渡邉千鶴 (Chiduru Watanabe) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人理化学研究所生命医科学研究センター研究員

研究者番号: 60549187
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-0742-3896
J-GLOBAL ID: 201801014195523400
researchmap会員ID: B000300469

外部リンク: https://www.bdr.riken.jp/ja/research/labs/honma-t/

フラグメント分子軌道(FMO)法によるタンパク質の量子化学計算結果を集約したFMOデータベース(https://drugdesign.riken.jp/FMODB/)を公開しました。

研究キーワード

研究分野

委員歴

2014年11月 - 現在

FMO創薬コンソーシアム, 世話人

受賞

論文

FRIE: Machine Learning Prediction Models for Interfragment Interaction Energies between Amino Acid Residues Based on QM Data in FMODB

Tomohiro Sato, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Teruki Honma

ChemRxiv 2026年7月6日
Developments and Activities in FMODB up to 2025: A Release Note

Chiduru Watanabe, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Koichiro Kato, Kazumi Tsuda, Shu Koyama, Daisuke Murayama, Tomoharu Isobe, Tatsuya Ohyama, Akifumi Kato …

Chem-Bio Informatics Journal 25 130-139 2025年12月15日査読有り責任著者
Comprehensive Protein-Ligand Interaction Analysis: Fragment Molecular Orbital Calculation on the Complexes of Human Protease Renin and its Inhibitors

Yoichiro Yagi, Takatomo Kimura, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Shigenori Tanaka, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa

Chem-Bio Informatics Journal 25 107-129 2025年12月3日査読有り
A Dual-Target-Based Screening Strategy for Anti-SARS-CoV-2 Active Compounds Enabling the Identification of Macrocyclic Peptide Natural Products: Chloropeptins

Aoi Kimishima, Terumasa Ikeda, Otowa Takahashi, Kamrun Naher, Chiduru Watanabe, Reiko Takai-Todaka, Kei Haga, Sota Honma, Yukiko Ujie, Takayuki Uematsu …

Journal of Natural Products 2025年9月25日査読有り
Quantitative Structure–Activity Relationships for Human Galectin-3 Inhibitors: Insights from Quantum Chemical Interaction Energy Terms

Tomohide Masuda, Chiduru Watanabe, Koichiro Kato, Teruki Honma, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi

Journal of Chemical Information and Modeling 2025年6月10日査読有り
Discovery of a novel class NSD2 inhibitor for t(4;14)-positive multiple myeloma

Sae Matsuoka, Naoki Osada, Hirokazu Kubota, Ko Kikuzato, Hiroo Koyama, Takeshi Sonoda, Akiko Idei, Minoru Yoshida, Masaki Kikuchi, Takashi Umehara …

Blood Neoplasia 100091-100091 2025年3月査読有り
Geometry Optimization Using the Frozen Domain and Partial Dimer Approaches in the Fragment Molecular Orbital Method: Implementation, Benchmark, and Applications to Protein Ligand-Binding Sites

Koji Okuwaki, Naoki Watanabe, Koichiro Kato, Chiduru Watanabe, Naofumi Nakayama, Akifumi Kato, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa

Journal of Chemical Information and Modeling 64(24) 9449-9458 2024年12月2日査読有り
Quantum chemical calculation dataset for representative protein folds by the fragment molecular orbital method

Daisuke Takaya, Shu Ohno, Toma Miyagishi, Sota Tanaka, Koji Okuwaki, Chiduru Watanabe, Koichiro Kato, Yu-Shi Tian, Kaori Fukuzawa

Scientific Data 11(1) 2024年10月23日
FMOe: Preprocessing and Visualizing Package of the Fragment Molecular Orbital Method for Molecular Operating Environment and Its Applications in Covalent Ligand and Metalloprotein Analyses

Hirotomo Moriwaki, Yusuke Kawashima, Chiduru Watanabe, Kikuko Kamisaka, Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

