神田大輔 (Daisuke Kohda) - マイポータル

基本情報

所属: 九州大学生体防御医学研究所構造生物学分野教授 (主幹教授)
: (兼任)大学院システム生命科学府教授

学位: 理学博士(東京大学)
理学修士(東京大学)

J-GLOBAL ID: 200901095577004411
researchmap会員ID: 5000025454

外部リンク: http://www.bioreg.kyushu-u.ac.jp/vsb/index.html

研究キーワード

研究分野

経歴

2014年9月 - 現在

九州大学，主幹教授
2002年4月 - 現在

九州大学生体防御医学研究所，教授
2002年4月 - 現在

Professor, Kyushu University
2002年1月 - 2002年3月

（技術研究組合）生物分子工学研究所，主席研究員
2000年4月 - 2002年3月

Principal Research Scientist, Biomolecular Engineering Research Institute
2000年4月 - 2001年12月

(株)生物分子工学研究所，主席研究員
1996年1月 - 2000年3月

(株)生物分子工学研究所，主任研究員
1996年1月 - 2000年3月

Senior Research Scientist, Biomolecular Engineering Research Institute
1986年4月 - 1995年12月

東京都臨床医学総合研究所，研究員
1986年4月 - 1995年12月

Researcher, the Tokyo metropolitan institute of medical science,
1994年7月 - 1995年7月

イギリス・オックスフォード大学・生物化学部の客員研究員
1994年7月 - 1995年7月

日本学術振興会特定国派遣研究者
1994年7月 - 1995年7月

Visiting Scientist, the University of Oxford

学歴

1981年4月 - 1986年3月

東京大学大学院, 理学系研究科, 生物化学専攻
1981年4月 - 1986年3月

東京大学
1979年4月 - 1981年3月

東京大学, 理学部, 生物化学科
1979年4月 - 1981年3月

東京大学
1977年4月 - 1981年3月

東京大学, 理I
1977年4月 - 1979年3月

東京大学

委員歴

2019年1月 - 現在

日本糖鎖科学コンソーシアム, JCGG幹事
2017年7月 - 現在

日本糖質学会, 評議員
2017年4月 - 現在

日本生化学会, 代議員
2015年4月 - 現在

wwPDB, Advisory Committee
2014年4月 - 現在

大阪大学蛋白質研究所共同利用・共同研究委員会, 蛋白質立体構造データベース専門部会委員
2005年 - 現在

日本蛋白質科学会, 理事
2004年 - 現在

日本核磁気共鳴学会, 評議員，理事
2017年4月 - 2019年3月

日本生化学, 理事
2017年4月 - 2019年3月

九州大学生体防御医学研究所技術室, 技術室長
2010年4月 - 2016年3月

九州大学生体多階層システム研究, センター長
2008年4月 - 2010年3月

九州大学生体防御医学研究所, 副所長
2005年4月 - 2007年3月

九州大学感染防御研究センター, センター長

論文

120

Conformational Distribution of a Multidomain Protein Measured by Single-Pair Small-Angle X-ray Scattering

Honoka Kawamukai, Shumpei Takishita, Kazumi Shimizu, Daisuke Kohda, Koichiro Ishimori, Tomohide Saio

The Journal of Physical Chemistry Letters 15(3) 744-750 2024年1月15日
CHLOROPLAST UNUSUAL POSITIONING 1 is a plant-specific actin polymerization factor regulating chloroplast movement.

Sam-Geun Kong, Yosuke Yamazaki, Atsushi Shimada, Saku T Kijima, Keiko Hirose, Kaoru Katoh, Jeongsu Ahn, Hyun-Geun Song, Jae-Woo Han, Takeshi Higa …

The Plant cell 2023年12月22日
Crystal structure of the PX domain of Vps17p from Saccharomyces cerevisiae

Takayuki Obita, Koji Inaka, Daisuke Kohda, Nobuo Maita

Acta Crystallographica Section F Structural Biology Communications 78(5) 210-216 2022年5月1日査読有り
The structure of an archaeal oligosaccharyltransferase provides insight into the strict exclusion of proline from the N-glycosylation sequon

Yuya Taguchi, Takahiro Yamasaki, Marie Ishikawa, Yuki Kawasaki, Ryuji Yukimura, Maki Mitani, Kunio Hirata, Daisuke Kohda

Communications Biology 4(1) 2021年12月
Correction to "Mosaic Cooperativity in Slow Polypeptide Topological Isomerization Revealed by Residue-Specific NMR Thermodynamic Analysis".

