佐藤健吾 (Kengo SATO) - マイポータル

基本情報

所属: 東京科学大学生命理工学院教授

学位: 学士（理学）(1995年3月慶應義塾大学)
修士（工学）(1997年3月慶應義塾大学)
博士（工学）(2003年3月慶應義塾大学)

研究者番号: 20365472
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0001-6744-7390
J-GLOBAL ID: 200901012864943310
Researcher ID: D-6043-2012
researchmap会員ID: 5000066309

外部リンク: https://www.sato-lab.org/

研究キーワード

研究分野

経歴

2024年10月 - 現在

東京科学大学, 生命理工学院, 教授
2024年8月 - 2024年9月

東京工業大学, 生命理工学院, 教授
2022年4月 - 2024年7月

東京電機大学, システムデザイン工学部情報システム工学科, 教授
2011年4月 - 2022年3月

慶應義塾大学, 理工学部生命情報学科, 専任講師
2006年4月 - 2015年3月

産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究員・ポスドク (協力研究員)
2009年11月 - 2011年3月

東京大学, 大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻, 特任講師
2006年4月 - 2009年10月

バイオ産業情報化コンソーシアム, 研究員
2003年4月 - 2006年3月

慶應義塾大学, 理工学部生命情報学科, 助手

学歴

1997年4月 - 2003年3月

慶應義塾大学, 大学院理工学研究科, 開放環境科学専攻
1995年4月 - 1997年3月

慶應義塾大学, 大学院理工学研究科, 計算機科学専攻
1991年4月 - 1995年3月

慶應義塾大学, 理工学部, 数理科学科

委員歴

2023年4月 - 現在

情報処理学会バイオ情報学研究会, 主査
2023年4月 - 現在

IPSJ Transactions on Bioinformatics, 編集委員長
2021年 - 現在

Genes (Basel), Section Editor
2021年 - 現在

Frontiers in Genetics, Associate Editor
2020年4月 - 2024年3月

日本バイオインフォマティクス学会, 理事
2019年6月 - 2023年5月

情報処理学会ジャーナル/JIP, 編集委員
2022年4月 - 2023年3月

情報処理学会バイオ情報学研究会, 幹事
2021年4月 - 2023年3月

IPSJ Transactions on Bioinformatics, 副編集委員長
2018年4月 - 2022年3月

情報処理学会バイオ情報学研究会, 運営委員
2010年 - 2021年

Frontiers in Genetics, Review Editor
2021年

第20回情報科学技術フォーラム (FIT 2021), 研究専門委員会担当委員
2017年4月 - 2020年3月

IPSJ Transactions on Bioinformatics, 編集委員
2018年

Genome Informatics Workshop (GIW) 2018, Program Committee Co-chair
2018年

Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC) 2018, Local Organizing Committee Co-Chair
2013年4月 - 2017年3月

情報処理学会バイオ情報学研究会, 運営委員
2016年

2016年度生命医薬情報学連合大会 (IIBMP), 実行委員
2010年4月 - 2014年3月

IPSJ Transactions on Bioinformatics, 編集委員

受賞

論文

RNA secondary structure prediction by conducting multi-class classifications

Jiyuan Yang, Kengo Sato, Martin Loza, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Computational and Structural Biotechnology Journal 2025年4月
Recent trends in RNA informatics: a review of machine learning and deep learning for RNA secondary structure prediction and RNA drug discovery

Kengo Sato, Michiaki Hamada

Briefings in Bioinformatics 2023年5月25日
Direct Inference of Base-Pairing Probabilities with Neural Networks Improves Prediction of RNA Secondary Structures with Pseudoknots

Manato Akiyama, Yasubumi Sakakibara, Kengo Sato

Genes 13(11) 2155 2022年11月18日査読有り最終著者責任著者
Integer programming for selecting set of informative markers in paternity inference,

Soichiro Nishiyama, Kengo Sato, Ryutaro Tao

BMC Bioinformatics 23(1) 265-265 2022年7月8日査読有り
Prediction of RNA secondary structure including pseudoknots for long sequences,

