清水 厚志

J-GLOBALへ         更新日: 18/09/25 11:27
 
アバター
研究者氏名
清水 厚志
 
シミズ アツシ
ハンドル
atsushi_ngs
eメール
ashimizuiwate-med.ac.jp
URL
http://iwate-megabank.org
所属
岩手医科大学
部署
いわて東北メディカル・メガバンク機構
職名
特命教授
学位
博士(理学)(青山学院大学)
その他の所属
国立遺伝学研究所慶應義塾大学
科研費研究者番号
30327655
Twitter ID
atsushi_ngs

研究分野

 
 

経歴

 
2018年9月
 - 
現在
国立遺伝学研究所 DDBJセンター 特任教授
 
2013年3月
 - 
現在
岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 特命教授
 
2013年4月
 - 
現在
慶應義塾大学 医学部 訪問教授
 
2013年
 - 
2013年
慶應義塾大学 分子生物学教室 准教授
 
2012年
 - 
2013年
慶應義塾大学 分子生物学教室 専任講師
 
2007年
 - 
2012年
慶應義塾大学 分子生物学教室 助教
 
2004年
 - 
2007年
慶應義塾大学 分子生物学教室 助手
 
2000年
 - 
2004年
慶應義塾大学 分子生物学教室 特別研究助手
 
1999年
 - 
2000年
慶應義塾大学 分子生物学教室 研究員
 

学歴

 
 
 - 
1999年
青山学院大学 理工学研究科 化学専攻
 
 
 - 
1994年
青山学院大学 理工学部 化学科
 

論文

 
Yamamoto K, Shimizu A, Aizawa F, Kawame H, Tokutomi T, Fukushima A
Journal of human genetics      2018年9月   [査読有り]
Hachiya T, Narita A, Ohmomo H, Sutoh Y, Komaki S, Tanno K, Satoh M, Sakata K, Hitomi J, Nakamura M, Ogasawara K, Yamamoto M, Sasaki M, Hozawa A, Shimizu A
Scientific reports   8(1) 14162   2018年9月   [査読有り]
Hara M, Hachiya T, Sutoh Y, Matsuo K, Nishida Y, Shimanoe C, Tanaka K, Shimizu A, Ohnaka K, Kawaguchi T, Oze I, Matsuda F, Ito H, Kawai S, Hishida A, Okada R, Sasakabe T, Hirata A, Ibusuki R, Nindita Y, Furusyo N, Ikezaki H, Kuriyama N, Ozaki E, Mikami H, Nakamura Y, Suzuki S, Hosono A, Katsuura-Kamano S, Arisawa K, Kuriki K, Endoh K, Takashima N, Kadota A, Nakatochi M, Momozawa Y, Kubo M, Naito M, Wakai K
Medicine and science in sports and exercise      2018年8月   [査読有り]
Yasuda J, Katsuoka F, Danjoh I, Kawai Y, Kojima K, Nagasaki M, Saito S, Yamaguchi-Kabata Y, Tadaka S, Motoike IN, Kumada K, Sakurai-Yageta M, Tanabe O, Fuse N, Tamiya G, Higasa K, Matsuda F, Yasuda N, Iwasaki M, Sasaki M, Shimizu A, Kinoshita K, Yamamoto M
BMC genomics   19(1) 551   2018年7月   [査読有り]
Hachiya T, Komaki S, Hasegawa Y, Ohmomo H, Tanno K, Hozawa A, Tamiya G, Yamamoto M, Ogasawara K, Nakamura M, Hitomi J, Ishigaki Y, Sasaki M, Shimizu A
Scientific reports   7(1) 16147   2017年11月   [査読有り]

