バンデンボンアレクシス (Alexis Vandenbon) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-2180-5732
J-GLOBAL ID: 201601007061521273
researchmap会員ID: B000256399

外部リンク: https://genomics.virus.kyoto-u.ac.jp/

研究キーワード

研究分野

経歴

2022年4月 - 現在

京都大学, 准教授
2017年8月 - 2022年3月

京都大学, 講師
2012年8月 - 2017年7月

大阪大学, 特定助教
2009年10月 - 2012年7月

大阪大学 (特定研究員)

受賞

2024年10月

Best Poster Award, Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024

Alexis Vandenbon
2023年

Best Poster Award, GIW ISCB-Asia conference

Alexis Vandenbon
2021年

Best Poster Award, IIBMP2021 conference

Alexis Vandenbon
2019年

Oxford Journals - Japanese Society for Bioinformatics Prize, Japanese Society of Bioinformatics

Alexis Vandenbon

主要な論文

Murine breast cancers disorganize the liver transcriptome in a zonated manner.

Alexis Vandenbon, Rin Mizuno, Riyo Konishi, Masaya Onishi, Kyoko Masuda, Yuka Kobayashi, Hiroshi Kawamoto, Ayako Suzuki, Chenfeng He, Yuki Nakamura …

Communications biology 6(1) 97-97 2023年1月24日査読有り筆頭著者責任著者
A clustering-independent method for finding differentially expressed genes in single-cell transcriptome data.

Alexis Vandenbon, Diego Diez

Nature communications 11(1) 4318-4318 2020年8月28日査読有り筆頭著者責任著者
Waves of chromatin modifications in mouse dendritic cells in response to LPS stimulation.

Alexis Vandenbon, Yutaro Kumagai, Mengjie Lin, Yutaka Suzuki, Kenta Nakai

Genome biology 19(1) 138-138 2018年9月19日査読有り筆頭著者責任著者
Immuno-Navigator, a batch-corrected coexpression database, reveals cell type-specific gene networks in the immune system

Alexis Vandenbon, Viet H. Dinh, Norihisa Mikami, Yohko Kitagawa, Shunsuke Teraguchi, Naganari Ohkura, Shimon Sakaguchi

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 113(17) E2393-E2402 2016年4月査読有り筆頭著者責任著者

もっとみる

MISC

DeepSpaceDB：空間トランスクリプトミクスデータの探索的解析

Alexis Vandenbon, 竹本経緯子

実験医学 43(6) 2025年4月筆頭著者責任著者

書籍等出版物

Epigenetics in organ specific disorders

Boosani, Chandra, Goswami, Ritobrata (担当:共著, 範囲:Chapter 2 - Higher-order chromatin structure and gene regulation)

Academic Press 2023年 (ISBN: 9780128239315)

講演・口頭発表等

DeepSpaceDB: an Interactive Database for Spatial Transcriptomics Data

Alexis Vandenbon

30th East Asia Joint Symposium 2024年10月29日
DeepSpaceDB: a spatial transcriptomics atlas for interactive in-depth analysis of tissues and tissue microenvironments

Alexis Vandenbon

Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024 2024年10月23日
DeepSpaceDB: a spatial transcriptomics atlas that allows interactive in-depth analysis of tissues and tissue microenvironments

Alexis Vandenbon

NGS EXPO 2024 2024年9月4日
SingleCellHaystack: A universal tool for predicting differentially active features in single-cell and spatial genomics data

Alexis Vandenbon

第４６回日本分子生物学会年会 2023年12月1日
SingleCellHaystack: A universal differential expression prediction tool for single-cell and spatial genomics data

Alexis Vandenbon

GIW ISCB-Asia 2023年11月19日
Spatial transcriptomics analysis reveals how murine breast cancers disorganize the liver transcriptome in a zonated manner

Alexis Vandenbon

NGS Expo 2023 2023年11月15日
SingleCellHaystack: A universal differential expression prediction tool for single-cell and spatial genomics data

Alexis Vandenbon

Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2023 2023年9月7日
Exploratory analysis of various single-cell and spatial transcriptomics data types

Alexis Vandenbon

Institute for Quantitative Biosciences student seminar, the University of Tokyo 2022年9月29日招待有り
singleCellHaystack: A clustering-independent method for finding differentially expressed genes in single-cell transcriptome data

Alexis Vandenbon

Tsukuba Bioinformatics Assembly 2021年10月21日招待有り
singleCellHaystack: A clustering-independent method for predicting differentially expressed genes in single cell transcriptome data

Alexis Vandenbon

1st International Symposium of CCII -Bioinformatics and its application to cancer and other diseases 2021年1月15日
singleCellHaystack: A clustering-independent method for predicting differentially expressed genes in single cell transcriptome data

Alexis Vandenbon

Human Cell Atlas Asia Meeting 2020 2020年10月22日
Prediction of regulatory mechanisms of gene expression at the epigenetic, transcriptional and post-transcriptional level

バンデンボンアレクシス

第8回生命医薬情報学連合大会 2019年9月10日招待有り
singleCellHaystack, A clustering-independent method for predicting differentially expressed genes in single cell transcriptome data

バンデンボンアレクシス

第8回生命医薬情報学連合大会 2019年9月10日
Navigating gene co-expression data in the immune system and finding interesting genes in single-cell haystacks

バンデンボンアレクシス

2019年3月8日招待有り
Reconstructing biological networks using large-scale gene expression data

バンデンボンアレクシス

第２回生命情報研究会 2017年2月21日
Waves of chromatin remodeling in mouse dendritic cells in response to lipopolysaccharide stimulation

バンデンボンアレクシス

第54回日本生物物理学会年会 2016年11月24日招待有り
Immuno-Navigator, a batch-corrected coexpression database, reveals cell type-specific gene networks in the immune system

バンデンボンアレクシス

第５回生命医薬情報学連合大会 2016年9月30日
Analysing cell type-specific gene networks using Immuno-Navigator

バンデンボンアレクシス

InCoB2016 2016年9月21日
Dynamics of enhancers in myeloid antigen presenting cells upon LPS stimulation

バンデンボンアレクシス

GIW ISCB-ASIA 2014 2014年12月17日
A novel unbiased measure for motif co-occurrence predicts combinatorial regulation of transcription

バンデンボンアレクシス

InCoB2012 2012年10月5日

もっとみる

共同研究・競争的資金等の研究課題

細胞種特異的発現を決めるエンハンサー文法の探求

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

中井謙太, VANDENBON ALEXIS
空間オミックスデータ解析用データベースの開発

科学技術振興機構知識インフラの構築ライフサイエンスデータベース統合推進事業統合化推進プログラム育成型 2023年 - 2025年

Vandenbon Alexis
Comprehensive optimization of cell type-specific gene co-expression networks and construction of a cell type-specific co-expression database

Japan Society for the Promotion of Science Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C) 2020年4月 - 2023年3月

Vandenbon Alexis

バンデンボンアレクシス

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

受賞

主要な論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

共同研究・競争的資金等の研究課題

メニュー

共著者の一覧