森脇由隆 (Yoshitaka Moriwaki) - マイポータル

基本情報

学位: 博士（農学）(東京大学)

連絡先: moriwakibi.a.u-tokyo.ac.jp
J-GLOBAL ID: 201801008388835329
researchmap会員ID: B000328113

外部リンク: https://qiita.com/ag_smith

農学部でタンパク質についてのバイオインフォマティクスを中心に研究しています。

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 生物物理学 / タンパク質科学

経歴

2024年10月 - 現在

東京科学大学, 総合研究院難治疾患研究所, 准教授
2024年4月 - 2024年9月

東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 准教授
2016年11月 - 2024年3月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 助教
2016年4月 - 2016年10月

自然科学研究機構, 分子科学研究所, 日本学術振興会特別研究員（PD）
2016年2月 - 2016年3月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 特任助教
2015年4月 - 2016年2月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 研究員
2014年4月 - 2015年3月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 日本学術振興会特別研究員（PD）
2013年4月 - 2014年3月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 日本学術振興会特別研究員（DC2）

学歴

2011年4月 - 2014年3月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 応用生命工学専攻
2009年4月 - 2011年3月

東京大学, 新領域創成科学研究科, メディカルゲノム専攻
2007年4月 - 2009年3月

東京大学, 工学部, 化学生命工学科
2005年4月 - 2007年3月

東京大学, 教養学部, 理科1類

委員歴

2025年6月 - 2027年6月

日本生物物理学会, 代議員

受賞

2021年6月

第21回日本蛋白質科学会若手奨励賞, アブラナ科植物の自家不和合性の花粉拒絶反応を制御するタンパク質SRK/SP11複合体の包括的相互作用解析, 日本蛋白質科学会

森脇由隆, 寺田透, 村瀬浩司, 高山誠司, 清水謙多郎
2013年6月

第13回日本蛋白質科学会年会ポスター賞, 日本蛋白質科学会

森脇由隆

論文

Molecular basis for the diversification of lincosamide biosynthesis by pyridoxal phosphate-dependent enzymes

Takahiro Mori, Yoshitaka Moriwaki, Kosuke Sakurada, Shuang Lyu, Stanislav Kadlcik, Jiri Janata, Aninda Mazumdar, Marketa Koberska, Tohru Terada, Zdenek Kamenik …

Nature Chemistry 2024年12月6日査読有り責任著者
Easy and accurate protein structure prediction using ColabFold

Gyuri Kim, Sewon Lee, Eli Levy Karin, Hyunbin Kim, Yoshitaka Moriwaki, Sergey Ovchinnikov, Martin Steinegger, Milot Mirdita

Nature Protocols 2024年10月14日査読有り
Insights into stereoselective ring formation in canonical strigolactone: Identification of a dirigent domain-containing enzyme catalyzing orobanchol synthesis

Masato Homma, Takatoshi Wakabayashi, Yoshitaka Moriwaki, Nanami Shiotani, Takumi Shigeta, Kazuki Isobe, Atsushi Okazawa, Daisaku Ohta, Tohru Terada, Kentaro Shimizu …

Proceedings of the National Academy of Sciences 121(26) e2313683121 2024年6月21日査読有り責任著者
QM/MM Study of the Catalytic Mechanism and Substrate Specificity of the Aromatic Substrate C-Methyltransferase Fur6

Fan Zhao, Yoshitaka Moriwaki, Tomohiro Noguchi, Kentaro Shimizu, Tomohisa Kuzuyama, Tohru Terada

Biochemistry 63(6) 806-814 2024年2月29日査読有り
Comprehensive computational analysis of the SRK–SP11 molecular interaction underlying self-incompatibility in Brassicaceae using improved structure prediction for cysteine-rich proteins

Tomoki Sawa, Yoshitaka Moriwaki, Hanting Jiang, Kohji Murase, Seiji Takayama, Kentaro Shimizu, Tohru Terada

Computational and Structural Biotechnology Journal 21 5228-5239 2023年10月査読有り責任著者
Feedback-AVPGAN: Feedback-guided generative adversarial network for generating antiviral peptides

Kano Hasegawa, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Cao Wei, Kentaro Shimizu

Journal of Bioinformatics and Computational Biology 20(06) 2022年12月査読有り
Extracellular pH sensing by plant cell-surface peptide-receptor complexes

Li Liu, Wen Song, Shijia Huang, Kai Jiang, Yoshitaka Moriwaki, Yichuan Wang, Yongfan Men, Dan Zhang, Xing Wen, Zhifu Han …

Cell 185(18) 3341-3355.e13 2022年9月査読有り
Prediction of protein mononucleotide binding sites using AlphaFold2 and machine learning

Shohei Yamaguchi, Haruka Nakashima, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Kentaro Shimizu

Computational Biology and Chemistry 107744-107744 2022年7月23日査読有り
ColabFold: making protein folding accessible to all