Misc

 
原めぐみ, 八谷剛史, 西田裕一郎, 島ノ江千里, 清水厚志, 田中恵太郎
日本疫学会学術総会講演集(Web)   28th 133 (WEB ONLY)   2018年2月
問診票入力から国際基準の医療用家系図を自動作成する家系情報収集ツールの開発
徳富 智明, 福島 明宗, 山本 佳世乃, 中山 文予, 勝部 暢介, 清水 厚志, 佐々木 真理
日本遺伝カウンセリング学会誌   38(4) 117-125   2018年1月
問診票に入力するだけで自動的に医療用家系図が作成できるソフトウェア「f-tree(エフツリー)」最新版の使用方法を解説し、現在利用が可能な海外の家族歴ツールについても紹介した。f-treeは描画を目的とした従来のソフトとは異なり、問診票をベースとした新しい自動家系図作成ソフトである。f-treeの特徴は、問診票ベースのため専門的な知識や作図スキルを必要としないこと、医療用家系図の国際的ルールを100%準拠していること、データとして一度に大量の家系図を含む家系情報として取扱いができることであ...
【ヒト疾患のデータベースとバイオバンク 情報をどう使い、どう活かすか?ゲノム医療をどう実現するか?】 (第2章)疾患データベースとバイオバンク プロジェクトの最前線と利用の実践ガイド 東北メディカル・メガバンク計画 震災復興からのコホートと次世代型バイオバンク構築
清水 厚志, 布施 昇男
実験医学   35(17) 2851-2860   2017年11月
東北メディカル・メガバンク計画は、2011年に発生した東日本大震災からの科学および医療の創造的復興・再生における「核」になることを目的として設立された、健常人を対象とするゲノムコホートおよび複合バイオバンクを構築するプロジェクトである。2016年度までの第1段階では、地域住民コホート約8万人と出生コホートである三世代コホート約7万人の参加者を募り、計15万人の生体試料(血液、尿、DNAなど)と健康情報を複合バイオバンクに格納し、最新の解析基盤を駆使することにより、これらの試料・情報にゲノム...
【多段階発がん過程におけるエピゲノム異常】 がんの全エピゲノム関連解析(EWAS)
大友 亮, 篠崎 夏子, 清水 厚志
細胞   49(8) 373-376   2017年7月
特異的なDNAのメチル化状態ががんの診断マーカーとなることが報告されており、DNAメチル化を指標とした新規診断マーカーの同定と、正確な早期診断法の実現が期待されている。疾患発症や表現型とDNAメチル化状態との関連を網羅的に探索する手法が全エピゲノム関連解析(Epigenome-Wide Association Study:EWAS)であり、これまでにがん研究においてもEWASの有用性が示されている。本稿では、EWASにおけるDNAメチル化検出手法について概説し、あわせて、これまでのがんを対...
ゲノムコホート研究における家系情報の収集を目的とした折りたたみ式問診票の開発
徳富 智明, 山本 佳世乃, 高井 理衣, 清水 厚志, 太田 亨, 福島 明宗
日本遺伝カウンセリング学会誌   38(2) 96-96   2017年5月
一般集団への家族性高コレステロール血症(FH)の遺伝情報回付パイロット研究における事前アンケートについて
沼田 早苗, 相澤 弥生, 山本 佳世乃, 徳富 智明, 石垣 泰, 遠藤 龍人, 丹野 高三, 佐藤 衛, 小林 朋子, 清水 厚志, 川目 裕, 福島 明宗, 山本 雅之, 佐々木 真理
日本遺伝カウンセリング学会誌   38(2) 97-97   2017年5月
遺伝と遺伝性疾患に関する講習会 ゲノムコホート研究における個人への遺伝情報の回付に関するパイロット研究参加者への試み
徳富 智明, 清水 厚志, 福島 明宗, 山本 佳世乃, 石垣 泰, 川目 裕, 長神 風二, 小林 朋子, 相澤 弥生, 沼田 早苗, 鈴木 洋一, 布施 昇男, 菅原 敦子, 中山 文予, 山本 雅之, 佐々木 真理
日本遺伝カウンセリング学会誌   38(2) 144-144   2017年5月
東日本大震災被災地住民の健康知識に関連する要因の検討
佐々木 亮平, 丹野 高三, 中谷 直樹, 寳澤 篤, 高梨 信之, 坂田 清美, 清水 厚志
日本公衆衛生学会総会抄録集   75回 581-581   2016年10月
【エピゲノム研究 修飾の全体像の理解から先制・個別化医療へ 解析手法の標準化、細胞間・個人間の多様性の解明、疾患エピゲノムを標的とした診断・創薬】 (第2章)形質の多様性をつくるエピゲノム 全エピゲノム関連解析(EWAS)
古川 亮平, 八谷 剛史, 清水 厚志
実験医学   34(10) 1574-1580   2016年6月
全エピゲノム関連解析(epigenome-wide association study:EWAS)は、環境やストレスなどの環境要因への曝露や疾病発症とエピゲノム変化の関連を網羅的に解明する手法であり、近年、大規模にEWASを行う下地が整ってきた。生来変化しないゲノム多型と異なり、EWASで対象とするエピゲノムパターンは分子的な安定性・生物学的な変動などの要因により変化するため、その解析にはDNAメチル化解析特有の問題が存在する。本稿では、この特有の問題とその解決方法について、われわれの取り...
古川 亮平, 清水 厚志
生化学   88(1) 36-43   2016年2月
ヒトの疾患の発症にはゲノム多型による先天的な影響と,生活習慣やさまざまな環境曝露による後天的な影響が関与している.これらの要因を解明するための基盤整備として国内外のグループがゲノムと複数の組織・細胞のエピゲノム,トランスクリプトームの三つのオミックス情報を用いた複合オミックス解析を進めている.本稿では世界で進行中のこれらのプロジェクトを紹介するとともに,我々いわて東北メディカル・メガバンク機構が進めている健常人コホート血液検体を用いた3層オミックス解析についても紹介する.(著者抄録)

