河村大輔 (Komura Daisuke) - マイポータル

基本情報

所属: 東京大学大学院医学系研究科衛生学教室講師

学位: 博士(工学)(東京大学)

J-GLOBAL ID: 201601014828632498
researchmap会員ID: B000263551

研究キーワード

研究分野

経歴

2025年4月 - 現在

東京科学大学, 大学院医歯学総合研究科形態情報解析学分野, 非常勤講師
2024年11月 - 現在

東京大学, 大学院医学系研究科衛生学教室, 講師
2018年12月 - 2024年10月

東京大学, 大学院医学系研究科, 助教
2016年4月 - 2018年11月

東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 助教
2015年4月 - 2016年3月

東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 特任助教
2007年4月 - 2009年2月

日本電気株式会社, 中央研究所

学歴

2009年4月 - 2013年3月

千葉大学, 医学部, 医学科
2004年4月 - 2007年3月

東京大学, 大学院工学系研究科
2002年4月 - 2004年3月

東京大学, 大学院情報理工学系研究科
2000年4月 - 2002年3月

東京大学, 工学部, 計数工学科

委員歴

2025年9月 - 現在

日本癌学会, 学術評議員
2024年4月 - 現在

日本病理学会, 学術評議員
2023年6月 - 現在

日本病理学会, 病理AIガイドライン策定ワーキンググループ委員
2023年9月 - 2024年10月

BMC Cancer 編集委員

受賞

2007年3月

工学系研究科長賞, 東京大学

河村大輔

主要な論文

A multimodal whole-slide foundation model for pathology

Tong Ding, Sophia J. Wagner, Andrew H. Song, Richard J. Chen, Ming Y. Lu, Andrew Zhang, Anurag J. Vaidya, Guillaume Jaume, Muhammad Shaban, Ahrong Kim …

Nature Medicine 2025年11月5日査読有り
Preclinical Evaluation of an Interactive Image Search System of Oral Pathology

R.R. Herdiantoputri, D. Komura, M. Ochi, Y. Fukawa, K. Oba, M. Tsuchiya, Y. Kikuchi, Y. Matsuyama, T. Ushiku, T. Ikeda …

Journal of Dental Research 2025年5月4日査読有り責任著者
Stomach encyclopedia: Combined single-cell and spatial transcriptomics reveal cell diversity and homeostatic regulation of human stomach.

Ayumu Tsubosaka, Daisuke Komura, Miwako Kakiuchi, Hiroto Katoh, Takumi Onoyama, Asami Yamamoto, Hiroyuki Abe, Yasuyuki Seto, Tetsuo Ushiku, Shumpei Ishikawa

Cell reports 42(10) 113236-113236 2023年10月10日査読有り
Multiancestry genomic and transcriptomic analysis of gastric cancer.

Yasushi Totoki, Mihoko Saito-Adachi, Yuichi Shiraishi, Daisuke Komura, Hiromi Nakamura, Akihiro Suzuki, Kenji Tatsuno, Hirofumi Rokutan, Natsuko Hama, Shogo Yamamoto …

Nature genetics 2023年3月13日査読有り
Restaining-based annotation for cancer histology segmentation to overcome annotation-related limitations among pathologists

Daisuke Komura, Takumi Onoyama, Koki Shinbo, Hiroto Odaka, Minako Hayakawa, Mieko Ochi, Ranny Rahaningrum Herdiantoputri, Haruya Endo, Hiroto Katoh, Tohru Ikeda …

Patterns 4(2) 100688-100688 2023年2月査読有り筆頭著者
Universal encoding of pan-cancer histology by deep texture representations.

Daisuke Komura, Akihiro Kawabe, Keisuke Fukuta, Kyohei Sano, Toshikazu Umezaki, Hirotomo Koda, Ryohei Suzuki, Ken Tominaga, Mieko Ochi, Hiroki Konishi …

Cell reports 38(9) 110424-110424 2022年3月1日査読有り筆頭著者
Helicobacter pylori CagA elicits BRCAness to induce genome instability that may underlie bacterial gastric carcinogenesis.

Satoshi Imai, Takuya Ooki, Naoko Murata-Kamiya, Daisuke Komura, Kamrunnesa Tahmina, Weida Wu, Atsushi Takahashi-Kanemitsu, Christopher Takaya Knight, Akiko Kunita, Nobumi Suzuki …

Cell host & microbe 29(6) 941-958 2021年6月9日査読有り
Defined lifestyle and germline factors predispose Asian populations to gastric cancer.

