共同研究・競争的資金等の研究課題

2013年 - 2015年

巨大シーケンス内の類似繰り返し構造の分析

文部科学省  科学研究費補助金(基盤研究(B))  基盤研究(B)

課題番号
25280079
体系的課題番号
JP25280079
担当区分
研究代表者
配分額
(総額)
5,980,000円
(直接経費)
4,600,000円
(間接経費)
1,380,000円
資金種別
競争的資金

DNAなどの巨大シーケンス内に存在する散在反復配列を抽出する方法として,頻出近似文字列パターンを列挙するアルゴリズムを開発し,列挙されたパターンの出現領域を抽出する方式を考案した.提案手法のパターンは出現領域の境界がはっきりしているため,同じ領域を重ねて数えることが少ない.また,提案列挙アルゴリズムは高速かつ省メモリーで動作する.ヒトゲノムの21番染色体に適用したところ,著名な散在反復配列であるAlu配列の出現領域とされる領域の約50%を,100個の代表パターンの出現領域として抽出することに成功した.

リンク情報
URL
https://kaken.nii.ac.jp/d/p/25280079.ja.html
KAKEN
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25280079
ID情報
  • 課題番号 : 25280079
  • 体系的課題番号 : JP25280079