本研究では，琉球列島の海底洞窟において，①海底洞窟環境，②海底洞窟性動物の群集構造および生態分布，③海底洞窟性動物の集団遺伝学的研究，の３項目に関連した諸研究を実施した。本研究では，約375種（9動物門）の動物種を採集し，それらの海底洞窟性動物の中には，典型的な暗所適応的形態(眼が小さくなる，脚が細長くなる）を有する“洞窟性種”が存在する一方，そうした特徴を持たない“偶来性（迷入性）”あるいは“夜行性（好暗性）”の種が多く存在することが明らかとなった。また，これらの動物種の洞内における分布パタンは,洞窟内の微小環境（光条件，塩分，底質の状態など）に強く影響を受けている可能性が示唆された。