Akihiro Suzuki, Hiroto Katoh, Daisuke Komura, Miwako Kakiuchi, Amane Tagashira, Shogo Yamamoto, Kenji Tatsuno, Hiroki Ueda, Genta Nagae, Shiro Fukuda …

Science advances 6(19) eaav9778 2020年5月査読有り
Pan-cancer analysis of whole genomes.

Nature 578(7793) 82-93 2020年2月査読有り
From Detection of Individual Metastases to Classification of Lymph Node Status at the Patient Level: The CAMELYON17 Challenge.

Bandi P, Geessink O, Manson Q, Van Dijk M, Balkenhol M, Hermsen M, Ehteshami Bejnordi B, Lee B, Paeng K, Zhong A …

IEEE transactions on medical imaging 38(2) 550-560 2019年2月査読有り
Machine Learning Methods for Histopathological Image Analysis

Daisuke Komura, Shumpei Ishikawa

Computational and Structural Biotechnology Journal 16 34-42 2018年査読有り筆頭著者
Immunogenetic Profiling for Gastric Cancers Identifies Sulfated Glycosaminoglycans as Major and Functional B Cell Antigens in Human Malignancies

Hiroto Katoh, Daisuke Komura, Hiroki Konishi, Ryohei Suzuki, Asami Yamamoto, Miwako Kakiuchi, Reiko Sato, Tetsuo Ushiku, Shogo Yamamoto, Kenji Tatsuno …

CELL REPORTS 20(5) 1073-1087 2017年8月査読有り筆頭著者
Genome-wide detection of human copy number variations using high-density DNA oligonucleotide arrays

Daisuke Komura, Fan Shen, Shumpei Ishikawa, Karen R. Fitch, Wenwei Chen, Jane Zhang, Guoying Liu, Sigeo Ihara, Hiroshi Nakamura, Matthew E. Hurles …

GENOME RESEARCH 16(12) 1575-1584 2006年12月査読有り筆頭著者
Global variation in copy number in the human genome

Richard Redon, Shumpei Ishikawa, Karen R. Fitch, Lars Feuk, George H. Perry, T. Daniel Andrews, Heike Fiegler, Michael H. Shapero, Andrew R. Carson, Wenwei Chen …

NATURE 444(7118) 444-454 2006年11月査読有り

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MISC

AI immuno-profiling: Predicting T and B cells directly from H&E-stained slides

Takuma Kobayashi, Mateusz Grynkiewicz, Hiroyuki Sano, Daisuke Komura, Mieko Ochi, Shumpei Ishikawa, Teppei Konishi

Journal of Clinical Oncology 43 e13592-e13592 2025年5月査読有り
AI を用いた病理画像解析と診断支援

高尾茉希, 越智三枝子, 河村大輔, 石川俊平

胆と膵 46(4) 391-398 2025年4月招待有り
Label Noise in Pathological Segmentation is Overlooked, Leading to Potential Overestimation of Artificial Intelligence Models

Kenji Harada, Yuichiro Nomura, Daisuke Komura, Shumpei Ishikawa, Shingo Sakashita

2025年2月23日
Comprehensive Pathological Image Segmentation via Teacher Aggregation for Tumor Microenvironment Analysis

Daisuke Komura, Maki Takao, Mieko Ochi, Takumi Onoyama, Hiroto Katoh, Hiroyuki Abe, Hiroyuki Sano, Teppei Konishi, Toshio Kumasaka, Tomoyuki Yokose …

2025年1月6日
Multimodal Whole Slide Foundation Model for Pathology

Tong Ding, Sophia J. Wagner, Andrew H. Song, Richard J. Chen, Ming Y. Lu, Andrew Zhang, Anurag J. Vaidya, Guillaume Jaume, Muhammad Shaban, Ahrong Kim …

2024年11月29日
SegRep: Mask-Based Self-Supervised Learning for Segment Representation in Pathology Images

Chichun Yang, Daisuke Komura, Miwako Kakiuchi, Mieko Ochi, Hiroto Katoh, Tetsuo Ushiku, Shumpei Ishikawa

TechRxiv 2024年2月12日責任著者
Meet the authors: Daisuke Komura and Shumpei Ishikawa.

