馬彪 (Biao Ma) - マイポータル

基本情報

所属: 特定国立研究開発法人理化学研究所計算科学研究センター研究員

学位: 博士（医科学）(2016年3月岐阜大学)

J-GLOBAL ID: 201601020124982965
researchmap会員ID: B000265987

研究キーワード

研究分野

経歴

2021年4月 - 現在

特定国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, 研究員
2017年7月 - 2021年3月

特定国立研究開発法人理化学研究所, 客員研究員
2016年4月 - 2021年3月

公益財団法人神戸医療産業都市推進機構, クラスター推進センター・連携・事業化推進グループ・インシリコ創薬チーム, 主任研究員

学歴

2013年4月 - 2016年3月

岐阜大学, 連合創薬医療情報研究科, 医療情報学
2011年4月 - 2013年3月

岐阜大学, 大学院医学系研究科, 再生医科学専攻

受賞

2022年10月

ポスター賞, CBI学会

田外秀俊, 松本篤幸, 岩田浩明, 井阪悠太, 馬彪, 荒木望嗣, 徳久淳師, 金田亮, 奥野恭史
2019年10月

ポスター賞, CBI学会

Miwa Sato, Hiroyuki Nakagawa, Yuichi Kokabu, Ikuko Miyaguchi, Akiko Kashima, Biao Ma, Sigeyuki Matsumoto, Atsushi Tokuhisa, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi
2018年10月

口頭発表賞, HPCと組み合わせたインシリコ創薬システムの開発, 留日中国人生命科学协会

Biao Ma, Yuta Isaka, Mitsugu Araki, Hiroaki Iwata, Yasushi Okuno
2013年7月

ポスター賞, New method for discovery of novel anti-prion compounds: Intermediate structure-based drug design (IBDD), アジア太平洋プリオン研究会2013

馬彪, 桑田一夫

論文

Receptor-independent regulation of Gα13 by alpha-1-antitrypsin C-terminal peptides

Yonghak Park, Shigeyuki Matsumoto, Kosuke Ogata, Biao Ma, Ryo Kanada, Yuta Isaka, Norihito Arichi, Xiaowen Liang, Ritsuko Maki, Tohru Kozasa …

Journal of Biological Chemistry 2025年2月
LTK mutations responsible for resistance to lorlatinib in non-small cell lung cancer harboring CLIP1-LTK fusion

Shunta Mori, Hiroki Izumi, Mitsugu Araki, Jie Liu, Yu Tanaka, Yosuke Kagawa, Yukari Sagae, Biao Ma, Yuta Isaka, Yoko Sasakura …

Communications Biology 7(1) 2024年4月4日
Decoding the specificity of m6A RNA methylation and its implication in cancer therapy

Yixian Cun, Wenbing Guo, Biao Ma, Yasushi Okuno, Jinkai Wang

Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy 2024年3月24日
Establishment of an MR1 Presentation Reporter Screening System and Identification of Phenylpropanoid Derivatives as MR1 Ligands.

Takuro Matsuoka, Akira Hattori, Shinya Oishi, Mitsugu Araki, Biao Ma, Toshiki Fujii, Norihito Arichi, Yasushi Okuno, Hideaki Kakeya, Sho Yamasaki …

Journal of Medicinal Chemistry 66(17) 12520-12535 2023年9月14日査読有り
Protein–ligand binding affinity prediction of cyclin‐dependent kinase‐2 inhibitors by dynamically averaged fragment molecular orbital‐based interaction energy

Kenichiro Takaba, Chiduru Watanabe, Atsushi Tokuhisa, Yoshinobu Akinaga, Biao Ma, Ryo Kanada, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno, Yusuke Kawashima, Hirotomo Moriwaki …

Journal of Computational Chemistry 43(20) 1362-1371 2022年7月30日
Machine learning to estimate the local quality of protein crystal structures

Ikuko Miyaguchi, Miwa Sato, Akiko Kashima, Hiroyuki Nakagawa, Yuichi Kokabu, Biao Ma, Shigeyuki Matsumoto, Atsushi Tokuhisa, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi

Scientific Reports 11(1) 2021年12月査読有り
Microsecond-timescale MD simulation of EGFR minor mutation predicts the structural flexibility of EGFR kinase core that reflects EGFR inhibitor sensitivity

Takahiro Yoshizawa, Ken Uchibori, Mitsugu Araki, Shigeyuki Matsumoto, Biao Ma, Ryo Kanada, Yosuke Seto, Tomoko Oh-hara, Sumie Koike, Ryo Ariyasu …

npj Precision Oncology 5(1) 2021年12月査読有り
QAEmap: A Novel Local Quality Assessment Method for Protein Crystal Structures Using Machine Learning

Ikuko Miyaguchi, Miwa Sato, Akiko Kashima, Hiroyuki Nakagawa, Yuichi Kokabu, Biao Ma, Shigeyuki Matsumoto, Atsushi Tokuhisa, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi

2021年7月9日
Structure-Based de Novo Molecular Generator Combined with Artificial Intelligence and Docking Simulations

Biao Ma, Kei Terayama, Shigeyuki Matsumoto, Yuta Isaka, Yoko Sasakura, Hiroaki Iwata, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno

Journal of Chemical Information and Modeling 2021年7月9日査読有り
Gilteritinib overcomes lorlatinib resistance in ALK-rearranged cancer.

