) - マイポータル

基本情報

所属: 神戸大学大学院人間発達環境学研究科教授

学位: 修士（理学）(1999年3月京都大学)
博士（理学）(2003年3月京都大学)

研究者番号: 50450656
J-GLOBAL ID: 200901045374483244
researchmap会員ID: 5000086564

外部リンク: http://www2.kobe-u.ac.jp/~minamoto/index.html

これまで魚類の視覚生理学、ミツバチやホヤを用いた時間生物学、バイオテクノロジーの新規手法開発、淡水域における病原微生物の生態学、病原生物と人間の相互作用環などをテーマに研究を行ってきました。近年の研究テーマは環境DNAを用いた生物相把握法の研究です。いろいろな事に応用可能な面白い技術ですので、様々な方との共同研究を行うことで、この分野をより発展させていきたいと思っています。

研究キーワード

研究分野

経歴

2023年4月 - 現在

放送大学, 兵庫学習センター, 客員教授
2021年7月 - 現在

神戸大学, 大学院人間発達環境学研究科, 教授
2017年10月 - 2021年6月

神戸大学, 大学院人間発達環境学研究科, 准教授
2012年11月 - 2017年9月

神戸大学, 大学院人間発達環境学研究科, 特命助教
2007年4月 - 2012年10月

総合地球環境学研究所, プロジェクト上級研究員
2005年4月 - 2007年3月

産業技術総合研究所, 特別研究員
2003年4月 - 2005年3月

京都大学生態学研究センター, 非常勤講師（COE研究員）

学歴

1999年4月 - 2003年3月

京都大学, 大学院理学研究科博士後期課程, 生物科学専攻
1997年4月 - 1999年3月

京都大学, 大学院理学研究科博士前期課程, 生物科学専攻
1992年4月 - 1997年3月

京都大学, 理学部

受賞

2024年9月

応用生態工学会廣瀬賞, 一般社団法人応用生態工学会

源利文
2024年5月

環境賞, 環境DNAを活用した生物モニタリングに向けた調査手法の構築と建設現場への適用, 公益社団法人土木学会

大成建設(赤塚真依子、高山百合子、伊藤一教、高畑陽、内池智広、渡邉千佳子、大井涼太朗、望月聖、神野桂子、土肥聡、小菅憲正)、神戸大学(源利文)
2023年3月

神戸SDGs奨励賞, 神戸市

神戸大学大学院人間発達環境学研究科源研究室
2021年7月

第21回生態学琵琶湖賞, 日本生態学会 / 滋賀県

源利文
2019年3月

第36回村尾育英会学術賞, 村尾育英会

源利文
2016年12月

科学技術への顕著な貢献2016（ナイスステップな研究者）, 科学技術・学術政策研究所

源利文
2015年10月

神戸大学学長表彰, 神戸大学

源利文

論文

209

Detection assay improvements and distribution analyses of the invasive diatom Cymbella janischii from environmental DNA

Yoko Kato-Unoki, Tamie Suzawa, Trang Tran Thu, Takumi Sugahara, Yasuhiro Mitani, Yoshitsugu Masuda, Jun-ichi Tsuboi, Toshifumi Minamoto, Satoquo Seino

Water Biology and Security 5(4) 100527 2026年10月査読有り
Stemflow for detecting mammalian environmental DNA: a case study in a zoo

Yuya Ishihara, Kazumi Aoki, Ayumi Sakata, Masayuki K. Sakata, Kyohei Hamano, Qianqian Wu, Masaki Miya, Toshifumi Minamoto

Metabarcoding and Metagenomics 10 e176285 2026年4月2日査読有り最終著者責任著者
Collection of ITS2 region reference sequences for freshwater fish in the Japanese archipelago for environmental DNA metabarcoding applications

Gen Ito, Daisuke Sasaki, Masayuki K. Sakata, Seigo Kawase, Toshifumi Minamoto, Hiroki Yamanaka

Metabarcoding and Metagenomics 10 e162895 2026年4月2日査読有り
eDNA-Based aquatic biodiversity monitoring in East and Southeast Asia: Current practices and priorities

Maslin Osathanunkul, Toshifumi Minamoto

Agriculture and Natural Resources 60 600115 2026年4月査読有り
Landscape factors influencing the distribution of rare submerged plant species: An environmental DNA (eDNA) study

Ayaka Fujiwara, Kei Uchida, Satoshi Yamamoto, Hirotoshi Sato, Ryohei Nakao, Masayuki K. Sakata, Norio Hayashi, Hiroki Yamanaka, Atushi Ushimaru, Toshifumi Minamoto

