木村暁 (Akatsuki Kimura) - マイポータル

基本情報

所属: 国立遺伝学研究所遺伝メカニズム研究系・細胞建築研究室教授
: 総合研究大学院大学生命科学研究科教授

学位: 博士（理学）(東京大学)

J-GLOBAL ID: 200901038933641371
researchmap会員ID: 5000067702

外部リンク: http://cellarchlab.galaxy.bindcloud.jp/home_jp.html

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 細胞生物学 / 細胞建築学

主要な経歴

2019年1月 - 現在

国立遺伝学研究所, 遺伝メカニズム研究系細胞建築研究室, 教授
2015年11月 - 現在

総合研究大学院大学, 生命科学研究科遺伝学専攻, 教授

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論文

A force balance model for a cell size‐dependent meiotic nuclear oscillation in fission yeast

Ikumi Fujita, Akatsuki Kimura, Akira Yamashita

EMBO reports 2023年1月9日
Sequential accumulation of dynein and its regulatory proteins at the spindle region in the Caenorhabditis elegans embryo.

Takayuki Torisawa, Akatsuki Kimura

Scientific reports 12(1) 11740-11740 2022年7月11日査読有り最終著者責任著者
The extra-embryonic space and the local contour are crucial geometric constraints regulating cell arrangement

Sungrim Seirin-Lee, Kazunori Yamamoto, Akatsuki Kimura

Development 149(9) 2022年5月1日査読有り最終著者責任著者
Formulation of Chromatin Mobility as a Function of Nuclear Size during C. elegans Embryogenesis Using Polymer Physics Theories.

Aiya K Yesbolatova, Ritsuko Arai, Takahiro Sakaue, Akatsuki Kimura

Physical review letters 128(17) 178101-178101 2022年4月29日査読有り最終著者責任著者
A mathematical model of kinetochore-microtubule attachment regulated by Aurora A activity gradient describes chromosome oscillation and correction of erroneous attachments.

Manuel Alejandro Campos Medina, Kenji Iemura, Akatsuki Kimura, Kozo Tanaka

Biomedical research (Tokyo, Japan) 42(5) 203-219 2021年査読有り
Cytoplasmic streaming drifts the polarity cue and enables posteriorization of the Caenorhabditis elegans zygote at the side opposite of sperm entry

Kenji Kimura, Akatsuki Kimura

Molecular Biology of the Cell 31(16) 1765-1773 2020年7月21日査読有り最終著者
The Generation of Dynein Networks by Multi-Layered Regulation and Their Implication in Cell Division

Takayuki Torisawa, Akatsuki Kimura

Frontiers in Cell and Developmental Biology 8 22 2020年1月31日査読有り最終著者責任著者
Choice between 1- and 2-furrow cytokinesis in Caenorhabditis elegans embryos with tripolar spindles.

Tomo Kondo, Akatsuki Kimura

Molecular biology of the cell 30(16) 2065-2075 2019年7月22日査読有り最終著者責任著者
Bimodal Binding of STIL to Plk4 Controls Proper Centriole Copy Number

Midori Ohta, Koki Watanabe, Tomoko Ashikawa, Yuka Nozaki, Satoko Yoshiba, Akatsuki Kimura, Daiju Kitagawa

Cell Reports 23(11) 3160-3169.e4 2018年6月12日査読有り
Tumor suppressor APC is an attenuator of spindle-pulling forces during C. elegans asymmetric cell division

Kenji Sugioka, Lars-Eric Fielmich, Kota Mizumoto, Bruce Bowerman, Sander Van Den Heuvel, Akatsuki Kimura, Hitoshi Sawa

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 115(5) E954-E963 2018年1月30日査読有り責任著者
An asymmetric attraction model for the diversity and robustness of cell arrangement in nematodes

Kazunori Yamamoto, Akatsuki Kimura

DEVELOPMENT 144(23) 4437-4449 2017年12月査読有り最終著者責任著者
Reduction in chromosome mobility accompanies nuclear organization during early embryogenesis in Caenorhabditis elegans