書籍等出版物

 
学研メディカル秀潤社   2015年10月   ISBN:4780909201
実験医学別冊「次世代シークエンス解析スタンダード」ヒトゲノム・オミックス情報のコホート研究への応用.
清水 厚志, 八谷 剛史, 田原 康玄 (担当:共著)
羊土社   2014年8月   
遺伝子医学MOOK 別冊「いまさら聞けない『遺伝医学』」次世代シークエンサー入門
清水 厚志
メディカルドゥ   2014年4月   
次世代シークエンサーを使いこなす 目的別解析法からデータ処理まで
清水 厚志 (担当:監修)
学研メディカル秀潤社   2011年8月   ISBN:4780901219

講演・口頭発表等

 
いわて東北メディカル・メガバンク機構(IMM)におけるコホート検体の複合オミックス解析 [招待有り]
清水 厚志
慶應義塾大学 システム医療研究開発センター セミナー   2016年1月29日   
ヒトゲノム情報を活用した次世代型予防医療の実現に向けて [招待有り]
清水 厚志
成育医療センター特別セミナー   2016年1月21日   
NGS解析の基礎とゲノムコホート研究における血液検体のオミックス解析への応用 [招待有り]
清水 厚志
NGS現場の会第四回研究会   2015年7月1日   
遺伝情報を用いた次世代型予防医療の実現のための技術的倫理的課題 [招待有り]
清水 厚志
人間ドック学会「第2回遺伝子検査に関する検討委員会」   2015年6月12日   
東北MMB計画におけるバイオインフォマティクス
清水 厚志
AJACS岩手   2014年12月5日   

担当経験のある科目

 

競争的資金等の研究課題

 
対象配列特異的シークエンシング法によるドラフトゲノムの効率的精度向上法の確立
科学研究費補助金
研究期間: 2012年 - 2015年

社会貢献活動

 
遺伝講習会
【講師】  (岩手県立大船渡病院)  2015年2月14日
遺伝講習会
【講師】  (岩手医科大学矢巾キャンパス)  2014年11月1日