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基本情報

学位: Ph.D.(National University of Singapore)

研究者番号: 60760535
J-GLOBAL ID: 201601013605623520
researchmap会員ID: B000256419

研究キーワード

研究分野

経歴

2020年 - 現在

千葉大学
2015年1月 - 現在

Chiba University, Graduate School of Pharmaceutical Sciences, Specially Appointed Assistant Professor
2013年7月 - 2014年12月

National University of Singapore, Metabolite Biology Laboratory, Post-Doctoral Fellow
2013年1月 - 2013年6月

National University of Singapore, Metabolite Biology Laboratory, Research Assistant
2012年8月 - 2012年12月

National University of Singapore, Plant Morphogenesis Lab, Research Assistant

学歴

2008年8月 - 2013年6月

National University of Singapore, Department of Biological Sciences, Doctor of Philosophy
2004年6月 - 2008年5月

Birla Institute of Technology, Department of Biotechnology, Bachelors of Engineering

委員歴

2015年 - 現在

Plant Metabolism and Chemodiversity, Review Editor
2012年 - 2013年

NUS-Environmental Research Institute, Committee for safety management
2011年 - 2012年

DBS graduate student committee
2007年 - 2008年

Ecological and Environmental Society, General Secretary

受賞

2022年3月

Letter of appreciation, Letter of appreciation for special recognition for outstanding research achievements and contribution to increased public recognition of RIKEN and its scientific activities, RIKEN, Japan
2021年9月

The Best Presentation Award, 72nd Annual Meeting of the SCR
2014年11月

Young Researcher Award, Merlion Metabolites Workshop Singapore 2014, National University of Singapore, Singapore

ライアミット
2010年11月

Best Teaching Assistant, Faculty of Science, National University of Singapore, Singapore

ライアミット
2009年3月

Gold Medal, Best Undergrad Student, Birla Institute of Technology

ライアミット
2008年8月

The National University of Singapore Research Scholarship, National University of Singapore, Singaore

ライアミット

論文

Discovery of two novel potyvirus genome sequences by high-throughput RNA sequencing in Aconitum carmichaelii tissue samples

Dongjin Choi, Megha Rai, Amit Rai, Mami Yamazaki, Yoonsoo Hahn

Acta Virologica 67 2023年
High-throughput RNA sequencing analysis of Mallotus japonicus revealed novel polerovirus and amalgavirus.

Dongjin Choi, Megha Rai, Amit Rai, Chaerim Shin, Mami Yamazaki, Yoonsoo Hahn

Acta virologica 67(1) 13-23 2023年
A liquid chromatography-mass spectrometry-based metabolomics strategy to explore plant metabolic diversity.

Tetsuya Mori, Amit Rai, Hiroshi Tsugawa, Yutaka Yamada, Kazuki Saito

Methods in enzymology 680 247-273 2023年
Chromosome-scale genome assembly of Glycyrrhiza uralensis revealed metabolic gene cluster centred specialized metabolites biosynthesis.

Amit Rai, Hideki Hirakawa, Megha Rai, Yohei Shimizu, Kenta Shirasawa, Shinji Kikuchi, Hikaru Seki, Mami Yamazaki, Atsushi Toyoda, Sachiko Isobe …

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 29(6) 2022年12月1日
Chromosome-level genome assembly of Ophiorrhiza pumila reveals the evolution of camptothecin biosynthesis

Amit Rai, Hideki Hirakawa, Ryo Nakabayashi, Shinji Kikuchi, Koki Hayashi, Megha Rai, Hiroshi Tsugawa, Taiki Nakaya, Tetsuya Mori, Hideki Nagasaki …

Nature Communications 12(1) 405-405 2021年12月査読有り筆頭著者責任著者
Metabolomics and complementary techniques to investigate the plant phytochemical cosmos.

Hiroshi Tsugawa, Amit Rai, Kazuki Saito, Ryo Nakabayashi

Natural product reports 38(10) 1729-1759 2021年10月20日
Gene-Metabolite Network Analysis Revealed Tissue-Specific Accumulation of Therapeutic Metabolites in Mallotus japonicus.

