SHIMIZU Atsushi

J-GLOBAL         Last updated: Sep 25, 2018 at 11:27
 
Avatar
Name
SHIMIZU Atsushi
Nickname
atsushi_ngs
E-mail
ashimizuiwate-med.ac.jp
URL
http://researchmap.jp/atsushi_ngs/
Affiliation
Iwate Medical University
Section
Iwate Tohoku Medical Megabank Organization
Job title
Professor
Research funding number
30327655
Twitter ID
atsushi_ngs

Research Interests

 
 

Research Areas

 
 

Academic & Professional Experience

 
Sep 2018
 - 
Today
Project Professor, DDBJ Center, National Institute of Genetics
 
2013
 - 
2013
Associate Professor
 
2012
 - 
2013
Assistant Professor
 
2007
 - 
2012
Instructor
 
2004
 - 
2007
Instructor
 
2000
 - 
2004
Instructor (Non-tenured)
 
1999
 - 
2000
Researcher (Non-tenured)
 

Education

 
 
 - 
1999
Graduate School, Division of Science and Engineering, Aoyama Gakuin University
 
 
 - 
1994
Faculty of Science and Engineering, Aoyama Gakuin University
 

Published Papers

 
Yamamoto K, Shimizu A, Aizawa F, Kawame H, Tokutomi T, Fukushima A
Journal of human genetics      Sep 2018   [Refereed]
Hachiya T, Narita A, Ohmomo H, Sutoh Y, Komaki S, Tanno K, Satoh M, Sakata K, Hitomi J, Nakamura M, Ogasawara K, Yamamoto M, Sasaki M, Hozawa A, Shimizu A
Scientific reports   8(1) 14162   Sep 2018   [Refereed]
Hara M, Hachiya T, Sutoh Y, Matsuo K, Nishida Y, Shimanoe C, Tanaka K, Shimizu A, Ohnaka K, Kawaguchi T, Oze I, Matsuda F, Ito H, Kawai S, Hishida A, Okada R, Sasakabe T, Hirata A, Ibusuki R, Nindita Y, Furusyo N, Ikezaki H, Kuriyama N, Ozaki E, Mikami H, Nakamura Y, Suzuki S, Hosono A, Katsuura-Kamano S, Arisawa K, Kuriki K, Endoh K, Takashima N, Kadota A, Nakatochi M, Momozawa Y, Kubo M, Naito M, Wakai K
Medicine and science in sports and exercise      Aug 2018   [Refereed]
Yasuda J, Katsuoka F, Danjoh I, Kawai Y, Kojima K, Nagasaki M, Saito S, Yamaguchi-Kabata Y, Tadaka S, Motoike IN, Kumada K, Sakurai-Yageta M, Tanabe O, Fuse N, Tamiya G, Higasa K, Matsuda F, Yasuda N, Iwasaki M, Sasaki M, Shimizu A, Kinoshita K, Yamamoto M
BMC genomics   19(1) 551   Jul 2018   [Refereed]
Hachiya T, Komaki S, Hasegawa Y, Ohmomo H, Tanno K, Hozawa A, Tamiya G, Yamamoto M, Ogasawara K, Nakamura M, Hitomi J, Ishigaki Y, Sasaki M, Shimizu A
Scientific reports   7(1) 16147   Nov 2017   [Refereed]