Milot Mirdita, Konstantin Schütze, Yoshitaka Moriwaki, Lim Heo, Sergey Ovchinnikov, Martin Steinegger

Nature Methods 19(6) 679-682 2022年5月30日査読有り
Mutagenesis Analysis of GMN Motif in Arabidopsis thaliana Mg2+ Transporter MRS2-1

Xiaoyu Yang, Natsuko I Kobayashi, Yoshiki Hayashi, Koichi Ito, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Kentaro Shimizu, Motoyuki Hattori, Ren Iwata, Hisashi Suzuki …

Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 86(7) 870-874 2022年5月7日査読有り
Structural and Molecular Basis of the Catalytic Mechanism of Geranyl Pyrophosphate C6‐Methyltransferase: Creation of an Unprecedented Farnesyl Pyrophosphate C6‐Methyltransferase

Hayama Tsutsumi, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Kentaro Shimizu, Kazuo Shin‐ya, Yohei Katsuyama, Yasuo Ohnishi

Angewandte Chemie International Edition 61(1) e202111217 2022年1月3日査読有り
Prediction and analysis of antifreeze proteins

Ryosuke Miyata, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Kentaro Shimizu

Heliyon 7(9) e07953-e07953 2021年9月査読有り
EXPRORER: Rational cosolvent set construction method for cosolvent molecular dynamics using large-scale computation

Keisuke Yanagisawa, Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Kentaro Shimizu

Journal of Chemical Information and Modeling 61(6) 2744-2753 2021年6月1日査読有り
Mechanism of self/nonself-discrimination in Brassica self-incompatibility

Kohji Murase, Yoshitaka Moriwaki, Tomoyuki Mori, Xiao Liu, Chiho Masaka, Yoshinobu Takada, Ryoko Maesaki, Masaki Mishima, Sota Fujii, Yoshinori Hirano …

Nature Communications 11(4916) 2020年10月1日査読有り責任著者
Functional effect of nobiletin as a food-derived allosteric modulator of mouse CRFR2β in skeletal muscle

Miho Chikazawa, Yoshitaka Moriwaki, Mari Uramoto, Yoshio Yamauchi, Makoto Shimizu, Kentaro Shimizu, Ryuichiro Sato

Biochemical and biophysical research communications 529(2) 328-334 2020年8月20日査読有り
Dissecting the stereocontrolled conversion of short-lived sulfenic acid by lachrymatory factor synthase

Takatoshi Arakawa, Yuta Sato, Masayuki Yamada, Jumpei Takabe, Yoshitaka Moriwaki, Noriya Masamura, Masahiro Kato, Morihiro Aoyagi, Takahiro Kamoi, Tohru Terada …

ACS Catalysis 10(1) 9-19 2020年1月3日査読有り
A prospective compound screening contest identified broader inhibitors for Sirtuin 1

Shuntaro Chiba, Masahito Ohue, Anastasiia Gryniukova, Petro Borysko, Sergey Zozulya, Nobuaki Yasuo, Ryunosuke Yoshino, Kazuyoshi Ikeda, Woong-Hee Shin, Daisuke Kihara …

Scientific Reports 9(1) 2019年12月査読有り
Understanding the molecular mechanism underlying the high catalytic activity of p-hydroxybenzoate hydroxylase mutants for producing gallic acid

Yoshitaka Moriwaki, Mirai Yato, Tohru Terada, Seiji Saito, Noriyuki Nukui, Takumi Iwasaki, Tatsunari Nishi, Yuko Kawaguchi, Ken Okamoto, Takatoshi Arakawa …

Biochemistry 58(45) 4543-4558 2019年10月22日査読有り筆頭著者責任著者
Functional characterisation of two ferric-ion coordination modes of TtFbpA, the periplasmic subunit of an ABC-type iron transporter from Thermus thermophilus HB8

Peng Lu, Yoshitaka Moriwaki, Mimin Zhang, Yukie Katayama, Yi Lu, Ken Okamoto, Tohru Terada, Kentaro Shimizu, Mengyao Wang, Takehiro Kamiya …

Metallomics 11(12) 2078-2088 2019年10月17日査読有り
Prediction of protein–metal ion-binding sites using sequence homology and machine-learning methods

Tian Z, Cao W, Moriwaki Y, Terada T, Nakamura S, Sumikoshi K, Fang C, Shimizu K

Advanced Bioinformatics & Chemistry 1(1) 025-036 2019年9月査読有り

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MISC

Dirigent domain含有タンパク質によるorobancholの立体選択的生合成機構

若林孝俊, 若林孝俊, 本間大翔, 森脇由隆, 塩谷七洋, 茂田巧, 磯部一樹, 岡澤敦司, 太田大策, 寺田透 …

植物の生長調節 58(Supplement) 2023年
AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから

森脇由隆

JSBi Bioinformatics Review 3(2) 2022年11月1日査読有り筆頭著者責任著者
Insight into a Rapid Heme Transfer Reaction between Near Transporter Domains of Staphylococcus Aureus: A Theoretical Study using QM/MM and MD Simulations

