坊農秀雅

J-GLOBALへ         更新日: 19/01/30 14:51
 
アバター
研究者氏名
坊農秀雅
 
ボウノウヒデマサ
ハンドル
bonohu
URL
http://dbcls.rois.ac.jp/~bono/
所属
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構
部署
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
職名
特任准教授
学位
博士(理学)(京都大学)
Twitter ID
drbonohu
ORCID ID
0000-0003-4413-0651

プロフィール

科学技術振興機構(JST)のバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC))との「統合データベースにおける基盤技術開発とデータベース運用に係る共同研究」の研究参画者として、データを活用するアプリケーションの開発に取り組んでおります。具体的には国立遺伝学研究所DDBJセンターと連携して、Sequence Read Archive(SRA)ならびにGenomic Expressin Archive(GEA)の利用技術を開発しております。
ただサービスを作っただけでは利用が普及しない現実を鑑み、ウェットな実験とドライな実験のハイブリッド研究者として「実際にどうDBを研究に活用するか」を実践しています。具体的には酸素生物学に関係するデータ利活用研究、昆虫を使ったヒト疾患モデル化ならびに非モデル生物における比較ゲノム解析研究を共同研究で推進しています。

研究分野

 

経歴

 
2007年7月
   
 
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授
 
2007年4月
 - 
2007年6月
埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター 准教授
 
2005年4月
 - 
2007年3月
埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター 助教授
 
2003年10月
 - 
2005年3月
埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター 講師
 
2003年4月
 - 
2003年9月
埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター 助手
 
2000年4月
 - 
2003年3月
理化学研究所横浜研究所ゲノム科学総合研究センター 基礎科学特別研究員
 

論文

 
Sumi C, Matsuo Y, Iwai T, Bono H, Hirota K
BioRxiv   https://doi.org/10.1101/375311   2018年7月
The possibility that anesthesia during cancer surgery may affect cancer recurrence, metastasis, and patient prognosis has become one of the most important topic of interest in cancer treatment. For example, the volatile anesthetic isoflurane was r...
Sumi C, Okamoto A, Tanaka H, Kusunoki M, Shoji T, Uba T, Adachi T, Iwai T, Nishi K, Harada H, Bono H, Matsuo Y, Hirota K
Scientific Reports   8 8987   2018年6月   [査読有り]
A line of studies strongly suggest that the intravenous anesthetic, propofol, suppresses mitochondrial oxygen metabolism. It is also indicated that propofol induces the cell death in a reactive oxygen species (ROS)-dependent manner. Because hypoxi...
Piulats JM, Kondo J, Endo H, Ono H, Hagihara T, Okuyama H, Nishizawa Y, Tomita Y, Ohue M, Okita K, Oyama H, Bono H, Masuko T, Inoue M
Oncotarget   9 15968-15983   2018年3月   [査読有り]
Individual and small clusters of cancer cells may detach from the edges of a main tumor and invade vessels, which can act as the origin of metastasis; however, the mechanism for this phenomenon is not well understood. Using cancer tissue-originate...
Ichino F, Bono H, Nakazato T, Toyoda A, Fujiyama A, Iwabuchi K, Sato R, Tabunoki H
Drug Discoveries & Therapeutics   12(1) 7-15   2018年3月   [査読有り]
Human intestinal absorption is estimated using a human colon carcinoma cell line (Caco-2) cells from human colorectal adenocarcinoma, intestinal perfusion, or a mammalian model. These current evaluation systems are limited in their ability to esti...
Hidemasa Bono
BioRxiv   https://doi.org/10.1101/267310   2018年2月
Hypoxia is an insufficient level of oxygen supply in the cell, and hypoxia-inducible factor is a central regulator of oxygen homeostasis. In order to elucidate functional insights in hypoxic response in data-driven way, we attempted meta-analysis ...
Nakamura H, Bono H, Hiyama K, Kawamoto T, Kato Y, Nakanishi T, Nishiyama M, Hiyama E, Hirohashi N, Sueoka E, Poellinger L, Tanimoto K
PLOS ONE   13(2) e0192136   2018年2月   [査読有り]
Tumor hypoxia contributes to a biologically aggressive phenotype and therapeutic resistance. Recent studies have revealed that hypoxia reduces expression of several DNA damage recognition and repair (DRR) genes via both hypoxia-inducible factor (H...