PeerJ (in press) 2026年3月査読有り最終著者責任著者
Toward understanding diel changes in environmental DNA detection and quantification patterns in relation to organismal behaviors: A literature review and case study

Toshiaki S. Jo, Sou Fukumoto, Toshifumi Minamoto, Yoh Yamashita, Reiji Masuda

Water Biology and Security (in press) 100593 2026年3月査読有り
Feasibility of an eDNA-based educational programme for high school students

Ryota P. Kitani, Tatsuya Saga, Minoru Kasada, Mieko Kiyono, Masayuki Sato, Atushi Ushimaru, Toshifumi Minamoto

Biodiversity and Conservation 35(3) 85 2026年2月25日査読有り最終著者
Large-scale environmental DNA survey reveals niche axes of a regional coastal fish community

Yutaka Osada, Masaki Miya, Hitoshi Araki, Hideyuki Doi, Akihide Kasai, Reiji Masuda, Toshifumi Minamoto, Satoquo Seino, Teruhiko Takahara, Satoshi Yamamoto …

Scientific Reports 16(1) 3276 2026年2月16日査読有り
Best Practice Guidelines for Targeted Environmental DNA-Based Proficiency Testing in Non-Regulatory Contexts

Margaret E. Hunter, Adam Sepulveda, Alejandro Trujillo-Gonzalez, Caren C. Helbing, Helen C. Rees, Devin N. Jones-Slobodian, Rachel C Miliano, Toshifumi Minamoto, Susanna Theroux, Taylor Wilcox …

Environmental DNA 8(1) e70189 2026年1月22日査読有り
Analysis of integrated studies on ecosystem service, human well-being, and urban planning: regional trends and recommendations for future studies

Yuta Uchiyama, Masayuki Sato, Atushi Ushimaru, Toshifumi Minamoto

Urban Ecosystems 28(6) 214 2025年10月14日査読有り
QuickConc: A Rapid, Efficient, and Power‐Free <scp>eDNA</scp> Concentration Method With Cationic‐Assisted Capture

Tomohiro Kuroita, Qianqian Wu, Ryo Iwamoto, Toshifumi Minamoto

Ecology and Evolution 15(10) e72269 2025年10月8日査読有り最終著者責任著者
Significant improvement of environmental DNA assay by targeting retrotransposon sequences characteristic to Anguilla eels

Itsuki T. Hirayama, Yuta Kunimasa, Aya Takeuchi, Toshifumi Minamoto

Environmental DNA 7(5) e70197 2025年9月28日査読有り最終著者
Association between objective and subjective relatedness to nature and human well-being: key factors for residents and possible measures for inequality in Japan’s megacities

Yuta Uchiyama, Akira Kyan, Masayuki Sato, Atushi Ushimaru, Toshifumi Minamoto, Kazuhiro Harada, Minoru Takakura, Ryo Kohsaka, Mieko Kiyono, Tetsuya Tsurumi …

Landscape and Urban Planning 261 105377 2025年9月査読有り
High-frequency eDNA metabarcoding survey data of coastal fish across the Japanese Archipelago

Hideyuki Doi, Masaki Miya, Hitoshi Araki, Akihide Kasai, Reiji Masuda, Toshifumi Minamoto, Satoquo Seino, Hiroki Yamanaka, Tetsuya Sado, Hisashi Yamakawa …

EcoEvoRxiv 2025年6月17日
Development of an eDNA-based qPCR and dPCR method for detecting the spatial distribution and relative abundance of the critically endangered giant barb (Catlocarpio siamensis)

Jesdakorn Ongkulee, Chatmongkon Suwannapoom, Toshifumi Minamoto, Maslin Osathanunkul

Global Ecology and Conservation 59 e03511 2025年6月査読有り
Development of universal PCR primers for the environmental DNA metabarcoding of cephalopod (Mollueca) diversity

Qianqian Wu, Tomoyuki Nakano, So Ishida, Tomoyuki Komai, Yoshihiro Fujiwara, Takao Yoshida, Masaru Kawato, Shin-ichiro Oka, Katsunori Fujikura, Masaki Miya …

Marine Environmental Research 208 107094 2025年4月16日査読有り最終著者
マクロ生物の環境DNA分析：発展の歴史と将来への展望

源利文

応用生態工学 (in press) 2025年4月査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Seven-year changes in eDNA concentrations of two dominant submerged macrophytes in Lake Shinji: effects of salinity

