山崎洋一 (YOICHI YAMAZAKI) - マイポータル

基本情報

J-GLOBAL ID: 201801021022819114
researchmap会員ID: B000337053

研究分野

ライフサイエンス / 生物物理学 /

論文

137

Structure elements can be predicted using the contact volume among protein residues

Yasumichi Takase, Yoichi Yamazaki, Yugo Hayashi, Sachiko Toma-Fukai, Hironari Kamikubo

Biophysics and Physicobiology 18 50-59 2021年
Wavelength-Dependent Photoreaction of PYP from Rhodobacter capsulatus.

Suhyang Kim, Yusuke Nakasone, Akira Takakado, Yoichi Yamazaki, Hironari Kamikubo, Masahide Terazima

Biochemistry 59(51) 4810-4821 2020年12月29日
Spectroscopic and structural characteristics of a dual-light sensor protein, PYP-phytochrome related protein

Jia-Siang Sum, Yoichi Yamazaki, Keito Yoshida, Kento Yonezawa, Yugo Hayashi, Mikio Kataoka, Hironari Kamikubo

Biophysics and Physicobiology 17 103-112 2020年査読有り
Statistical description of the denatured structure of a single protein, staphylococcal nuclease, by FRET analysis

Mariko Yamaguchi, Emi Ohta, Takuya Muto, Takayoshi Watanabe, Takahiro Hohsaka, Yoichi Yamazaki, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka

Biophysical Reviews 2017 2017年11月査読有り
Neutron crystallography of photoactive yellow protein reveals unusual protonation state of Arg52 in the crystal

Kento Yonezawa, Nobutaka Shimizu, Kazuo Kurihara, Yoichi Yamazaki, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka

SCIENTIFIC REPORTS 7 9361 2017年8月査読有り
Intramolecular Interactions That Induce Helical Rearrangement upon Rhodopsin Activation

Yoichi Yamazaki, Tomoko Nagata, Akihisa Terakita, Hideki Kandori, Yoshinori Shichida, Yasushi Imamoto

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 289(20) 13792-13800 2014年5月査読有り
2P015 マイクロ流路を用いたX線溶液散乱測定用サンプルチェンジャーの開発(01A. 蛋白質:構造,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Okabe Ryuji, Kamikubo Hironari, Yamazaki Yoichi, Kataoka Mikio

生物物理 54(1) S197 2014年
3P244 2 種類のPYP における光誘起構造変化の違いをうむ部位の解析(光生物 : 視覚・光受容,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Yoichi Yamazaki, Yoshiaki Mathumoto, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka

生物物理 54(1) S289 2014年
3P246 PYP のβ4-5 loop 領域と発色団環境との関係性の解明(光生物 : 視覚・光受容,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Atsuhiro Kawamura, Yoichi Yamazaki, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka

生物物理 54(1) S289 2014年
1P239 Photoactive Yellow Proteinにおけるアルギニン52のプロトン化状態(18A. 光生物:視覚・光受容,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Yonezawa Kento, Kamikubo Hironari, Yoshida Keito, Yamazaki Yoichi, Kataoka Mikio

生物物理 54(1) S180 2014年
1P240 PYP-Phytochrome Related Proteinの2つのセンサードメインで生じる光反応の関連性(18A. 光生物:視覚・光受容,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Yoshida Keito, Kamikubo Hironari, Yonezawa Kento, Yamazaki Yoichi, Kataoka Mikio

生物物理 54(1) S180 2014年
1P057 カルシトニンアミロイド凝集機構の解明と抑制法の考案(01C. 蛋白質 : 物性,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Tanaka Hiroko, Kamikubo Hironari, Yamazaki Yoichi, Kataoka Mikio

生物物理 54(1) S150 2014年
1P062 トリプトファン三重項寿命測定を用いたstaphylococcal nucleaseの変性構造の評価(01C. 蛋白質 : 物性,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Aoyagi Sadatoshi, Yamaguchi Mariko, Kamikubo Hironari, Yamazaki Yoichi, Kataoka Mikio

生物物理 54(1) S151 2014年
Mapping of the local environmental changes in proteins by cysteine scanning

Yoichi Yamazaki, Tomoko Nagata, Akihisa Terakita, Hideki Kandori, Yoshinori Shichida, Yasushi Imamoto

Biophysics (Japan) 10 1-7 2014年査読有り
Excited-state proton transfer in fluorescent photoactive yellow protein containing 7-hydroxycoumarin

Dian Novitasari, Hironari Kamikubo, Yoichi Yamazaki, Mariko Yamaguchi, Mikio Kataoka

Advanced Materials Research 896 85-88 2014年査読有り
3P029 Analysis of unfolded structure of Staphylococcal nuclease mutants by using FRET(01A. Protein: Structure,Poster)

Ohta Emi, Muto Takuya, Kishi Yusuke, Yamaguchi Mariko, Watanabe takayoshi, Yamazaki Yoichi, Kamikubo Hironari, Hohsaka Takahiro, Kataoka mikio

