2013年 - 2015年
巨大シーケンス内の類似繰り返し構造の分析
文部科学省 科学研究費補助金(基盤研究(B)) 基盤研究(B)
- 課題番号
- 25280079
- 体系的課題番号
- JP25280079
- 担当区分
- 研究代表者
- 配分額
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- (総額)
- 5,980,000円
- (直接経費)
- 4,600,000円
- (間接経費)
- 1,380,000円
- 資金種別
- 競争的資金
DNAなどの巨大シーケンス内に存在する散在反復配列を抽出する方法として,頻出近似文字列パターンを列挙するアルゴリズムを開発し,列挙されたパターンの出現領域を抽出する方式を考案した.提案手法のパターンは出現領域の境界がはっきりしているため,同じ領域を重ねて数えることが少ない.また,提案列挙アルゴリズムは高速かつ省メモリーで動作する.ヒトゲノムの21番染色体に適用したところ,著名な散在反復配列であるAlu配列の出現領域とされる領域の約50%を,100個の代表パターンの出現領域として抽出することに成功した.
- リンク情報
- ID情報
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- 課題番号 : 25280079
- 体系的課題番号 : JP25280079