馬場 知哉

J-GLOBALへ         更新日: 19/11/20 12:15
 
アバター
研究者氏名
馬場 知哉
 
ババ トモヤ
eメール
tobabanig.ac.jp
URL
https://www.researchgate.net/profile/Tomoya_Baba2
所属
情報・システム研究機構
部署
データサイエンス共同利用基盤施設
職名
特任准教授
学位
博士(学術)(神戸大学大学院自然科学研究科)
その他の所属
国立遺伝学研究所/先端ゲノミクス推進センター

プロフィール

ゲノム生物学、代謝生物学、環境生物学の経験を通して、新たな研究分野の開拓をめざしています。
情報・システム研究機構の融合プロジェクト【地球環境変動の解析と地球生命システム学の構築】の一環として、南極の極限環境(極低温、貧栄養、白夜/極夜の特殊な日照条件など)において、独自の進化を遂げてきた生物のゲノムレベルでの生物多様性、環境適応、共生関係の解明に取り組んできました。大陸移動や氷期/間氷期といった地球規模での環境変動と生物の適応・進化との関係性が最大の関心事です。
ゲノム情報を中心に、データから導き出される新たな研究テーマの探索、「データサイエンス」の推進と「異分野融合」にも取り組んでいきます。

研究分野

 
 

経歴

 
2016年8月
 - 
現在
情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 特任准教授
 
2016年4月
 - 
2016年7月
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 特任研究員
 
2007年5月
 - 
2016年3月
情報・システム研究機構 新領域融合研究センター 特任准教授
 
2006年6月
 - 
2006年10月
イギリス バーミンガム大学 バイオサイエンス学部  客員研究員
 
2005年5月
 - 
2007年4月
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 助教
 

学歴

 
1991年4月
 - 
1994年3月
神戸大学大学院 自然科学研究科 資源生物科学専攻
 
1989年4月
 - 
1991年3月
神戸大学大学院 農学研究科 農芸化学専攻
 

受賞

 
2006年11月
The 3rd International E. coli Alliance Conference on Systems Biology Best Paper Award
 

論文

 
Essential cellular modules for the proliferation of the primitive cell
Koichi Higashi, Yoshikazu Kawai, Tomoya Baba, Ken Kurokawa, Taku Oshima
Geoscience Frontiers   9(4) 1155-1161   2018年7月   [査読有り]
Nakai R, Fujisawa T, Nakamura Y, Baba T, Nishijima M, Karray F, Sayadi S, Isoda H, Naganuma T, Niki H
Stand Genomic Sci.   11 90   2016年12月   [査読有り]
Complete genome sequence of Aurantimicrobium minutum type strain KNCT, a planktonic ultramicrobacterium isolated from river water
Nakai R, Fujisawa T, Nakamura Y, Nishide H, Uchiyama I, Baba T, Toyoda A, Fujiyama A, Naganuma T, Niki H
Genome Announc.   4(3) e00616-16   2016年7月   [査読有り]
Ryosuke Nakai, Tomoya Baba, Hironori Niki, Miyuki Nishijima, Takeshi Naganuma
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiolog   65 4072-4079   2015年11月   [査読有り]
Mori H, Baba T, Yokoyama K, Takeuchi R, Nomura W, Makishi K, Otsuka Y, Dose H, Wanner BL
Methods Mol Biol.   1279 45-65   2015年1月

Misc

 
南極大陸のコケ坊主生物圏
馬場 知哉
日本ゲノム微生物学会ニュースレター   6 1-1   2012年   [依頼有り]
Predicting Gene Knockout Effects by Minimal Pathway Enumeration
Takehide Soh, Katsumi Inoue, Tomoya Baba, Toyoyuki Takada and Toshihiko Shiroishi
International Conference on Bioinformatics, Biocomputational Systems and Biotechnologies   4 11-19   2012年   [査読有り]
ゲノムの”方言”と環境
馬場 知哉
日本生物工学会誌   84(7) 286   2006年   [依頼有り]
深海微生物の全ゲノム解析
仲宗根薫, 青野英司, 馬場知哉, 森浩禎
月刊 海洋   36(9) 647-654   2004年
大腸菌;モデル微生物としてのゲノム機能解析研究
馬場知哉, 森浩禎
月刊 海洋   36(8) 572-578   2004年