Megha Rai, Amit Rai, Tetsuya Mori, Ryo Nakabayashi, Manami Yamamoto, Michimi Nakamura, Hideyuki Suzuki, Kazuki Saito, Mami Yamazaki

International journal of molecular sciences 22(16) 8835-8835 2021年8月17日査読有り筆頭著者責任著者
A multi-objective hybrid machine learning approach-based optimization for enhanced biomass and bioactive phycobiliproteins production in Nostoc sp. CCC-403

Dinesh Kumar Saini, Amit Rai, Alka Devi, Sunil Pabbi, Deepak Chhabra, Jo-Shu Chang, Pratyoosh Shukla

Bioresource Technology 329 124908-124908 2021年6月査読有り筆頭著者
Multiomics-based characterization of specialized metabolites biosynthesis in Cornus Officinalis

Amit Rai, Megha Rai, Hidetaka Kamochi, Tetsuya Mori, Ryo Nakabayashi, Michimi Nakamura, Hideyuki Suzuki, Kazuki Saito, Mami Yamazaki

DNA Research 27(2) dsaa009 2020年4月1日
Metabolic diversification of nitrogen-containing metabolites by expression of a heterologous lysine decarboxylase gene in Arabidopsis.

Yohei Shimizu, Amit Rai, Yuko Okawa, Hajime Tomatsu, Masaru Sato, Kota Kera, Hideyuki Suzuki, Kazuki Saito, Mami Yamazaki

Plant Journal 100(3) 505-521 2019年11月査読有り
Resource partitioning strategies during toxin production in Microcystis aeruginosa revealed by integrative omics analysis

Di Pan, Shruti Pavagadhi, Shivshankar Umashankar, Amit Rai, Peter I. Benke, Megha Rai, Gourvendu Saxena, Vamshidhar Gangu, Sanjay Swarup

Algal Research 42 2019年9月
A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms (vol 16, pg 295, 2019)

Tsugawa Hiroshi, Nakabayashi Ryo, Mori Tetsuya, Yamada Yutaka, Takahashi Mikiko, Rai Amit, Sugiyama Ryosuke, Yamamoto Hiroyuki, Nakaya Taiki, Yamazaki Mami …

NATURE METHODS 16(5) 446-446 2019年5月査読有り
A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms.

Tsugawa H, Nakabayashi R, Mori T, Yamada Y, Takahashi M, Rai A, Sugiyama R, Yamamoto H, Nakaya T, Yamazaki M …

Nature methods 16(4) 295-298 2019年4月査読有り
De Novo Transcriptome Assembly and Characterization of Lithospermum officinale to Discover Putative Genes Involved in Specialized Metabolites Biosynthesis.

Rai A, Nakaya T, Shimizu Y, Rai M, Nakamura M, Suzuki H, Saito K, Yamazaki M

Planta medica 84(12-13) 920-934 2018年8月査読有り
Comparative transcriptome analyses of three medicinal Forsythia species and prediction of candidate genes involved in secondary metabolisms

Luchao Sun, Amit Rai, Megha Rai, Michimi Nakamura, Noriaki Kawano, Kayo Yoshimatsu, Hideyuki Suzuki, Nobuo Kawahara, Kazuki Saito, Mami Yamazaki

Journal of Natural Medicines 72(4) 1-15 2018年5月7日査読有り
Perspective: functional genomics towards new biotechnology in medicinal plants

Mami Yamazaki, Amit Rai, Naoko Yoshimoto, Kazuki Saito

Plant Biotechnology Reports 12(2) 69-75 2018年4月査読有り
De novo RNA sequencing and expression analysis of Aconitum carmichaelii to analyze key genes involved in the biosynthesis of diterpene Alkaloids

Megha Rai, Amit Rai, Noriaki Kawano, Kayo Yoshimatsu, Hiroki Takahashi, Hideyuki Suzuki, Nobuo Kawahara, Kazuki Saito, Mami Yamazaki

Molecules 22(12) 2017年12月1日査読有り
Integrated omics analysis of specialized metabolism in medicinal plants

