古明地勇人 (Komeiji Yuto) - マイポータル

基本情報

所属: 大阪大学大学院薬学研究科招へい教授
: 国立研究開発法人産業技術総合研究所シニアスタッフ

学位: 博士（理学）(東京大学)

researchmap会員ID: B000319093

分子動力学法と分子軌道法を使って、タンパク質や核酸のダイナミクスと電子状態を解析しています。プログラム開発も、（気力があれば）行っています。言語はFortranかPython。

主要な研究キーワード

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研究分野

主要な経歴

2025年4月 - 現在

国立研究開発法人産業技術総合研究所, セルフケア実装研究センター, シニアスタッフ
2025年4月 - 現在

大阪大学, 大学院薬学研究科, 招へい教授

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学歴

1987年4月 - 1992年3月

東京大学, 大学院理学系研究科, 植物学専攻
1985年4月 - 1987年3月

東京大学, 農学部, 農業生物学科
1983年4月 - 1985年3月

東京大学, 教養学部, 理科II類

主要な論文

Opinion: FMO meets MD – Achievements and Future Directions

Yuto Komeiji

Chem-Bio Informatics Journal 25 71-78 2025年10月3日査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者
Prediction of Binding Pose and Affinity of Nelfinavir, a SARS-CoV-2 Main Protease Repositioned Drug, by Combining Docking, Molecular Dynamics, and Fragment Molecular Orbital Calculations

Yuma Handa, Koji Okuwaki, Yusuke Kawashima, Ryo Hatada, Yuji Mochizuki, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka, Takayuki Furuishi, Etsuo Yonemochi, Teruki Honma …

The Journal of Physical Chemistry B 2024年3月4日査読有り
Thermal and Quantum Fluctuations of Harmonic Oscillator

Shigenori Tanaka, Yuto Komeiji

JOURNAL OF PHYSICS AND CHEMISTRY RESEARCH 4(3) 1-2 2022年12月3日査読有り最終著者
Collective residue interactions in trimer complexes of SARS-CoV-2 spike proteins analyzed by fragment molecular orbital method

Koji Okuwaki, Kazuki Akisawa, Ryo Hatada, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka

Applied Physics Express 15(1) 017001-017001 2022年1月1日査読有り
Fragment Molecular Orbital Based Interaction Analyses on COVID-19 Main Protease - Inhibitor N3 Complex (PDB ID: 6LU7).

Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki, Yuma Handa, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Shigenori Tanaka

Journal of chemical information and modeling 2020年6月25日査読有り
Cm3+/Eu3+ induced structural, mechanistic and functional implications for calmodulin

Björn Drobot, Moritz Schmidt, Yuji Mochizuki, Takaya Abe, Koji Okuwaki, Florian Brulfert, Sven Falke, Sergey A. Samsonov, Yuto Komeiji, Christian Betzel …

Physical Chemistry Chemical Physics 21(38) 21213-21222 2019年査読有り
Application of tensorflow to recognition of visualized results of fragment molecular orbital (FMO) calculations

Saitou, S., Iijima, J., Fujimoto, M., Mochizuki, Y., Okuwaki, K., Doi, H., Komeiji, Y.

Chem-Bio Informatics Journal 18 58-69 2018年査読有り
Interaction between a Single-Stranded DNA and a Binding Protein Viewed by the Fragment Molecular Orbital Method

Komeiji, Y., Okiyama, Y., Mochizuki, Y., Fukuzawa, K.

Bulletin of the Chemical Society of Japan 91(11) 1596-1605 2018年査読有り筆頭著者責任著者
Explicit solvation of a single-stranded DNA, a binding protein, and their complex: A suitable protocol for fragment molecular orbital calculation

Komeiji, Y., Okiyama, Y., Mochizuki, Y., Fukuzawa, K.

Chem-Bio Informatics Journal 17 72-84 2017年査読有り筆頭著者責任著者
Electron-correlated fragment-molecular-orbital calculations for biomolecular and nano systems

Tanaka, S., Mochizuki, Y., Komeiji, Y., Okiyama, Y., Fukuzawa, K.

Physical Chemistry Chemical Physics 16(22) 10310-10344 2014年査読有り
Three-body expansion and generalized dynamic fragmentation improve the fragment molecular orbital-based molecular dynamics (FMO-MD)

Komeiji, Y., Mochizuki, Y., Nakano, T.

Chemical Physics Letters 484(4-6) 380 2010年査読有り筆頭著者責任著者
How does an S<inf>N</inf>2 reaction take place in solution? Full Ab iInitio MD simulations for the hydrolysis of the methyl diazonium ion

Sato, M., Yamataka, H., Komeiji, Y., Mochizuki, Y., Ishikawa, T., Nakano, T.