Kengo Sato, Yuki Kato

Briefings in Bioinformatics 23(1) 2022年1月17日査読有り筆頭著者責任著者
A Max-Margin Model for Predicting Residue—Base Contacts in Protein–RNA Interactions

Shunya Kashiwagi, Kengo Sato, Yasubumi Sakakibara

Life 11(11) 1135 2021年10月25日査読有り責任著者
A Web Server for Designing Molecular Switches Composed of Two Interacting RNAs

Akito Taneda, Kengo Sato

International Journal of Molecular Sciences 22(5) 2720 2021年3月8日査読有り最終著者
RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration

Kengo Sato, Manato Akiyama, Yasubumi Sakakibara

Nature Communications 12(1) 941 2020年8月11日査読有り筆頭著者責任著者
An improved de novo genome assembly of the common marmoset genome yields improved contiguity and increased mapping rates of sequence data,

Vasanthan Jayakumar, Hiromi Ishii, Misato Seki, Wakako Kumita, Takashi Inoue, Sumitaka Hase, Kengo Sato, Hideyuki Okano, Erika Sasaki, Yasubumi Sakakibara

BMC Genomics 21(Suppl 3) 243 2020年4月2日査読有り
Efficient generation of knock-in/knock-out marmoset embryo via CRISPR/Cas9 gene editing,

Wakako Kumita, Kenya Sato, Yasuhiro Suzuki, Yoko Kurotaki, Takeshi Harada, Yang Zhou, Noriyuki Kishi, Kengo Sato, Atsu Aiba, Yasubumi Sakakibara …

Scientific Reports 9(1) 12719 2019年9月3日査読有り
Convolutional neural network based on SMILES representation of compounds for detecting chemical motif,

Maya Hirohara, Yutaka Saito, Yuki Koda, Kengo Sato, Yasubumi Sakakibara

BMC Bioinformatics 19(Suppl 19) 526 2018年12月31日査読有り
A max-margin training of RNA secondary structure prediction integrated with the thermodynamic model,

Manato Akiyama, Kengo Sato, Yasubumi Sakakibara

Journal of Bioinformatics and Computational Biology 16(6) 1840025 2018年12月査読有り責任著者
医師国家試験自動解答プログラムの処方薬問題への拡張,

水口達矢, 伊藤詩乃, 佐藤健吾, 榊原康文

人工知能学会論文誌 33(6) E-I58_1-10 2018年11月1日査読有り
DEclust: A statistical approach for obtaining differential expression profiles of multiple conditions,

Yoshimasa Aoto, Tsuyoshi Hachiya, Kazuhiro Okumura, Sumitaka Hase, Kengo Sato, Yuichi Wakabayashi, Yasubumi Sakakibara

PLoS ONE 12(11) e0188285 2017年11月21日査読有り
Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences

Hamada, Michiaki, Ono, Yukiteru, Kiryu, Hisanori, Sato, Kengo, Kato, Yuki, Fukunaga, Tsukasa, Mori, Ryota, Asai, Kiyoshi

Nucleic acids research 44(W1) W302-W307 2016年7月8日査読有り
Generation of a nonhuman primate model of severe combined immunodeficiency using highly efficient genome editing

Sato, Kenya, Oiwa, Ryo, Kumita, Wakako, Henry, Rachel, Sakuma, Tetsushi, Ito, Ryoji, Nozu, Ryoko, Inoue, Takashi, Katano, Ikumi, Sato …

Cell Stem Cell 19(1) 127-138 2016年7月7日査読有り
SHARAKU: An algorithm for aligning and clustering read mapping profiles of deep sequencing in non-coding RNA processing

Tsuchiya, M., Amano, K., Abe, M., Seki, M., Hase, S., Sato, K., Sakakibara, Y.

Bioinformatics 32(12) i369-i377 2016年6月15日査読有り
Prediction of gene structures from RNA-seq data using dual decomposition

Inatsuki, T., Sato, K., Sakakibara, Y.

