森脇由隆 (Yoshitaka Moriwaki) - マイポータル

基本情報

学位: 博士（農学）(2014年3月東京大学)

連絡先: moriwaki.yoshitakatmd.ac.jp
J-GLOBAL ID: 201801008388835329
researchmap会員ID: B000328113

外部リンク: https://qiita.com/ag_smith

タンパク質構造についてのバイオインフォマティクスを中心に研究しています。

研究キーワード

研究分野

経歴

2024年10月 - 現在

東京科学大学, 総合研究院難治疾患研究所, 准教授
2024年4月 - 2024年9月

東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 准教授
2016年11月 - 2024年3月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 助教
2016年4月 - 2016年10月

自然科学研究機構, 分子科学研究所, 日本学術振興会特別研究員（PD）
2016年2月 - 2016年3月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 特任助教
2015年4月 - 2016年2月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 研究員
2014年4月 - 2015年3月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 日本学術振興会特別研究員（PD）
2013年4月 - 2014年3月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 日本学術振興会特別研究員（DC2）

学歴

2011年4月 - 2014年3月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 応用生命工学専攻
2009年4月 - 2011年3月

東京大学, 新領域創成科学研究科, メディカルゲノム専攻
2007年4月 - 2009年3月

東京大学, 工学部, 化学生命工学科
2005年4月 - 2007年3月

東京大学, 教養学部, 理科1類

委員歴

2025年6月 - 2027年6月

日本生物物理学会, 代議員

受賞

2021年6月

第21回日本蛋白質科学会若手奨励賞, アブラナ科植物の自家不和合性の花粉拒絶反応を制御するタンパク質SRK/SP11複合体の包括的相互作用解析, 日本蛋白質科学会

森脇由隆, 寺田透, 村瀬浩司, 高山誠司, 清水謙多郎
2013年6月

第13回日本蛋白質科学会年会ポスター賞, 日本蛋白質科学会

森脇由隆

論文

High-throughput prediction of protein–protein interactions uncovers hidden molecular networks in biosynthetic gene clusters

Yoshitaka Moriwaki, Taro Shiraishi, Yohei Katsuyama, Kenichi Matsuda, Jie Zhang, Toyoyuki Ose, Atsushi Minami, Hideaki Oikawa, Tomohisa Kuzuyama, Ryuichiro Ishitani …

Computational and Structural Biotechnology Journal 2026年6月7日査読有り筆頭著者責任著者
Identification of essential residues for the biosynthesis of momilactone intermediate diterpene in wild rice Oryza officinalis

Yuto Hasegawa, Yoshitaka Moriwaki, Yuri Takeda-Kimura, Kazunori Okada, Tomonobu Toyomasu

Biochemical Journal 483(6) 1035-1048 2026年5月22日査読有り
Distance-Restraint-Guided Diffusion Models for Sampling Protein Conformational Changes and Ligand Dissociation Pathways

Tatsuki Hori, Yoshitaka Moriwaki, Ryuichiro Ishitani

Journal of Chemical Theory and Computation 22(10) 5259-5270 2026年5月7日査読有り
Structural characterization of the native oligomerization mode of MvaT proteins in Pseudomonas

Delyana Vasileva, Chiho Suzuki-Minakuchi, Takatoshi Arakawa, Yoshitaka Moriwaki, Kento Yonezawa, Nobutaka Shimizu, Zui Fujimoto, Tohru Terada, Kazunori Okada, Hideaki Nojiri

Microbiology Spectrum e00235-26 2026年4月6日査読有り
4″-Methyl-S-Adenosyl-L-Methionines Are Substrates for 4-Methylazetidinecarboxylic Acid Synthases

Nayuta Nagano, Koichi Kiuchi, Atsushi Minato, Shusuke Sato, Yoshitaka Moriwaki, Rolf Müller, Tadashi Eguchi, Fumitaka Kudo

ACS Chemical Biology 21(2) 224-229 2026年1月19日査読有り
Multi-objective optimization for designing structurally similar proteins with dissimilar sequences

Ryo Akiba, Yoshitaka Moriwaki, Ryuichiro Ishitani, Naruki Yoshikawa

Science and Technology of Advanced Materials: Methods 2611575 2026年1月9日査読有り
Improving Stereochemical Limitations in Protein–Ligand Complex Structure Prediction