Teruhiko Takahara, Satoshi Yamagishi, Rina Shimoda, Akihiro Nagata, Masayuki K. Sakata, Hideyuki Doi, Toshifumi Minamoto

Estuarine, Coastal and Shelf Science 315 109165 2025年4月査読有り
Reconstruction of marimo population dynamics over 200 years using molecular markers and fossil plankton remains

Jotaro Urabe, Isamu Wakana, Hajime Ohtsuki, Masayuki K. Sakata, Yurie Ohtake, Ryotaro Ichige, Michinobu Kuwae, Toshifumi Minamoto

Environmental DNA 7 e70085 2025年3月31日査読有り
Influence of homogenization methods on lichen species detection from environmental DNA metabarcoding

Ayumi Sakata, Toshifumi Minamoto, Tetsuya Sado, Ryo O. Gotoh, Masaki Miya

Metabarcoding and Metagenomics 9 e144340 2025年3月28日査読有り

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書籍等出版物

環境DNA入門ただよう遺伝子は何を語るか

源利文

岩波書店 2022年 (ISBN: 9784000297158)
先端の分析法第2版

源利文 (担当:分担執筆, 範囲:pp 756-765.「環境DNA分析」)

株式会社エヌ・ティー・エス 2022年1月
環境DNA−生態系の真の姿を読み解く−（土居秀幸・近藤倫生編）

源利文 (担当:共著, 範囲:pp. 249-253. コラム「環境DNA分析における手法の標準化」)

共立出版 2021年3月13日
環境DNA−生態系の真の姿を読み解く−（土居秀幸・近藤倫生編）

坂田雅之, 徐寿明, 源利文 (担当:分担執筆, 範囲:pp. 1-35. 第1章「環境DNA分析の概要」)

共立出版 2021年3月13日
魚類学の百科事典（日本魚類学会編）

源利文 (担当:分担執筆, 範囲:pp. 492-493. 「環境DNA」)

丸善出版 2018年10月
In Vitro Mutagenesis Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology vol. 1498; Ed. Andrew Reeves)

Toshifumi Minamoto (担当:分担執筆, 範囲:pp.491-495. Random Mutagenesis by Error-Prone Polymerase Chain Reaction Using a Heavy Water Solvent)

Springer New York 2016年10月 (ISBN: 9781493964703)
感染症の生態学（日本生態学会編）

源利文 (担当:分担執筆, 範囲:pp. 39-51. 第4章「感染症の発症メカニズム」)

共立出版 2016年3月
身近な水の環境科学実習・測定編（日本陸水学会東海支部会編）

高原輝彦, 源利文, 土居秀幸 (担当:分担執筆, 範囲:pp. 159-161. コラム「水を調べるだけで生き物がわかる！環境DNAを利用した生物分布モニタリング法」)

朝倉書店 2014年6月
湖の現状と未来可能性（RIHN-China Study Series No.3: 川端善一郎、孔海南、呉得意、福士由紀、窪田順平編）

源利文, 川端善一郎 (担当:分担執筆, 範囲:pp. 75-86. 第５章「湖の環境改変と感染症」)

松香堂書店 2014年3月
湖の現状と未来可能性（RIHN-China Study Series No.3: 川端善一郎、孔海南、呉得意、福士由紀、窪田順平編）

谢强, 吴德意, 源利文, 山中裕树, 本庄三惠, 川端善一郎 (担当:分担執筆, 範囲:pp. 139-151. 第９章「水生植物湖滨带改善现场实证性研究」)

松香堂書店 2014年3月
地球環境学マニュアル２はかる・みせる・読みとく（総合地球環境学研究所編）

源利文 (担当:分担執筆, 範囲:pp. 68-69. 第4章 4.4 「環境DNAを用いた水中動物相のモニタリング」)

総合地球環境学研究所 2014年1月
生物の多様性ってなんだろう-生命のジグソーパズル (京都大学総合博物館・京都大学生態学研究センター編)

源利文, 清水勇 (担当:分担執筆, 範囲:pp140-164 魚類の多様性とオプシン遺伝子)

京都大学学術出版会 2007年 (ISBN: 9784876988273)
DNAチップ活用テクノロジーと応用 (久原哲編)

石田直理雄, 源利文 (担当:分担執筆, 範囲:pp 108-117「DNAチップを用いた生物時計機能解析－ショウジョウバエの交尾行動リズムとホヤの体内時計」)

シーエムシー出版 2006年9月 (ISBN: 9784882315902)
生物多様性のすすめ－生態学からのアプローチ(大串隆之編)