Ritsuko Arai, Takeshi Sugawara, Yuko Sato, Yohei Minakuchi, Atsushi Toyoda, Kentaro Nabeshima, Hiroshi Kimura, Akatsuki Kimura

SCIENTIFIC REPORTS 7(1) 3631 2017年6月査読有り最終著者責任著者
Physical properties of the chromosomes and implications for development

Takeshi Sugawara, Akatsuki Kimura

DEVELOPMENT GROWTH & DIFFERENTIATION 59(5) 405-414 2017年6月査読有り最終著者責任著者
Endoplasmic-reticulum-mediated microtubule alignment governs cytoplasmic streaming

Kenji Kimura, Alexandre Mamane, Tohru Sasaki, Kohta Sato, Jun Takagi, Ritsuya Niwayama, Lars Hufnagel, Yuta Shimamoto, Jean-Francois Joanny, Seiichi Uchida, Akatsuki Kimura

NATURE CELL BIOLOGY 19(4) 399-+ 2017年4月査読有り最終著者責任著者
Scaling relationship between intra-nuclear DNA density and chromosomal condensation in metazoan and plant

Hara Y, Adachi K, Kagohashi S, Yamagata K, Tanabe H, Kikuchi A, Okumura S-I, Kimura A

Chromosome Science 19(1) 43-49 2016年9月査読有り最終著者責任著者
Bayesian Inference of Forces Causing Cytoplasmic Streaming in Caenorhabditis elegans Embryos and Mouse Oocytes

Ritsuya Niwayama, Hiromichi Nagao, Tomoya S. Kitajima, Lars Hufnagel, Kyosuke Shinohara, Tomoyuki Higuchi, Takuji Ishikawa, Akatsuki Kimura

PLOS ONE 11(7) e0159917 2016年7月査読有り最終著者責任著者
Interphase adhesion geometry is transmitted to an internal regulator for spindle orientation via caveolin-1

Shigeru Matsumura, Tomoko Kojidani, Yuji Kamioka, Seiichi Uchida, Tokuko Haraguchi, Akatsuki Kimura, Fumiko Toyoshima

NATURE COMMUNICATIONS 7 ncomms11858 2016年6月査読有り
A Genetically Encoded Probe for Live-Cell Imaging of H4K20 Monomethylation

Sato, Yuko, Kujirai, Tomoya, Arai, Ritsuko, Asakawa, Haruhiko, Ohtsuki, Chizuru, Horikoshi, Naoki, Yamagata, Kazuo, Ueda, Jun, Nagase, Takahiro, Haraguchi, Tokuko, Hiraoka, Yasushi, Kimura, Akatsuki, Kurumizaka, Hitoshi, Kimura, Hiroshi

Journal of molecular biology 428(20) 3885-3902 2016年4月査読有り
Shape-motion relationships of centering microtubule asters

Hirokazu Tanimoto, Akatsuki Kimura, Nicolas Minc

JOURNAL OF CELL BIOLOGY 212(7) 777-787 2016年3月査読有り責任著者
Estimating cellular parameters through optimization procedures: elementary principles and applications

Akatsuki Kimura, Antonio Celani, Hiromichi Nagao, Timothy Stasevich, Kazuyuki Nakamura

FRONTIERS IN PHYSIOLOGY 6 60 2015年3月査読有り筆頭著者責任著者

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MISC

Enucleation of the C. elegans embryo revealed the mechanism of dynein-dependent spacing between microtubule asters

Ken Fujii, Tomo Kondo, Akatsuki Kimura

bioRxiv 2023年7月21日
線虫の極性形成における”バタフライ効果”

木村健二, 木村暁

生物物理 61(4) 248-250 2021年最終著者
Session 1SEA—physics of chromatin dynamics at the 57th Biophysical Society of Japan meeting

