岡田大瑚 (Daigo Okada) - マイポータル

基本情報

所属: 岐阜大学高等研究院特任助教
: (兼任)大学院医学系研究科再生機能医学分野特任助教
: 国立情報学研究所情報学プリンシプル研究系特任研究員
: 名古屋大学高等研究院客員研究員

学位: 博士(医科学)(2021年3月京都大学)
修士(医科学)(2018年3月京都大学)
学士(農学)(2016年3月京都大学)

連絡先: okada.daigo.d1f.gifu-u.ac.jp
研究者番号: 10911852
J-GLOBAL ID: 202101001861606996
researchmap会員ID: R000015465

研究キーワード

研究分野

経歴

2025年4月 - 現在

岐阜大学, 高等研究院, 特任助教
2021年4月 - 2025年3月

京都大学大学院医学研究科, 附属ゲノム医学センター, 助教
2019年4月 - 2021年3月

日本学術振興会特別研究員DC2

学歴

2018年4月 - 2021年3月

京都大学大学院, 医学研究科, 医科学専攻博士課程
2016年4月 - 2018年3月

京都大学大学院, 医学研究科, 医科学専攻修士課程
2012年4月 - 2016年3月

京都大学, 農学部, 資源生物科学科
2009年4月 - 2012年3月

海城高等学校

受賞

2021年

Best Presentation Award, 第2回京都大学医薬系研究交流サロン

論文

Systematic evaluation of the isolated effect of tissue environment on the transcriptome using a single-cell RNA-seq atlas dataset.

Daigo Okada, Jianshen Zhu, Kan Shota, Yuuki Nishimura, Kazuya Haraguchi

BMC genomics 26(1) 416-416 2025年4月29日査読有り筆頭著者責任著者
The opposite aging effect to single cell transcriptome profile among cell subsets.

Daigo Okada

Biogerontology 2024年9月11日査読有り筆頭著者最終著者責任著者
Identification of epistatic SNP combinations in rheumatoid arthritis using LAMPLINK and Japanese cohorts.

Mio Shibata, Aika Terada, Takahisa Kawaguchi, Yoichiro Kamatani, Daigo Okada, Kazuhisa Nagashima, Koichiro Ohmura, Fumihiko Matsuda, Shuji Kawaguchi, Jun Sese …

Journal of human genetics 2024年7月16日査読有り
Data-driven detection of age-related arbitrary monotonic changes in single-cell gene expression distributions.

Jian Hao Cheng, Daigo Okada

PeerJ 12 e16851 2024年査読有り最終著者責任著者
Visualization of the landscape of the read alignment shape of ATAC-seq data using Hellinger distance metric.

Jian Hao Cheng, Cheng Zheng, Ryo Yamada, Daigo Okada

Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms 2023年11月21日査読有り最終著者責任著者
Delving into gene-set multiplex networks facilitated by a k-nearest neighbor-based measure of similarity

Cheng Zheng, Man Wang, Ryo Yamada, Daigo Okada

Computational and Structural Biotechnology Journal 2023年10月11日査読有り最終著者責任著者
Application of a mathematical model to clarify the statistical characteristics of a pan-tissue DNA methylation clock.

Daigo Okada

GeroScience 2023年10月3日査読有り筆頭著者最終著者責任著者
Plasma proteins as potential biomarkers of aging of single tissue and cell type.

Daigo Okada

Biogerontology 2023年9月14日査読有り筆頭著者最終著者責任著者
Bioinformatic Identification of Potential RNA Alterations on the Atrial Fibrillation Remodeling from Human Pulmonary Veins

Wataru Igarashi, Daichi Takagi, Daigo Okada, Daiki Kobayashi, Miho Oka, Toshiro Io, Kuniaki Ishii, Kyoichi Ono, Hiroshi Yamamoto, Yosuke Okamoto

International Journal of Molecular Sciences 24(13) 10501-10501 2023年6月22日査読有り
Data-driven identification and classification of nonlinear aging patterns reveals the landscape of associations between DNA methylation and aging.

Daigo Okada, Jian Hao Cheng, Cheng Zheng, Tatsuro Kumaki, Ryo Yamada

Human genomics 17(1) 8-8 2023年2月11日査読有り筆頭著者責任著者
Mathematical model for the relationship between single-cell and bulk gene expression to clarify the interpretation of bulk gene expression data.

Daigo Okada, Cheng Zheng, Jian Hao Cheng

Computational and structural biotechnology journal 20 4850-4859 2022年9月査読有り筆頭著者責任著者
Comparative Study of Transcriptome in the Hearts Isolated from Mice, Rats, and Humans.

Daigo Okada, Yosuke Okamoto, Toshiro Io, Miho Oka, Daiki Kobayashi, Suzuka Ito, Ryo Yamada, Kuniaki Ishii, Kyoichi Ono

Biomolecules 12(6) 2022年6月20日査読有り筆頭著者
Cell population-based framework of genetic epidemiology in the single-cell omics era.

