清水 厚志

J-GLOBALへ         更新日: 17/12/04 08:02
 
アバター
研究者氏名
清水 厚志
 
シミズ アツシ
ハンドル
atsushi_ngs
eメール
ashimizuiwate-med.ac.jp
URL
http://iwate-megabank.org
所属
岩手医科大学
部署
いわて東北メディカル・メガバンク機構
職名
特命教授
学位
博士(理学)(青山学院大学)
科研費研究者番号
30327655
Twitter ID
atsushi_ngs

研究分野

 
 

経歴

 
2013年3月
 - 
現在
岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 特命教授
 
2013年4月
 - 
現在
慶應義塾大学 医学部 訪問教授
 
2013年
 - 
2013年
慶應義塾大学 分子生物学教室 准教授
 
2012年
 - 
2013年
慶應義塾大学 分子生物学教室 専任講師
 
2007年
 - 
2012年
慶應義塾大学 分子生物学教室 助教
 
2004年
 - 
2007年
慶應義塾大学 分子生物学教室 助手
 
2000年
 - 
2004年
慶應義塾大学 分子生物学教室 特別研究助手
 
1999年
 - 
2000年
慶應義塾大学 分子生物学教室 研究員
 

学歴

 
 
 - 
1999年
青山学院大学 理工学研究科 化学専攻
 
 
 - 
1994年
青山学院大学 理工学部 化学科
 

論文

 
Hachiya T, Komaki S, Hasegawa Y, Ohmomo H, Tanno K, Hozawa A, Tamiya G, Yamamoto M, Ogasawara K, Nakamura M, Hitomi J, Ishigaki Y, Sasaki M, Shimizu A
Scientific reports   7(1) 16147   2017年11月   [査読有り]
An epigenome-wide association study based on cell type-specific whole-genome bisulfite sequencing: Screening for DNA methylation signatures associated with bone mass
Komaki, S, Ohmomo, H, Hachiya, T, Furukawa, R, Shiwa, Y, Satoh, M, Endo, R, Doita, M, Sasaki, M and Shimizu, A
Integrative Molecular Medicine   4(5)    2017年10月   [査読有り]
Akiyama M, Okada Y, Kanai M, Takahashi A, Momozawa Y, Ikeda M, Iwata N, Ikegawa S, Hirata M, Matsuda K, Iwasaki M, Yamaji T, Sawada N, Hachiya T, Tanno K, Shimizu A, Hozawa A, Minegishi N, Tsugane S, Yamamoto M, Kubo M, Kamatani Y
Nature genetics   49(10) 1458-1467   2017年10月   [査読有り]
Yamamoto K, Hachiya T, Fukushima A, Nakaya N, Okayama A, Tanno K, Aizawa F, Tokutomi T, Hozawa A, Shimizu A
Journal of human genetics      2017年8月   [査読有り]
Tokutomi T, Fukushima A, Yamamoto K, Bansho Y, Hachiya T, Shimizu A
BMC medical genetics   18(1) 71   2017年7月   [査読有り]

