山形敦史 (Yamagata Atsushi) - マイポータル

基本情報

J-GLOBAL ID: 201801012881554905
researchmap会員ID: B000317459

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研究分野

ライフサイエンス / 構造生物化学 /

論文

Switching of the c-Myc protein degradation pathway depending on the PP2A-B55α complex levels.

Sana Ando, Shunta Ikeda, Keiko Tanaka, Yuri Tomabechi, Atsushi Yamagata, Mikako Shirouzu, Ryouichi Tsunedomi, Hiroaki Nagano, Shunya Tsuji, Koichi Sato …

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 123(11) e2509374123 2026年3月17日
Structural basis for E3 ubiquitin ligase UHRF1 binding to nucleosome core particle and histone H3 ubiquitination.

Reia Shikimachi, Shun Matsuzawa, Hiroki Onoda, Tsuyoshi Konuma, Atsushi Yamagata, Mikako Shirouzu, Kosuke Yamaguchi, Kyohei Arita

The Journal of biological chemistry 301(12) 110894-110894 2025年11月4日
Structural analysis of a symbiotic system involving a Nanobdellati archaeon by cryo-electron tomography

Sakurako Goto-Ito, Shingo Kato, Mari Takahashi, Ayako Sakamoto, Atsushi Yamagata, Yongchan Lee, Haruhiko Ehara, Mayuko Sato, Kiminori Toyooka, Moriya Ohkuma …

The Journal of Biochemistry 179(1) 21-30 2025年10月29日
An amino acid transporter in the small intestine mediates basolateral efflux of plant-derived nicotianamine iron complexes

Yoshiko Murata, Makoto Fujisawa, Takehiro Watanabe, Shin Matsubara, Yuta Takase, Toshio Takahashi, Kosuke Namba, Atsushi Yamagata, Tohru Terada

Journal of Biological Chemistry 110731-110731 2025年9月
Structural insights into heterohexameric assembly of epilepsy-related ligand–receptor complex LGI1–ADAM22

bioRxiv 2025年3月12日
E22G Aβ40 fibril structure and kinetics illuminate how Aβ40 rather than Aβ42 triggers familial Alzheimer’s

Mohammad Jafar Tehrani, Isamu Matsuda, Atsushi Yamagata, Yu Kodama, Tatsuya Matsunaga, Mayuko Sato, Kiminori Toyooka, Dan McElheny, Naohiro Kobayashi, Mikako Shirouzu …

Nature Communications 15(1) 2024年8月15日
The luciferase-based in vivo protein–protein interaction assay revealed that CHK1 promotes PP2A and PME-1 interaction

Sana Ando, Keiko Tanaka, Maharu Matsumoto, Yuki Oyama, Yuri Tomabechi, Atsushi Yamagata, Mikako Shirouzu, Reiko Nakagawa, Noriaki Okimoto, Makoto Taiji …

Journal of Biological Chemistry 300(5) 107277-107277 2024年5月
Structural basis for antiepileptic drugs and botulinum neurotoxin recognition of SV2A

Atsushi Yamagata, Kaori Ito, Takehiro Suzuki, Naoshi Dohmae, Tohru Terada, Mikako Shirouzu

Nature Communications 15(1) 2024年4月18日
Structural basis for the assembly and quinone transport mechanisms of the dimeric photosynthetic RC–LH1 supercomplex

Peng Cao, Laura Bracun, Atsushi Yamagata, Bern M. Christianson, Tatsuki Negami, Baohua Zou, Tohru Terada, Daniel P. Canniffe, Mikako Shirouzu, Mei Li …

Nature Communications 13(1) 2022年12月
Uptake mechanism of iron-phytosiderophore from the soil based on the structure of yellow stripe transporter

Atsushi Yamagata, Yoshiko Murata, Kosuke Namba, Tohru Terada, Shuya Fukai, Mikako Shirouzu

Nature Communications 13(1) 2022年11月23日査読有り
Structural basis for activation of DNMT1

Kikuchi Amika, Hiroki Onoda, Kosuke Yamaguchi, Satomi Kori, Shun Matsuzawa, yoshie chiba, Shota Tanimoto, Sae Yoshimi, Hiroki Sato, Atsushi Yamagata …

Nature Communications 13(1) 2022年11月21日査読有り
Deadenylase-dependent mRNA decay of GDF15 and FGF21 orchestrates food intake and energy expenditure.