Yuma Ito, Akatsuki Kimura

Biophysical Reviews 12(2) 265-266 2020年4月査読有り招待有り最終著者責任著者
Impaired chromosome segregation results in sperms with excess centrosomes in emb-27APC6 mutant C. elegans

近藤興, 木村暁

bioRxiv 449538 2018年10月22日
Microinjection into the Caenorhabditis elegans embryo using an uncoated glass needle enables cell lineage visualization and reveals cell-non-autonomous adhesion control

Yohei Kikuchi, Akatsuki Kimura

bioRxiv 406991 2018年9月3日最終著者責任著者
建築家のいない建築はどのようにできるのか？ – 細胞質流動の研究から「隠れた秩序」に迫る

木村暁

アカデミストジャーナル 2017年8月招待有り
細胞質流動が自発的に流れの方向をそろえるしくみ, 逆転させるしくみ

木村健二, 高木潤, 庭山律哉, 島本勇太, 内田誠一, 木村暁

実験医学 35(13) 2250-2253 2017年8月招待有り
細胞質流動の発生および逆転は小胞体のネットワークにより支配される

木村健二, 木村暁

ライフサイエンス新着論文レビュー 2017年4月招待有り
細胞表層の流動によるアクチン線維の整列と細胞質分裂

木村暁, 木村健二

実験医学 35(8) 1323-4 2017年招待有り
DNA－多様性を生み出す生命の設計図

木村暁

Re 193(3) 14-19 2017年1月招待有り
細胞内の中心体追跡と移動原理推定 (パターン認識・メディア理解)

杉本潤, 近藤興, 木村暁, 内田誠一

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 116(259) 61-66 2016年10月20日
核はどのようにして細胞の中心を見つけるのか？

谷本博一, 木村健二, 木村暁

生物物理 56(5) 271-274 2016年10月査読有り招待有り
細胞分裂の力学的理解

木村健二, 木村暁

細胞工学 32 280-284 2013年
Hydrodynamics for Simple Fluid Quantitatively Describes the Flow Dynamics in C. Elegans One-Cell Stage Embryo

Ritsuya Niwayama, Kyosuke Shinohara, Akatsuki Kimura

BIOPHYSICAL JOURNAL 102(3) 562A-563A 2012年1月
The Width-Length Relationship of Mitotic Spindle in Caenorhabditis Elegans Embryonic Cells: Quantification and Implications for the Regulatory Mechanism

Yuki Hara, Akatsuki Kimura

BIOPHYSICAL JOURNAL 102(3) 698A-698A 2012年1月
細胞の建築を理解するための可視化・定量化—PIV解析を利用した細胞質流動の解析-

庭山律哉, 篠原恭介, 木村暁

可視化情報学会誌 32(125) 20-25 2012年
Regulation of interkinetic nuclear migration by cell cycle-coupled active and passive mechanisms in the developing brain

Yoichi Kosodo, Taeko Suetsugu, Yuko Mimori-Kiyosue, Shoji A. Baba, Akatsuki Kimura, Fumio Matsuzaki

DIFFERENTIATION 80 S53-S53 2010年11月
細胞サイズの定量生物学 : データとモデルの定量化からみえてくるもの

木村暁

生化學 82(4) 302-305 2010年査読有り
An organelle tug-of-war model for centrosome centering in the C. elegans early embryo

Kenji Kimura, Akatsuki Kimura

GENES & GENETIC SYSTEMS 84(6) 487-487 2009年12月
Comprehensive analysis of the interkinetic nuclear migration in developing mouse brain

Yoichi Kosodo, Akatsuki Kimura, Taeko Suetsugu, Shoji A. Baba, Fumio Matsuzaki

MECHANISMS OF DEVELOPMENT 126 S84-S84 2009年8月

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書籍等出版物

Quantitative biology : a practical introduction

木村, 暁

Springer 2022年 (ISBN: 9789811650178)
細胞建築学入門

木村暁

工学社 2019年12月 (ISBN: 9784777520954)
定量生物学

木村暁 (担当:分担執筆, 範囲:細胞分裂の定量生物学－細胞骨格・細胞膜・細胞質の力学－)