生物物理 53(1) S216 2013年
2P252 PYP_M中間体におけるアルギニン52のプロトン化状態(18A.光生物:視覚・光受容,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Noji Masayoshi, Kamikubo Hironari, Yamazaki Yoichi, Yamaguchi Mariko, Kataoka Mikio

生物物理 53(1) S200 2013年
2P249 Rhodobacter capsulatus由来Photoactive Yellow ProteinのX線結晶構造解析(18A.光生物:視覚・光受容,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Matsumoto Hiroshi, Yamazaki Yoichi, Kamikubo Hironari, Yamaguchi Mariko, Kataoka Mikio

生物物理 53(1) S200 2013年
2P253 Excited State Proton Transfer of Fluorescent Photoactive Yellow Protein Reconstituted with Hydroxycoumarin(18A. Photobiology: Vision & Photoreception,Poster)

Novitasari Dian, Kamikubo Hironari, Yamazaki Yoichi, Yamaguchi Mariko, Kataoka Mikio

生物物理 53(1) S200 2013年
2P248 Rhodobacter capsulatus由来Photoactive Yellow Proteinの相互作用部位の解明(18A.光生物:視覚・光受容,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Yamazaki Yoichi, Shimada Mayu, Kamikubo Hironari, Kataoka Mikio

生物物理 53(1) S200 2013年

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MISC

28pKP-2 トリプトファン三重項寿命を用いたStaphylococcal nucleaseの主鎖の運動性評価(生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

松本昇紘, 山口真理子, 芝るみ, 上久保裕生, 山崎洋一, 片岡幹雄

日本物理学会講演概要集 68(2) 339-339 2013年8月26日
Low –barrier hydrogen bond in photoactive yellow protein Shigeo Yamaguchi, Hironari Kamikubo, Kazuo Kurihara, Ryota Kuroki, Nobuo

Niimura, Nobutake Shimizu, Yoichi Yamazaki, Mikio Kataoka

PNAS 106 2009年
27aPS-71 Staphylococcal nuclease C末端欠損変異体の溶媒による構造安定性(27aPS 領域11,領域12合同ポスターセッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理分野))

久保田進, 平野聡, 中川洋, 上久保裕生, 山崎洋一, 今元泰, 片岡幹雄

日本物理学会講演概要集 57(1) 296-296 2002年3月1日

講演・口頭発表等

Structure and interaction analysis of the complex molecular systems (GGA/Arf/MPR/Ub) involved in Clathrin-coated vesicles

Endo Natsumi, Yugo Hayashi, Miho Shinohara, Keito Yoshida, Yoichi Yamazaki, Hironari Kamikubo

The 6th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions 2018年1月20日
Multiple phosphorylation and structural alteration of shootin1

Shoki Nakata, Kentarou Baba, Yugo Hayashi, Yoichi Yamazaki, Naoyuki Inagaki, Hironari Kamikubo

The 6th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions 2018年1月20日
複数の蛋白質複合体を含む多成分系平衡状態の構造解析

上久保裕生, 山崎洋一

第17回日本蛋白質科学会年会 2017年6月22日
Analysis of amyloid formation and inhibition mechanisms of human calcitonin by chimera calcitonin

Chiaki Ota, Yasumichi Yakase, Kentaro Ishii, Tomoyasu Aizawa, Yoichi Yamazaki, Mikio Kataoka, Susumu Uchiyama, Hironari Kamikubo

The 5th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions 2017年1月21日
An analysis of the interaction of gga with ubiquitin by using titration saxs measurement

Endo Natsumi, Yugo Hayashi, Miho Shinohara, Keito Yoshida, Yoichi Yamazaki, Hironari Kamikubo

The 5th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions 2017年1月21日
Structural change of shootin1 upon phosphorylation revealed by using small angle x-ray scattering

Shoki Nakata, Yugo Hayashi, Kentarou Baba, Keito Yoshida, Yohei Shibata, Yoichi Yamazaki, Naoyuki Inagaki, Hironari Kamikubo

The 5th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions 2017年1月21日
Exploring regulatory association and dissociation processes of biological molecules constituting a functional module

Yohei Shibata, Yoichi Yamazaki, Keito Yoshida, Shoki Nakata, Hironari Kamikubo

The 5th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions 2017年1月21日
Structural alteration of shootin1 upon phosphorylation revealed by using small angle x-ray scattering

Shoki Nakata, Keito Yoshida, Kentarou Baba, Yohei Shibata, Yoichi Yamazaki, Naoyuki Inagaki, Hironari Kamikubo

第54回日本生物物理学会年会 2016年11月27日
An analysis of the interaction of GGA with ubiquitin by using titration SAXS measurement

Yugo Hayashi, Miho Shinohara, Keito Yoshida, Yoichi Yamazaki, Kazuhisa Nakayama, Soichi Wakatsuki, Hironari Kamikubo

第54回日本生物物理学会年会 2016年11月27日
Analysis of amyloid formation and inhibition mechanisms of human calcitonin by chimera calcitonin

Chiaki Ota, Hiroko Tanaka, Tomoyasu Aizawa, Yoichi Yamazaki, Mikio Kataoka, Hironari Kamikubo

第54回日本生物物理学会年会 2016年11月26日
Analysis of light dependent multiple complex formation of Rc-PYP