IPSJ Transactions on Bioinformatics 9 1-6 2016年3月査読有り責任著者
An accessibility-incorporated method for accurate prediction of RNA--RNA interactions from sequence data

Kato, Yuki, Mori, Tomoya, Sato, Kengo, Maegawa, Shingo, Hosokawa, Hiroshi, Akutsu, Tatsuya

Bioinformatics 33(2) 202-209 2016年査読有り
Resequencing of the common marmoset genome improves genome assemblies and gene-coding sequence analysis,

Kengo Sato, Yoko Kuroki, Wakako Kumita, Asao Fujiyama, Atsushi Toyoda, Jun Kawai, Atsushi Iriki, Erika Sasaki, Hideyuki Okano, Yasubumi Sakakibara

Scientific Reports 5(1) 16894-16894 2015年11月20日査読有り筆頭著者

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MISC

MXfold2: 深層学習にもとづくRNAの高精度な二次構造予測プログラム,

佐藤健吾

バイオサイエンスとインダストリー 79(6) 2021年11月招待有り
世界最高精度のRNA二次構造予測を達成 --- 熱力学モデルと深層学習の効果的な組合せ,

佐藤健吾

化学 76(7) 2021年7月招待有り
Introduction to Selected Papers from GIW2018

Li J, Nakai K, Zheng Y, Sato K, Wong L

Journal of Bioinformatics and Computational Biology 16(6) 2018年12月1日
がん細胞株におけるderived RNAのプロファイル解析

青木言太, 土谷麻里子, 小坂威雄, 長谷純崇, 佐藤健吾, 水野隆一, 大家基嗣, 榊原康文

日本RNA学会年会要旨集 19th 2017年
RF-002 医師国家試験を自動解答するプログラムの構築(F分野:人工知能・ゲーム,査読付き論文)

伊藤詩乃, 田中佑岳, 佐藤健吾, 洪繁, 狩野芳伸, 榊原康文

情報科学技術フォーラム講演論文集 14(2) 11-16 2015年8月24日
Prediction of gene structures from RNA-seq data using dual decomposition (情報論的学習理論と機械学習)

INATSUKI TATSUMU, SATO KENGO, SAKAKIBARA YASUBUMI

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 115(112) 323-326 2015年6月23日
Prediction of gene structures from RNA-seq data using dual decomposition (ニューロコンピューティング)

INATSUKI TATSUMU, SATO KENGO, SAKAKIBARA YASUBUMI

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 115(111) 207-210 2015年6月23日
Genome sequence of the luminous mushroom Mycena chlorophos for searching fungal bioluminescence genes

Yugaku Tanaka, Daisuke Kasuga, Yumiko Oba, Sumitaka Hase, Kengo Sato, Yuichi Oba, Yasubumi Sakakibara

LUMINESCENCE 29 47-48 2014年8月
機械学習を用いたマススペクトルデータからの糖鎖構造推定法の開発

雲崎翔太郎, 佐藤健吾, 榊原康文

研究報告バイオ情報学（BIO） 2013(30) 1-2 2013年6月20日
デジタルクラスタリングを用いた発がん過程の経時的トランスクリプトーム解析

青戸良賢, 八谷剛史, 奥村和弘, 長谷純崇, 佐藤健吾, 若林雄一, 榊原康文

研究報告バイオ情報学（BIO） 2013(8) 1-6 2013年3月14日
A Modified Genovo Metagenome Assembler for 454 Paired End Reads

Afiahayati, Tsuyoshi Hachiya, Kengo Sato, Yasubumi Sakakibara

研究報告バイオ情報学（BIO） 2012(2) 1-6 2012年10月8日
双対分解によるRNA構造アラインメント

佐藤健吾, 加藤有己, 阿久津達也, 浅井潔, 榊原康文

研究報告バイオ情報学（BIO） 2012(5) 1-6 2012年3月21日
期待精度最大化に基づくRNAシュードノット予測

佐藤健吾, 加藤有己, 阿久津達也, 浅井潔

研究報告バイオ情報学（BIO） 2010(6) 1-6 2010年7月21日
RNA-RNA interaction prediction using integer programming with threshold cut (ニューロコンピューティング)