Daisuke Komura, Shumpei Ishikawa

Patterns (New York, N.Y.) 4(7) 100794-100794 2023年7月14日招待有り
腫瘍微小環境の空間トランスクリプトーム解析

河村大輔, 石川俊平

遺伝子医学 13(3) 78-83 2023年7月招待有り筆頭著者
大腸癌と胃癌の播種巣における中皮間葉転換の誘導と免疫抑制微小環境の形成

渡部朱織, 菊地良直, 河村大輔, 宇於崎宏

日本病理学会会誌 112(1) 278-278 2023年3月
多種撮像媒体および染色条件による多様なH&E染色病理画像データセットの構築とその活用

越智三枝子, 河村大輔, 斧山巧, 新保幸輝, 遠藤春哉, 牛久哲男, 石川俊平

日本病理学会会誌 112(1) 339-339 2023年3月
同一標本に対するH&E染色と免疫染色を利用した細胞セグメンテーションのためのがん病理組織像データセットの開発(SegPath: cancer histopathology dataset for cell segmentation using H&E staining and immunostaining on the same specimen)

河村大輔, 斧山巧, 越智三枝子, 加藤洋人, 牛久哲男, 石川俊平

日本病理学会会誌 111(2) 121-121 2022年10月
ディープラーニングを用いた細胞セグメンテーションのためのがん病理組織画像データセット(Largest-scale pan-cancer histological image dataset for semantic cell segmentation using deep learning)

河村大輔, 斧山巧, 新保幸輝, 小高滉人, 遠藤春哉, 越智三枝子, 加藤洋人, 牛久哲男, 石川俊平

日本癌学会総会記事 81回 P-1310 2022年9月
多種染色条件および撮像媒体による多彩な色調を呈するH&E染色病理組織画像データセットの構築(Construction of H&E strained histological image dataset with various stain conditions and imaging media)

越智三枝子, 河村大輔, 斧山巧, 新保幸輝, 小高滉人, 遠藤春哉, 牛久哲男, 石川俊平

日本癌学会総会記事 81回 P-1319 2022年9月
ヒト正常及び腸上皮化生粘膜におけるシングルセルトランスクリプトーム解析(Single-Cell Transcriptome Analyses of Human Normal and Intestinal Metaplastic Gastric Mucosa.)

坪坂歩, 河村大輔, 加藤洋人, 垣内美和子, 牛久哲男, 石川俊平

日本癌学会総会記事 81回 E-2077 2022年9月
大腸癌と胃癌の播種巣および原発巣における中皮間葉転換の誘導(Induction of mesothelial to mesenchymal transition in colorectal and gastric cancers)

渡部朱織, 菊地良直, 河村大輔

日本癌学会総会記事 81回 P-3147 2022年9月
医療AI・深層学習技術の病理画像への応用

越智三枝子, 河村大輔

医学のあゆみ 282(13) 1149-1157 2022年9月招待有り最終著者責任著者
Single-Cell Transcriptome Analyses Reveal the Cell Diversity and Developmental Features of Human Gastric and Metaplastic Mucosa

Ayumu Tsubosaka, Daisuke Komura, Hiroto Katoh, Miwako Kakiuchi, Takumi Onoyama, Asami Yamamoto, Hiroyuki Abe, Yasuyuki Seto, Tetsuo Ushiku, Shumpei Ishikawa

2022年5月23日
未来型医療の展望：AIを活用した医療の動向 2）病理診断

河村大輔, 石川俊平

腫瘍内科 29(5) 579-584 2022年5月招待有り筆頭著者
Beyond pathologist-level annotation of large-scale cancer histology for semantic segmentation using immunofluorescence restaining

Daisuke Komura, Takumi Onoyama, Koki Shinbo, Hiroto Odaka, Minako Hayakawa, Mieko Ochi, Ranny Herdiantoputri, Kei Sakamoto, Hiroto Katoh, Tohru Ikeda …

bioRxiv 2022年5月筆頭著者
ヒト正常及び腸上皮化生胃粘膜のシングルセルRNAseq解析による胃細胞アトラスの構築(A Single-cell transcriptional atlas of human normal and intestinal metaplastic mucosa)

坪坂歩, 垣内美和子, 河村大輔, 加藤洋人, 牛久哲男, 石川俊平

日本病理学会会誌 111(1) 303-303 2022年3月

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書籍等出版物

がんゲノム病理学第2版

河村大輔, 石川俊平 (担当:分担執筆, 範囲:第6章バイオバンクと医療ビッグデータ II. デジタル病理画像とAI)

文光堂 2025年4月 (ISBN: 9784830604980)
医療とAI最前線先進医療NAVIGATOR

河村大輔, 石川俊平 (担当:分担執筆, 範囲:第3章 AIによる医療応用への道病理におけるAIの活用の最前線)

日本医学出版 2022年1月27日 (ISBN: 4865770496)
がんゲノム病理学

河村大輔, 石川俊平 (担当:分担執筆, 範囲:第6章 II デジタル病理画像とAI 病理におけるリアルワールドデータの利活用)