Daisuke Fujinami, Hajime Motomura, Hiraku Oshima, Abdullah-Al Mahin, Khaled M Elsayed, Takeshi Zendo, Yuji Sugita, Kenji Sonomoto, Daisuke Kohda

The journal of physical chemistry letters 12(44) 10766-10767 2021年11月11日
Residue-Specific Kinetic Insights into the Transition State in Slow Polypeptide Topological Isomerization by NMR Exchange Spectroscopy.

Daisuke Fujinami, Seiichiro Hayashi, Daisuke Kohda

The journal of physical chemistry letters 12(43) 10551-10557 2021年11月4日
Structural basis for the strict exclusion of proline from the N-glycosylation sequon

Daisuke Kohda, Yuya Taguchi, Takahiro Yamasaki, Marie Ishikawa, Yuki Kawasaki, Ryuji Yukimura, Maki Mitani, Kunio Hirata

2021年4月8日
Two conformations of DNA polymerase D-PCNA-DNA, an archaeal replisome complex, revealed by cryo-electron microscopy.

Kouta Mayanagi, Keisuke Oki, Naoyuki Miyazaki, Sonoko Ishino, Takeshi Yamagami, Kosuke Morikawa, Kenji Iwasaki, Daisuke Kohda, Tsuyoshi Shirai, Yoshizumi Ishino

BMC biology 18(1) 152-152 2020年10月28日
Two-State Exchange Dynamics in Membrane-Embedded Oligosaccharyltransferase Observed in Real-Time by High-Speed AFM.

Yuki Kawasaki, Hirotaka Ariyama, Hajime Motomura, Daisuke Fujinami, Daisuke Noshiro, Toshio Ando, Daisuke Kohda

Journal of molecular biology 432(22) 5951-5965 2020年9月30日査読有り
Uncoupling the hydrolysis of lipid-linked oligosaccharide from the oligosaccharyl transfer reaction by point mutations in yeast oligosaccharyltransferase.

Takahiro Yamasaki, Daisuke Kohda

The Journal of biological chemistry 2020年9月16日査読有り
Distance Distribution between Two Iodine Atoms Derived from Small-Angle X-ray Scattering Interferometry for Analyzing a Conformational Ensemble of Heavy Atom-Labeled Small Molecules.

Yuya Taguchi, Tomohide Saio, Daisuke Kohda

The journal of physical chemistry letters 11(14) 5451-5456 2020年7月16日査読有り
Biophysics at Kyushu University

Ryo Akiyama, Masahiko Annaka, Daisuke Kohda, Hiroyuki Kubota, Yusuke Maeda, Nobuaki Matsumori, Daisuke Mizuno, Norio Yoshida

Biophysical Reviews 12(2) 245-247 2020年4月査読有り
Mosaic Cooperativity in Slow Polypeptide Topological Isomerization Revealed by Residue-Specific NMR Thermodynamic Analysis.

Daisuke Fujinami, Hajime Motomura, Hiraku Oshima, Abdullah-Al Mahin, Khaled M Elsayed, Takeshi Zendo, Yuji Sugita, Kenji Sonomoto, Daisuke Kohda

The journal of physical chemistry letters 11(5) 1934-1939 2020年3月5日査読有り
Conformational ensemble of an intrinsically flexible loop in mitochondrial import protein Tim21 studied by modeling and molecular dynamics simulations.

Arpita Srivastava, Siqin Bala, Hajime Motomura, Daisuke Kohda, Florence Tama, Osamu Miyashita

Biochimica et biophysica acta. General subjects 1864(2) 129417-129417 2020年2月
Preface to the special issue on novel measurement techniques for visualizing 'live' protein molecules at work.

Noritaka Nishida, Tomoya Tsukazaki, Daisuke Kohda

Biochimica et biophysica acta. General subjects 1864(2) 129421-129421 2020年2月査読有り
Crystal contact-free conformation of an intrinsically flexible loop in protein crystal: Tim21 as the case study.

Siqin Bala, Shoko Shinya, Arpita Srivastava, Marie Ishikawa, Atsushi Shimada, Naohiro Kobayashi, Chojiro Kojima, Florence Tama, Osamu Miyashita, Daisuke Kohda

Biochimica et biophysica acta. General subjects 1864(2) 129418-129418 2020年2月査読有り
CHLOROPLAST UNUSUAL POSITIONING 1 is a new type of actin nucleation factor in plants

bioRxiv 2020年1月15日
Phagocytosis is mediated by two-dimensional assemblies of the F-BAR protein GAS7.

