MISC

2018年12月

Candida albicans TIMM1768株の全ゲノム配列の解析

Medical Mycology Research
  • 浜本 洋
  • ,
  • Panthee Suresh
  • ,
  • Paudel Atmika
  • ,
  • 石島 早苗
  • ,
  • 関水 和久

9
1
開始ページ
37
終了ページ
40
記述言語
日本語
掲載種別
出版者・発行元
帝京大学医真菌研究センター

我々は、Candida albicansの消化管感染モデルに用いられるTIMM1768株の遺伝子発現解析を行うために、本株の全ゲノム解析を行った。解析には、2種のシークエンサーを用い、それぞれの機種の長所を最大限に引き出すような利用法を考案し、C.albicans株の全ゲノム解析に有効な方法を確立した。すなわち、精度が高いが出力される配列が200から400bp程度と短いショートリードシークエンサーと、精度は低いが数百kbを出力できるロングリードシークエンサーのそれぞれ次世代シークエンサーの特長を組み合わせたハイブリッドアッセンブリーを、C.albicansのゲノム解析用に確立した。いくつかのアッセンブルアルゴリズムを比較検討した結果、最終的に13個のcontig、及び8個のscaffoldから構成される合計14.4Mbの配列情報が得られ、ほぼクロモソームレベルの解析結果が得られた。得られたゲノム情報から、TIMM1768株は既に解析されている標準株SC5314とクレードが異なることから、新たな病原性因子の解析のためのモデル株としての重要性が示唆された。(著者抄録)

リンク情報
URL
https://search.jamas.or.jp/index.php?module=Default&action=Link&pub_year=2018&ichushi_jid=J05777&link_issn=&doc_id=20190527450006&doc_link_id=120006734383&url=http%3A%2F%2Fci.nii.ac.jp%2Fnaid%2F120006734383&type=CiNii&icon=https%3A%2F%2Fjk04.jamas.or.jp%2Ficon%2F00003_3.gif
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ID情報
  • ISSN : 1883-3195
  • 医中誌Web ID : 2019262526

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