概日時計中心振動体の構成要素の相互作用に関する包括的な理解のために、我々はシロイヌナズナの野生型 (WT) および2種類の概日リズム消失植物体 [<I>Arabidopsis Pseudo Response Regulator</I> (PRR) genes <I>PRR9</I>, <I>PRR7</I>, <I>PRR5</I> 三重変異体 (<I>d975</I>) および<I>CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1</I> (<I>CCA1</I>) 過剰発現体 (<I>CCA1</I>-ox)] に対して、ガスクロマトグラフィー－時間飛行型/質量分析計 (GC-TOF/MS) を用いた比較メタボロミクス手法による特徴づけを行った。植物体は明暗条件および連続明条件下で生育し、経時的代謝物群測定をした。その結果、<I>d975</I> および<I>CCA1</I>-oxは形態学的な表現型に似ているにも関わらず、代謝物フェノタイピングにより両者を区別することができた。詳細な代謝プロファイリングは、<I>d975</I>がTCA回路中間体および適合溶質、抗酸化物質（ビタミン類）といった幅広い代謝産物の蓄積量の劇的な上昇により特徴づけられることを示した。さらに、マイクロアレイによる遺伝子発現データとの統合による考察から、遺伝子<I>PRR9/7/5</I>はカロテノイド-ABAおよび葉緑体生合成経路、ビタミンE合成経路の遺伝子群に対して負の制御を行っていると考えられた。