Hanawa-Suetsugu K, Itoh Y, Ab Fatah M, Nishimura T, Takemura K, Takeshita K, Kubota S, Miyazaki N, Wan Mohamad, Noor WNI …

Nature communications 10(1) 4763-4763 2019年10月査読有り
A Radioisotope-free Oligosaccharyltransferase Assay Method

Takahiro Yamasaki, Daisuke Kohda

BIO-PROTOCOL 9(5) 2019年
Structural Biology of Glycans

Sato C, Kato K, Yamaguchi Y, Kohda D, Kato R, Suzuki GN K, Kikuchi K, Hirai G, Kizuka Y, Tanaka K …

Glycoscience: Basic Science to Applications 35-63 2019年査読有り

もっとみる

MISC

173

統合的なAFM,NMR,電顕単粒子解析により明らかにされたオリゴ糖転移酵素の動的構造

川崎由貴, 有山弘高, 藤浪大輔, 本村肇, SRIVASTAVA Ashutosh, TAMA Florence, 能代大輔, 安藤敏夫, 真柳浩太, 神田大輔

日本糖質学会年会要旨集 38th 2019年
Comparative analysis of the oligosaccharide donors (Lipid-linked oligosaccharides) for the n-oligosaccharyl transfer reaction

Yuya Taguchi, Daisuke Fujinami, Daisuke Kohda

Trends in Glycoscience and Glycotechnology 30 2018年1月1日
クライオ電顕で「見る」古細菌複製フォーク複合体の機能構造

真柳浩太, 沖啓輔, 石野園子, 宮崎直幸, 岩崎憲治, 神田大輔, 白井剛, 石野良純

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st ROMBUNNO.3AW‐10‐5 (WEB ONLY) 2018年
PolD‐PCNA‐DNA複合体の単粒子解析

真柳浩太, 沖啓輔, 石野園子, 宮崎直幸, 岩崎憲治, 神田大輔, 白井剛, 石野良純

日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.2P‐0585 (WEB ONLY)-0585] 2017年12月
Protein-ligand interactions studied by NMR

Hidekazu Hiroaki, Daisuke Kohda

Experimental Approaches of NMR Spectroscopy: Methodology and Application to Life Science and Materials Science 579-600 2017年11月23日
分子認識と環境応答における分子機構解明を目指す電子顕微鏡学単粒子解析により明らかにされたreplisomeの切り替え機構(Switching mechanism of the replisome as revealed by single particle analysis)

真柳浩太, 石野園子, 高藤三加, 光岡薫, 白井剛, 清成信一, 西田洋一, 神田大輔, 森川耿右, 石野良純

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 89回 [1S13-4] 2016年9月
Structural biology of oligosaccharyltransferase (ost)

Shunsuke Matsumoto, James Nyirenda, Daisuke Kohda

Glycoscience: Biology and Medicine 437-445 2015年1月1日
グラム陰性菌Campylobacter jejuni由来PglBオリゴ糖転移酵素による合成基質を用いたN-グリコシル化に関する研究

石渡明弘, 田口裕也, LEE YONG Joo, 渡邉泰輔, 神田大輔, 伊藤幸成, 伊藤幸成

天然有機化合物討論会講演要旨集(Web) 57th 2015年
Crystal structures of an archaeal oligosaccharyltransferase provide insights into the catalytic cycle of N-linked protein glycosylation

Daisuke Kohda

GLYCOBIOLOGY 24(11) 1092-1093 2014年11月
ケモカイン受容体-細胞内制御因子フロント間相互作用の構造生物学的解析

吉永壮佐, 江崎芳, 辻辰一朗, 遠田悦子, 寺島裕也, 齊藤貴士, 神田大輔, 河野俊之, 大澤匡範, 上田卓見 …

Abstracts. Annual Meeting of the NMR Society of Japan 53rd 2014年
細胞遊走制御因子FROUNTとケモカイン受容体との複合体の構造生物学的研究

辻辰一朗, 吉永壮佐, 日隈, 江崎芳, 寺島裕也, 遠田悦子, 河野俊之, 齊藤貴士, 神田大輔, 嶋田一夫 …

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 134th 2014年
2P-249 Insights into the molecular mode of action of nukacin ISK-1 :

Mahin Abdullah-Al-, Roy Urmi, Fujinami Daisuke, Islam Mohammad Riazul, Momin Sabrina, Nagao Jun-ichi, Iida Hiroshi, Zendo Takeshi, Nakayama Jiro, Kohda Daisuke …

日本生物工学会大会講演要旨集 66 169-169 2014年
古細菌型オリゴ糖転移酵素によるN型糖鎖修飾の構造基盤の解明

松本俊介, 嶋田睦, NYIRENDA James, 井倉真由美, 河野能顕, 神田大輔

日本生化学会大会(Web) 86th 1T13A-05(1P-090) (WEB ONLY) 2013年
好熱性アーキアThermoplasma acidophilum における複製ヘリカーゼの分岐進化した活性化メカニズム

