坊農秀雅

J-GLOBALへ         更新日: 19/10/18 14:49
 
アバター
研究者氏名
坊農秀雅
 
ボウノウヒデマサ
ハンドル
bonohu
URL
https://dbcls.rois.ac.jp/~bono/
所属
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構
部署
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
職名
特任准教授
学位
博士(理学)(京都大学)
Twitter ID
drbonohu
ORCID ID
0000-0003-4413-0651

プロフィール

科学技術振興機構(JST)のバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC))との「統合データベースにおける基盤技術開発とデータベース運用に係る共同研究」の研究参画者として、データを活用するアプリケーションの開発に取り組んでおります。具体的には国立遺伝学研究所DDBJセンターと連携して、Sequence Read Archive(SRA)ならびにGenomic Expressin Archive(GEA)の利用技術を開発しております。
ただサービスを作っただけでは利用が普及しない現実を鑑み、ウェットな実験とドライな実験のハイブリッド研究者として「実際にどうDBを研究に活用するか」を実践しています。具体的には酸素生物学に関係するデータ利活用研究、昆虫を使ったヒト疾患モデル化ならびに非モデル生物における比較ゲノム解析研究を共同研究で推進しています。

研究分野

 

経歴

 
2007年7月
   
 
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授
 
2007年4月
 - 
2007年6月
埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター 准教授
 
2005年4月
 - 
2007年3月
埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター 助教授
 
2003年10月
 - 
2005年3月
埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター 講師
 
2003年4月
 - 
2003年9月
埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター 助手
 
2000年4月
 - 
2003年3月
理化学研究所横浜研究所ゲノム科学総合研究センター 基礎科学特別研究員
 

論文

 
Yokoi K, Tsubota T, Sun J, Joraku A, Sezutsu H, Bono H
bioRxiv   805978   2019年10月
The silkworm Bombyx mori has long been used in the silk industry and utilized in studies of physiology, genetics, molecular biology, and pathology. We recently reported high quality reference genome data for B. mori. In the present study, we const...
Nojima Y, Bono H, Yokoyama T, Iwabuchi K, Sato R, Arai K, Tabunoki H
Scientific Reports   9 14693   2019年10月   [査読有り]
Perhaps, oxidative stress progresses pupation in some Lepidopteran insects; however, the reasons for this remain obscure. In our previous study, we clarified Bombyx mori SOD1 (BmSOD1) and B. mori SOD2 (BmSOD2) proteins respond in common to ultravi...
Katayama T , Kawashima S , Micklem G , Kawano S , Kim J , Kocbek S , Okamoto S , Wang Y , Wu H , Yamaguchi A , Yamamoto Y , Antezana E , Aoki-Kinoshita KF , Arakawa K , Banno M , Baran J , Bolleman JT , Bonnal RJ , Bono H , Fernández-Breis JT , Buels R , Campbell MP , Chiba H , Cock PJA , Cohen KB , Dumontier M , Fujisawa T , Fujiwara T , Garcia L , Gaudet P , Hattori E , Hoehndorf R , Itaya K , Ito M , Jamieson D , Jupp S , Juty N , Kalderimis A , Kato F , Kawaji H , Kawashima T , Kinjo AR , Komiyama Y , Kotera M , Kushida T , Malone J , Matsubara M , Mizuno S , Mizutani S , Mori H , Moriya Y , Murakami K , Nakazato T , Nishide H , Nishimura Y , Ogishima S , Ohta T , Okuda S , Ono H , Perez-Riverol Y , Shinmachi D , Splendiani A , Strozzi F , Suzuki S , Takehara J , Thompson M , Tokimatsu T , Uchiyama I , Verspoor K , Wilkinson MD , Wimalaratne S , Yamada I , Yamamoto N , Yarimizu M , Kawamoto S , Takagi T
F1000Research      2019年9月   [査読有り]
Publishing databases in the Resource Description Framework (RDF) model is becoming widely accepted to maximize the syntactic and semantic interoperability of open data in life sciences. Here we report advancements made in the 6th and 7th annual Bi...
Ohno H, Sakamoto T, Okochi R, Nishiko M, Sasaki S, Bono H, Tabunoki H, Iwabuchi K
Developmental Biology      2019年9月   [査読有り]