Ryuichiro Ishitani, Yoshitaka Moriwaki

ACS Omega 10(46) 56075-56084 2025年11月9日査読有り最終著者
The reaction mechanism for glycolysis side product degradation by Parkinson’s disease–linked DJ-1

Aiko Watanabe, Shizuka Ogiwara, Mirei Saito, Masaki Mishima, Masahiro Yamashina, Ryuichiro Ishitani, Yutaka Ito, Keiji Tanaka, Fumika Koyano, Koji Yamano …

Journal of Cell Biology 224(8) e202411078 2025年6月4日査読有り責任著者
Structural Basis for the Catalytic Mechanism of ATP‐Dependent Diazotase CmaA6

Seiji Kawai, Masayuki Karasawa, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Yohei Katsuyama, Yasuo Ohnishi

Angewandte Chemie International Edition e202505851 2025年4月24日査読有り
Biosynthesis of the tetrahydroxynaphthalene-derived meroterpenoid furaquinocin via reductive deamination and intramolecular hydroalkoxylation of an alkene

Tomohiro Noguchi, Fan Zhao, Yoshitaka Moriwaki, Hideaki Yamamoto, Kei Kudo, Ryuhei Nagata, Takeo Tomita, Tohru Terada, Kentaro Shimizu, Makoto Nishiyama …

Chemical Science 16 7912-7920 2025年3月31日査読有り
Molecular basis for the diversification of lincosamide biosynthesis by pyridoxal phosphate-dependent enzymes

Takahiro Mori, Yoshitaka Moriwaki, Kosuke Sakurada, Shuang Lyu, Stanislav Kadlcik, Jiri Janata, Aninda Mazumdar, Marketa Koberska, Tohru Terada, Zdenek Kamenik …

Nature Chemistry 17(2) 256-264 2024年12月6日査読有り責任著者
Easy and accurate protein structure prediction using ColabFold

Gyuri Kim, Sewon Lee, Eli Levy Karin, Hyunbin Kim, Yoshitaka Moriwaki, Sergey Ovchinnikov, Martin Steinegger, Milot Mirdita

Nature Protocols 20(3) 620-642 2024年10月14日査読有り
Insights into stereoselective ring formation in canonical strigolactone: Identification of a dirigent domain-containing enzyme catalyzing orobanchol synthesis

Masato Homma, Takatoshi Wakabayashi, Yoshitaka Moriwaki, Nanami Shiotani, Takumi Shigeta, Kazuki Isobe, Atsushi Okazawa, Daisaku Ohta, Tohru Terada, Kentaro Shimizu …

Proceedings of the National Academy of Sciences 121(26) e2313683121 2024年6月21日査読有り責任著者
QM/MM Study of the Catalytic Mechanism and Substrate Specificity of the Aromatic Substrate C-Methyltransferase Fur6

Fan Zhao, Yoshitaka Moriwaki, Tomohiro Noguchi, Kentaro Shimizu, Tomohisa Kuzuyama, Tohru Terada

Biochemistry 63(6) 806-814 2024年2月29日査読有り
Comprehensive computational analysis of the SRK–SP11 molecular interaction underlying self-incompatibility in Brassicaceae using improved structure prediction for cysteine-rich proteins

Tomoki Sawa, Yoshitaka Moriwaki, Hanting Jiang, Kohji Murase, Seiji Takayama, Kentaro Shimizu, Tohru Terada

Computational and Structural Biotechnology Journal 21 5228-5239 2023年10月査読有り責任著者
Feedback-AVPGAN: Feedback-guided generative adversarial network for generating antiviral peptides

Kano Hasegawa, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Cao Wei, Kentaro Shimizu

Journal of Bioinformatics and Computational Biology 20(06) 2022年12月査読有り
Extracellular pH sensing by plant cell-surface peptide-receptor complexes

Li Liu, Wen Song, Shijia Huang, Kai Jiang, Yoshitaka Moriwaki, Yichuan Wang, Yongfan Men, Dan Zhang, Xing Wen, Zhifu Han …

Cell 185(18) 3341-3355.e13 2022年9月査読有り
Prediction of protein mononucleotide binding sites using AlphaFold2 and machine learning

