Daigo Okada

Profile Information

Affiliation: Graduate School of Medicine, Kyoto University

Degree: 博士(医科学)(Mar, 2021, 京都大学)
修士(医科学)(Mar, 2018, 京都大学)
学士(農学)(Mar, 2016, 京都大学)

Contact information: dokadagenome.med.kyoto-u.ac.jp
Researcher number: 10911852
J-GLOBAL ID: 202101001861606996
researchmap Member ID: R000015465

Research Interests

Research Areas

Research History

Apr, 2021 - Present

助教, ゲノム医学センター, 京都大学大学院医学研究科
Apr, 2019 - Mar, 2021

日本学術振興会特別研究員DC2

Education

Apr, 2018 - Mar, 2021

医科学専攻博士課程, 医学研究科, 京都大学大学院
Apr, 2016 - Mar, 2018

医科学専攻修士課程, 医学研究科, 京都大学大学院
Apr, 2012 - Mar, 2016

Faculty of Agriculture, Faculty of Agriculture, Kyoto University
Apr, 2009 - Mar, 2012

海城高等学校

Awards

2021

Best Presentation Award, 第2回京都大学医薬系研究交流サロン

Papers

Mathematical model for the relationship between single-cell and bulk gene expression to clarify the interpretation of bulk gene expression data.

Daigo Okada, Cheng Zheng, Jian Hao Cheng

Computational and structural biotechnology journal, 20 4850-4859, Sep, 2022 Peer-reviewedLead authorCorresponding author
Comparative Study of Transcriptome in the Hearts Isolated from Mice, Rats, and Humans.

Daigo Okada, Yosuke Okamoto, Toshiro Io, Miho Oka, Daiki Kobayashi, Suzuka Ito, Ryo Yamada, Kuniaki Ishii, Kyoichi Ono

Biomolecules, 12(6), Jun 20, 2022 Peer-reviewedLead author
Cell population-based framework of genetic epidemiology in the single-cell omics era.

Daigo Okada, Cheng Zheng, Jian Hao Cheng, Ryo Yamada

BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology, e2100118, Nov 25, 2021 Peer-reviewedLead authorCorresponding author
Data-driven comparison of multiple high-dimensional single-cell expression profiles.

Daigo Okada, Jian Hao Cheng, Cheng Zheng, Ryo Yamada

Journal of human genetics, Nov 1, 2021 Peer-reviewedLead authorCorresponding author
Genome-wide association study of individual differences of human lymphocyte profiles using large-scale cytometry data.

Daigo Okada, Naotoshi Nakamura, Kazuya Setoh, Takahisa Kawaguchi, Koichiro Higasa, Yasuharu Tabara, Fumihiko Matsuda, Ryo Yamada

Journal of human genetics, 66(6) 557-567, Nov 23, 2020 Peer-reviewedLead author
Interpretation of omics data analyses.

Ryo Yamada, Daigo Okada, Juan Wang, Tapati Basak, Satoshi Koyama

Journal of human genetics, 66(1) 93-102, May 8, 2020 Peer-reviewed
Decomposition of a set of distributions in extended exponential family form for distinguishing multiple oligo-dimensional marker expression profiles of single-cell populations and visualizing their dynamics.

Daigo Okada, Ryo Yamada

PloS one, 15(4) e0231250, Apr 10, 2020 Peer-reviewedLead author
Extension of Sinkhorn Method: Optimal Movement Estimation of Agents Moving at Constant Velocity

Daigo Okada, Naotoshi Nakamura, Takuya Wada, Ayako Iwasaki, Ryo Yamada

Transactions of the Japanese Society for Artificial Intelligence, 34(5) D-J13_1, Sep 1, 2019 Peer-reviewedLead author
LAVENDER: latent axes discovery from multiple cytometry samples with non-parametric divergence estimation and multidimensional scaling reconstruction

Naotoshi Nakamura, Daigo Okada, Kazuya Setoh, Takahisa Kawaguchi, Koichiro Higasa, Yasuharu Tabara, Fumihiko Matsuda, Ryo Yamada

bioRxiv, Jun 18, 2019
An intersection network based on combining SNP coassociation and RNA coexpression networks for feed utilization traits in Japanese Black cattle.

Daigo Okada, Satoko Endo, Hirokazu Matsuda, Shinichiro Ogawa, Yukio Taniguchi, Tomohiro Katsuta, Toshio Watanabe, Hiroaki Iwaisaki

Journal of animal science, 96(7) 2553-2566, Jun 29, 2018 Peer-reviewedLead author

Misc.

「注目論文：Our Focus on Genetics」大規模サイトメトリーデータを用いた、ヒトリンパ球プロファイルの個人差を対象とするゲノムワイド関連解析

岡田大瑚

Dec, 2021
多次元尺度法を用いたフローサイトメトリーデータからの特徴統計量の抽出およびトランスクリプトームデータとの対応関係の評価

岡田大瑚, 中村直俊, 瀬藤和也, 川口喬久, 奈良原舞子, 日笠幸一郎, 田原康玄, 松田文彦, 山田亮

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 39th, 2016
多次元フローサイトメトリーデータの分布異同定量に基づくヒト免疫応答の個人差の解析

中村直俊, 岡田大瑚, 瀬藤和也, 川口喬久, 奈良原舞子, 日笠幸一郎, 田原康玄, 松田文彦, 山田亮

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web), 39th, 2016

Presentations

Delve into inter-gene-set relationships using single-cell transcriptomic data

Dec 15, 2022
ATAC shape information provided biological insight

Jian Hao Cheng, Cheng Zheng, Ryo Yamada, Daigo Okada

Dec 15, 2022
A mathematical model for the relationship between single cell expression profile and the bulk gene expression analysis