Journal of the American Chemical Society 130(8) 2396-2397 2008年査読有り
Fragment molecular orbital method: Application to molecular dynamics simulation, 'ab initio FMO-MD'

Komeiji, Y., Nakano, T., Fukuzawa, K., Ueno, Y., Inadomi, Y., Nemoto, T., Uebayasi, M., Fedorov, D.G., Kitaura, K.

Chemical Physics Letters 372(3-4) 2003年査読有り筆頭著者責任著者
Molecular dynamics simulations revealed Ca²⁺-dependent conformational change of Calmodulin

Komeiji, Y., Ueno, Y., Uebayasi, M.

FEBS Letters 521(1-3) 2002年査読有り筆頭著者責任著者
Change in conformation by DNA-peptide association: Molecular dynamics of the Hin-recombinase-hixL complex

Komeiji, Y., Uebayasi, M.

Biophysical Journal 77(1) 1999年査読有り筆頭著者責任著者
Computational observation of an ion permeation through a channel protein

Suenaga, A., Komeiji, Y., Uebayasi, M., Meguro, T., Saito, M., Yamato, I.

Bioscience Reports 18(1) 1998年査読有り
Fast and accurate molecular dynamics simulation of a protein using a special-purpose computer

Y Komeiji, M Uebayasi, R Takata, A Shimizu, K Itsukashi, M Taiji

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 18(12) 1546-1563 1997年9月査読有り筆頭著者責任著者

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主要なMISC

フラグメント分子軌道法を用いた分子シミュレーション：FMO-MD 法.

古明地勇人

CICSJ Bull 31(3) 76-84 2013年招待有り筆頭著者最終著者責任著者
Kollmanの遺したもの

古明地勇人

CISJ Bull 19(4) 8-9 2001年招待有り筆頭著者最終著者責任著者
専用計算機を用いた生体高分子シミュレーションシステムの構築.

古明地勇人

CICSJ Bull 15 7-10 1997年招待有り筆頭著者最終著者責任著者

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主要な書籍等出版物

分子動力学法の基礎第2版更訂C

古明地勇人

CBI学会出版 2025年12月 (ISBN: 9784910628073)
Quantum Mechanics in Drug Discovery (A Heifetz, ed.)

沖山佳生, 福澤薫, 古明地勇人, 田中成典 (担当:共著, 範囲:Taking Water into Account with the Fragment Molecular Orbital Method.)

Humana Press, New York, NY. 2020年1月 (ISBN: 9781071602829)
分子システムの計算科学 -電子と原子の織り成す多体系のシミュレーション-

古明地勇人 (担当:分担執筆, 範囲:第2章分子運動の計算科学)

共立出版 2010年 (ISBN: 9784320122710)
生体系のコンピュータシミュレーション

古明地勇人 (担当:分担執筆, 範囲:第3章分子シミュレーション用ソフトウェアの開発とその利用)

化学同人 2002年 (ISBN: 9784759807387)

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担当経験のある科目(授業)

2017年4月 - 2025年9月

情報科学（化） (立教大学理学部化学科、中断時期あり)
2016年10月 - 2025年3月

分子動力学論 (立教大学理学部化学科)
2022年4月 - 2024年9月

情報基礎（応用化学） (埼玉大学工学部応用化学科)
2008年4月 - 2016年9月

化学情報処理 (立教大学理学部化学科)
2016年8月 - 2016年8月

外国語による表現法 (兵庫教育大大学院)
2010年10月 - 2016年3月

分子科学 (立教大学理学部化学科)
2012年2月 - 2012年3月

現代生化学 (お茶の水女子大大学院化学・生物化学コース)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

多重極子展開による環境静電ポテンシャルを用いた周期境界条件FMO-MDの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2019年4月 - 2022年3月

古明地勇人
アクチニド分子種と生体分子の相互作用に関する計算化学的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2016年4月 - 2019年3月

望月祐志, 石川岳志, 津島悟, 古明地勇人, 森寛敏, 中野達也
有機反応ダイナミクス支配現象の微視的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2010年4月 - 2014年3月

山高博, 望月祐志, 古明地勇人, 佐藤真
全電子MO計算によるK^+漏洩チャネル蛋白質のイオン選択と透過機構の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2002年 - 2003年

北浦和夫, 上林正巳, 古明地勇人

社会貢献活動

スーパーサイエンスハイスクール講演

講師

山梨日川高校計算機シミュレーションで見る分子の世界 2015年1月 - 2016年7月

古明地勇人

基本情報

主要な研究キーワード

研究分野

主要な経歴

学歴

主要な論文

主要なMISC

主要な書籍等出版物

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

社会貢献活動

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