水田におけるメタン動態のホットスポットである水稲根圏における微生物食物連鎖の構造と機能を解析した。圃場調査、ポット実験、室内のミクロコズム実験から、水稲根圏には特徴的な原生生物（繊毛虫、鞭毛虫、アメーバ）が生息しており、酸素や有機物の供給に応答してその群集構造が変化することが明らかとなった。また、メタン酸化によって駆動する食物連鎖の構造も水稲根圏とそれ以外の土壌では異なることが明らかとなった。