Copidosoma floridanum is a polyembryonic, caste-forming, wasp species. The ratio of investment in different castes changes with environmental stressors (e.g. multi-parasitism with competitors). The vasa gene was first identified in Drosophila mela...
Ramilowski J , Yip CW , Agrawal S , Chang J , Ciani Y , Kulakovskiy IV , Mendez M , Ooi JLC , Ouyang JF , Parkinson N , Petri A , Roos L , Severin J , Yasuzawa K , Abugessaisa I , Akalin A , Antonov I , Arner E , Bonetti A , Bono H , Borsari B , Brombacher F , Cannistraci CV , Cardenas R , Cardon M , Chang H , Dostie J , Ducoli L , Favorov A , Fort A , Garrido D , Gil N , Gimenez J , Guler R , Handoko L , Harshbarger J , Hasegawa A , Hasegawa Y , Hashimoto K , Hayatsu N , Heutink P , Hirose T , Imada EL , Itoh M , Kaczkowski B , Kanhere A , Kawabata E , Kawaji H , Kawashima T , Kelly T , Kojima M , Kondo N , Koseki H , Kouno T , Kratz A , Kurowska-Stolarska M , Kwon ATJ , Leek J , Lennartsson A , Lizio M , Lopez F , Luginbühl J , Maeda S , Makeev V , Marchionni L , Medvedeva YA , Minoda A , Müller F , Aguirre MM , Murata M , Nishiyori H , Nitta K , Noguchi S , Noro Y , Nurtdinov R , Okazaki Y , Orlando V , Paquette D , Parr C , Rackham OJ , Rizzu P , Sanchez DF , Sandelin A , Sanjana P , Semple CA , Sharma H , Shibayama Y , Sivaraman D , Suzuki T , Szumowski S , Tagami M , Taylor MS , Terao C , Thodberg M , Thongjuea S , Tripathi V , Ulitsky I , Verardo R , Vorontsov I , Yamamoto C , Young RS , Baillie JK , Forrest AR , Guigó R , Hoffman MM , Hon CC , Kasukawa T , Kauppinen S , Kere J , Lenhard B , Schneider C , Suzuki H , Yagi K , de Hoon M , Shin JW , Carninci P , FANTOM consortium
bioRxiv   700864   2019年7月
Hidemasa Bono
BioRxiv   https://doi.org/10.1101/626754   2019年5月
Gene expression data have been archived as microarray and RNA-seq data in two public databases, Gene Expression Omnibus (GEO) and ArrayExpress (AE). In 2018, DNA DataBank of Japan started similar repository called Genomic Expression Archive (GEA)....
Sumi C, Matsuo Y, Kusunoki M, Shoji T, Uba T, Iwai T, Bono H, Hirota K
PLOS ONE   14(4) e0215072   2019年4月   [査読有り]
Kobayashi Y, Nojima Y, Sakamoto T, Iwabuchi K, Nakazato T, Bono H, Toyoda A, Fujiyama A, Kanost MR, Tabunoki H
Scientific Reports   9(1) 2170   2019年2月   [査読有り]
Insects are well adapted to changing environmental conditions. They have unique systems for eliminating reactive oxygen species (ROS). Superoxide dismutase (SOD) is a key enzyme that plays a primary role in removing ROS. Bombyx mori is a lepidopte...
Sumi C, Matsuo Y, Iwai T, Bono H, Hirota K
BioRxiv   https://doi.org/10.1101/375311   2018年7月
The possibility that anesthesia during cancer surgery may affect cancer recurrence, metastasis, and patient prognosis has become one of the most important topic of interest in cancer treatment. For example, the volatile anesthetic isoflurane was r...
Sumi C, Okamoto A, Tanaka H, Kusunoki M, Shoji T, Uba T, Adachi T, Iwai T, Nishi K, Harada H, Bono H, Matsuo Y, Hirota K
Scientific Reports   8 8987   2018年6月   [査読有り]
A line of studies strongly suggest that the intravenous anesthetic, propofol, suppresses mitochondrial oxygen metabolism. It is also indicated that propofol induces the cell death in a reactive oxygen species (ROS)-dependent manner. Because hypoxi...

