バンデンボンアレクシス (Alexis Vandenbon) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学

ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-2180-5732
J-GLOBAL ID: 201601007061521273
researchmap会員ID: B000256399

研究分野

ライフサイエンス / システムゲノム科学 /

経歴

2017年8月 - 現在

京都大学
2009年10月 - 2017年7月

大阪大学

受賞

2023年

Best Poster Award, GIW ISCB-Asia conference

Alexis Vandenbon
2021年

Best Poster Award, IIBMP2021 conference

Alexis Vandenbon
2019年

Oxford Journals - Japanese Society for Bioinformatics Prize, Japanese Society of Bioinformatics

Alexis Vandenbon

主要な論文

Murine breast cancers disorganize the liver transcriptome in a zonated manner.

Alexis Vandenbon, Rin Mizuno, Riyo Konishi, Masaya Onishi, Kyoko Masuda, Yuka Kobayashi, Hiroshi Kawamoto, Ayako Suzuki, Chenfeng He, Yuki Nakamura …

Communications biology 6(1) 97-97 2023年1月24日査読有り
A clustering-independent method for finding differentially expressed genes in single-cell transcriptome data.

Alexis Vandenbon, Diego Diez

Nature communications 11(1) 4318-4318 2020年8月28日査読有り
Waves of chromatin modifications in mouse dendritic cells in response to LPS stimulation.

Alexis Vandenbon, Yutaro Kumagai, Mengjie Lin, Yutaka Suzuki, Kenta Nakai

Genome biology 19(1) 138-138 2018年9月19日査読有り
Immuno-Navigator, a batch-corrected coexpression database, reveals cell type-specific gene networks in the immune system

Alexis Vandenbon, Viet H. Dinh, Norihisa Mikami, Yohko Kitagawa, Shunsuke Teraguchi, Naganari Ohkura, Shimon Sakaguchi

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 113(17) E2393-E2402 2016年4月査読有り

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MISC

A rare subset of skin-tropic regulatory T cells expressing Il10/Gzmb inhibits the cutaneous immune response

Michio Tomura, Ryoyo Ikebuchi, Shunsuke Teraguchi, Alexis Vandenbon, Shand H. W. Francis, Tetsuya Honda

JOURNAL OF IMMUNOLOGY 198(1) 2017年5月

書籍等出版物

Epigenetics in organ specific disorders

Boosani, Chandra, Goswami, Ritobrata (担当:共著, 範囲:Chapter 2 - Higher-order chromatin structure and gene regulation)

Academic Press 2023年 (ISBN: 9780128239315)

講演・口頭発表等

SingleCellHaystack: A universal tool for predicting differentially active features in single-cell and spatial genomics data

第４６回日本分子生物学会年会 2023年12月1日
SingleCellHaystack: A universal differential expression prediction tool for single-cell and spatial genomics data

Alexis Vandenbon

GIW ISCB-Asia 2023年11月19日
Spatial transcriptomics analysis reveals how murine breast cancers disorganize the liver transcriptome in a zonated manner

Alexis Vandenbon

NGS Expo 2023 2023年11月15日
SingleCellHaystack: A universal differential expression prediction tool for single-cell and spatial genomics data

Alexis Vandenbon

Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2023 2023年9月7日
Exploratory analysis of various single-cell and spatial transcriptomics data types

Alexis Vandenbon

Institute for Quantitative Biosciences student seminar, the University of Tokyo 2022年9月29日招待有り
singleCellHaystack: A clustering-independent method for finding differentially expressed genes in single-cell transcriptome data

Alexis Vandenbon

Tsukuba Bioinformatics Assembly 2021年10月21日招待有り
singleCellHaystack: A clustering-independent method for predicting differentially expressed genes in single cell transcriptome data

Alexis Vandenbon

1st International Symposium of CCII -Bioinformatics and its application to cancer and other diseases 2021年1月15日
singleCellHaystack: A clustering-independent method for predicting differentially expressed genes in single cell transcriptome data

Alexis Vandenbon

Human Cell Atlas Asia Meeting 2020 2020年10月22日
Prediction of regulatory mechanisms of gene expression at the epigenetic, transcriptional and post-transcriptional level

バンデンボンアレクシス

第8回生命医薬情報学連合大会 2019年9月10日招待有り
singleCellHaystack, A clustering-independent method for predicting differentially expressed genes in single cell transcriptome data

バンデンボンアレクシス

第8回生命医薬情報学連合大会 2019年9月10日
Navigating gene co-expression data in the immune system and finding interesting genes in single-cell haystacks

バンデンボンアレクシス

2019年3月8日招待有り
Reconstructing biological networks using large-scale gene expression data

バンデンボンアレクシス

第２回生命情報研究会 2017年2月21日
Waves of chromatin remodeling in mouse dendritic cells in response to lipopolysaccharide stimulation

バンデンボンアレクシス

第54回日本生物物理学会年会 2016年11月24日招待有り
Immuno-Navigator, a batch-corrected coexpression database, reveals cell type-specific gene networks in the immune system

バンデンボンアレクシス

第５回生命医薬情報学連合大会 2016年9月30日
Analysing cell type-specific gene networks using Immuno-Navigator

バンデンボンアレクシス

InCoB2016 2016年9月21日
Dynamics of enhancers in myeloid antigen presenting cells upon LPS stimulation

バンデンボンアレクシス

GIW ISCB-ASIA 2014 2014年12月17日
A novel unbiased measure for motif co-occurrence predicts combinatorial regulation of transcription

バンデンボンアレクシス

InCoB2012 2012年10月5日
Modeling the structures of promoters of virus-induced genes

バンデンボンアレクシス

Bioinformatics in Immunology workshop 2009年11月6日
Towards a More Complex Grammar for Promoter Architecture Models

バンデンボンアレクシス

JSBi 2008 2008年12月16日
Using Simple Rules on Presence and Positioning of Motifs for Promoter Structure Modeling and Tissue-specific Expression Prediction

バンデンボンアレクシス

GIW 2008 2008年12月3日

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受賞

主要な論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

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