岩橋千草 (Chigusa Iwahashi) - マイポータル

基本情報

所属: 特定国立研究開発法人理化学研究所計算科学研究センター上級技師

学位: 博士（理学）(名古屋大学)

通称等の別名: 小林千草,Chigusa Kobayashi
J-GLOBAL ID: 201801008145626624
researchmap会員ID: B000305405

外部リンク: https://cbp.riken.jp/member/profile/chigusa_kobayashi/

研究キーワード

研究分野

経歴

2024年4月 - 現在

特定国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, 上級技師
2020年10月 - 2024年3月

特定国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター, 技師
2018年4月 - 2020年9月

理化学研究所, 計算科学研究センター, 研究員
2013年4月 - 2018年3月

理化学研究所, 計算科学研究機構, 研究員
2011年4月 - 2013年3月

理化学研究所, 協力研究員
2006年4月 - 2011年3月

分子科学研究所, 専門研究職員
2003年4月 - 2006年3月

神戸大学, 日本学術振興会特別研究員
2001年4月 - 2003年3月

カルフォルニア大学サンディエゴ校, 日本学術振興会海外特別研究員

学歴

1998年4月 - 2000年12月

名古屋大学大学院, 理学研究科博士課程後期課程
1996年4月 - 1998年3月

名古屋大学大学院, 理学研究科博士課程前期課程
1992年4月 - 1996年3月

名古屋大学, 理学部, 化学科

委員歴

2021年4月 - 2024年3月

分子シミュレーション学会, 幹事会
2019年1月 - 2020年12月

日本生物物理学会, 「生物物理」会誌編集委員

論文

Performance analysis of Arm-based processors across multiple compilers for HPC workloads.

Chigusa Kobayashi, Kazuto Ando, Tsuyoshi Yamaura, Hikaru Inoue, Hitoshi Murai

SCA/HPC Asia 236-246 2026年1月査読有り筆頭著者責任著者
Toward understanding whole enzymatic reaction cycles using multi-scale molecular simulations.

Shingo Ito, Chigusa Kobayashi, Kiyoshi Yagi, Yuji Sugita

Current opinion in structural biology 95 103153-103153 2025年9月11日査読有り
The distortion-push mechanism for the γ subunit rotation in F1-ATPase.

Masahiro Motohashi, Mao Oide, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Eiro Muneyuki, Yuji Sugita

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 122(33) e2502642122 2025年8月19日査読有り
GENESIS 2.1: High-Performance Molecular Dynamics Software for Enhanced Sampling and Free-Energy Calculations for Atomistic, Coarse-Grained, and Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Models

Jaewoon Jung, Kiyoshi Yagi, Cheng Tan, Hiraku Oshima, Takaharu Mori, Isseki Yu, Yasuhiro Matsunaga, Chigusa Kobayashi, Shingo Ito, Diego Ugarte La Torre …

The Journal of Physical Chemistry B 128(25) 6028-6048 2024年6月14日査読有り
Acceleration of generalized replica exchange with solute tempering simulations of large biological systems on massively parallel supercomputer

Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Yuji Sugita

Journal of Computational Chemistry 2023年5月4日査読有り
Multiple sub-state structures of SERCA2b reveal conformational overlap at transition steps during the catalytic cycle.

Yuxia Zhang, Chigusa Kobayashi, Xiaohan Cai, Satoshi Watanabe, Akihisa Tsutsumi, Masahide Kikkawa, Yuji Sugita, Kenji Inaba

Cell reports 41(10) 111760-111760 2022年12月6日査読有り
Implementation of residue-level coarse-grained models in GENESIS for large-scale molecular dynamics simulations

Cheng Tan, Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Diego Ugarte La Torre, Shoji Takada, Yuji Sugita

PLOS Computational Biology 18(4) e1009578-e1009578 2022年4月5日査読有り
The inherent flexibility of receptor binding domains in SARS-CoV-2 spike protein

Hisham M. Dokainish, Suyong Re, Takaharu Mori, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Yuji Sugita

ELIFE 11 2022年3月査読有り
Structural and energetic analysis of metastable intermediate states in the E1P–E2P transition of Ca2+-ATPase

Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, Jaewoon Jung, Yuji Sugita

Proceedings of the National Academy of Sciences 118(40) e2105507118-e2105507118 2021年10月5日査読有り筆頭著者
Optimized Hydrogen Mass Repartitioning Scheme Combined with Accurate Temperature/Pressure Evaluations for Thermodynamic and Kinetic Properties of Biological Systems