Shohei Yamaguchi, Haruka Nakashima, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Kentaro Shimizu

Computational Biology and Chemistry 107744-107744 2022年7月23日査読有り
ColabFold: making protein folding accessible to all

Milot Mirdita, Konstantin Schütze, Yoshitaka Moriwaki, Lim Heo, Sergey Ovchinnikov, Martin Steinegger

Nature Methods 19(6) 679-682 2022年5月30日査読有り
Mutagenesis Analysis of GMN Motif in Arabidopsis thaliana Mg2+ Transporter MRS2-1

Xiaoyu Yang, Natsuko I Kobayashi, Yoshiki Hayashi, Koichi Ito, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Kentaro Shimizu, Motoyuki Hattori, Ren Iwata, Hisashi Suzuki …

Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 86(7) 870-874 2022年5月7日査読有り

もっとみる

MISC

Dirigent domain含有タンパク質によるorobancholの立体選択的生合成機構

若林孝俊, 若林孝俊, 本間大翔, 森脇由隆, 塩谷七洋, 茂田巧, 磯部一樹, 岡澤敦司, 太田大策, 寺田透 …

植物の生長調節 58(Supplement) 2023年
AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

森脇由隆

JSBi Bioinformatics Review 3(2) 47-60 2022年11月1日査読有り筆頭著者責任著者
Insight into a Rapid Heme Transfer Reaction between Near Transporter Domains of Staphylococcus Aureus: A Theoretical Study using QM/MM and MD Simulations

Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Kouhei Tsumoto, Kentaro Shimizu

BIOPHYSICAL JOURNAL 110(3) 381A-381A 2016年2月
Molecular Basis Of Heme Capture By Isd System Of Staphylococcus Aureus

Jose M. Caaveiro, Nhuan Vu, Koldo Morante, Yoshitaka Moriwaki, Ryota Abe, Kouhei Tsumoto

PROTEIN SCIENCE 23 104-104 2014年7月

書籍等出版物

Newton（ニュートン） (2025年10月号)

森脇由隆 (担当:分担執筆, 範囲:AI創薬最新レポート; 薬の探索から設計へ─AlphaFoldの衝撃)

ニュートンプレス 2025年8月26日
AlphaFold時代の構造バイオインフォマティクス実践ガイド : 今日からできる!構造データの基本操作から相互作用の推定、タンパク質デザインまで

富井健太郎, 石谷隆一郎, 大上雅史, 大貫隼, 岡崎圭一, 木原大亮, 栗栖源嗣, 小林直也, 齋藤裕, 寺田透, 西羽美, 森脇由隆, 山口秀輝, 山守優, 于健, 力丸健太郎 (担当:共著, 範囲:第2章-3, 第3章-1)

羊土社 2024年11月29日 (ISBN: 9784758122764)
現代化学 2024年7月 AlphaFold3 その正体を探る

森脇由隆 (担当:分担執筆, 範囲:P.17 AlphaFold3とは何か)

東京化学同人 2024年7月1日
実験医学 Vol.41 No.16

森脇由隆 (担当:分担執筆, 範囲:ColabFoldのすすめ―AlphaFold2の利便性と機能を改善したColabFoldを活用しよう)

羊土社 2023年10月 (ISBN: 9784758125727)
化学 2022年 02月号

森脇由隆 (担当:分担執筆, 範囲:世界最強のタンパク質構造予測ソフトウェア AlphaFold2)

化学同人 2022年1月18日

講演・口頭発表等

タンパク質構造予測と計算化学の最近の動向

森脇由隆

第99回日本細菌学会総会 2026年3月22日招待有り
タンパク質計算科学の新たな展開：構造予測のその先へ

森脇由隆

Spring School for Theoretical Biology 2026 2026年3月4日招待有り
革新が続くタンパク質構造・相互作用予測と物理化学的計算手法がもたらす今後の生化学

森脇由隆

第98回日本生化学会大会 2025年11月3日
予測構造を利用した新規酵素反応機構の解析

森脇由隆

第25回日本蛋白質科学会年会 2025年6月18日招待有り
予測構造と計算で酵素の機能を解明できる時代へ

森脇由隆

Science Tokyo 設立記念ノーベル賞授賞式前日に考える：AIが変える創薬とタンパク質構造予測の最前線 2024年12月9日
AlphaFoldが作り出した新時代の生物学