尾木野弘実, 石野園子, 真柳浩太, 大山拓次, 白井剛, 森川耿右, HAUGLAND, Gyri Teien, BIRKELAND Nils‐Kare, 神田大輔 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 36th 2P-0128 (WEB ONLY) 2013年
27aPS-27 ミトコンドリアへの輸送蛋白質に付加されたプレ配列認識機構のレプリカ交換分子動力学計算(27aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

小室靖明, 森貴治, 宮下尚之, 宗行英朗, 齊藤貴士, 神田大輔, 杉田有治

日本物理学会講演概要集 67(1) 429-429 2012年3月5日
単粒子解析によるDNA複製の制御機構の研究

真柳浩太, 清成信一, 西田洋一, 齊藤美保子, 神田大輔, 石野良純, 白井剛, 森川耿右

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 11th 114 2011年5月27日
Equilibrium shifting of transient protein complexes to the bound states using a covalent bond for structural analysis at an atomic resolution

Daisuke Kohda, Takashi Saitoh

Seikagaku 83(10) 902-911 2011年
超好熱古細菌RNase P再構成酵素の調製

中尾祐士, 服部淳子, 原唯史, 山口浩輝, 真柳浩太, 神田大輔, 角田佳充, 木村誠

日本農芸化学会西日本支部大会およびシンポジウム講演要旨集 2010 28 2010年9月17日
Stalled replication forks: Making ends meet for recognition and stabilization

Hisao Masai, Taku Tanaka, Daisuke Kohda

BIOESSAYS 32(8) 687-697 2010年8月
Crystallographic and Functional Analyses of J-Domain of JAC1 Essential for Chloroplast Photorelocation Movement in Arabidopsis thaliana

Akira Takano, Noriyuki Suetsugu, Masamitsu Wada, Daisuke Kohda

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 51(8) 1372-1376 2010年8月

もっとみる

書籍等出版物

生化学の論理：物理化学の視点から

八木達彦, 遠藤斗志也, 神田大輔 (担当:分担執筆, 範囲:第6章生化学における物理化学的方法)

2018年4月
Glycobiophysics, Adv Exp Med Biol, Volume 1104

(担当:分担執筆)

2018年
Experimental approaches of NMR spectroscopy

Hidekazu Hiroaki, Daisuke Kohda (担当:分担執筆, 範囲:Chapter 21: Protein ligand interactions as studied by NMR)

Springer 2018年
アーキア生物学

田口裕也, 神田大輔 (担当:分担執筆, 範囲:第３章3.4アーキアの糖鎖)

共立出版 2017年
いきなりはじめる構造生物学

神田, 大輔

学研メディカル秀潤社,学研マーケティング (発売) 2011年9月 (ISBN: 9784780908428)
分子生物学第２版

神田大輔 (担当:分担執筆, 範囲:構造生物学の意義と役割)

東京化学同人 2009年
構造解析に基づくPXドメインのシグナル変換機能の解明

神田, 大輔

[九州大学] 2007年5月
分子生物学

神田大輔 (担当:分担執筆, 範囲:構造生物学の意義と役割)

東京化学同人 1999年
Marusen Advanced Technology 生物工学編タンパク質－基礎と応用－

(担当:分担執筆, 範囲:タンパク質の立体構造－ＮＭＲによるタンパク質，ペプチドのコンホメーション解析－)

丸善 1992年
新生化学実験講座１タンパク質III 高次構造

(担当:分担執筆, 範囲:第6章 NMRによる蛋白質の３次元構造解析)

東京化学同人 1990年

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

Works(作品等)

プロテインデータバンク(PDB)への登録

共同研究・競争的資金等の研究課題

蛋白質の立体構造形成の物理化学基盤を残基レベルの自由エネルギー直線関係で理解する

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2025年3月

神田大輔
蛋白質の立体構造形成の物理化学基盤を残基レベルの自由エネルギー直線関係で理解する

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2025年3月

神田大輔
脂質ケミカルバイオロジー研究基盤の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2020年4月 - 2025年3月

松森信明, 老木成稔, 岩本真幸, 木下祥尚, 神田大輔
「動的構造生命科学を拓く新発想測定技術」の成果取りまとめを目指した組織活動

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年4月 - 2020年3月

神田大輔, 安藤敏夫, 白川昌宏, 西田紀貴, 杉田有治, 塚崎智也
動的構造生命科学研究領域における海外ネットワーク形成を目指した支援活動

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2015年11月 - 2019年3月

神田大輔, 安藤敏夫, 白川昌宏, 西田紀貴, 杉田有治, 塚崎智也, 甲斐荘正恒, TAMA FLORENCE, 稲垣冬彦
動的構造生命科学を拓く新発想測定技術－タンパク質が動作する姿を活写する－