Jaewoon Jung, Kento Kasahara, Chigusa Kobayashi, Hiraku Oshima, Takaharu Mori, Yuji Sugita

Journal of Chemical Theory and Computation 17(8) 5312-5321 2021年8月10日査読有り
Coarse-Grained Modeling of Multiple Pathways in Conformational Transitions of Multi-Domain Proteins

Ai Shinobu, Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, Yuji Sugita

Journal of Chemical Information and Modeling 61(5) 2427-2443 2021年5月24日査読有り
Elucidation of interactions regulating conformational stability and dynamics of SARS-CoV-2 S-protein

Takaharu Mori, Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Hisham M. Dokainish, Suyong Re, Yuji Sugita

Biophysical Journal 120(6) 1060-1071 2021年3月査読有り
New parallel computing algorithm of molecular dynamics for extremely huge scale biological systems

Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Kento Kasahara, Cheng Tan, Akiyoshi Kuroda, Kazuo Minami, Shigeru Ishiduki, Tatsuo Nishiki, Hikaru Inoue, Yutaka Ishikawa …

Journal of Computational Chemistry 42(4) 231-241 2021年2月5日査読有り
A singularity-free torsion angle potential for coarse-grained molecular dynamics simulations

Cheng Tan, Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Yuji Sugita

The Journal of Chemical Physics 153(4) 044110-044110 2020年7月28日査読有り
Building a macro-mixing dual‑basin Gō model using the Multistate Bennett Acceptance Ratio

Ai Shinobu, Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, Yuji Sugita

Biophysics and Physicobiology 16 310-321 2019年11月査読有り
Scaling molecular dynamics beyond 100,000 processor cores for large-scale biophysical simulations

Jung Jaewoon, Nishima Wataru, Daniels Marcus, Bascom Gavin, Kobayashi Chigusa, Adedoyin Adetokunbo, Wall Michael, Lappala Anna, Phillips Dominic, Fischer William …

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 40(21) 1919-1930 2019年8月5日査読有り
Anharmonic Vibrational Analysis of Biomolecules and Solvated Molecules Using Hybrid QM/MM Computations

Yagi Kiyoshi, Yamada Kenta, Kobayashi Chigusa, Sugita Yuji

JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 15(3) 1924-1938 2019年3月査読有り
Optimal Temperature Evaluation in Molecular Dynamics Simulations with a Large Time Step

Jung Jaewoon, Kobayashi Chigusa, Sugita Yuji

JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 15(1) 84-94 2019年1月査読有り
Kinetic energy definition in velocity Verlet integration for accurate pressure evaluation

Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Yuji Sugita

Journal of Chemical Physics 148(16) 2018年4月28日査読有り
GENESIS 1.1: A hybrid-parallel molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms on multiple computational platforms

Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Yasuhiro Matsunaga, Takaharu Mori, Tadashi Ando, Koichi Tamura, Motoshi Kamiya, Yuji Sugita

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 38(25) 2193-2206 2017年9月査読有り

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MISC

筋小胞体カルシウムポンプにおける構造変化と自由エネルギー解析

小林千草, 松永康佑, Jaewoon Jung, 杉田有治

生物物理 62(5) 298-300 2022年11月査読有り招待有り
分子動力学法ソフトウェアGENESIS の紹介

小林千草

分子シミュレーション学会誌 “アンサンブル” 24(1) 51-59 2022年1月
GENESIS を使ったタンパク質分子動力学法計算

小林千草

蛋白質科学会アーカイブ 11 e091 2018年9月査読有り招待有り

所属学協会

Works(作品等)

GENESIS

Y. Sugita, J. Jung, T. Mori, C. Kobabayashi, Y. Matsunaga, T. Yoda, M. Feig

2014年コンピュータソフト

共同研究・競争的資金等の研究課題

分子動力学法ソフトウェアの性能情報公開の計算基盤構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

岩橋千草
生体反応とカップルする大規模構造変化のためのマルチレゾリューション法構築

文部科学省科学研究費補助金 (基盤研究(C)) 2016年4月 - 2019年3月

岩橋千草
水中のプロトン移動のダイナミックスに関する理論的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 1998年 - 2000年

小林千草

岩橋千草

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