丸山豊 (Yutaka Maruyama) - マイポータル

基本情報

学位: 博士（理学）(総合研究大学院大学)

研究者番号: 80390665
J-GLOBAL ID: 201101036023152240
researchmap会員ID: B000004026

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研究分野

自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 /

論文

Effect of Main and Side Chains on the Folding Mechanism of the Trp-Cage Miniprotein

Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake

ACS Omega 2023年11月21日
Analysis of Protein Folding Simulation with Moving Root Mean Square Deviation.

Yutaka Maruyama, Ryo Igarashi, Yoshitaka Ushiku, Ayori Mitsutake

J. Chem. Inf. Model. 63(5) 1529-1541 2023年3月
Computational Analysis of the SARS-CoV-2 RBD–ACE2-Binding Process Based on MD and the 3D-RISM Theory

Norio Yoshida, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Akiyoshi Kuroda, Ryo Fujiki, Kodai Kanemaru, Daisuke Okamoto, Alexander E. Kobryn, Sergey Gusarov, Haruyuki Nakano

Journal of Chemical Information and Modeling 62(11) 2889-2898 2022年6月13日
Structural Stability Analysis of Proteins Using End-to-End Distance: A 3D-RISM Approach

Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake

J 5(1) 114-125 2022年2月14日
Modeling the interaction of SARS-CoV-2 binding to the ACE2 receptor via molecular theory of solvation

Alexander E. Kobryn, Yutaka Maruyama, Carlos A. Velázquez-Martínez, Norio Yoshida, Sergey Gusarov

New Journal of Chemistry 45(34) 15448-15457 2021年
Mutation-induced change in chignolin stability from pi-turn to alpha-turn

Yutaka Maruyama, Shunpei Koroku, Misaki Imai, Koh Takeuchi, Ayori Mitsutake

RSC ADVANCES 10(38) 22797-22808 2020年6月
Correction terms for the solvation free energy functional of three-dimensional reference interaction site model based on the reference-modified density functional theory

Yutaka Maruyama

Journal of Molecular Liquids 291 111160-111160 2019年10月
Analysis of molecular dynamics simulations of 10-residue peptide, chignolin, using statistical mechanics: Relaxation mode analysis and three-dimensional reference interaction site model theory.

Yutaka Maruyama, Hiroshi Takano, Ayori Mitsutake

Biophysics and physicobiology 16 407-429 2019年
Analysis of Structural Stability of Chignolin

Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake

Journal of Physical Chemistry B 122(14) 3801-3814 2018年4月12日査読有り
Application of reference-modified density functional theory: Temperature and pressure dependences of solvation free energy

Tomonari Sumi, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Kenji Mochizuki, Kenichiro Koga

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 39(4) 202-216 2018年2月査読有り
Stability of Unfolded and Folded Protein Structures Using a 3D-RISM with the RMDFT

Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 121(42) 9881-9885 2017年10月査読有り
A reference-modified density functional theory: An application to solvation free-energy calculations for a Lennard-Jones solution

Tomonari Sumi, Yutaka Maruyama, Ayori Mitsutake, Kenichiro Koga

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 144(22) 2016年6月査読有り
Automatic generation of efficient codes from mathematical descriptions of stencil computation

Takayuki Muranushi, Junichiro Makino, Natsuki Hosono, Hikaru Inoue, Seiya Nishizawa, Hirofumi Tomita, Keigo Nitadori, Masaki Iwasawa, Yutaka Maruyama, Hisashi Yashiro …

17-22 2016年査読有り
Simulations of Below-Ground Dynamics of Fungi: 1.184 Pflops Attained by Automated Generation and Autotuning of Temporal Blocking Codes

Takayuki Muranushi, Hideyuki Hotta, Junichiro Makino, Seiya Nishizawa, Hirofumi Tomita, Keigo Nitadori, Masaki Iwasawa, Natsuki Hosono, Yutaka Maruyama, Hikaru Inoue …

SC '16: PROCEEDINGS OF THE INTERNATIONAL CONFERENCE FOR HIGH PERFORMANCE COMPUTING, NETWORKING, STORAGE AND ANALYSIS 23-33 2016年査読有り
Erratum: A solvation-free-energy functional: A reference-modified density functional formulation(J. Comput. Chem. (2015) 36(1359-1369))

Tomonari Sumi, Ayori Mitsutake, Yutaka Maruyama

Journal of Computational Chemistry 36(26) 2009-2011 2015年10月1日査読有り
A solvation-Free-Energy Functional: A Reference-Modified Density Functional Formulation (vol 36, pg 1359, 2015)

Tomonari Sumi, Ayori Mitsutake, Yutaka Maruyama

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 36(26) 2009-2011 2015年10月査読有り
A solvation-free-energy functional: A reference-modified density functional formulation

Tomonari Sumi, Ayori Mitsutake, Yutaka Maruyama

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 36(18) 1359-1369 2015年7月査読有り
Massively Parallel Implementation of 3D-RISM Calculation with Volumetric 3D-FFT

Yutaka Maruyama, Norio Yoshida, Hiroto Tadano, Daisuke Takahashi, Mitsuhisa Sato, Fumio Hirata

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 35(18) 1347-1355 2014年7月査読有り
Does water drive protein folding?

Yutaka Maruyama, Yuichi Harano

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 581 85-90 2013年8月査読有り
Modified Anderson Method for Accelerating 3D-RISM Calculations Using Graphics Processing Unit

Yutaka Maruyama, Fumio Hirata

JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 8(9) 3015-3021 2012年9月査読有り

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吉田紀生, 丸山豊, PHONGPHANPHANEE Saree, 清田泰臣, 平田文男

生物物理 51(5) 222-225 2011年
超並列クラスタにおける3D-RISMへのVolumetric並列三次元FFTの適用と性能評価

多田野寛人, 高橋大介, 佐藤三久, 吉田紀生, 丸山豊, 平田文男

情報処理学会研究報告. [ハイパフォーマンスコンピューティング] 2009(3) 1-6 2009年10月2日

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アミノ酸置換による安定性・機能変化評価計算システムの構築と応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2020年4月 - 2025年3月

光武亜代理, 丸山豊

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