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年7月 - 2019年3月

神田大輔, 安藤敏夫, 白川昌宏, 西田紀貴, 杉田有治, 塚崎智也, 阿久津秀雄, 稲垣冬彦, 嶋田一夫, 西村善文
動的構造生命科学を拓く新発想測定技術－タンパク質が動作する姿を活写する－

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年7月 - 2019年3月

神田大輔
異常アミノ酸形成酵素の構造解析、機能改変、ペプチド工学への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2014年4月 - 2018年3月

園元謙二, 神田大輔, 善藤威史
葉緑体の運動推進力発生機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2013年4月 - 2017年3月

和田正三, 孔三根, 神田大輔, 嶋田睦, 上田太郎, 広瀬恵子, 加藤薫, 徳富哲, 岡島公司, 後藤栄治
ランチビオティック工学の展開：構造生物学的情報に基づく微生物酵素の改変

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2011年4月 - 2014年3月

園元謙二, 神田大輔
過渡的複合体が関わる生命現象の統合的理解－生理的準安定状態を捉える新技術－

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2009年7月 - 2014年3月

嶋田一夫, 神田大輔, 船津高志, 浜地格, 白川昌宏, 早坂晴子, 阿久津秀雄, 稲垣冬彦, 宮坂昌之, 西村善文, 森川耿右, 浜地格, 白川昌宏, 森川耿右, 早坂晴子
生命秩序の膜インターフェイスを制御するソフトな分子間相互作用

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2009年

阿久津秀雄, 神田大輔, 嶋田一夫, 森川耿右, 芳賀達也, 白川昌宏, 藤博幸, 西村善文, 芳賀達也, 白川昌宏, 藤博幸, 西村善文
新規DNA結合モチーフ"TTpocket"を有する機能タンパク質の探索

日本学術振興会科学研究費助成事業萌芽研究 2006年 - 2007年

正井久雄, 神田大輔
21番目のアミノ酸セレノシステインの蛋白質への取込み機構の立体構造基盤の解明と人工システムの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2004年 - 2005年

神田大輔, RASUBALA L., RASUBALA Linda
DNA複製装置複合体(レプリソーム)の全体像を探る

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2003年 - 2005年

石野良純, 山上健, 神田大輔
ユビキチン様タンパク質結合系の解析と生理的役割の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2000年 - 2002年

大隅良典, 大隅正子, 鎌田芳彰, 神田大輔
細胞質内シグナル伝達における蛋白質間相互作用の役割

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(A) 1998年 - 2001年

稲垣冬彦, 月田承一郎, 山本雅, 竹縄忠臣, 神田大輔, 箱嶋敏雄, 嶋田一夫, 貝淵弘三
蛋白質高次構造の蛋白質シグナル認識における役割

日本学術振興会科学研究費助成事業重点領域研究 1994年 - 1997年

稲垣冬彦, 水野猛, 山本雅, 竹縄忠臣, 大野茂男, 神田大輔, 伊倉光彦, 今川正良, 片平正人
NMRによるコフィリン・デストリンの立体構造解析と機関相関

日本学術振興会科学研究費助成事業重点領域研究 1994年 - 1994年

畠中秀樹, 森山賢治, 神田大輔
成長因子-レセプター系のシグナル伝達の分子機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業一般研究(B) 1993年 - 1994年

稲垣冬彦, 小椋賢治, 畠中秀樹, 神田大輔

もっとみる

産業財産権

「タンパク質の構造座標およびＮＭＲ化学シフト並びにそれらの使用

その他

糖鎖科学コンソーシアムシンポジウム世話人

2017年10月 - 2017年10月

第15回糖鎖科学コンソーシアム(JCGG)シンポジウム世話人九州大学病院百年講堂
日本蛋白質科学会年会年会長

2016年6月 - 2016年6月

第16回日本蛋白質科学会年会年会長福岡国際会議場
ＮＭＲ討論会運営委員長

2009年11月 - 2009年11月

第48回ＮＭＲ討論会（日本核磁気共鳴学会年会）運営委員長九州大学病院百年講堂
日本生物物理学会年会実行委員長

2008年12月 - 2008年12月

第46回年会実行委員長福岡国際会議場

神田大輔

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

論文

MISC

書籍等出版物

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

Works(作品等)

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

その他

メニュー

共著者の一覧