森脇由隆

2024年ノーベル物理学賞、ノーベル化学賞、 AIで自然科学はどう変わったのか、どう変わるのか 2024年11月24日招待有り
AlphaFoldによってさらに発展するタンパク質の計算科学

森脇由隆

第51回構造活性相関シンポジウム 2023年11月20日招待有り
AlphaFold2を使い尽くそう！～今さら聞けない、何ができる？どう生かす？！

森脇由隆

"未来へのバイオ技術"勉強会「テクニカルシリーズⅡ AlphaFold2が与えた実験構造生物学への衝撃」 2022年5月25日招待有り
AlphaFoldがもたらす分子生物学への影響

小野田浩宜, 上海老師, 石谷隆一郎, 仙石徹, 森脇由隆

第44回日本分子生物学会年会 2021年12月1日招待有り
「GTR基礎講座Ⅱ」GTR院生企画 "-集まれ面白研究者- タンパク質立体構造予測ツール「Alphafold2」が作る未来"

森脇由隆

名古屋大学卓越大学院プログラムGTR院生企画 2021年11月12日招待有り
微生物・植物の研究分野に訪れるAlphaFold2の波及効果

森脇由隆

2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会 2021年9月28日招待有り

担当経験のある科目(授業)

2025年5月 - 2025年5月

遺伝子応用学 (千葉大学)
2024年12月 - 2024年12月

有機合成化学 (東京大学)
2023年12月 - 2023年12月

タンパク質構造と分子シミュレーションから生化学を考察する (東京農業大学)
2022年10月 - 2022年10月

計算生命科学の基礎9（1.3 タンパク質の立体構造予測－AlphaFold以前と以後－） (神戸大学)

所属学協会

2011年 - 現在

日本生物物理学会
2009年 - 現在

日本蛋白質科学会
2023年4月

日本農芸化学会

Works(作品等)

localcolabfold

森脇由隆

2021年9月2日 - 現在コンピュータソフト

共同研究・競争的資金等の研究課題

酵素反応情報と予測立体構造情報を考慮した次世代酵素基質複合体予測手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2025年4月 - 2028年3月

森脇由隆, 白石太郎
予測構造に基づく基質・反応特異性予測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2022年6月 - 2027年3月

寺田透, 森脇由隆
分子シミュレーションによる生体高分子の機能の予測と解析

国立研究開発法人日本医療研究開発機構生命科学・創薬研究支援基盤事業 2022年4月 - 2027年3月

寺田透, 森脇由隆
タンパク質構造に基づいたアブラナ科植物の自家不和合性を制御する分子の創出

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

森脇由隆, 村瀬浩司
タンパク質の複合体構造・分子間相互作用・ダイナミクス・機能の予測と解析

国立研究開発法人日本医療研究開発機構創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業 2017年4月 - 2022年3月

寺田透, 清水謙多郎, 森脇由隆, 谷一寿
ヒューマンコンピュテーションと計算創薬の融合的実装による創薬計算科学の深化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2018年4月 - 2021年3月

山本一樹, 大上雅史, 森脇由隆
構造と機能の両立を目指した新規ヘム結合蛋白質の計算設計と実験的検証

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2018年4月 - 2021年3月

森脇由隆
高親和性を有する新規ヘム結合蛋白質のｄｅｎｏｖｏ計算設計とその実験的検証

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2016年4月 - 2019年3月

森脇由隆
黄色ブドウ球菌ヘム輸送蛋白質群を標的とした実験科学・計算科学両面からの阻害剤開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2013年4月 - 2015年3月

森脇由隆

メディア報道

AI新時代光と影

読売新聞社読売新聞関連分野日本出遅れ 2024年10月11日新聞・雑誌
2024年ノーベル化学賞：タンパク質の設計と構造予測に貢献した3氏に

日経サイエンス https://www.nikkei-science.com/?p=74092 2024年10月10日インターネットメディア
What's next for AlphaFold and the AI protein-folding revolution

Nature Nature 2022年4月13日インターネットメディア

森脇由隆

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

Works(作品等)

共同研究・競争的資金等の研究課題

メディア報道

メニュー

共著者の一覧

フォロー一覧