Sakie Katsumura, Nadeem Siddiqui, Michael Rock Goldsmith, Jaime H Cheah, Teppei Fujikawa, Genki Minegishi, Atsushi Yamagata, Yukako Yabuki, Kaoru Kobayashi, Mikako Shirouzu …

Cell metabolism 34(4) 564-580 2022年4月5日査読有り
14-3-3 proteins stabilize LGI1-ADAM22 levels to regulate seizure thresholds in mice

Norihiko Yokoi, Yuko Fukata, Kei Okatsu, Atsushi Yamagata, Yan Liu, Makoto Sanbo, Yuri Miyazaki, Teppei Goto, Manabu Abe, Hidetoshi Kassai …

Cell Reports 37(11) 110107-110107 2021年12月
Canonical versus non-canonical transsynaptic signaling of neuroligin 3 tunes development of sociality in mice

Tomoyuki Yoshida, Atsushi Yamagata, Ayako Imai, Juhyon Kim, Hironori Izumi, Shogo Nakashima, Tomoko Shiroshima, Asami Maeda, Shiho Iwasawa-Okamoto, Kenji Azechi …

Nature Communications 12(1) 2021年12月
Cryo-EM structure of the photosynthetic RC-LH1-PufX supercomplex at 2.8-Å resolution

Laura Bracun, Atsushi Yamagata, Bern M. Christianson, Tohru Terada, Daniel P. Canniffe, Mikako Shirouzu, Lu-Ning Liu

Science Advances 7(25) eabf8864-eabf8864 2021年6月
LGI1–ADAM22–MAGUK configures transsynaptic nanoalignment for synaptic transmission and epilepsy prevention

Yuko Fukata, Xiumin Chen, Satomi Chiken, Yoko Hirano, Atsushi Yamagata, Hiroki Inahashi, Makoto Sanbo, Hiromi Sano, Teppei Goto, Masumi Hirabayashi …

Proceedings of the National Academy of Sciences 118(3) e2022580118-e2022580118 2021年1月19日査読有り
A SNARE geranylgeranyltransferase essential for the organization of the Golgi apparatus.

Ryutaro Shirakawa, Sakurako Goto-Ito, Kota Goto, Shonosuke Wakayama, Haremaru Kubo, Natsumi Sakata, Duc Anh Trinh, Atsushi Yamagata, Yusuke Sato, Hiroshi Masumoto …

The EMBO journal e104120 2020年3月3日査読有り
Structural insights into selective interaction between type IIa receptor protein tyrosine phosphatases and Liprin-α.

Maiko Wakita, Atsushi Yamagata, Tomoko Shiroshima, Hironori Izumi, Asami Maeda, Mizuki Sendo, Ayako Imai, Keiko Kubota, Sakurako Goto-Ito, Yusuke Sato …

Nature communications 11(1) 649-649 2020年1月31日査読有り
Insights into the mechanisms of epilepsy from structural biology of LGI1-ADAM22.

Atsushi Yamagata, Shuya Fukai

Cellular and molecular life sciences : CMLS 77(2) 267-274 2020年1月査読有り
Structural insights into ubiquitin recognition and Ufd1 interaction of Npl4.

Yusuke Sato, Hikaru Tsuchiya, Atsushi Yamagata, Kei Okatsu, Keiji Tanaka, Yasushi Saeki, Shuya Fukai

Nature communications 10(1) 5708-5708 2019年12月13日査読有り

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MISC

オオムギYellow stripe 1 (YS1) トランスポーターによる鉄錯体の認識と輸送の構造基盤

山形敦史

生化学 96(1) 2024年2月査読有り筆頭著者
てんかん関連リガンド-受容体複合体LGI1-ADAM22のクライオ電子顕微鏡解析

山口貴之, 三森愛結佳, 久保田将斗, 尾勝圭, 山形敦史, 深田優子, 深田優子, 深田正紀, 深田正紀, 深井周也

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
Cryo-ETによるシナプスオーガナイザー接着構造の観察