書籍等出版物

 
遺伝子図鑑
馬場知哉(国立遺伝学研究所 編集) (担当:分担執筆, 範囲:第10章、10-3有用物質の生産(pp.216~217))
悠書館   2013年10月   
微生物資源国際戦略ガイドブック
仁木宏典、馬場知哉(辨野義己、渡邉信、三上襄、鈴木 健一朗、高島昌子 編集) (担当:分担執筆, 範囲:第3部、第2章、Ⅲ大腸菌(pp.308~315))
サイエンスフォーラム   2009年9月   
植物ゲノム科学辞典
馬場知哉(駒峰穆、斉藤和季、田畑哲之、藤村達人、町田泰則、三位正洋 編集) (担当:分担執筆, 範囲:pp.23, 24, 37, 46, 47, 49, 78, 114~120, 127, 133, 159, 160, 164, 174, 188, 221~224, 317, 323, 324, 365)
朝倉書店   2009年1月   
ゲノミクス・プロテオミクスの新展開
北川正成、馬場知哉(加藤郁之進、金谷茂則、北川正成、菅野純夫、高尾敏文、田畑泰彦、服部正平、三木邦夫 編集 今中忠行 監修) (担当:分担執筆, 範囲:第1編、第1章、第1節、大腸菌、 大腸菌(Escherichia coli)全遺伝子のクローンセットと完全欠失株の作製(pp.70~77))
エヌ・ティー・エス   2004年4月   
イネゲノム配列解読で何ができるのか
馬場知哉(矢野昌裕、松岡信 編集) (担当:分担執筆, 範囲:第11章バイオインフォマティクス研究(pp.186~204))
農文協   2004年12月   

講演・口頭発表等

 
An AI strategy for detecting HGT relies on nucleotide compositional features [招待有り]
阿部貴志、赤澤優、馬場知哉、池村淑道
第42回 日本分子生物学会年会   2019年12月4日   
南極コケ坊主由来Sphingomonas属細菌2種の環境適応に関する比較ゲノム解析
赤澤優,阿部貴志,仁木宏典,馬場知哉
第13回日本ゲノム微生物学会年会   2019年3月8日   
遺伝子の水平伝播とアミノ酸組成変化に基づく南極細菌の種固有な低温適応戦略の解明
赤澤 優、阿部 貴志、仁木 宏典、馬場 知哉
第41回日本分子生物学会年会   2018年11月30日   
一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)による南極微生物からの水平伝播候補遺伝子検出
Yu Akazawa, Takashi Abe and Tomoya Baba
生命医薬情報学連合大会2018   2018年9月20日   
南極大陸から単離された細菌における種固有な低温適応戦略の解明
赤澤 優、阿部 貴志、仁木 宏典、馬場 知哉
生命科学系学会合同年次大会(ConBio)2017   2017年12月8日   

担当経験のある科目

 

競争的資金等の研究課題

 
1分子からのDNA増幅を可能にする酵素のナノ空間への精密配置
科学技術振興事業団(JST): 科学研究費 基盤研究(C)
研究期間: 2016年4月 - 2019年3月    代表者: 松浦 俊一
遺伝子の水平伝播ワールドにおける細菌分類の指標探索
科学技術振興事業団(JST): 科学研究費 挑戦的萌芽研究
研究期間: 2015年4月 - 2019年3月    代表者: 馬場 知哉
東南極の湖沼におけるコケ坊主生物圏のゲノム解析
科学技術振興事業団(JST): 科学研究費 基盤研究(B)
研究期間: 2012年4月 - 2017年3月    代表者: 馬場 知哉
一細胞ゲノム解析へ向けた高性能DNA増幅マイクロチップの開発
科学技術振興事業団(JST): 科学研究費 挑戦的萌芽研究
研究期間: 2011年4月 - 2014年3月    代表者: 松浦 俊一
南極に生息する細菌の低温環境への適応と進化に関する研究
科学技術振興事業団(JST): 科学研究費 基盤研究(C)
研究期間: 2009年4月 - 2012年3月    代表者: 馬場 知哉
南極の極限環境(極低温、貧栄養、白夜・極夜の特殊な日照条件など)で生存する好冷性細菌の細胞増殖および代謝機能についてゲノムレベルでの遺伝子機能解析と生存戦略のメカニズムの解明を試みる

特許

 
松浦俊一、千葉真奈美、角田達朗、馬場知哉