Daigo Okada, Cheng Zheng, Jian Hao Cheng, Ryo Yamada

BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology e2100118 2021年11月25日査読有り筆頭著者責任著者
Data-driven comparison of multiple high-dimensional single-cell expression profiles.

Daigo Okada, Jian Hao Cheng, Cheng Zheng, Ryo Yamada

Journal of human genetics 2021年11月1日査読有り筆頭著者責任著者
Genome-wide association study of individual differences of human lymphocyte profiles using large-scale cytometry data.

Daigo Okada, Naotoshi Nakamura, Kazuya Setoh, Takahisa Kawaguchi, Koichiro Higasa, Yasuharu Tabara, Fumihiko Matsuda, Ryo Yamada

Journal of human genetics 66(6) 557-567 2020年11月23日査読有り筆頭著者
Interpretation of omics data analyses.

Ryo Yamada, Daigo Okada, Juan Wang, Tapati Basak, Satoshi Koyama

Journal of human genetics 66(1) 93-102 2020年5月8日査読有り
Decomposition of a set of distributions in extended exponential family form for distinguishing multiple oligo-dimensional marker expression profiles of single-cell populations and visualizing their dynamics.

Daigo Okada, Ryo Yamada

PloS one 15(4) e0231250 2020年4月10日査読有り筆頭著者
Extension of Sinkhorn Method: Optimal Movement Estimation of Agents Moving at Constant Velocity

Daigo Okada, Naotoshi Nakamura, Takuya Wada, Ayako Iwasaki, Ryo Yamada

Transactions of the Japanese Society for Artificial Intelligence 34(5) D-J13_1 2019年9月1日査読有り筆頭著者
LAVENDER: latent axes discovery from multiple cytometry samples with non-parametric divergence estimation and multidimensional scaling reconstruction

Naotoshi Nakamura, Daigo Okada, Kazuya Setoh, Takahisa Kawaguchi, Koichiro Higasa, Yasuharu Tabara, Fumihiko Matsuda, Ryo Yamada

bioRxiv 2019年6月18日
An intersection network based on combining SNP coassociation and RNA coexpression networks for feed utilization traits in Japanese Black cattle.

Daigo Okada, Satoko Endo, Hirokazu Matsuda, Shinichiro Ogawa, Yukio Taniguchi, Tomohiro Katsuta, Toshio Watanabe, Hiroaki Iwaisaki

Journal of animal science 96(7) 2553-2566 2018年6月29日査読有り筆頭著者

MISC

加齢ゲノミクス研究における合計、相対、絶対分子発現量の間の関係性：シンプルな理論的考察

岡田大瑚

Jxiv 2024年2月筆頭著者最終著者責任著者
「注目論文：Our Focus on Genetics」大規模サイトメトリーデータを用いた、ヒトリンパ球プロファイルの個人差を対象とするゲノムワイド関連解析

岡田大瑚

2021年12月

書籍等出版物

ポストGWAS時代の遺伝統計学 : オミクス解析と機械学習でヒト疾患を俯瞰する

岡田, 随象 (担当:分担執筆, 範囲:大規模1細胞データを用いた遺伝統計解析)

羊土社 2023年5月 (ISBN: 9784758104104)

講演・口頭発表等

マウスの多臓器トランスクリプトームデータセットを用いた老化の臓器間の相互作用ネットワークの推定

岡田大瑚

第25回日本抗加齢医学会総会 2025年6月14日
遺伝子発現情報およびエピゲノム情報の、ヒトの全身の細胞間における逆方向の加齢変化

岡田大瑚

第25回日本抗加齢医学会総会 2025年6月14日
『データの洪水』を乗り越えるすべ～オミクス解析の観点から～

岡田大瑚

日本畜産学会第132回大会 2024年9月17日招待有り
1細胞RNA-seqデータ解析による、加齢に伴うトランスクリプトーム多様性の変化の包括的分析

岡田大瑚

第47回日本基礎老化学会大会 2024年6月16日
1細胞トランスクリプトームデータを用いた遺伝子セット間の関係の探索

Cheng Zheng, Man Wang, Ryo Yamada, Daigo Okada

日本人類遺伝学会第67回大会 2022年12月15日
ATAC-seqデータの形の情報は生物学的知見をもたらす

Jian Hao Cheng, Cheng Zheng, Ryo Yamada, Daigo Okada

日本人類遺伝学会第67回大会 2022年12月15日
1細胞発現プロファイルとバルク遺伝子発現解析の関係を表現する数理モデル

Daigo Okada, Cheng Zheng, Jian hao Cheng

日本人類遺伝学会第67回大会 2022年12月15日
Information geometric approach to embed multiple single cell expression profiles into low dimensional coordinate space