Yoshitaka Moriwaki, Tohru Terada, Kouhei Tsumoto, Kentaro Shimizu

BIOPHYSICAL JOURNAL 110(3) 381A-381A 2016年2月
Molecular Basis Of Heme Capture By Isd System Of Staphylococcus Aureus

Jose M. Caaveiro, Nhuan Vu, Koldo Morante, Yoshitaka Moriwaki, Ryota Abe, Kouhei Tsumoto

PROTEIN SCIENCE 23 104-104 2014年7月

書籍等出版物

AlphaFold時代の構造バイオインフォマティクス実践ガイド : 今日からできる!構造データの基本操作から相互作用の推定、タンパク質デザインまで

富井健太郎, 石谷隆一郎, 大上雅史, 大貫隼, 岡崎圭一, 木原大亮, 栗栖源嗣, 小林直也, 齋藤裕, 寺田透, 西羽美, 森脇由隆, 山口秀輝, 山守優, 于健, 力丸健太郎 (担当:共著, 範囲:第2章-3, 第3章-1)

羊土社 2024年11月29日 (ISBN: 9784758122764)
現代化学 2024年7月 AlphaFold3 その正体を探る

森脇由隆 (担当:分担執筆, 範囲:P.17 AlphaFold3とは何か)

東京化学同人 2024年7月1日
化学 2022年 02月号

森脇由隆 (担当:分担執筆, 範囲:世界最強のタンパク質構造予測ソフトウェア AlphaFold2)

化学同人 2022年1月18日

講演・口頭発表等

AlphaFoldによってさらに発展するタンパク質の計算科学

森脇由隆

第51回構造活性相関シンポジウム 2023年11月20日招待有り
AlphaFold2を使い尽くそう！～今さら聞けない、何ができる？どう生かす？！

森脇由隆

"未来へのバイオ技術"勉強会「テクニカルシリーズⅡ AlphaFold2が与えた実験構造生物学への衝撃」 2022年5月25日招待有り
AlphaFoldがもたらす分子生物学への影響

小野田浩宜, 上海老師, 石谷隆一郎, 仙石徹, 森脇由隆

第44回日本分子生物学会年会 2021年12月1日招待有り
「GTR基礎講座Ⅱ」GTR院生企画 "-集まれ面白研究者- タンパク質立体構造予測ツール「Alphafold2」が作る未来"

森脇由隆

名古屋大学卓越大学院プログラムGTR院生企画 2021年11月12日招待有り
微生物・植物の研究分野に訪れるAlphaFold2の波及効果

森脇由隆

2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会 2021年9月28日招待有り

担当経験のある科目(授業)

2022年10月 - 2022年10月

計算生命科学の基礎9（1.3 タンパク質の立体構造予測－AlphaFold以前と以後－） (神戸大学)

所属学協会

Works(作品等)

localcolabfold

森脇由隆

2021年9月2日 - 現在コンピュータソフト

共同研究・競争的資金等の研究課題

予測構造に基づく基質・反応特異性予測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2022年6月 - 2027年3月

寺田透, 森脇由隆
分子シミュレーションによる生体高分子の機能の予測と解析

国立研究開発法人日本医療研究開発機構生命科学・創薬研究支援基盤事業 2022年4月 - 2027年3月

寺田透, 森脇由隆
タンパク質構造に基づいたアブラナ科植物の自家不和合性を制御する分子の創出

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

森脇由隆, 村瀬浩司
タンパク質の複合体構造・分子間相互作用・ダイナミクス・機能の予測と解析

国立研究開発法人日本医療研究開発機構創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業 2017年4月 - 2022年3月

寺田透, 清水謙多郎, 森脇由隆, 谷一寿
ヒューマンコンピュテーションと計算創薬の融合的実装による創薬計算科学の深化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2018年4月 - 2021年3月

山本一樹, 大上雅史, 森脇由隆
構造と機能の両立を目指した新規ヘム結合蛋白質の計算設計と実験的検証

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2018年4月 - 2021年3月

森脇由隆
高親和性を有する新規ヘム結合蛋白質のｄｅｎｏｖｏ計算設計とその実験的検証

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2016年4月 - 2019年3月

森脇由隆
黄色ブドウ球菌ヘム輸送蛋白質群を標的とした実験科学・計算科学両面からの阻害剤開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2013年4月 - 2015年3月

森脇由隆

メディア報道

AI新時代光と影

読売新聞社読売新聞関連分野日本出遅れ 2024年10月11日新聞・雑誌
2024年ノーベル化学賞：タンパク質の設計と構造予測に貢献した3氏に

日経サイエンス https://www.nikkei-science.com/?p=74092 2024年10月10日インターネットメディア
What's next for AlphaFold and the AI protein-folding revolution

Nature Nature 2022年4月13日インターネットメディア

森脇由隆

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

Works(作品等)

共同研究・競争的資金等の研究課題

メディア報道

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