Amit Rai, Kazuki Saito, Mami Yamazaki

PLANT JOURNAL 90(4) 764-787 2017年5月査読有り
De novo transcriptome assembly and characterization of nine tissues of Lonicera japonica to identify potential candidate genes involved in chlorogenic acid, luteolosides, and secoiridoid biosynthesis pathways

Amit Rai, Hidetaka Kamochi, Hideyuki Suzuki, Michimi Nakamura, Hiroki Takahashi, Tomoki Hatada, Kazuki Saito, Mami Yamazaki

JOURNAL OF NATURAL MEDICINES 71(1) 1-15 2017年1月査読有り招待有り
Function of AP2/ERF Transcription Factors Involved in the Regulation of Specialized Metabolism in Ophiorrhiza pumila Revealed by Transcriptomics and Metabolomics

Nirin Udomsom, Amit Rai, Hideyuki Suzuki, Jun Okuyama, Ryosuke Imai, Tetsuya Mori, Ryo Nakabayashi, Kazuki Saito, Mami Yamazaki

FRONTIERS IN PLANT SCIENCE 7 1861 2016年12月査読有り

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MISC

薬用植物ニチニチソウの種子発芽過程におけるアルカロイド代謝開始機構の解析

鵜崎真妃, 鵜崎真妃, 山本浩太郎, 山本浩太郎, RAI Amit, 村上明男, 大西美輪, 七條千津子, 石崎公庸, 深城英弘 …

日本植物生理学会年会(Web) 63rd 2022年
カンプトテシン生合成に関与する遺伝子クラスター内に存在するトランスポーター遺伝子の機能

二反田望実, RAI Amit, 齊藤和季, 山崎真巳

日本植物生理学会年会(Web) 63rd 2022年
マルチオミクスに基づくアプローチで植物の特殊代謝物の進化を探る

RAI Amit, HIRAKAWA Hideki, NAKABAYASHI Ryo, KIKUCHI Shinji, HAYASHI Koki, RAI Megha, TSUGAWA Hiroshi, MORI Tetsuya, YAMAZAKI Mami, SAITO Kazuki

質量分析総合討論会講演要旨集 69th 2021年
カンプトテシン生合成解明を目指した統合オミクス科学

山崎真巳, RAI Amit, 北村智, 齊藤和季

日本薬学会年会要旨集(Web) 141st 2021年
チャボイナモリのカンプトテシン生合成遺伝子クラスターに存在するトランスポーター遺伝子のノックアウト毛状根の作製

二反田望実, RAI Amit, 斉藤和季, 山崎真巳

日本薬学会関東支部大会講演要旨集 65th (CD-ROM) 2021年
チャボイナモリにおけるメタボロミクスを用いたカンプトテシン中間体の網羅的同定

NAKABAYASHI Ryo, RAI Amit, MORI Tetsuya, NAKAYA Taiki, YAMAZAKI Mami, SAITO Kazuki, SAITO Kazuki

日本植物生理学会年会(Web) 61st 2020年
Nicotiana benthamianaの接ぎ木のダイナミクスを理解するための統合システムバイオロジーアプローチ

RAI Amit, RAI Megha, MORI Tetsuya, YAMAZAKI Mami, NOTAGUCHI Michitaka, NAKABAYASHI Ryo

日本植物生理学会年会(Web) 61st 2020年
薬用植物クララにおける二次代謝産物の生合成機構の解明

清水陽平, 清水陽平, RAI Amit, 中村道美, 鈴木秀幸, 齊藤和希, 齊藤和希, 山崎真巳

日本植物生理学会年会(Web) 61st 2020年
プロモーター類似性スコアと遺伝子共発現解析の統合によるカンプトテシン生合成遺伝子の探索

林剛生, RAI Amit, RAI Amit, 斉藤和季, 斉藤和季, 斉藤和季, 山崎真巳, 山崎真巳

日本植物生理学会年会(Web) 61st 2020年
オクトリカブトにおける二次代謝の統合オミクス解析

RAI Megha, RAI Amit, 森哲也, 中林亮, 中村道美, 鈴木秀幸, 高橋弘喜, 高上馬希重, 齊藤和季, 齊藤和季 …

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 140th (Web) 2020年
A new era in plant functional genomics