文光堂 2021年12月2日
動き始めたがんゲノム医療 : 深化と普及のための基礎研究課題

河村大輔,石川俊平 (担当:分担執筆, 範囲:第4章技術革新・創薬開発「ゲノム医療における深層学習」)

羊土社 2018年9月 (ISBN: 9784758103732)

講演・口頭発表等

115

CLINICALLY APPLICABLE MOLECULAR GROUPING OF INTRACRANIAL MENINGIOMAS BASED ON HIGH-RISK COPY NUMBER ALTERATIONS ANDNF2/22Q STATUS

Yu Sakai, Satoru Miyawaki, Daisuke Komura, Yudai Hirano, Motoyuki Umekawa, Yu Teranishi, Shotaro Ogawa, Takahiro Tsuchiya, Daisuke Sato, So Hirata, Hideaki Ono, Shumpei Ishikawa, Tetsuo Ushiku, Nobuhito Saito

7th Quadrennial World Federation of Neuro-Oncology Societies and 30th Annual Meeting of the Society for Neuro-Oncology 2025年10月17日
Single-cell profiling of tumor-infiltrating B cells reveals autoantibody repertoires and potential cross-talk with T cells

Mikiya Takata, Hiroto Katoh, Daisuke Komura, Miwako Kakiuchi, Shumpei Ishikawa

AACR Special Conference in Cancer Research: Mechanisms of Cancer Immunity and Cancer-related Autoimmunity 2025年9月27日
Tumor Genetics Sculpt Synergistic Innate Immunity: A Histamine Axis via Heterogeneity-Aware Models of Pleural Mesothelioma

Kuniyo Sueyoshi, Miwako Kakiuchi, Daisuke Komura, Hiroto Katoh, Hironori Ishibashi, Kenichi Okubo, Shumpei Ishikawa

Dubrovnik Conference on Cancer Mechanisms and Drug Discovery 2025年9月5日
Identification of ARID4B as a Effect Modulator of NFIB using single-cell DNA sequencing-based method for SCNA phylogeny reconstruction

Ichii Shirasuna, Daisuke Komura, Miwako Kakiuchi, Shumpei Ishikawa

Dubrovnik Conference on Cancer Mechanisms and Drug Discovery 2025年9月5日
AI-powered quantification of tumor-infiltrating lymphocytes from H&E stained images in ovarian cancer and its association with PARP inhibitor therapy outcomes

Hiroshi Asano, Kanako C. Hatanaka, Takuma Kobayashi, Teppei Konishi, Hiroyuki Kurosu, Hiroko Matsumiya, Yoshiki Shinomiya, Ryo Matoba, Daisuke Komura, Shumpei Ishikawa, Shinya Tanaka, Hidemichi Watari, Yutaka Hatanaka

2025 ASCO Annual Meeting 2025年5月28日
Primary Pulmonary Notochord Cell Tumor: A Clinicopathological Analysis of 10 Cases and Histopathological Comparison with Conventional Chordoma and Benign Notochordal Cell Tumor

Yoshinao Kikuchi, Daisuke Komura, Shiori Watabe, Takeshi Fujii, Toru Motoi, Jun Iwata, Manabu Matsumoto, Takeshi Uehara, Hisashi Shimojo, Kiyoshi Shibuya, Kyoko Ono, Yoichiro Okubo, Masayuki Ota, Naohiro Makise, Makoto Abe, Shumpei Ishikawa, Takehiko Yamaguchi, Yukio Nakatani, Hiroshi Uozaki

2025 USCAP Annual Meeting 2025年3月25日
High-throughput analysis of antibodies for data-driven design

Ryo Matsunaga, Sae Ito, Kan Ujiie, Mayuko Inagaki, Jorge Fernández Pérez, Yoshiki Yasuda, Makoto Nakakido, Shinya Mimasu, Shinji Soga, Daisuke Komura, Hiroto Katoh, Shumpei Ishikawa, Kouhei Tsumoto

18th International Conference on Biomedical Engineering (ICBME 2024) 2024年12月10日
Deciphering gastric cancer heterogeneity through spatial transcriptomics at single cell resolution

Ayumu Tsubosaka, Kyohei Sano, Miwako Kakiuchi, Daisuke Komura, Hiroto Katoh, Tetsuo Ushiku, Shumpei Ishikawa

Multi-Omics 2024 2024年12月1日
Comprehensive analysis of the diversity of gastric cancer genomes and cancer-stromal interactions by single-cell spatial transcriptomics