Misc

 
坊農秀雅
電脳会議   193 7-7   2019年2月
RefEx: Dataset for Reference Gene Expression
Hiromasa Ono, Hidemasa Bono
Practical Guide to Life Science Databases   in press   [依頼有り]
遺伝子発現解析の基準となるデータを快適に検索できるウェブツール「RefEx」
小野浩雅、坊農秀雅
実験医学   36(6) 999-1003   2018年3月   [依頼有り]
小野浩雅, 坊農秀雅
新着論文レビュー      2017年9月
RefEx(URL:http://refex.dbcls.jp)は,遺伝子発現解析の基準となるおのおのの遺伝子の発現量を簡単に検索し閲覧できるウェブツールである.複数の計測手法により得られた,哺乳類の正常な組織や細胞などにおける遺伝子発現データを収集し並列に表現することにより,おのおのの組織における遺伝子の発現量を,計測手法のあいだの差異とともに直感的に比較することができる.とくに,遺伝子発現解析の過程においてしばしば比較の対象とされる,組織に特異的に発現する遺伝子を瞬時に検索できるほか,...
坊農秀雅, 中村保一
生物工学   95(3) 152-155   2017年3月   [依頼有り]
1977年にサンガーらによってDNA配列決定法が発明 され,さまざまな生物由来の塩基配列の配列決定が可能になった.1980年代に入ってそれらをデータバンクにアーカイブする動きが日米欧で起こり,それぞれDDBJ(DNA Data Bank of Japan),GenBank,EMBL-Bank (のちにENA(European Nucleotide Archive)に改名)という名前のデータベース(DB)が維持されるように なった.これらのDBはお互いにデータを交...
Reika Kawabata-Iwakawa, Hidemasa Bono, Masahiko Nishiyama
Molecular Targeted Therapy of Lung Cancer   97-115   2017年1月   [依頼有り]
Improvement of next-generation sequencing (NGS) has revealed novel driver genes and new therapeutic targets for cancer patients. We summarize here the history of NGS development, current situation of typical analysis pipeline utilizing NGS – espec...
仲里猛留, 坊農秀雅
化学と生物   54(12) 873-877   2016年12月   [査読有り][依頼有り]
次世代シークエンサー(NGS: next generation sequencer)の活躍によって,さまざまな生命科学の謎が解き明かされている.マイクロアレイ同様,NGSから得られるデータも公共データベースに収めることが論文投稿の条件となってきており,そのデータ量は約3.2ペタバイトにもなっている(ペタは10の15乗).これまでよく用いられてきたBLASTなどの配列類似性による検索手段ではもはや歯がたたず,それぞれのデータの付帯情報であるメタデータをたよりに必要な情報を探し出すことになる....
坊農秀雅
生物工学   94(9) 572-575   2016年9月   [依頼有り]
RNA-Seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ
坊農秀雅
RNA-Seq実験ハンドブック   228-229   2016年3月   [依頼有り]

書籍等出版物

 
生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場
坊農秀雅
メディカル・サイエンス・インターナショナル   2019年9月   ISBN:4815701725
データ解析を行う上で必須の操作であるコマンドラインの使い方の基礎を説明したうえで、生命科学領域の代表的な6つの解析手法を取り上げ、その具体的な手順を、実際にコンピュータを操作しながら追っていけるように詳しく解説。読者がコマンドの意味を理解しながらコマンドラインを使いこなせるようになることを目指す実践書。姉妹書『Dr.Bonoの生命科学データ解析』を教科書として参照すればなお理解が進む。
坊農 秀雅, 粕川 雄也, 山本 泰智, 久保 竜一, 大石 直哉 (担当:監修)
技術評論社   2019年2月   ISBN:4297103192
本書では、エンジニアに向けて生命科学データを扱う技術の面白さと
バイオインフォマティクスのいまをやさしく解説します。
メディカルサイエンスインターナショナル   2018年12月   ISBN:4815701431
生命科学の研究者にとって、いまやマストなスキルとなったデータベースやウェブツール。ラボで役に立つ定番18ツールの使い方を徹底的にわかりやすく解説。
メディカルサイエンスインターナショナル   2018年9月   ISBN:4815701326
坊農秀雅
メディカルサイエンスインターナショナル   2017年9月   ISBN:4895929019
現代のバイオ系研究者のために、通読しやすいボリュームの中に実践で役に立つバイオインフォマティクスの基礎知識をまとめた教科書。生命科学分野で、次世代シークエンサー(NGS)やゲノムの解析などに携わるときの基本が整理できる。これから解析を学ぼうという人はもちろん、すでに解析を行っている人にも最適な書。
清水厚志、坊農秀雅 (担当:監修)
学研メディカル秀潤社   2015年10月   ISBN:4780909201
メディカル・サイエンス・インターナショナル   2009年3月   ISBN:4895925897
岡崎 康司, 坊農 秀雅
メディカル・サイエンス・インターナショナル   2005年12月   ISBN:4895924262

講演・口頭発表等

 
公共データベースを活用したDRYながん研究入門 [招待有り]
坊農秀雅
第78回日本癌学会学術総会   2019年9月28日   
坊農秀雅
Mishima.syk#14   2019年9月21日   
坊農秀雅
統合データベース講習会AJACS番町3   2019年8月7日   
坊農秀雅
阪医Pythonもくもく会   2019年7月26日   
坊農秀雅
統合データベース講習会AJACSa6河内   2019年7月25日   
トランスクリプトームデータ解析ー生物学的有意性と統計学的有意性のあいだ [招待有り]
坊農秀雅
第3回質量分析インフォマティクス・ハッカソン・プレミーティング   2019年7月7日   
データベースを活用した知のめぐりのよい昆虫科学研究 [招待有り]
坊農秀雅
東京農工大学大学院講義「昆虫生理化学特論」   2019年6月11日   
坊農秀雅
第63回日本応用動物昆虫学会大会 連動企画 データ解析講習会   2019年3月24日   
公共データベースを利用した知のめぐりのよい生命科学研究 [招待有り]
坊農秀雅
平成30年度生物機能利用研究推進会議   2019年3月1日   