Daigo Okada, Jian Hao Cheng, Ryo Yamada

Pacifichem 2021 2021年12月18日
非線形な加齢変化に着目した老化に対するDNAメチル化バイオマーカーの探索と分類

Daigo Okada, Jian hao Cheng, Cheng Zheng, Ryo Yamada

日本人類遺伝学会第66回大会 2021年10月16日
Combinations of SNPs associated with Rheumatoid Arthritis in Japanese populations by LAMPLINK

Mio Shibata, Aika Terada, Takahisa Kawaguchi, Yoichiro Kamatani, Izumi Yamaguchi, Daigo Okada, Kazuhisa Nagashima, Koichiro Ohmura, Yasuharu Tabara, Fumihiko Matsuda, Jun Sese, Ryo Yamada

第2回京都大学医薬系研究交流サロン 2021年4月
Kernel DEEF: 1細胞発現データを低次元空間上の１点で表す新手法

Daigo Okada, Jian Hao Cheng, Cheng Zheng, Ryo Yamada

第2回京都大学医薬系研究交流サロン 2021年4月
Functional data analysis in transcriptomics

Cheng Zheng, Daigo Okada, Jian Hao Cheng, Ryo Yamada

第2回京都大学医薬系研究交流サロン 2021年4月
Application of functional approaches to sets of epigenomic data

Jian Hao Cheng, Daigo Okada, Cheng Zheng, Ryo Yamada

第2回京都大学医薬系研究交流サロン 2021年4月
拡大指数型分布族分解法(DEEF法)によるエピゲノムプロファイルのデータドリブンな異同定量

岡田大瑚, Cheng Jian Hao, Zheng Cheng, Feng Yi Huan, 山田亮

日本人類遺伝学会第65回大会 2020年11月
拡大指数型分布族分解法(DEEF法)を用いたエピゲノムプロファイルの異同とその加齢変化の可視化

岡田大瑚, Cheng Jian Hao, Zheng Cheng, Feng Yi Huan, 山田亮

酵母遺伝学フォーラム第53回研究報告会 2020年9月
細胞集団プロファイルの軌跡の可視化

岡田大瑚, 山田亮

京都大学医薬系研究交流サロン 2020年1月
Epistatic combinations of multiple SNPs commonly confirmed in two different case-control studies of rheumatoid arthritis in Japanese populations.

M. Shibata, A. Terada, D. Okada, T. Kawaguchi, I. Yamaguchi, Y. Kamatani, F. Matsuda, J. Sese, R. Yamada

ASHG 2019 Annual Meeting 2019年10月
Visualization of comprehensively changes in whole cell subsets after influenza vaccination

D. Okada, N. Nakamura, K. Setoh, T. Kawaguchi, M. Narahara, K. Higasa, Y. Tabara, F, Matsuda, R. Yamada

VIZBI 2019 2019年3月
大規模シングルセル発現データを用いた細胞集団プロファイル全体の異同の解析

岡田大瑚, 中村直俊, 瀬藤和也, 川口喬久, 奈良原舞子, 日笠幸一郎, 田原康玄, 松田文彦, 山田亮

第 41 回日本分子生物学会年会 2018年11月
フローサイトメトリーデータとゲノム / トランスクリプトームデータを組み合わせたヒト免疫表現型の個人差の解析

岡田大瑚, 中村直俊, 瀬藤和也, 川口喬久, 奈良原舞子, 日笠幸一郎, 田原康玄, 松田文彦, 山田亮

日本人類遺伝学会第62回大会 2017年11月

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担当経験のある科目(授業)

2024年12月 - 2025年1月

統計遺伝学Ⅰ (京都大学)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

組合せ構造を活用した機械学習による細胞医薬品のデザイン

JST BOOST 2025年5月 - 2030年4月

岡田大瑚
心房細動の発症に関わる体細胞変異の探索

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2025年4月 - 2027年3月

岡田大瑚
グラフ理論と統計解析の融合による生物老化情報の体系化

栢森情報科学振興財団 2024年12月 - 2026年12月

岡田大瑚
機械学習を用いたCAR-T細胞の作成プロセスの改良

京都大学 CeLiSIS 共同研究促進経費 2024年10月 - 2025年3月

岡田大瑚, 金子新
幾何学と関数データ解析による医学・生命科学の時空間データマイニング

日本学術振興会科学研究費助成事業研究活動スタート支援研究活動スタート支援 2021年8月 - 2023年3月

岡田大瑚
2021年度第Ⅰ期若手研究者スタートアップ研究費

京都大学 2021年度第Ⅰ期若手研究者スタートアップ研究費 2021年4月 - 2021年9月

岡田大瑚
情報幾何を用いた、細胞集団プロファイルの異同とその生物学的背景の統合解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2019年4月 - 2021年3月

岡田大瑚
1細胞発現データセットを対象とした機械学習

国立研究開発法人科学技術振興機構 AIPチャレンジ2020 2020年6月 - 2021年3月

岡田大瑚

岡田大瑚

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研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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