石田恒 (Ishida Hisashi) - マイポータル

基本情報

J-GLOBAL ID: 201801008597514351
researchmap会員ID: B000301581

論文

Torsional stress can regulate the unwrapping of two outer half superhelical turns of nucleosomal DNA

Hisashi Ishida, Hidetoshi Kono

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 118(7) 2021年2月16日
1P123 ヌクレオソームDNA解離の自由エネルギープロファイル(05B. 核酸 : 相互作用・複合体,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Kono Hidetoshi, Sakuraba Shun, Ishida Hisashi

生物物理 54(1) S161 2014年
2SCP-01 ヌクレオソームDNA弛緩状態の自由エネルギープロファイル(2SCP 核内混み合い環境でのヌクレオソーム、クロマチンの機能発現機構,シンポジウム,日本生物物理学会第51回年会(2013年度))

河野秀俊, 米谷佳晃, 池部仁善, 櫻庭俊, 石田恒

生物物理 53(1) S98 2013年
Global Conformational Changes of Ribosome Observed by Normal Mode Fitting for 3D Cryo-EM Structures

Atsushi Matsumoto, Hisashi Ishida

STRUCTURE 17(12) 1605-1613 2009年12月査読有り

MISC

Nucleosome unwrapping and unstacking

Hidetoshi Kono, Hisashi Ishida

Current Opinion in Structural Biology 64 119-125 2020年10月1日
The Free-Energy Landscape of the di-Nucleosome: A Critical Role of the H4 Tails for the Nucleosome-Nucleosome Conformation

Hisashi Ishida, Hidetoshi Kono

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 216A-216A 2017年2月
Cover Image, Volume 84, Issue 8

Hisashi Ishida, Atsushi Matsumoto

Proteins: Structure, Function and Bioinformatics 84(9) C4 2016年9月1日
Free Energy Profiles for Nucleosomal DNA Unwrapping

Hidetoshi Kono, Shun Sakuraba, Hisashi Ishida

BIOPHYSICAL JOURNAL 108(2) 73A-73A 2015年1月
Free-Energy Landscape of Ribosome Translocation Analysed using MD Simulations and Cryo-EM Density Maps

Hisashi Ishida, Atsushi Matsumoto

BIOPHYSICAL JOURNAL 104(2) 259A-259A 2013年1月
Free Energy Profiles for Nucleosome Position Changes

Hidetoshi Kono, Naoko Kanaeda, Hisashi Ishida

BIOPHYSICAL JOURNAL 100(3) 66-66 2011年2月

講演・口頭発表等

Free energy profiles of the intra- and inter-nucleosomal interactions by all-atom molecular dynamics simulations

石田恒

第５６回日本生物物理年会 2018年10月招待有り
Analysis of tRNA translocation through the ribosome by a hybrid-simulation using an MD simulation and electron microscopy density maps

石田恒

第５３回日本生物物理年会 2015年9月招待有り

共同研究・競争的資金等の研究課題

インターカレーターが引き起こすDNA・ヌクレオソーム構造変化メカニズム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

石田恒, 角南智子
分子動力学シミュレーションによるヌクレオソームの構造変化メカニズム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2018年4月 - 2021年3月

石田恒
タンパク質合成反応サイクルにおけるリボソームの構造変化メカニズム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2010年 - 2012年

石田恒
天然変性タンパク質としてのMutSの損傷DNA修復誘導メカニズム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2010年 - 2011年

石田恒
分子シミュレーションによる、DNA組換えをおこすモーター蛋白質の分子機構解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2007年 - 2008年

石田恒
ダイナミックスと進化情報の融合によるDNA修復関連タンパク質の機能アノテーション

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2004年 - 2006年

由良敬, 石田恒, 樋口真理子
電子顕微鏡像に基づくリボソームの精密な立体構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2005年 - 2005年

石田恒, 松本淳
分子動力学シミュレーションによるDNA修復メカニズムの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2004年 - 2005年

石田恒