化学同人 2018年8月 (ISBN: 9784759817300)
遺伝子が語る生命38億年の謎なぜ、ゾウはネズミより長生きか？

木村暁 (担当:分担執筆, 範囲:細胞の建築デザインの謎)

悠書館 2014年6月 (ISBN: 9784903487922)
遺伝子図鑑

木村暁 (担当:分担執筆, 範囲:細胞（１）－構造)

悠書館 2013年10月 (ISBN: 9784903487793)
遺伝子発現ジーンセレクターから生命現象へ

木村暁 (担当:分担執筆, 範囲:酵母における転写調節研究)

中外医学社 2001年7月 (ISBN: 9784498008403)

講演・口頭発表等

260

Quantification and modeling of chromatin dynamics inside the living cell

Aiya K. Yesbolatova, Ritsuko Arai, Takahiro Sakaue, Akatsuki Kimura

9th World Congress of Biomechanics 2022 2022年7月11日招待有り
Quantification and formulation of the effect of nuclear size on the mobility of chromatin in the C. elegans embryo

Akatsuki Kimura

The 30th Hot Spring Harbor International Symposium on Chromatin Potential in Development and Differentiation 2022年1月18日招待有り
動く核の中でのクロマチンの運動の解析方法の確立と、それによってわかった線虫胚発生に伴うクロマチン状態の変化

木村暁

染色体ワークショップ核ダイナミクス研究会 2021年12月21日
線虫初期胚におけるクロマチンの運動性の核サイズ依存性

第44回日本分子生物学会年会ワークショップ「細胞スケールでの空間サイズの制御とその意味の理解（木村暁、原裕貴） 2021年12月1日
Mechanics and self-organization of cytoplasmic steaming.

Kenji Kimura, Akatsuki Kimura

RIMS Workshop on Mathematical Mechanobiology 2021年7月14日
Theoretical reconstitution of the nuclear size dependency of chromatin motion quantified in the Caenorhabditis elegans embryo.

Aiya Yesbolatova, 坂上貴洋, 木村暁

第43回日本分子生物学会年会 2020年12月4日日本分子生物学会
Measurement of cellular forces bringing the nucleus to the cell center using the Centrifuge Polarization Microscope (CPM).

木村暁

第58回日本生物物理学会年会 2020年9月17日日本生物物理学会
Measurement of physical forces that position the nucleus at the cell center in C elegans

Akatsuki Kimura

Chromosome Dynamics 2019: An international symposium on chromatin and chromosome stability 2019年12月10日
基礎生物学における新発見にデータ同化はどう有用か?

木村暁

科学基礎論学会2019年度秋の研究例会 2019年11月30日招待有り
遠心偏光顕微鏡 CPM を用いた細胞内の力の定量化

木村暁

定量生物学の会北海道キャラバン2019 2019年11月7日招待有り
細胞の構造計算と力学測定：線虫 C. elegans 胚における細胞核配置

木村暁

「細胞を創る」研究会12.0 2019年10月18日
Architectonics of the cell, as a crossroad of physics and genetics

Akatsuki Kimura

The 57th Annual Meeting of the Biophysical Society Japan 2019年9月24日招待有り
「力」に着目して分子の集団が細胞内の核配置を制御する仕組みを紐解く

木村暁

第92回日本生化学会大会 2019年9月19日
細胞質粘性が紡錘体振動現象に与える影響の実験的および流体力学的評価の試み

鵜飼大知

第59回生物物理若手の会夏の学校 2019年8月26日
Physical forces behind the spatial organizations of the cell

木村暁

線虫研究の未来を創る会2019 2019年8月21日
Evaluation of the effect of cytoplasmic viscosity on spindle oscillation in C. elegans embryos