Yohei Shibata, Yoichi Yamazaki, Keito Yoshida, Shoki Nakata, Hironari Kamikubo

第54回日本生物物理学会年会 2016年11月25日
Complex induced structural changes of Rhodobacter capsulatus Photoactive Yellow Protein

Yoichi Yamazaki, Yohei Shibata, Hironari Kamikubo

第54回日本生物物理学会年会 2016年11月25日
Analysis of amyloid formation and inhibition mechanisms of human calcitonin

Chiaki Ota, Hiroko Tanaka, Yoichi Yamazaki, Mikio Kataoka, Hironari Kamikubo

The Biophycial Society 60th Annual Meeting 2016年3月1日
Development of auto-sampling system designed for titration-saxs to investigate protein complexes under an equilibrium condition

Hironari Kamikubo, Keito Yoshida, Nobutaka Shimizu, Yoichi Yamazaki, Mikio Kataoka

The Biophycial Society 60th Annual Meeting 2016年2月28日
Analysis of amyloid formation and inhibition mechanisms of human calcitonin

C. Ota, H. Tanaka, T. Aizawa, Y. Yamazaki, M. Kataoka, H. Kamikubo

The 4rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions 2015年11月20日
Structural investigation of direct interaction between Shootin1 and cortactin by the titration SAXS measurements

J. Makino, K. Yoshida, Y. Kubo, K. Baba, Y. Yamazaki, N. Inagaki, M. Kataoka, H. Kamikubo

The 4rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions 2015年11月20日
Interaction/Structure analysis of GGA-Ubiquitin complex by using titration SAXS Measurement

Miho Shinohara, Hironari Kamikubo, Keito Yoshida, Yoichi Yamazaki, Kazuhisa Nakayama, Soichi Wakatsuki, Mikio Kataoka

第53回日本生物物理学会年会 2015年9月15日
Effects of chromophores of PYP - Phytochrome Related Protein on the structure

Keito Yoshida, Kento Yonezawa, Yoichi Yamazaki, Mikio Kataoka, Hironari Kamikubo

第53回日本生物物理学会年会 2015年9月15日
Protonation State of Arginine 52 in Photoactive Yellow Protein

Kento Yonezawa, Hironari Kamikubo, Yusuke Kanematsu, Yoichi Yamazaki, Masanori Tachikawa, Mikio Kataoka

第53回日本生物物理学会年会 2015年9月14日
Analysis of interaction sites on β-scaffold region of Rhodobacter capsulatus Photoactive Yellow Protein

Yoichi Yamazaki, Atsuhiro Kawamura, Mikio Kataoka, Hironari Kamikubo

第53回日本生物物理学会年会 2015年9月14日

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共同研究・競争的資金等の研究課題

光可逆的な液液相分離による液滴形成の動的解析と生理活性の制御

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2023年6月 - 2026年3月

山崎洋一
Kaiシステムの自律振動過程で生じるKaiC-KaiA/KaiB結合モードの時間依存的変調

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2026年3月

上久保裕生, 秋山修志, 山崎洋一, 米澤健人
Kaiシステムの自律振動過程で生じるKaiC-KaiA/KaiB結合モードの時間依存的変調

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2026年3月

上久保裕生, 秋山修志, 山崎洋一, 米澤健人
イェロープロテインの構造と光反応：一般性と多様性

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2012年4月 - 2016年3月

片岡幹雄, 上久保裕生, 山崎洋一
蛋白質の構造機能要素の抽出と応用の為の基盤整備

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2011年11月 - 2014年3月

上久保裕生, 片岡幹雄, 山崎洋一
ＰＡＳドメインタンパク質の相互作用多様化機構の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2011年 - 2013年

山崎洋一, 上久保裕生
天然変性蛋白質のモデル系開発と揺らぎと構造形成相関の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2008年 - 2012年

片岡幹雄, 上久保裕生, 山崎洋一, 山口真理子, 芝るみ, 遠藤仁
PASドメインタンパク質の多様な情報伝達は共通の機構で駆動しているか?

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2009年 - 2010年

山崎洋一
蛋白質機能を支えるダイナミクスの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2008年 - 2010年

片岡幹雄, 上久保裕生, 山崎洋一, 中川洋
センサータンパク質における多様な機能獲得機構の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2006年 - 2007年

山崎洋一
機能性タンパク質の動力学と折り畳み

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2007年

片岡幹雄, 山崎洋一
蛋白質の構造と機能を司る弱い相互作用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2005年 - 2006年

今元泰, 片岡幹雄, 上久保裕生, 山崎洋一
多様なPASドメインタンパク質の相互作用機構は同一か

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2004年 - 2005年

山崎洋一
アミノ酸配列の単純化によるタンパク質構造構築原理と機能分化機構の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2004年 - 2005年

片岡幹雄, 今元泰, 山崎洋一, 上久保裕生
PASドメイン類似タンパク質PYPの相互作用解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2002年 - 2003年

山崎洋一
イェロープロテインの構造、物性および機能

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2001年 - 2003年

片岡幹雄, 上久保裕生, 山崎洋一, 今元泰