清水勇, 源利文 (担当:分担執筆, 範囲:pp90-109 「見える世界が魚を変える－魚類の多様性と視覚適応」)

丸善 2003年 (ISBN: 9784621072189)

MISC

環境DNA研究の最先端

源利文

アグリバイオ 10(4) 6-7 2026年4月招待有り筆頭著者責任著者
環境DNAを用いて陸上の動物を調べる

源利文

HABATAKI 2026 SPRING/WINTER 2025年12月招待有り筆頭著者責任著者
環境DNA調査の広がりと今後の期待

源利文

ミルシル 18(1) 15-17 2025年1月招待有り筆頭著者責任著者
教科書的には正しくないことがおもしろい

源利文

中等教育資料 (1063) 2-3 2024年12月招待有り筆頭著者責任著者
The eDNA Society International Meeting 2023, “Moving from knowledge into practice”

Hiroki Yamanaka, Hideyuki Doi, Hitoshi Araki, Kimiko Uchii, Toshifumi Minamoto

Environmental DNA 5 1191-1195 2023年11月
生息地土壌の環境DNA分析による侵略的外来アリの分布状況把握

源利文

ペストコントロール 198 20-25 2022年4月招待有り筆頭著者最終著者責任著者
環境DNAなどの生体分子を用いた水中生物の情報取得の試み

源利文

JMOAレポート (19) 1-10 2020年2月招待有り筆頭著者最終著者責任著者
環境DNAを用いた生物調査法の発展とその応用

源利文

科学 89(11) 1029-1035 2019年11月招待有り
環境DNA：水中の生物相を簡単に把握できるツール

源利文

清流青湖 146 10-11 2019年3月招待有り
環境DNA分析の概要と希少種の検出~水をくむだけで絶滅危惧種の分布がわかる

源利文

化学と生物 57(3) 181-186 2019年3月招待有り
環境DNA技術の現状と今後の展望(座談会)—特集環境DNAを考える

源利文, 乾隆帝, 大井和之, 藤井暁彦

環境管理 = Environmental evaluation (48) 4-14 2019年
種特異的な環境DNA検出によるマクロ生物の生態調査

源利文

水環境学会誌 41A(4) 123-127 2018年4月招待有り
水を汲むだけの生物調査〜環境DNA技術の紹介〜

池田幸資, 土居秀幸, 源利文

技術士 30(3) 20-21 2018年3月
環境DNAの有効性：水槽実験とフィールドでの検証

益田玲爾, 村上弘章, 高橋宏司, 源利文, 宮正樹

海洋と生物 40(1) 17-22 2018年2月招待有り
環境DNAによる個体数・生物量推定の可能性

深谷肇一, 長田穣, 源利文

海洋と生物 40(1) 47-53 2018年2月招待有り
環境DNAとは何か

源利文

海洋と生物 40(1) 3-8 2018年2月招待有り
Environmental DNA and its application in the detection and control of fish and water borne zoonosis: Opisthorchiasis in LAOs and schistosomiasis in Madagascar

Marcello Otake Sato, Armand Rafalimanantsoa Solofoniaina, Megumi Sato, Tiengkham Pongvongsa, Toshifumi Minamoto, Satoru Kawai, Yuichi Chigusa

Dokkyo Journal of Medical Sciences 45(2) 85 2018年
水域生態系における環境DNAモニタリング手法開発の現在

源利文

環境技術 46(12) 624-629 2017年12月招待有り
環境DNAモニタリング手法の課題と展望

源利文, 内井喜美子, 高原輝彦, 土居秀幸

環境技術 46(12) 648-652 2017年12月招待有り
大量シーケンスと標準DNAを利用した魚類環境DNAの網羅的・定量的モニタリング:京都府舞鶴湾での解析事例