Amit Rai, Mami Yamazaki, Kazuki Saito

Current Opinion in Systems Biology 15 58-67 2019年6月
クエチアピン投与により発症した高血糖高浸透圧症候群の一例

藏田香桜里, 荒井秀仁, 川島碧, 齊藤一樹, 山口賢, 江頭富士子, 渡邉健太郎, 石原寿光

日大医学雑誌 78(1) 2019年
クエチアピン投与により発症した高血糖高浸透圧症候群の1例

藏田香桜里, 荒井秀仁, 川島碧, 齊藤一樹, 山口賢, 江頭富士子, 渡邉健太郎, 石原寿光

日本内科学会関東支部関東地方会 650th 2019年
高度の炎症を伴った不明熱により高血糖を来し,入院での血糖コントロールが必要となった高齢1型糖尿病患者の1例

齋藤一樹, 川島碧, 荒井秀仁, 松島えり子, 山口賢, 江頭富士子, 渡邉健太郎, 石原寿光

日本老年医学会雑誌 56(4) 2019年
アルカロイド生合成及び多様化の進化を理解するための比較ゲノミクス

RAI Amit, NAKABAYASHI Ryo, HIRAKAWA Hideki, TSUGAWA Hiroshi, NAKAYA Taiki, MORI Tetsuya, TAKAHASHI Hiroki, KIKUCHI Shinji, SAITO Kazuki, SAITO Kazuki …

日本植物生理学会年会(Web) 60th 2019年
サンシュユCornus officinalisにおける特定代謝産物の生合成を研究するための統合オミクス支援分析

RAI Megha, RAI Amit, KAMOCHI Hidetaka, MORI Tetsuya, NAKABAYASHI Ryo, NAKAMURA Michimi, SUZUKI Hideyuki, YAMAZAKI Mami, SAITO Kazuki, SAITO Kazuki

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 37th 2019年
オクトリカブトの統合オミクス解析に基づくジテルペンアルカロイド生合成遺伝子の推定

山崎真巳, MEGHA, RAI Amit, 森哲也, 中林亮, 中村道美, 鈴木秀幸, 高橋弘喜, 高上馬希重, 齊藤和季

日本生薬学会年会講演要旨集 66th 2019年
シロイヌナズナへのリジン脱炭酸酵素遺伝子導入による新規代謝経路誘導と化学多様性の拡張

清水陽平, RAI Amit, 佐藤大, 鈴木秀幸, 齊藤和季, 山崎真巳

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 139th 2019年
アカネ科Ophiorrhiza pumila毛状根の成分探索研究

門間古都, 北島満里子, 小暮紀行, 中谷泰貴, RAI Amit, 山崎真巳, 斉藤和季, 高山廣光

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 139th 2019年
シス調節配列のモチーフ解析と共発現解析の統合によるカンプトテシン生合成候補遺伝子の探索

林剛生, RAI Amit, 斉藤和季, 山崎真巳

植物化学シンポジウム 56th (CD-ROM) 2019年

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講演・口頭発表等

De novo transcriptome studies as a tool for unveiling the chemical diversity and processes involved in their biosynthesis in the Medicinal plants.

Rai A, Yamazaki M, Saito K

The 3rd Plant Genomics Congress Asia, Kuala Lumpur, Malaysia 2016 2016年4月11日招待有り
Comparative transcriptomics across selected plants from Panax genus revealed cyp450s and GTs coding genes with potential role in triterpene saponin biosynthesis.

Rai A, Yamazaki M, Takahashi H, Nakamura M, Kojoma M, Suzuki H, Saito K

Japan Society Plant Physiology conference, Morioka, Iwate, Japan 2016 2016年3月19日
QuoA expression in Arabidopsis leads to phenolamide channeling to lignins and coordinated effects at key branch points

Rai A, Reuben S, Swarup S

Merlion Metabolomics, Singapore 2014 2014年11月19日
Integrative multi-omics analysis on Microcystis aeruginosa at varying environmental conditions revealed key processes contributing to toxin production.