Ishikawa, Shumpei, Miwako Kakiuchi, Kyohei Sano, Ayumu Tsubosaka, Takumi Onoyama, Daisuke Komura, Hiroto Katoh, Tetsuo Ushiku

36th EORTC-NCI-AACR SYMPOSIUM on molecular targets and cancer therapeutics 2024年10月23日
scRNA-seq and single-cell spatial transcriptome of diffuse-type gastric cancer mouse model reveals a novel interaction between neutrophils and cancer cells

Kakiuchi, Miwako, Haruki Kokubo, Hirotaka Inoue, Ayumu Tsubosaka, Tsuyoshi Hirosue, Kyohei Sano, Daisuke Komura, Hiroto Katoh, Shumpei Ishikawa

36th EORTC-NCI-AACR SYMPOSIUM on molecular targets and cancer therapeutics 2024年10月23日
Enhanced Interpretability in Histopathological Images via Combined Tissue and Cell-Level Graph Analysis

Mieko Ochi, Daisuke Komura, Tetsuo Ushiku, Yasushi Rino, Shumpei Ishikawa

The Third Workshop on Applications of Medical AI (AMAI) in MICCAI 2024年10月6日
Pre-Clinical Evaluation of Content-based Image Retrieval System for Pathological Diagnosis

Daisuke Komura, Ranny R. Herdiantoputri, Mieko Ochi, Yuki Fukawa, Kou Kayamori, Maiko Tsuchiya, Yoshinao Kikuchi, Tetsuo Ushiku, Tohru Ikeda, Shumpei Ishikawa

The Third Workshop on Applications of Medical AI (AMAI) in MICCAI 2024年10月6日
Comprehensive analysis integrating single-cell spatial transcriptomics, genomics, and histology in gastric cancer

Kyohei Sano, Takumi Onoyama, Ayumu Tsubosaka, Miwako Kakiuchi, Daisuke Komura, Hiroto Katoh, Tetsuo Ushiku, Shumpei Ishikawa

scverse Conference 2024 2024年9月11日
AI-based quantification of TILs using hematoxylin and eosin and immunohistochemistry-stained slides in triple-negative breast cancer

Takuma, Kobayashi, Tomioka Nobumoto, Hatanaka Kanako, Konishi Teppei, Grynkiewicz Mateusz, Daisuke Komura, Shumpei Ishikawa, Watanabe Kenichi, Takahashi Masato, Hatanaka Yutaka

2024 ASCO Annual Meeting 2024年5月31日
Deep learning-based quantitative assessment of tumor-infiltrating lymphocytes from hematoxylin and eosin-stained slides in triple-negative breast cancer: A prognostic study

Takuma, Kobayashi, Hatanaka Kanako, Tomioka Nobumoto, Konishi Teppei, Grynkiewicz Mateusz, Daisuke Komura, Shumpei Ishikawa, Watanabe Kenichi, Takahashi Masato, Hatanaka Yutaka

2024 ASCO Annual Meeting 2024年5月31日
Immunoglobulin Repertoire Sequencing of Tumor-Infiltrating B cells Identifies Therapeutically Applicable Anti-Tumor Human Antibodies

Katoh, Hiroto, Genta Furuya, Daisuke Komura, Shumpei Ishikawa

Keystone Symposia "Antibodies as Drugs: The Art in Antibody Engineering" 2024年5月5日
Translational Research of CDK12/13 Inhibitor, CTX-439, Informing Clinical Trial Strategy

HIroko Yamakawa, Shunsuke Ebara, Akiko Mizutani, Misaki Yoshida, Midori Sugiyama, Koji Yamamoto, Daisuke Komura, Miwako Kakiuchi, Shumpei Ishikawa, Kousuke Yusa, Daisuke Morishita

American Association for Cancer Research 2024年4月4日
Subtype-level Segmentation Model for Inflammatory Cells in H&E images

Mieko Ochi, Daisuke Komura, Shumpei Ishikawa

USCAP 113th Annual Meeting 2024年3月26日
Discovery of tumor-specific antibodies from tissue B-cell repertoire for ADC development

Shumpei Ishikawa, Genta Furuya, Hiroto Katoh, Daisuke Komura

Gordon Research Conference "Antibody Biology and Engineering" 2024年3月17日
Integrated single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomic analyses of human normal and metaplastic gastric mucosa

Tsubosaka, Ayumu, Miwako Kakiuchi, Daisuke Komura, Hiroto Katoh, Ushiku Tetsuo, Shumpei Ishikawa

Single Cell Analyses (Cold Spring Harbor meeting) 2023年11月10日