潮雅之, 潮雅之, 村上弘章, 益田玲爾, 佐土哲也, 宮正樹, 櫻井翔, 山中裕樹, 源利文, 近藤倫生

水産海洋研究 81(4) 305‐307 2017年11月10日

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講演・口頭発表等

573

静岡県石津浜海岸における釣り人の動向と釣りゴミの解析

福安駿生, 吉澤諒成, 岩崎真大, 中村元春, 矢追雄一, 木谷亮太, 源利文

第73回日本生態学会大会 2026年3月15日
環境DNA調査におけるレトロトランスポゾンマーカー利用によるウナギ検出感度の向上と分布推定の精緻化

平山一槻, 國政祐太, 竹内綾, 青葉航輝, 小田康平, 源利文

第73回日本生態学会大会 2026年3月15日
環境DNAを用いた同所的近縁種の相対バイオマス推定：イワナ属2種を用いた実証研究

香月智裕, 平山一槻, 榎戸萌, 賈煒, 中正大, 植村洋亮, 三枝弘典, 早川慧, 根来晃佑, 遠藤岬, 今野友陽, 土居秀幸, 源利文, 小泉逸郎

第73回日本生態学会大会 2026年3月14日
糞虫の腸内DNAを用いた哺乳類相の調査方法の検討

岡本圭未, 源利文, 岸本圭子, 菱拓雄, 兵藤不二夫

第73回日本生態学会大会 2026年3月14日
耕作放棄がセトウチサンショウウオを脅かす-生息への影響と保全管理の提案-

松本奈々, 坂田雅之, 國政祐太, 山本優奈, 源利文

第73回日本生態学会大会 2026年3月14日
環境DNA分析を活用した地域の生物多様性教育の短期的および長期的効果

木谷亮太, 佐賀達矢, 笠田実, 清野未恵子, 佐藤真行, 丑丸敦史, 源利文

第73回日本生態学会大会 2026年3月14日
送粉昆虫モニタリングの手法間比較：同定精度及び記録訪花頻度に注目して

長濱永実, 平山楽, 吉原知哉, 武田和也, 源利文, 丑丸敦史

第73回日本生態学会大会 2026年3月14日
環境DNA分析による水田性カエル類の分布に対する地形および種間相互作用の影響評価

小倉彰紀, 武島弘彦, 丑丸敦史, 源利文

第73回日本生態学会大会 2026年3月14日
e-エピジェネティックスで切り開く環境DNA研究の最前線

坂田雅之, 平山一槻, 源利文, 荒木仁志

第73回日本生態学会大会 2026年3月13日招待有り
環境DNA分析と食活動を用いた包摂的な生物多様性教育の実践と効果検証

佐賀達矢, 木谷亮太, 笠田実, 山本健太, 源利文

第73回日本生態学会大会 2026年3月13日
絶滅危惧種ニホンザリガニの過去約20年間の局所絶滅に関する定量的評価

賈イ, 今野友陽, 田中一典, 川井唯史, 平山一槻, 小倉彰紀, 源利文, 小泉逸郎

第73回日本生態学会大会 2026年3月11日
自然環境を診るLiquid Biopsy？環境DNAによる生態系の健康診断

源利文

第10回Liquid Biopsy研究会シンポジウム3 医療分野を超えて拡大するLiquid biopsy 2026年2月7日招待有り
Developing the eDNA Manual in Japan: What Standardization Has Brought

Toshifumi Minamoto

ANEMONE GLOBAL SYMPOSIUM 2026年2月6日招待有り
送粉昆虫モニタリングの手法間比較：同定精度及び記録訪花頻度に注目して

長濱永実, 平山楽, 吉原知哉, 武田和也, 源利文, 丑丸敦史

2025年度（第57回）種生物学シンポジウム 2025年12月
Retrotransposon marker substantially enhances environmental DNA detection sensitivity of Anguilla eels

Itsuki Hirayma, Yuta Kunimasa, Aya Takeuchi, Toshifumi Minamoto

BES Annual Meeting 2025 2025年12月17日
The novel identification method of the hybrid using environmental DNA

Masayuki Sakata, Nanako Yano, Akio Imamura, Hiroki Yamanaka, Toshifumi Minamoto

BES Annual Meeting 2025 2025年12月16日
Detecting fish spawning via a sperm-specific environmental DNA methylation marker in a cyprinid species, Hemigrammocypris neglectus

Toshifumi Minamoto, Itsuki Hirayama

BES Annual Meeting 2025 2025年12月16日
環境DNA分析によるオオサンショウウオの遺伝的多様性の解明

吉田幸太郎, 國政祐太, 木谷亮太, 源利文

第8回環境DNA学会山口大会
野外環境水からの細胞核回収法の確立および分析手法の最適化：交雑種検出への応用

矢野七虹, 坂田雅之, 今村彰生, 山中裕樹, 源利文

第8回環境DNA学会山口大会
マンソン住血吸虫の環境DNAの検出感度向上に向けた方法論的進展

山本優奈, Evans Asena Chadeka, Benard Ngetich, George Ododa, 凪幸世, 二見恭子, 日向綾子, Sammy M. Njenga, Collins Ouma, 濱野真二郎, 源利文

第8回環境DNA学会山口大会

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書籍等出版物

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