Misc

 
原めぐみ, 八谷剛史, 西田裕一郎, 島ノ江千里, 清水厚志, 田中恵太郎
日本疫学会学術総会講演集(Web)   28th 133 (WEB ONLY)   Feb 2018
問診票入力から国際基準の医療用家系図を自動作成する家系情報収集ツールの開発
徳富 智明, 福島 明宗, 山本 佳世乃, 中山 文予, 勝部 暢介, 清水 厚志, 佐々木 真理
日本遺伝カウンセリング学会誌   38(4) 117-125   Jan 2018
問診票に入力するだけで自動的に医療用家系図が作成できるソフトウェア「f-tree(エフツリー)」最新版の使用方法を解説し、現在利用が可能な海外の家族歴ツールについても紹介した。f-treeは描画を目的とした従来のソフトとは異なり、問診票をベースとした新しい自動家系図作成ソフトである。f-treeの特徴は、問診票ベースのため専門的な知識や作図スキルを必要としないこと、医療用家系図の国際的ルールを100%準拠していること、データとして一度に大量の家系図を含む家系情報として取扱いができることであ...
【ヒト疾患のデータベースとバイオバンク 情報をどう使い、どう活かすか?ゲノム医療をどう実現するか?】 (第2章)疾患データベースとバイオバンク プロジェクトの最前線と利用の実践ガイド 東北メディカル・メガバンク計画 震災復興からのコホートと次世代型バイオバンク構築
清水 厚志, 布施 昇男
実験医学   35(17) 2851-2860   Nov 2017
東北メディカル・メガバンク計画は、2011年に発生した東日本大震災からの科学および医療の創造的復興・再生における「核」になることを目的として設立された、健常人を対象とするゲノムコホートおよび複合バイオバンクを構築するプロジェクトである。2016年度までの第1段階では、地域住民コホート約8万人と出生コホートである三世代コホート約7万人の参加者を募り、計15万人の生体試料(血液、尿、DNAなど)と健康情報を複合バイオバンクに格納し、最新の解析基盤を駆使することにより、これらの試料・情報にゲノム...
【多段階発がん過程におけるエピゲノム異常】 がんの全エピゲノム関連解析(EWAS)
大友 亮, 篠崎 夏子, 清水 厚志
細胞   49(8) 373-376   Jul 2017
特異的なDNAのメチル化状態ががんの診断マーカーとなることが報告されており、DNAメチル化を指標とした新規診断マーカーの同定と、正確な早期診断法の実現が期待されている。疾患発症や表現型とDNAメチル化状態との関連を網羅的に探索する手法が全エピゲノム関連解析(Epigenome-Wide Association Study:EWAS)であり、これまでにがん研究においてもEWASの有用性が示されている。本稿では、EWASにおけるDNAメチル化検出手法について概説し、あわせて、これまでのがんを対...
ゲノムコホート研究における家系情報の収集を目的とした折りたたみ式問診票の開発
徳富 智明, 山本 佳世乃, 高井 理衣, 清水 厚志, 太田 亨, 福島 明宗
日本遺伝カウンセリング学会誌   38(2) 96-96   May 2017
一般集団への家族性高コレステロール血症(FH)の遺伝情報回付パイロット研究における事前アンケートについて
沼田 早苗, 相澤 弥生, 山本 佳世乃, 徳富 智明, 石垣 泰, 遠藤 龍人, 丹野 高三, 佐藤 衛, 小林 朋子, 清水 厚志, 川目 裕, 福島 明宗, 山本 雅之, 佐々木 真理
日本遺伝カウンセリング学会誌   38(2) 97-97   May 2017
遺伝と遺伝性疾患に関する講習会 ゲノムコホート研究における個人への遺伝情報の回付に関するパイロット研究参加者への試み
徳富 智明, 清水 厚志, 福島 明宗, 山本 佳世乃, 石垣 泰, 川目 裕, 長神 風二, 小林 朋子, 相澤 弥生, 沼田 早苗, 鈴木 洋一, 布施 昇男, 菅原 敦子, 中山 文予, 山本 雅之, 佐々木 真理
日本遺伝カウンセリング学会誌   38(2) 144-144   May 2017
東日本大震災被災地住民の健康知識に関連する要因の検討
佐々木 亮平, 丹野 高三, 中谷 直樹, 寳澤 篤, 高梨 信之, 坂田 清美, 清水 厚志
日本公衆衛生学会総会抄録集   75回 581-581   Oct 2016
【エピゲノム研究 修飾の全体像の理解から先制・個別化医療へ 解析手法の標準化、細胞間・個人間の多様性の解明、疾患エピゲノムを標的とした診断・創薬】 (第2章)形質の多様性をつくるエピゲノム 全エピゲノム関連解析(EWAS)
古川 亮平, 八谷 剛史, 清水 厚志
実験医学   34(10) 1574-1580   Jun 2016
全エピゲノム関連解析(epigenome-wide association study:EWAS)は、環境やストレスなどの環境要因への曝露や疾病発症とエピゲノム変化の関連を網羅的に解明する手法であり、近年、大規模にEWASを行う下地が整ってきた。生来変化しないゲノム多型と異なり、EWASで対象とするエピゲノムパターンは分子的な安定性・生物学的な変動などの要因により変化するため、その解析にはDNAメチル化解析特有の問題が存在する。本稿では、この特有の問題とその解決方法について、われわれの取り...
古川 亮平, 清水 厚志
生化学   88(1) 36-43   Feb 2016
ヒトの疾患の発症にはゲノム多型による先天的な影響と,生活習慣やさまざまな環境曝露による後天的な影響が関与している.これらの要因を解明するための基盤整備として国内外のグループがゲノムと複数の組織・細胞のエピゲノム,トランスクリプトームの三つのオミックス情報を用いた複合オミックス解析を進めている.本稿では世界で進行中のこれらのプロジェクトを紹介するとともに,我々いわて東北メディカル・メガバンク機構が進めている健常人コホート血液検体を用いた3層オミックス解析についても紹介する.(著者抄録)

Conference Activities & Talks

 
Retrotransposition of a unique piece of LCR7 played a key role in the generation of Williams-Beuren syndrome-associated LCR during the primate evolution.
The International Congress of Human Genetics 12th Meeting and the American Society of Human Genetics 61th Annual Meeting,   2011   
The Genomic DNA Sequence of Medaka Chromosome LG22
2004   
The Human KAO-NASHI (face-less) Genes: A Strategy for Systematic Characterization
Cold Spring Harbor Meeting on Identification of Functional Elements in Mammalian Genomes   2004   
A systematic approach for functional annotation of human KAO-NASHI (Face-less) genes
The American Soc. Hum. Genet. Ann. Meeting   2004   
Identification of 93 Hair Keratin-associated Protein (KAP) Genes in Human Genome
The American Soc. Hum. Genet. Ann. Meeting   2004