担当経験のある科目

 

Works

 
坊農秀雅   データベース   2014年10月
公共遺伝子発現データベースの目次
内藤雄樹、日野公洋、坊農秀雅、程久美子   Webサービス   2014年
ゲノム編集において有力な手法として注目されているCRISPR/Cas9システムに用いるガイドRNAを設計するソフトウェア
小野浩雅、坊農秀雅   データベース   2011年10月
RefEx(Reference Expression dataset)は、EST、GeneChip、CAGE、RNA-seq
の4種類の異なる手法 によって得られたヒトおよびマウス、ラットにおける遺伝子発現データを並列に表示し、遺伝子発現解析を行う上で基準となるリファレンス(参照)データベースとして利用することを目的とした遺伝子発現データベースである。
内藤雄樹、坊農秀雅   Webサービス   2011年5月
遺伝子や転写産物をさまざまなキーワードから素早く検索し、その結果をわかりやすく提示することができる遺伝子検索エンジン。遺伝子名や各種ID、タンパク質の機能や特徴などのキーワードだけでなく、短い塩基配列やアミノ酸配列から遺伝子を高速に検索することが可能
仲里猛留、大田達郎、坊農秀雅   データベース   2011年4月
公共データベース ( SRA [NCBI], ENA [EBI], DRA [DDBJ] ) に登録された「次世代シーケンサ」データについての目次サイトです。 プロジェクトやプラットフォームごとに各レコードの情報を見ることができます。
坊農秀雅他   Webサービス   2011年4月
ライフサイエンス分野のイラストをだれでも自由に閲覧・利用できるようWeb上にて無料で公開しているウェブサイトである。
河野信、小野浩雅、坊農秀雅   Webサービス   2007年7月
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイト
坊農秀雅他   教材   2006年2月
ライフサイエンス分野のデータベース統合を担う人材AJACS(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)向けの教材を提供

競争的資金等の研究課題

 
ハダカデバネズミの低代謝・変温性・長寿を制御する特異な細胞配置の仕組み
文部科学省: 科学研究費 挑戦的萌芽研究
研究期間: 2019年4月 - 2021年3月    代表者: 三浦恭子
文部科学省: 科学研究費 挑戦的萌芽研究
研究期間: 2016年4月 - 2018年3月    代表者: 三浦恭子
文部科学省: 科学研究費助成事業(基盤研究C)
研究期間: 2014年4月 - 2017年3月    代表者: 天竺桂弘子
データベース統合に関わる基盤技術開発
科学技術振興機構: バイオサイエンスデータベースセンター 基盤技術開発プログラム
研究期間: 2011年4月 - 2014年3月    代表者: 小原雄治
高齢者がん治療アルゴリズム開発のためのガイドポスト・データベースの構築と必須情報及びその推定モデルの策定に関する研究
厚生労働省: 科学研究費補助金
研究期間: 2009年 - 2011年    代表者: 西山正彦

学歴

 
1997年4月
 - 
2000年3月
京都大学大学院 理学研究科 生物科学専攻生物物理学系博士後期課程
 
1995年4月
 - 
1997年3月
京都大学大学院 理学研究科 生物科学専攻生物物理学系修士課程
 
1993年4月
 - 
1995年3月
東京大学 教養学部 基礎科学科第一
 
1991年4月
 - 
1993年3月
東京大学 理科二類 
 

委員歴

 
2016年9月
 - 
2017年3月
文部科学省  「科学技術イノベーション政策における「政策のための科学」推進事業におけるオープンサイエンスに関する海外動向の調査分析」検討委員会委員
 
2016年4月
 - 
2018年3月
SPARC Japan  セミナー企画ワーキンググループメンバー
 
2008年
 - 
2017年9月
BMC Genomics  Associate Editor
 

その他

 
2017年12月   FANTOM5データを誰でも活用できる形に
Scientific dataのインタビュー記事
川路 英哉、粕川 雄也、坊農 秀雅、小野 浩雅
https://www.natureasia.com/ja-jp/scientificdata/papers-from-japan/fantom5
2015年1月   誰もが“バイオインフォマティシャン”の時代
Nature ダイジェスト Vol. 12 No. 1
のインタビュー記事
中村 保一、坊農 秀雅、粕川 雄也、仲里 猛留
http://doi.org/10.1038/ndigest.2015.150122