Kato Yuki, Sato Kengo, Hamada Michiaki

電子情報通信学会技術研究報告 110(83) 183-190 2010年6月18日
RNA-RNA Interaction Prediction Using Integer Programming with Threshold Cut (バイオ情報学(BIO) Vol.2010-BIO-21)

Yuki Kato, Kengo Sato, Michiaki Hamada, Yoshihide Watanabe, Kiyoshi Asai, Tatsuya Akutsu

研究報告バイオ情報学（BIO） 2010(32) 1-8 2010年6月11日
Sequence and Structural Analyses for Functional non-coding RNAs,

Sakakibara Y., Sato K.

Algorithmic Bioprocesses 2009年8月査読有り最終著者
CentroidFold:RNA二次構造予測ウェブサーバー

佐藤健吾, 佐藤健吾, 浜田道昭, 浜田道昭, 浅井潔, 浅井潔, 光山統泰

日本RNA学会年会要旨集 11th 96 2009年7月27日
Base-pairing profile local alignment kernels for functional RNA analyses (ニューロコンピューティング)

Sato Kengo, Saito Yutaka, Sakakibara Yasubumi

電子情報通信学会技術研究報告 109(53) 45-51 2009年5月25日
Base-pairing profile local alignment kernels for functional RNA analyses

Kengo Sato, Yutaka Saito, Yasubumi Sakakibara

情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO） 2009-BIO-17(8) 1-7 2009年査読有り
CentroidHomfold:相同配列群の情報を利用したRNAの2次構造予測

浜田道昭, 浜田道昭, 佐藤健吾, 佐藤健吾, 木立尚孝, 木立尚孝, 光山統泰, 浅井潔, 浅井潔

日本分子生物学会年会講演要旨集 32nd(Vol.1) 48 2009年

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書籍等出版物

RNA Secondary Structure Prediction Based on Energy Models,

Manato Akiyama, Kengo Sato (担当:共著)

Springer Science+Business Media 2023年1月28日 (ISBN: 9781071627679)
Readings in Japanese Natural Language Processing

Nobesawa H.S., Sano T., Sato K., Saito, H. (担当:分担執筆, 範囲:Domain-specific statistical data for morphological analysis)

Stanford Univ Center for the Study 2016年7月査読有り
バイオインフォマティクス入門

榊原康文, 舟橋啓, 鎌田真由美, 小森隆, 佐藤健吾, 浜田道昭, 加藤毅 (担当:分担執筆, 範囲:第2章計算科学)

慶應義塾大学出版会 2015年8月 (ISBN: 9784766422511)
実験医学増刊「生命科学の最先端に役立つバイオデータベースとウェブツール総集編」

佐藤健吾, 榊原康文 (担当:分担執筆, 範囲:二次構造に基づく機能性RNAの配列解析)

羊土社 2008年8月
Grammatical Inference: Algorithms and Applications,

Yasubumi Sakakibara, Satoshi Kobayashi, Kengo Sato, Tetsuro Nishino, Etsuji Tomita (担当:共編者(共編著者))

Springer 2006年9月

講演・口頭発表等

拡散モデルによるRNAアプタマー配列の設計

松本英倫, 佐藤健吾

情報処理学会第76回バイオ情報学研究会 2024年3月8日
深層学習によるRNA二次構造予測法MXfold2の精度改善

佐藤健吾

情報処理学会第75回バイオ情報学研究会 2023年9月6日
深層学習によるRNA二次構造予測MXfold2の機能追加と性能改善

佐藤健吾

RNAインフォマティクス道場2023 2023年8月21日
プライバシー保護技術を用いた遺伝子発現差異解析

川口開登, 榊原康文, 佐藤健吾

情報処理学会第73回バイオ情報学研究会 2023年3月10日
RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration

Kengo Sato, Manato Akiyama, Yasubumi Sakakibara

RNA Nanotechnology (Gordon Research Conference) 2023年1月11日
Extending a deep learning-based RNA secondary structure prediction algorithm for RNA modifications

Naoki MIkamo, Yasubumi Sakakibara, Kengo Sato

情報処理学会第72回バイオ情報学研究会 2022年11月29日
熱力学モデルを統合した深層学習によるRNA二次構造予測

佐藤健吾

第21回情報科学技術フォーラム（FIT2022） 2022年9月14日電子情報通信学会、情報処理学会招待有り
Extending a deep learning-based RNA secondary structure prediction algorithm for RNA modifications

Naoki Mikamo, Yasubumi Sakakibara and Kengo Sato

第11回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2022) 2022年9月13日日本バイオインフォマティクス学会
Extending a deep learning-based RNA secondary structure prediction algorithm for RNA modifications

Naoki Mikamo, Yasubumi Sakakibara and Kengo Sato

第23回日本RNA学会年会 2022年7月21日日本RNA学会
MXfold2: 深層学習を用いたRNA二次構造予測

佐藤健吾,秋山真那斗,榊原康文

第44回日本分子生物学会年会 2021年12月1日
Prediction of RNA secondary structure including pseudoknots for long sequences

Kengo Sato, Yuki Kato

第68回バイオ情報学研究会 2021年11月30日情報処理学会
プライバシー保護技術を用いた遺伝子発現差異解析

Kawaguchi, K., Sakakibara, Y., Sato, K.

第10回生命医薬情報学連合大会，日本バイオインフォマティクス学会2021年年会 2021年9月
RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration,

Sato, K., Akiyama, M., Sakakibara, Y.

第10回生命医薬情報学連合大会，日本バイオインフォマティクス学会2021年年会 2021年9月
Deep learning-based prediction of potential RNA G-quadruplexes with D-Quartet

Kato, Y., Sato, K., Havgaard, JH., Kawahara, Y.

The 29th Intelligent Systems for Molecular Biology and the 20th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2021) 2021年7月
RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration

Sato, K., Akiyama, M., Sakakibara, Y.

The 29th Intelligent Systems for Molecular Biology and the 20th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2021) 2021年7月
RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration

Sato, K., Akiyama, M., Sakakibara, Y.

RNA meeting 2021 2021年6月2日
RNA secondary structure prediction using deep learning with thermodynamic integration

Sato, K., Akiyama, M., Sakakibara, Y.

Noncoding RNAs: Biology and Applications 2021年5月 Keystone Symposia
深層学習に基づく RNA グアニン4重鎖構造識別法の検討

加藤有己, H佐藤健吾, HR, Jakob Hull Havgaard, 河原行郎

第20回日本RNA学会年会 2018年7月
RNA secondary structure prediction using deep learning

Akiyama, M, Sakakibara, Y, HSato, K, HR

第6回生命医薬情報学連合大会，日本バイオインフォマティクス学会2017年年会 2017年9月
深層学習によるRNA二次構造予測

秋山真那斗, 榊原康文, H佐藤健吾, HR

第19回日本RNA学会年会 2017年7月

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担当経験のある科目(授業)