Misc

 
【多段階発がん過程におけるエピゲノム異常】 がんの全エピゲノム関連解析(EWAS)
大友 亮, 篠崎 夏子, 清水 厚志
細胞   49(8) 373-376   2017年7月
特異的なDNAのメチル化状態ががんの診断マーカーとなることが報告されており、DNAメチル化を指標とした新規診断マーカーの同定と、正確な早期診断法の実現が期待されている。疾患発症や表現型とDNAメチル化状態との関連を網羅的に探索する手法が全エピゲノム関連解析(Epigenome-Wide Association Study:EWAS)であり、これまでにがん研究においてもEWASの有用性が示されている。本稿では、EWASにおけるDNAメチル化検出手法について概説し、あわせて、これまでのがんを対...
ゲノムコホート研究における家系情報の収集を目的とした折りたたみ式問診票の開発
徳富 智明, 山本 佳世乃, 高井 理衣, 清水 厚志, 太田 亨, 福島 明宗
日本遺伝カウンセリング学会誌   38(2) 96-96   2017年5月
一般集団への家族性高コレステロール血症(FH)の遺伝情報回付パイロット研究における事前アンケートについて
沼田 早苗, 相澤 弥生, 山本 佳世乃, 徳富 智明, 石垣 泰, 遠藤 龍人, 丹野 高三, 佐藤 衛, 小林 朋子, 清水 厚志, 川目 裕, 福島 明宗, 山本 雅之, 佐々木 真理
日本遺伝カウンセリング学会誌   38(2) 97-97   2017年5月
遺伝と遺伝性疾患に関する講習会 ゲノムコホート研究における個人への遺伝情報の回付に関するパイロット研究参加者への試み
徳富 智明, 清水 厚志, 福島 明宗, 山本 佳世乃, 石垣 泰, 川目 裕, 長神 風二, 小林 朋子, 相澤 弥生, 沼田 早苗, 鈴木 洋一, 布施 昇男, 菅原 敦子, 中山 文予, 山本 雅之, 佐々木 真理
日本遺伝カウンセリング学会誌   38(2) 144-144   2017年5月
東日本大震災被災地住民の健康知識に関連する要因の検討
佐々木 亮平, 丹野 高三, 中谷 直樹, 寳澤 篤, 高梨 信之, 坂田 清美, 清水 厚志
日本公衆衛生学会総会抄録集   75回 581-581   2016年10月
【エピゲノム研究 修飾の全体像の理解から先制・個別化医療へ 解析手法の標準化、細胞間・個人間の多様性の解明、疾患エピゲノムを標的とした診断・創薬】 (第2章)形質の多様性をつくるエピゲノム 全エピゲノム関連解析(EWAS)
古川 亮平, 八谷 剛史, 清水 厚志
実験医学   34(10) 1574-1580   2016年6月
全エピゲノム関連解析(epigenome-wide association study:EWAS)は、環境やストレスなどの環境要因への曝露や疾病発症とエピゲノム変化の関連を網羅的に解明する手法であり、近年、大規模にEWASを行う下地が整ってきた。生来変化しないゲノム多型と異なり、EWASで対象とするエピゲノムパターンは分子的な安定性・生物学的な変動などの要因により変化するため、その解析にはDNAメチル化解析特有の問題が存在する。本稿では、この特有の問題とその解決方法について、われわれの取り...
【ビッグデータから読み解く生命現象】 IMMオミックスリファレンスパネルの取り組み
古川 亮平, 清水 厚志
生化学   88(1) 36-43   2016年2月
ヒトの疾患の発症にはゲノム多型による先天的な影響と,生活習慣やさまざまな環境曝露による後天的な影響が関与している.これらの要因を解明するための基盤整備として国内外のグループがゲノムと複数の組織・細胞のエピゲノム,トランスクリプトームの三つのオミックス情報を用いた複合オミックス解析を進めている.本稿では世界で進行中のこれらのプロジェクトを紹介するとともに,我々いわて東北メディカル・メガバンク機構が進めている健常人コホート血液検体を用いた3層オミックス解析についても紹介する.(著者抄録)
稀少疾患の分子病態メカニズム エンドソーム系の平衡の破綻 機能亢進型SAMD9変異によるMIRAGE症候群
鳴海 覚志, 天野 直子, 石井 智弘, 勝又 規行, 福澤 龍二, 芝田 晋介, 岡野 栄之, 清水 厚志, 三宅 紀子, 松本 直通, 長谷川 奉延
日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集   88回・38回 [1W5-p   2015年12月
福島明宗, 小林有美子, 山本佳世乃, 八谷剛志, 清水厚志
日本遺伝カウンセリング学会誌   36(2) 85   2015年5月
山本佳世乃, 相澤文恵, 長神風二, 川目裕, 祖父江憲治, 福島明宗, 清水厚志
日本遺伝カウンセリング学会誌   36(2) 69-atsushi_ngs   2015年5月

書籍等出版物

 
学研メディカル秀潤社   2015年10月   ISBN:4780909201
実験医学別冊「次世代シークエンス解析スタンダード」ヒトゲノム・オミックス情報のコホート研究への応用.
清水 厚志, 八谷 剛史, 田原 康玄 (担当:共著)
羊土社   2014年8月   
遺伝子医学MOOK 別冊「いまさら聞けない『遺伝医学』」次世代シークエンサー入門
清水 厚志
メディカルドゥ   2014年4月   
次世代シークエンサーを使いこなす 目的別解析法からデータ処理まで
清水 厚志 (担当:監修)
学研メディカル秀潤社   2011年8月   ISBN:4780901219

講演・口頭発表等

 
いわて東北メディカル・メガバンク機構(IMM)におけるコホート検体の複合オミックス解析 [招待有り]
清水 厚志
慶應義塾大学 システム医療研究開発センター セミナー   2016年1月29日   
ヒトゲノム情報を活用した次世代型予防医療の実現に向けて [招待有り]
清水 厚志
成育医療センター特別セミナー   2016年1月21日   
NGS解析の基礎とゲノムコホート研究における血液検体のオミックス解析への応用 [招待有り]
清水 厚志
NGS現場の会第四回研究会   2015年7月1日   
遺伝情報を用いた次世代型予防医療の実現のための技術的倫理的課題 [招待有り]
清水 厚志
人間ドック学会「第2回遺伝子検査に関する検討委員会」   2015年6月12日   
東北MMB計画におけるバイオインフォマティクス
清水 厚志
AJACS岩手   2014年12月5日   

担当経験のある科目

 

競争的資金等の研究課題

 
対象配列特異的シークエンシング法によるドラフトゲノムの効率的精度向上法の確立
科学研究費補助金
研究期間: 2012年 - 2015年

社会貢献活動

 
遺伝講習会
【講師】  (岩手県立大船渡病院)  2015年2月14日
遺伝講習会
【講師】  (岩手医科大学矢巾キャンパス)  2014年11月1日