Hayato Mizuta, Koutaroh Okada, Mitsugu Araki, Jun Adachi, Ai Takemoto, Justyna Kutkowska, Kohei Maruyama, Noriko Yanagitani, Tomoko Oh-Hara, Kana Watanabe …

Nature communications 12(1) 1261-1261 2021年2月24日査読有り
Coarse-Grained Diffraction Template Matching Model to Retrieve Multiconformational Models for Biomolecule Structures from Noisy Diffraction Patterns

Atsushi Tokuhisa, Ryo Kanada, Shuntaro Chiba, Kei Terayama, Yuta Isaka, Biao Ma, Narutoshi Kamiya, Yasushi Okuno

Journal of Chemical Information and Modeling 60(6) 2803-2818 2020年6月22日査読有り
Improvement in predicting drug sensitivity changes associated with protein mutations using a molecular dynamics based alchemical mutation method

Fumie Ono, Shuntaro Chiba, Yuta Isaka, Shigeyuki Matsumoto, Biao Ma, Ryohei Katayama, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno

Scientific Reports 10(1) 2020年2月査読有り
Novel Atg4B inhibitors potentiate cisplatin therapy in lung cancer cells through blockade of autophagy

Satoshi Endo, Mai Uchibori, Miho Suyama, Mei Fujita, Yuki Arai, Dawei Hu, Shuang Xia, Biao Ma, Aurangazeb Kabir, Yuji O. Kamatari …

Computational Toxicology 12 100095-100095 2019年11月査読有り
Molecular dynamics simulation-guided drug sensitivity prediction for lung cancer with rare EGFR mutations

Shinnosuke Ikemura, Hiroyuki Yasuda, Shingo Matsumoto, Mayumi Kamada, Junko Hamamoto, Keita Masuzawa, Keigo Kobayashi, Tadashi Manabe, Daisuke Arai, Ichiro Nakachi …

Proceedings of the National Academy of Sciences 116(20) 10025-10030 2019年5月14日査読有り
Structural modification of indomethacin toward selective inhibition of COX-2 with a significant increase in van der Waals contributions

Akari Ikeda, Eishi Funakoshi, Mitsugu Araki, Biao Ma, Yukiko Karuo, Atsushi Tarui, Kazuyuki Sato, Yasushi Okuno, Kentaro Kawai, Masaaki Omote

Bioorganic & Medicinal Chemistry 27(9) 1789-1794 2019年5月査読有り
Prediction of ALK mutations mediating ALK-TKIs resistance and drug re-purposing to overcome the resistance

Koutaroh Okada, Mitsugu Araki, Takuya Sakashita, Biao Ma, Ryo Kanada, Noriko Yanagitani, Atsushi Horiike, Sumie Koike, Tomoko Oh-hara, Kana Watanabe …

EBioMedicine 41 105-119 2019年3月査読有り
Improving the Accuracy of Protein-Ligand Binding Mode Prediction Using a Molecular Dynamics-Based Pocket Generation Approach

Mitsugu Araki, Hiroaki Iwata, Biao Ma, Atsuto Fujita, Kei Terayama, Yukari Sagae, Fumie Ono, Koji Tsuda, Narutoshi Kamiya, Yasushi Okuno

Journal of Computational Chemistry 39(32) 2679-2689 2018年12月15日査読有り
Fibronectin type III domain-containing protein 5 interacts with APP and decreases amyloid β production in Alzheimer’s disease

Yasuha Noda, Akira Kuzuya, Kyousuke Tanigawa, Mitsugu Araki, Ryoko Kawai, Biao Ma, Yoko Sasakura, Masato Maesako, Yoshitaka Tashiro, Masakazu Miyamoto …

Molecular Brain 11(1) 61-61 2018年12月査読有り
Logical design of anti-prion agents using NAGARA

Biao Ma, Keiichi Yamaguchi, Mayuko Fukuoka, Kazuo Kuwata

BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 469(4) 930-935 2016年1月査読有り

MISC

AI用学習データ作成のための高・低分解能の蛋白質結晶構造比較

宮口郁子, 鹿島亜季子, 佐藤美和, 中田一人, 馬彪, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
3D-CNNを活用したポケット予測に関する研究。

馬場剛史, 小甲裕一, 佐藤美和, 中川寛之, 宮口郁子, MA Biao, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳 …

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 47th (CD-ROM) 2019年
Discovery of anti-prion agents using a PyMOL plugin-based logical drug design platform NAGARA

Biao Ma, Keiichi Yamaguchi, Mayuko Fukuoka, Kazuo Kuwata

PRION 10 S46-S47 2016年査読有り

書籍等出版物

in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術

技術情報協会

技術情報協会 2018年1月 (ISBN: 9784861046889)

講演・口頭発表等

Development of in silico Drug Design Suite combined with HPCs

馬彪

留日中国人生命科学協会 2018学術大会 2018年10月21日招待有り
K4：スーパーコンピューターと連携できるインシリコ創薬アプリケーション

馬彪

VINAS Users Conference 2017 2017年10月12日招待有り
NAGARA: A PyMOL plugin-based platform for logical design of medical chaperones : Large-scale parallel computing with graphical user interface.

馬彪

第一回岐阜長崎プリオン創薬ミーティング 2014年12月5日

所属学協会

産業財産権

特許第6353799号プログラムおよび支援方法

桑田一夫, 馬彪

馬彪

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

産業財産権

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