鵜飼大知

線虫研究の未来を創る会2019 2019年8月21日
線虫胚で”人工細胞核を造る”に向けた我々の取り組み

木村暁

第２回人工細胞核を創る会 2019年8月20日
明日から始められる(!?)生きた細胞の顕微鏡観察

木村暁

第１回NgMLS研究会「次世代萌芽を育む現象と数理：生命とパターン形成」 2019年3月29日李聖林、中原智弘招待有り
物語としての研究プレゼンテーション

木村暁

遺伝研メソッドとその先 2019年3月19日広海健招待有り
線虫C. elegans初期胚へのマイクロインジェクション法の確立とその応用

菊池窯平

動物の動的なふるまいから探る発生の仕組み−これまでの知見と今後の展開− 2019年2月20日

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学歴

1999年4月 - 2002年3月

東京大学大学院, 理学系研究科, 生物化学専攻博士課程
1997年4月 - 1999年3月

東京大学大学院, 理学系研究科, 生物化学専攻修士課程
1995年4月 - 1997年3月

東京大学, 理学部, 生物化学科

社会貢献活動

会議等主催

その他

Kimura, A., Kobayashi, T., Hiroi, N., Funahashi, A., Kamimura A. 定量生物学の会第５回年会東京 2012年11月23日
会議等主催

その他

Kobayashi, T., Draviam, V.M., Kimura, A., Hiroi, N., Funahashi, A., Suetsugu, Y., Kasai, R., Arai, Y., Tsukada, Y., Irie, N., Kimura, H., Carlton, P., Kalay, Z. International Workshop on Quantitative Biology (IWQB) 2012. 東京 2012年11月22日
会議等主催

その他

Wu, Y.-C., Kimura, A., Lee, S.-J., Yang, C., Hilliard, M., Chow, K.L., Chen, C.-S. 5th East Asia C. elegans Meeting. Taipei 2012年6月27日
Workshop (4a, on Systems biology)

その他

Mochizuki, A., Miura, T., Kimura, A., Sugimura, A. Joint meeting of the 45th annual meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists & The 64 the annual meeting of the Japan Society for Cell Biology. 神戸 2012年5月30日
会議等主催

その他

Kimura, A., Kobayashi, T., Sugimura, K., Suzuki, T., Takagi, H. Tsukada, Y., Hiroi, N., Funahashi, A. 定量生物学の会第４回年会名古屋 2012年1月8日
会議等主催

その他

Hiraoka, Y., Kurumizaka, H., Kimura, A. International Symposium on Physicochemical Field for Genetic Activities Awaji, Japan 2011年1月24日
理論と実験の統合的アプローチによる遺伝情報制御システムの理解

その他

木村暁、若本祐一 7. 第83回日本生化学会大会第33回日本分子生物学会年会合同大会(BMB2010)ワークショップ神戸 2010年12月8日
会議等主催

その他

木村暁、黒澤元、小林徹也、佐藤雅之、杉村薫、塚田祐基、広井賀子、舟橋啓定量生物学の会第三回年会東京 2010年11月26日
Quantitative biology of spatiotemporal dynamics in development

その他

Kimura, A., Fujimori, T. 43rd Annual Meeting for the Japanese Society of Developmental Biologists Kyoto, Japan 2010年6月22日
遺伝情報場の構築とダイナミクスに迫る多角的アプローチ

その他

小布施力史、木村暁第３２回日本分子生物学会年会ワークショップ横浜 2009年12月10日
細胞の分裂・分化と高次生命現象

その他

藤森俊彦、木村暁第82回日本生化学会大会シンポジウム神戸 2009年10月21日
会議等主催

その他

原田昌彦、木村暁第８回核ダイナミクス研究会修善寺 2009年6月18日
会議等主催

その他

木村暁、杉村薫定量生物学の会第一回キャラバン三島 2009年3月13日

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書籍等出版物

講演・口頭発表等

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