伊藤郁香, 仲田和司, 山形敦史, 尾勝圭, 深井周也

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
抗てんかんLGI1-ADAM22複合体を安定化する14-3-3-ADAM22相互作用

横井紀彦, 横井紀彦, 深田優子, 深田優子, 尾勝圭, 山形敦史, 劉岩, 三宝誠, 宮崎裕理, 宮崎裕理 …

日本神経化学会大会抄録集(Web) 65th 2022年
ユビキチン・コード:細胞内の最も難解な暗号を読む USP30によるLys6結合型ユビキチン鎖特異的切断機構の構造的基盤

佐藤裕介, 尾勝圭, 佐伯泰, 山野晃史, 松田憲之, 海保愛, 山形敦史, 伊藤桜子, 石川稔, 橋本祐一 …

生命科学系学会合同年次大会 2017年度 [4AW13-6] 2017年12月
遺伝子点変異による精神神経疾患の発症機構解明シナプスオーガナイザー遺伝子点変異導入マウスを用いた神経発達障害発症機構の解明

吉田知之, 山形敦史, 田端彩子, 和泉宏謙, 城島知子, 金主賢, 深田優子, 深田正紀, 高雄啓三, 森寿 …

日本生物学的精神医学会・日本神経精神薬理学会合同年会プログラム・抄録集 39回・47回 82-82 2017年9月
Crystal structure of exonuclease RecJ bound to manganese ion

A Yamagata, Y Kakuta, R Masui, K Fukuyama

BIOPHYSICAL JOURNAL 82(1) 123A-123A 2002年1月

講演・口頭発表等

Uptake mechanism of iron-phytosiderophore by Yellow stripe 1 transporter

Atsushi Yamagata

International Symposium on Iron Nutrition and Interactions in Plants 2024年7月10日招待有り
植物の鉄錯体取り込みの構造基盤

山形敦史

生命金属科学シンポジウム 2024年6月22日招待有り
クライオ電子顕微鏡と分子動力学計算の組み合わせによるトランスポーターの輸送機構の解明と農芸化学への応用

日本蛋白質科学学会-農芸化学学会連携ワークショップ 2024年6月13日
理研・横浜事業所における in situ 構造生物への取り組み

日本顕微鏡学会分科会 2022年11月2日

共同研究・競争的資金等の研究課題

次世代をリードする高解像度構造解析によるアミロイドーシス多様性の革新的病態解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2025年4月 - 2028年3月

植田光晴, 山形敦史, 安東由喜雄, 水口峰之, 三隅洋平, 田崎雅義
ボツリヌス毒素の膜貫通の構造基盤の解明及び毒素受容体SV2の機能・構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2025年4月 - 2028年3月

山形敦史
人工知能とインシリコ解析を用いた新規のシナプス結合タンパク質と蛍光プローブの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2025年4月 - 2027年3月

山形敦史
紅色細菌のクロマトフォア膜の in situ 構造生物学

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2024年4月 - 2026年3月

山形敦史
クライオ電顕を用いた鉄錯体輸送体の基質認識と輸送機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

山形敦史, 寺田透, 難波康祐, 村田佳子
クライオ電顕を用いた鉄錯体輸送体の基質認識と輸送機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

山形敦史, 寺田透, 難波康祐, 村田佳子
神経変性疾患に関わる凝集体の形成・抑制の in situ 構造生物学

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2021年9月 - 2023年3月

山形敦史
シナプス形成を制御する新規メカニズムの構造基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

山形敦史
小胞輸送の制御に関わる分子複合体群のＸ線結晶構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2010年4月 - 2015年3月

深井周也, 山形敦史, 佐藤裕介
酵母Asna-1 ATPase の立体構造解析

文部科学省科学研究費若手研究（B）若手研究(B) 2008年4月 - 2010年3月

山形敦史
Exocyst複合体の再構成と構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2008年 - 2009年

深井周也, 山形敦史, 三村久敏
膜蛋白質のコンフォメーション特異的な結晶化を可能にする抗体断片の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2008年 - 2009年

三村久敏, 山形敦史, 深井周也
高度好熱菌由来のDNA修復酵素の構造と機能の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2001年 - 2002年

山形敦史

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