本研究課題では、遺伝―環境相互作用の解明とその植物生理を深く理解するため、様々な分子群に関するオミックスデータおよび知識の統合を試みた。主な成果として（１）統合すべきオミックスデータの評価と、より高い信頼性のある遺伝子機能予測法の開発を進めた。（２）遺伝子間の関連性推定には、ピアソン相関のみならず、相互情報量に基づく統計量を利用した複雑な遺伝子制御ネットワークの推定を検討した。（３）遺伝子―遺伝子間の機能的関連性を定量化・予測するためのネットワークモデル構築法の一部としてdifferential regulation analysisにより転写因子等の制御因子予測を行うことを可能とした。