Daigo Okada, Cheng Zheng, Jian Hao Cheng

Dec 15, 2022
Information geometric approach to embed multiple single cell expression profiles into low dimensional coordinate space

Daigo Okada, Jian Hao Cheng, Ryo Yamada

Pacifichem 2021, Dec 18, 2021
Search and classification of DNA methylation biomarkers of aging focusing on nonlinear age-related changes

Daigo Okada, Jian hao Cheng, Cheng Zheng, Ryo Yamada

Oct 16, 2021
Combinations of SNPs associated with Rheumatoid Arthritis in Japanese populations by LAMPLINK

Mio Shibata, Aika Terada, Takahisa Kawaguchi, Yoichiro Kamatani, Izumi Yamaguchi, Daigo Okada, Kazuhisa Nagashima, Koichiro Ohmura, Yasuharu Tabara, Fumihiko Matsuda, Jun Sese, Ryo Yamada

第2回京都大学医薬系研究交流サロン, Apr, 2021
Kernel DEEF: novel method for representing a single-cell expression data as one point in low dimensional space

Daigo Okada, Cheng Zheng, Jian Hao Cheng, Ryo Yamada

Apr, 2021
Functional data analysis in transcriptomics

Cheng Zheng, Daigo Okada, Jian Hao Cheng, Ryo Yamada

第2回京都大学医薬系研究交流サロン, Apr, 2021
Application of functional approaches to sets of epigenomic data

Jian Hao Cheng, Daigo Okada, Cheng Zheng, Ryo Yamada

第2回京都大学医薬系研究交流サロン, Apr, 2021
拡大指数型分布族分解法(DEEF法)によるエピゲノムプロファイルのデータドリブンな異同定量

岡田大瑚, Cheng Jian Hao, Zheng Cheng, Feng Yi Huan, 山田亮

日本人類遺伝学会第65回大会, Nov, 2020
拡大指数型分布族分解法(DEEF法)を用いたエピゲノムプロファイルの異同とその加齢変化の可視化

岡田大瑚, Cheng Jian Hao, Zheng Cheng, Feng Yi Huan, 山田亮

酵母遺伝学フォーラム第53回研究報告会, Sep, 2020
細胞集団プロファイルの軌跡の可視化

岡田大瑚, 山田亮

京都大学医薬系研究交流サロン, Jan, 2020
Epistatic combinations of multiple SNPs commonly confirmed in two different case-control studies of rheumatoid arthritis in Japanese populations.

M. Shibata, A. Terada, D. Okada, T. Kawaguchi, I. Yamaguchi, Y. Kamatani, F. Matsuda, J. Sese, R. Yamada

ASHG 2019 Annual Meeting, Oct, 2019
Visualization of comprehensively changes in whole cell subsets after influenza vaccination

Mar, 2019
大規模シングルセル発現データを用いた細胞集団プロファイル全体の異同の解析

岡田大瑚, 中村直俊, 瀬藤和也, 川口喬久, 奈良原舞子, 日笠幸一郎, 田原康玄, 松田文彦, 山田亮

第 41 回日本分子生物学会年会, Nov, 2018
フローサイトメトリーデータとゲノム / トランスクリプトームデータを組み合わせたヒト免疫表現型の個人差の解析

岡田大瑚, 中村直俊, 瀬藤和也, 川口喬久, 奈良原舞子, 日笠幸一郎, 田原康玄, 松田文彦, 山田亮

日本人類遺伝学会第62回大会, Nov, 2017
季節性インフルエンザワクチンに対する免疫応答から個人差を抽出する

中村直俊, 岡田大瑚, 瀬藤和也, 川口喬久, 奈良原舞子, 日笠幸一郎, 田原康玄, 松田文彦, 山田亮

日本人類遺伝学会第62回大会, Nov, 2017
Extension of sinkhorn method: optimal movement estimation of agents under law of inertia

Aug, 2017
Bistable individual variability in the immune response to seasonal influenza vaccination

Naotoshi Nakamura, Daigo Okada, Kazuya Setoh, Takahisa Kawaguchi, Maiko Narahara, Koichiro Higasa, Yasuharu Tabara, Fumihiko Matsuda, Ryo Yamada

Keystone Symposia, May, 2017
季節性インフルエンザワクチンに対する免疫応答の個人差の解析

中村直俊, 岡田大瑚, 瀬藤和也, 川口喬久, 奈良原舞子, 日笠幸一郎, 田原康玄, 松田文彦, 山田亮

第90回日本薬理学会年会, Mar, 2017

Professional Memberships

Research Projects

幾何学と関数データ解析による医学・生命科学の時空間データマイニング

科学研究費助成事業研究活動スタート支援, 日本学術振興会, Aug, 2021 - Mar, 2023

岡田大瑚
2021年度第Ⅰ期若手研究者スタートアップ研究費

2021年度第Ⅰ期若手研究者スタートアップ研究費, 京都大学, Apr, 2021 - Sep, 2021

岡田大瑚
情報幾何を用いた、細胞集団プロファイルの異同とその生物学的背景の統合解析

科学研究費助成事業特別研究員奨励費, 日本学術振興会, Apr, 2019 - Mar, 2021

岡田大瑚
1細胞発現データセットを対象とした機械学習

AIPチャレンジ2020, 国立研究開発法人科学技術振興機構, Jun, 2020 - Mar, 2021

岡田大瑚

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Education

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Papers

Misc.

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