Ono H, Ogasawara O, Okubo K, Bono H
Scientific Data   4 170105   2017年8月   [査読有り]
Gene expression data are exponentially accumulating; thus, the functional annotation of such sequence data from metadata is urgently required. However, life scientists have difficulty utilizing the available data due to its sheer magnitude and com...
Okamoto A, Sumi C, Tanaka H, Kusunoki M, Iwai T, Nishi K, Matsuo Y, Harada H, Takenaga K, Bono H, Hirota K
Scientific Reports   7 3816   2017年6月   [査読有り]
The local anesthetic lidocaine induces cell death by altering reactive oxygen species (ROS) generation and mitochondrial electron transport chain function. Because hypoxia-inducible factor 1 (HIF-1) is involved in determining oxygen metabolism and...
Ohta T, Nakazato T, Bono H
Gigascience   6 gix029   2017年4月   [査読有り]
It is important for public data repositories to promote the reuse of archived data. In the growing field of omics science, however, the increasing number of submissions of high-throughput sequencing (HTSeq) data to public repositories prevents use...
Lizio M, Harshbarger J, Abugessaisa I, Noguchi S, Kondo A, Severin J, Mungall C, Arenillas D, Mathelier A, Medvedeva YA, Lennartsson A, Drabløs F, Ramilowski JA, Rackham O, Gough J, Andersson R, Sandelin A, Ienasescu H, Ono H, Bono H, Hayashizaki Y, Carninci P, Forrest AR, Kasukawa T, Kawaji H
Nucleic Acids Research   45(D1) D737-D743   2017年1月   [査読有り]
Upon the first publication of the fifth iteration of the Functional Annotation of Mammalian Genomes collaborative project, FANTOM5, we gathered a series of primary data and database systems into the FANTOM web resource (http://fantom.gsc.riken.jp)...

Misc

 
RefEx: Dataset for Reference Gene Expression
Hiromasa Ono, Hidemasa Bono
Practical Guide to Life Science Databases   in press   [依頼有り]
遺伝子発現解析の基準となるデータを快適に検索できるウェブツール「RefEx」
小野浩雅、坊農秀雅
実験医学   36(6) 999-1003   2018年3月   [依頼有り]
小野浩雅, 坊農秀雅
新着論文レビュー      2017年9月
RefEx(URL:http://refex.dbcls.jp)は,遺伝子発現解析の基準となるおのおのの遺伝子の発現量を簡単に検索し閲覧できるウェブツールである.複数の計測手法により得られた,哺乳類の正常な組織や細胞などにおける遺伝子発現データを収集し並列に表現することにより,おのおのの組織における遺伝子の発現量を,計測手法のあいだの差異とともに直感的に比較することができる.とくに,遺伝子発現解析の過程においてしばしば比較の対象とされる,組織に特異的に発現する遺伝子を瞬時に検索できるほか,...
坊農秀雅, 中村保一
生物工学   95(3) 152-155   2017年3月   [依頼有り]
1977年にサンガーらによってDNA配列決定法が発明 され,さまざまな生物由来の塩基配列の配列決定が可能になった.1980年代に入ってそれらをデータバンクにアーカイブする動きが日米欧で起こり,それぞれDDBJ(DNA Data Bank of Japan),GenBank,EMBL-Bank (のちにENA(European Nucleotide Archive)に改名)という名前のデータベース(DB)が維持されるように なった.これらのDBはお互いにデータを交...
Reika Kawabata-Iwakawa, Hidemasa Bono, Masahiko Nishiyama
Molecular Targeted Therapy of Lung Cancer   97-115   2017年1月   [依頼有り]
Improvement of next-generation sequencing (NGS) has revealed novel driver genes and new therapeutic targets for cancer patients. We summarize here the history of NGS development, current situation of typical analysis pipeline utilizing NGS – espec...
仲里猛留, 坊農秀雅
化学と生物   54(12) 873-877   2016年12月   [査読有り][依頼有り]
次世代シークエンサー(NGS: next generation sequencer)の活躍によって,さまざまな生命科学の謎が解き明かされている.マイクロアレイ同様,NGSから得られるデータも公共データベースに収めることが論文投稿の条件となってきており,そのデータ量は約3.2ペタバイトにもなっている(ペタは10の15乗).これまでよく用いられてきたBLASTなどの配列類似性による検索手段ではもはや歯がたたず,それぞれのデータの付帯情報であるメタデータをたよりに必要な情報を探し出すことになる....
坊農秀雅
生物工学   94(9) 572-575   2016年9月   [依頼有り]
RNA-Seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ
坊農秀雅
RNA-Seq実験ハンドブック   228-229   2016年3月   [依頼有り]
生物学にはどんなデータがあるの?
坊農秀雅
モダンアプローチの生物科学   45-45   2015年11月   [依頼有り]