Rai A, Di P, Swarup S

Agilent Technology Integrated Biology Workshop. Monash University, Kuala Lumpur 2014年10月9日招待有り
Isolation of a rice mutant with altered shoot architecture and use of metabolomics for gene function discovery

Ramamoorthy R, Rai R, Ramachandran S, Swarup S, Kumar P

International Association of Plant Biotechnology Congress. Melbourne, Australia 2014年8月10日
Perturbation in phenylpropanoid metabolic network using gain and loss-of-function revealed novel network properties

Rai A, Reuben S, Swarup S

Metabolomics 2014, Tsuruoka, Yamagata 2014年6月22日
Use of metabolomics to characterize a dwarf mutant line of rice

Ramamoorthy R, Rai A, Ramachandran S, Kumar P

In vitro Biology meeting, Providence, Rhode Island, USA 2013年6月15日
Use of rhizosphere metabolomics to investigate exudation of phenolics by Arabidopsis roots

Lee Y.J, Rai A, Reuben S, Nesati V, Almeida R, Swarup S

European Geosciences Union General Assembly 2013, Vienna, Austria 2013年4月7日
Regulatory networks of cyanotoxin metabolic pathways in Microcystis aeruginosa, an algal bloom cyanobacterium

Pan D, Rai A, Swarup S

17th Biological Sciences Graduate Congress. Bangkok. Chulalongkorn University, Bangkok, Thailand 2012年12月
PhpA led perturbation in phenylpropanoid pathway shows perturbation in stress response metabolic pathways

Rai A, Ruben S, Swarup S

14th Biological Sciences Graduate Congress, Bangkok. Chulalongkorn University, Bangkok, Thailand 2010年12月12日
Computational metabolomics to characterize metabolites in stable isotope-labeled organisms

Tsugawa, H, Nakabayashi, R, T., Mori, Yamada, Y, Takahashi, M, Rai, A, Sugiyama, R, Yamamoto, H, Nakaya, T, Yamazaki, M, Kooke, R, Molenaar, J.A, Oztolan-Erol, N, Keurentjes, J.J, B, Arita, M, Saito, K

67th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics (2019), Atlanta, 2019-06-02/2019-06-06

担当経験のある科目(授業)

2016年4月 - 2022年4月

Integrative Omics for functional genomics (千葉大学)
2015年4月 - 2022年4月

Plant systems biology (千葉大学)
2016年4月 - 2020年9月

Systems biology (千葉大学)
Molecular Biology (National University of Singaore)
Scientific communications in English (Graduate School of Pharmaceutical Sciences)
General Biochemistry (Graduate School of Pharmaceutical Sciences)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

ゲノム－メタボロームに基づく複雑系生合成パスウェイの予測とエンジニアリング

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2022年6月 - 2027年3月

山崎真巳
薬用資源植物の化学的多様性のゲノム起源

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 基盤研究(S) 2019年6月 - 2024年3月

齊藤和季, 庄司翼, 山崎真巳, 吉本尚子, 高上馬希重, 村中俊哉, 関光, 中林亮, 東泰弘, 榊原圭子, Rai Amit
国内産の重要薬用資源植物の統合ゲノム科学

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2019年4月 - 2023年3月

齊藤和季, 中林亮, 東泰弘, 山崎真巳, ライアミット, 高上馬希重
Systems biology approach to unravel biosynthesis and evolution of camptothecin, a potent anti-cancer natural product

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2019年4月 - 2022年3月

ライアミット
甘草を中心とする重要マメ科薬用資源植物の統合ゲノム研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2015年4月 - 2019年3月

齊藤和季, 山崎真巳, ライアミット, 鈴木秀幸, 吉本尚子, 高橋弘喜, 櫻井哲也, 持田恵一, 中林亮, 平川英樹, 高上馬希重, 關光, 村中俊哉
Transcriptome analysis of medicinal plants

Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 2016年 - 2018年

ライアミット

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研究分野

経歴

学歴

委員歴

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論文

MISC

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

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