Journal of Chemical Information and Modeling 64(18) 6927-6937 2024年9月5日査読有り責任著者
OA-35 Discovery of a Novel Class MMSET Inhibitor With Specificity for t(4; 14)-Positive Multiple Myeloma

Sae Matsuoka, Naoki Osada, Hirokazu Kubota, Ko Kikuzato, Hiroo Koyama, Takeshi Sonoda, Akiko Ide, Minoru Yoshida, Masaki Kikuchi, Takashi Umehara …

Clinical Lymphoma Myeloma and Leukemia 24 S22-S23 2024年9月査読有り
Statistical analysis of interactions among amino acid residues in apo structures using fragment molecular orbital method

Kikuko Kamisaka, Shunpei Nagase, Chiduru Watanabe, Daisuke Takaya, Hitomi Yuki, Teruki Honma

Chem-Bio Informatics Journal 24 25-47 2024年6月28日査読有り
Structural Stability and Binding Ability of SARS-CoV-2 Main Protease with GC376: A Stereoisomeric Covalent Ligand Analysis by FMO calculation

Yuya Seki, Chiduru Watanabe, Norihiko Tani, Kikuko Kamisaka, Tatsuya Ohyama, Daisuke Takaya, Teruki Honma

Chem-Bio Informatics Journal 24 13-24 2024年5月17日査読有り責任著者
A machine learning model for predicting quantum chemistry based protein-drug molecule interactions

Ryosuke KITA, Chiduru WATANABE, Masateru OHTA, Naoki TANIMURA, Koji OKUWAKI, Mitsunori IKEGUCHI, Kaori FUKUZAWA, Teruki HONMA, Tsuyohiko FUJIGAYA, Koichiro KATO

The 38th Annual Conference of the Japanese Society for Artificial Intelligence 38 2024年5月査読有り
フラグメント分子軌道法に基づく創薬・構造生物学・情報生命科学支援アプローチ

渡邉千鶴

アンサンブル 26(2) 158-165 2024年4月査読有り招待有り責任著者
Application of Model Core Potentials to Zn- and Mg-containing Metalloproteins in the Fragment Molecular Orbital Method

Koichiro Kato, Ami Yamamoto, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa

Chem-Bio Informatics Journal 23 14-25 2023年7月20日査読有り
Quantum Chemical Interaction Analysis between SARS-CoV-2 Main Protease and Ensitrelvir Compared with Its Initial Screening Hit

Chiduru Watanabe, Shigenori Tanaka, Yoshio Okiyama, Hitomi Yuki, Tatsuya Ohyama, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

The Journal of Physical Chemistry Letters 3609-3620 2023年4月6日査読有り責任著者
フラグメント分子軌道計算による構造解析

福澤薫, 渡邉千鶴, 加藤幸一郎

日本結晶学会誌 65(1) 17-25 2023年2月28日
Structural basis of transcription regulation by CNC family transcription factor, Nrf2

Toru Sengoku, Masaaki Shiina, Kae Suzuki, Keisuke Hamada, Ko Sato, Akiko Uchiyama, Shunsuke Kobayashi, Asako Oguni, Hayato Itaya, Kota Kasahara …

Nucleic Acids Research 50(21) 12543-12557 2022年11月28日査読有り
Fragment molecular orbital calculations containing Mg2+ ions: PPlase domain of Cyclophilin G

Masayasu Fujii, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka

Chem-Bio Informatics Journal 22 55-62 2022年9月16日査読有り
Structure–Activity Relationship and In Silico Evaluation of cis- and trans-PCPA-Derived Inhibitors of LSD1 and LSD2

Hideaki Niwa, Chiduru Watanabe, Shin Sato, Toshiyuki Harada, Hisami Watanabe, Ryo Tabusa, Shunsuke Fukasawa, Ayane Shiobara, Tomoko Hashimoto, Osamu Ohno …