書籍等出版物

 
坊農 秀雅, 粕川 雄也, 山本 泰智, 久保 竜一, 大石 直哉 (担当:共著)
技術評論社   2019年2月   ISBN:4297103192
メディカルサイエンスインターナショナル   2018年12月   ISBN:4815701431
メディカルサイエンスインターナショナル   2018年9月   ISBN:4815701326
坊農秀雅
メディカルサイエンスインターナショナル   2017年9月   ISBN:4895929019
清水厚志、坊農秀雅 (担当:監修)
学研メディカル秀潤社   2015年10月   ISBN:4780909201
メディカル・サイエンス・インターナショナル   2009年3月   ISBN:4895925897
岡崎 康司, 坊農 秀雅
メディカル・サイエンス・インターナショナル   2005年12月   ISBN:4895924262

講演・口頭発表等

 
坊農秀雅
2018年12月27日   農研機構 農業情報研究センター
坊農秀雅
第2回 SPARC Japan セミナー2018 (オープンアクセス・サミット2018) 「オープンサイエンス時代のクオリティコントロールを見通す」   2018年10月25日   国立情報学研究所
データベース統合化によるオミックス獣医学とバイオインフォマティクス [招待有り]
坊農秀雅
第161回日本獣医学会学術集会   2018年9月12日   日本獣医学会
坊農秀雅
ゲノム編集特化型データベース講習会   2018年9月11日   広島大学
公共データベースを活用した生命科学データ解析の実際
坊農秀雅
2018年9月10日   
公共データベースを活用した知のめぐりの良い発生医学研究
坊農秀雅
2018年8月31日   熊本大学大学院生命科学研究部 老化・健康長寿学分野
公共データベースを利用した知のめぐりのよい医学研究
坊農秀雅
2018年7月20日   
坊農秀雅
統合データベース講習会AJACS筑波4   2018年7月10日   バイオサイエンス統合データベースセンター
公共遺伝子発現データベースとそれを活用したデータ解析入門ー昆虫RNA-seqデータの再利用に向けて [招待有り]
坊農秀雅
2018年7月9日   農研機構
低酸素刺激を例とした公共遺伝子発現データベースのメタ解析 [招待有り]
坊農秀雅
2018年5月23日   アジレントテクノロジー

担当経験のある科目

 
 