2019年4月 - 2020年3月

生命情報特別講義第２ (慶應義塾)
2019年4月 - 2020年3月

生命情報輪講 (慶應義塾)
2019年4月 - 2020年3月

生命系の数学 (慶應義塾)
2019年4月 - 2020年3月

現代生物学概論 (慶應義塾)
2019年4月 - 2020年3月

生命情報総合演習第２ (慶應義塾)
2019年4月 - 2020年3月

生命情報総合演習第１ (慶應義塾)
2019年4月 - 2020年3月

基礎生命実験 (慶應義塾)
2019年4月 - 2020年3月

卒業研究 (慶應義塾)
2019年4月 - 2020年3月

生命情報実験Ｂ (慶應義塾)
2019年4月 - 2020年3月

生命情報実験Ａ (慶應義塾)
2019年4月 - 2020年3月

システム制御論第１ (慶應義塾)
2019年4月 - 2020年3月

バイオプログラミング第２ (慶應義塾)
2019年4月 - 2020年3月

バイオプログラミング第１ (慶應義塾)
2019年4月 - 2020年3月

バイオインフォマティクス (慶應義塾)
SYSTEMS AND CONTROL 1 (Keio University)
BIOPROGRAMMING 2 (Keio University)
BIOPROGRAMMING 1 (Keio University)
BIOINFORMATICS (Keio University)
生命情報特別講義第２ (慶應義塾)
生命情報輪講 (慶應義塾)

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所属学協会

2011年 - 現在

日本RNA学会
2008年 - 現在

日本分子生物学会
2006年 - 現在

情報処理学会バイオ情報学研究会
2005年 - 現在

International Society for Computational Biology
2004年 - 現在

日本バイオインフォマティクス学会
1995年 - 現在

情報処理学会
2013年 - 2021年

日本マーモセット研究会
1995年 - 2012年

言語処理学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

多様な微生物機能の開拓のためのバイオものづくりDBTL技術の開発

科学技術振興機構革新的GX技術創出事業 2024年4月 - 2029年3月
多層的生体情報の統合による疾患予防デジタルツインの構築

科学技術振興機構未来社会創造事業 2024年4月 - 2029年3月
生物情報アーカイブを活用した深層生成モデルによるmRNA最適設計技術

科学技術振興機構戦略的創造研究推進事業CREST 2023年10月 - 2029年3月
化学修飾を含むmRNA配列設計の基盤技術

基盤A 2024年4月 - 2028年3月
修飾塩基を含むRNAの二次構造解析技術の確立

日本学術振興会基盤研究(B) 基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

佐藤健吾, 加藤有己, 河原行郎
バイオものづくりのためのmRNA深層生成モデル

科学技術振興機構革新的GX技術創出事業 2023年10月 - 2024年3月
ナノポアシークエンサーを用いたRNA二次構造決定法の開発

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

佐藤健吾, 加藤有己, 河原行郎
人工知能を用いた化学コミュニケーション空間の多様性と共通性の解明

日本学術振興会科学研究費補助金新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2017年6月 - 2022年3月

榊原康文, 佐藤健吾, 齋藤裕
GenomeGAN: 敵対的生成ネットワークによるインシリコゲノム合成

科学研究費補助金挑戦的研究(萌芽) 2019年6月 - 2021年3月
次世代シークエンシングデータを利用した機械学習によるRNA二次構造予測の高精度化

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(C) 基盤研究(C) 2016年4月 - 2020年3月

佐藤健吾
高次構造を考慮した超高速RNA構造アラインメント

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(C) 基盤研究(C) 2013年4月 - 2017年3月

佐藤健吾
発がんゲノムにおける非コードＲＮＡの網羅的機能解析

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(A) 基盤研究(A) 2011年4月 - 2015年3月

榊原康文, 若林雄一, 佐藤健吾
マイクロＲＮＡおよびｓｎｏＲＮＡとその標的の網羅的予測

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(A) 基盤研究(A) 2010年4月 - 2013年3月

浅井潔, 木立尚孝, 廣瀬哲郎, 佐藤健吾
RNA二次構造を考慮したSNP解析

日本学術振興会科学研究費補助金若手研究(B) 若手研究(B) 2010年4月 - 2012年3月

佐藤健吾
転写制御プログラムのシステム的解析

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(B) 基盤研究(B) 2004年4月 - 2007年3月

榊原康文, 井本正哉, 佐藤健吾, 柚木克之
確率モデルによるWebページ推奨エンジン

情報処理振興事業協会未踏ソフトウェア創造事業未踏ソフトウェア創造事業 2001年

佐藤健吾

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

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