日本原子力研究開発機構では、岐阜県瑞浪市において、深地層の科学的研究の一環として超深地層研究所計画を進めている。表層水理観測は超深地層研究所計画の中で、地下水流動解析での上部境界条件の一つである地下水涵養量の推定や水理地質構造モデルのキャリブレーションに必要な観測データを蓄積している。本報告では、このうち、東濃地域を流れる土岐川の支流である日吉川の流域内に位置する正馬川流域を例として、1990$\sim$2009年度までの観測データを用いた地下水涵養量の算出に関するこれまでの成果を紹介する。