哺乳動物において受精卵は、受精後に、精子および卵子由来のゲノム状態が初期化されることで全能性を獲得する。この全能性の獲得には、様々なエピゲノム因子が関わると考えられるが、その全貌は明らかとなっていない。このような全能性因子の解析のためには、どの因子が協調して機能しているのかを分類するための同時性を担保した解析手法が必須である。そこで、研究代表者はこの同時性を担保するためにクロマチン構造解析と転写産物を同時に取得する技術開発を目指す。具体的には、研究代表者らが最近開発した単一細胞レベルのエピゲノム解析手法であるChIL-seqを発展させた同時エピゲノム因子同定技術multi-ChILとmRNAseqを同一細胞内で行うmulti-ChIL omicsの開発を進める。前年度、本技術の基盤nの一つとなるmulti-ChIL法がある。multi-ChIL法は２種類以上のターゲットに対するゲノム位置情報を同一サンプルから取得する方法で、そのプロトコルを論文発表した。ChIL-seqの詳細なプロトコルおよび各工程における品質チェックについても、同時に公開した。今年度は、さらに単一細胞解析に向けたChIL-seqのハイスループット化を進め、ヒストン修飾およびRNAポリメラーゼIIのゲノム局在情報を可視化することに成功した。本手法は組織細胞由来のような非接着細胞にも適応可能であり、幅広く利用可能である。今後、トランスクリプトーム情報や複数抗体を同時に用いた場合の条件検討を進めていく。