ACS Medicinal Chemistry Letters 13(9) 1485-1492 2022年9月8日査読有り

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MISC

PDBの更新への追従を目指したフラグメント分子軌道法による量子化学計算データの収集と手法開発

高谷大輔, 田雨時, 田中蒼大, 宮岸澄真, 宮川柊兵, 小浪なおこ, 御幡瑠璃, 奥脇弘次, 加藤幸一郎, 渡邉千鶴 …

日本蛋白質科学会年会(Web) 25th 2025年
環状ペプチドの量子化学計算データ生成と機械学習力場への適用性検証

松本大夢, 渡邉千鶴, 大田雅照, 奥脇弘次, TIAN Yu-Shi, 高谷大輔, 池口満徳, 池口満徳, 福澤薫, 本間光貴 …

情報科学技術フォーラム講演論文集 24th 2025年
蛋白質-リガンド複合体におけるリガンドと各アミノ酸残基の間の量子力学的相互作用の予測【JST機械翻訳】

KITA Ryosuke, MATSUMOTO Hiromu, WATANABE Chiduru, TAKAYA Daisuke, TIAN Yu-Shi, OHTA Masateru, TANIMURA Naoki, OKUWAKI Koji, IKEGUCHI Mitsunori, IKEGUCHI Mitsunori …

CBI学会大会(CD-ROM) 2024 (Web) 2024年
FMOデータベースの紹介とデータ活用方法

渡邉千鶴

CBI学会大会(CD-ROM) 2024 (Web) 2024年
t(4;14)陽性多発性骨髄腫に対する第一世代MMSET阻害剤の創出

松岡紗恵, 長田直希, 小山裕雄, 吉田稔, 梅原崇史, 渡邉千鶴, 安井寛, 池田翔, 仲宗根秀樹, 仲宗根秀樹 …

International Journal of Myeloma (Web) 14(3) 2024年
生体分子系を対象とした機械学習力場構築に向けたFMOデータと転移学習の有効性評価

松本大夢, 喜多亮介, 渡邉千鶴, 大田雅照, 谷村直樹, 奥脇弘次, 池口満徳, 池口満徳, 福澤薫, 本間光貴 …

日本薬学会年会要旨集(Web) 144th 2024年
酸化ストレス応答に関わるCNCファミリー転写因子Nrf2による転写制御の立体構造基盤

濱田恵輔, 仙石徹, 椎名政昭, 鈴木香絵, 佐藤光, 内山晃子, 小林俊介, 小國麻子, 板谷颯人, 笠原浩太 …

組織培養研究(Web) 42(2) 2024年
昆虫エクジステロイド生合成酵素を標的とした新規蚊用殺虫化合物の構造解析に基づく研究

海老原佳奈, 稲葉和恵, 千田美紀, 安孫子ユミ, 佐久間知佐子, 小祝孝太郎, 高谷大輔, 渡邉千鶴, 今村理世, 岡部隆義 …

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2024 2024年
蛋白質の基本フォールドを網羅した量子化学計算データの収集の試みとその手法開発

高谷大輔, 田雨時, 大野修, 田中蒼大, 宮岸澄真, 渡邉千鶴, 加藤幸一郎, 奥脇弘次, 半田佑磨, 福澤薫

日本蛋白質科学会年会(Web) 24th 2024年
コムギ無細胞タンパク質アレイ技術を基盤とした脱ユビキチン化酵素阻害剤開発

高橋宏隆, 檜垣佳奈, 佐藤裕介, 平野港, 好井健太朗, 田口佳紀, 鳴海哲夫, 渡邉千鶴, 本間光貴, 及川大輔 …

日本生化学会大会(Web) 97th 2024年
eIF4A阻害剤のRNA配列特異性に対する分子動力学計算と量子化学計算を用いた解析

半田佑磨, 半田佑磨, 斉藤大寛, 斉藤大寛, 奥脇弘次, 古石誉之, 米持悦生, 加藤幸一郎, 渡邉千鶴, 本間光貴 …

日本薬学会年会要旨集(Web) 144th 2024年
分子動力学シミュレーションにより推定したペプチド反復によるGGGCC反復RNAの蓄積挙動【JST機械翻訳】