Works

 
坊農秀雅   データベース   2014年10月
公共遺伝子発現データベースの目次
内藤雄樹、日野公洋、坊農秀雅、程久美子   Webサービス   2014年
ゲノム編集において有力な手法として注目されているCRISPR/Cas9システムに用いるガイドRNAを設計するソフトウェア
小野浩雅、坊農秀雅   データベース   2011年10月
RefEx(Reference Expression dataset)は、EST、GeneChip、CAGE、RNA-seq
の4種類の異なる手法 によって得られたヒトおよびマウス、ラットにおける遺伝子発現データを並列に表示し、遺伝子発現解析を行う上で基準となるリファレンス(参照)データベースとして利用することを目的とした遺伝子発現データベースである。
内藤雄樹、坊農秀雅   Webサービス   2011年5月
遺伝子や転写産物をさまざまなキーワードから素早く検索し、その結果をわかりやすく提示することができる遺伝子検索エンジン。遺伝子名や各種ID、タンパク質の機能や特徴などのキーワードだけでなく、短い塩基配列やアミノ酸配列から遺伝子を高速に検索することが可能
仲里猛留、大田達郎、坊農秀雅   データベース   2011年4月
公共データベース ( SRA [NCBI], ENA [EBI], DRA [DDBJ] ) に登録された「次世代シーケンサ」データについての目次サイトです。 プロジェクトやプラットフォームごとに各レコードの情報を見ることができます。
坊農秀雅他   Webサービス   2011年4月
ライフサイエンス分野のイラストをだれでも自由に閲覧・利用できるようWeb上にて無料で公開しているウェブサイトである。
河野信、小野浩雅、坊農秀雅   Webサービス   2007年7月
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイト
坊農秀雅他   教材   2006年2月
ライフサイエンス分野のデータベース統合を担う人材AJACS(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)向けの教材を提供

競争的資金等の研究課題

 
文部科学省: 科学研究費 挑戦的萌芽研究
研究期間: 2016年4月 - 2018年3月    代表者: 三浦恭子
文部科学省: 科学研究費助成事業(基盤研究C)
研究期間: 2014年4月 - 2017年3月    代表者: 天竺桂弘子
データベース統合に関わる基盤技術開発
科学技術振興機構: バイオサイエンスデータベースセンター 基盤技術開発プログラム
研究期間: 2011年4月 - 2014年3月    代表者: 小原雄治
高齢者がん治療アルゴリズム開発のためのガイドポスト・データベースの構築と必須情報及びその推定モデルの策定に関する研究
厚生労働省: 科学研究費補助金
研究期間: 2009年 - 2011年    代表者: 西山正彦
統合データベースプロジェクト
文部科学省: 委託研究開発事業
研究期間: 2007年4月 - 2011年3月    代表者: 高木利久

学歴

 
1997年4月
 - 
2000年3月
京都大学大学院 理学研究科 生物科学専攻生物物理学系博士後期課程
 
1995年4月
 - 
1997年3月
京都大学大学院 理学研究科 生物科学専攻生物物理学系修士課程
 
1993年4月
 - 
1995年3月
東京大学 教養学部 基礎科学科第一
 
1991年4月
 - 
1993年3月
東京大学 理科二類 
 

委員歴

 
2016年9月
 - 
2017年3月
文部科学省  「科学技術イノベーション政策における「政策のための科学」推進事業におけるオープンサイエンスに関する海外動向の調査分析」検討委員会委員
 
2016年4月
 - 
2018年3月
SPARC Japan  セミナー企画ワーキンググループメンバー
 
2008年
 - 
2017年9月
BMC Genomics  Associate Editor
 

その他

 
2017年12月   FANTOM5データを誰でも活用できる形に
Scientific dataのインタビュー記事
川路 英哉、粕川 雄也、坊農 秀雅、小野 浩雅
https://www.natureasia.com/ja-jp/scientificdata/papers-from-japan/fantom5
2015年1月   誰もが“バイオインフォマティシャン”の時代
Nature ダイジェスト Vol. 12 No. 1
のインタビュー記事
中村 保一、坊農 秀雅、粕川 雄也、仲里 猛留
http://doi.org/10.1038/ndigest.2015.150122