OHYAMA Tatsuya, TATEISHI-KARIMATA Hisae, TANAKA Shigenori, WATANABE Chiduru, HONMA Teruki, SUGIMOTO Naoki, SUGIMOTO Naoki

Program & Abstracts. International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 50th 2023年
FMO法に基づく創薬支援・情報基盤技術の開発

渡邉千鶴

CBI学会大会(CD-ROM) 2023 2023年
FMODBの紹介とデータ活用方法

渡邉千鶴

CBI学会大会(CD-ROM) 2023 2023年
FMO法による抗原抗体相互作用の解析

竹本千重, 渡邉千鶴, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集(CD-ROM) 51st 2023年
ネッタイシマカ由来のグルタチオンS-トランスフェラーゼに対する新規殺虫化合物の作用機序

海老原佳奈, 稲葉和恵, 千田美紀, 安孫子ユミ, 佐久間知佐子, 小祝孝太郎, 高谷大輔, 渡邉千鶴, 今村理世, 岡部隆義 …

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2023 2023年
FMODBデータ収集:高分解能X線結晶構造データに対する量子化学計算

渡邉千鶴, 渡邉千鶴, 神坂紀久子, 今井恭平, 滝本大地, 斎藤涼祐, 栗田典之, 岡山友樹, 宮嶋起徳, 吉本耀 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 22nd (Web) 2022年
FMO法を用いたSARS-CoV-2メインプロテアーゼ-阻害薬S-217622結合メカニズムの解明

渡邉千鶴, 田中成典, 沖山佳生, 大山達也, 神坂紀久子, 幸瞳, 高谷大輔, 福澤薫, 本間光貴

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 50th (CD-ROM) 2022年
ネッタイシマカの脱皮ホルモン生合成制御因子Noppera-boに対する阻害剤の作用機序に関する構造生物学的研究

海老原佳奈, 稲葉和恵, 千田美紀, 小祝孝太郎, 高谷大輔, 渡邉千鶴, 安孫子ユミ, 今村理世, 岡部隆義, 小島宏建 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 22nd (Web) 2022年
ネッタイシマカの脱皮ホルモン生合成経路を標的とした新規殺虫剤の研究

海老原佳奈, 稲葉和恵, 小祝孝太郎, 高谷大輔, 渡邉千鶴, 安孫子ユミ, 今村理世, 岡部隆義, 小島宏建, 佐久間知佐子 …

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2022 2022年

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Works(作品等)

FMODB

2019年2月20日 - 現在データベース

共同研究・競争的資金等の研究課題

FMOデータベースを用いた抗原-抗体のPPI相互作用エネルギー予測モデルの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2023年6月 - 2026年3月

渡邉千鶴, 佐藤朋広, 沖山佳生
量子構造生物学におけるプロトン：相乗的効果と構造

科学技術振興機構さきがけ「量子技術を適用した生命科学基盤の創出」領域さきがけ 2018年10月 - 2022年3月

渡邉千鶴
フラグメント分子軌道法による分子間相互作用データベース構築と創薬研究への普及

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2018年4月 - 2021年3月

高谷大輔, 渡邉千鶴
量子化学計算に基づく生体高分子の超分解能構造解析技術の開発と創薬への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

福澤薫, 本間光貴, 田中成典, 鶴田宏樹, 渡邉千鶴

メディア報道

蚊の発育止める植物色素筑波大、環境に優しい殺虫剤に

2022年4月15日新聞・雑誌
昆虫ホルモンの生合成を撹乱する蚊の発育阻害剤の発見〜環境に優しい農薬の開発に向けて〜

国立大学法人筑波大学 https://www.tsukuba.ac.jp/journal/biology-environment/20220217100000.html 2022年2月17日その他
新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の治療薬設計に役立つウイルスタンパク質と治療薬候補化合物の相互作用データを公開

理化学研究所 https://www.riken.jp/pr/news/2020/20200417_1/index.html 2020年4月17日インターネットメディア

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共同研究・競争的資金等の研究課題

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