山守優 (Yu Yamamori) - マイポータル

基本情報

研究者番号: 40771275
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-2854-212X
J-GLOBAL ID: 201401043556003083
Researcher ID: B-5186-2014
researchmap会員ID: B000243007

研究キーワード

分子動力学シミュレーション

研究分野

ライフサイエンス / 生物物理学 /

経歴

2020年4月

産業技術総合研究所, 人工知能研究センター, 研究員
2018年1月 - 2020年3月

産業技術総合研究所, 人工知能研究センター, 特任研究員
2015年4月 - 2017年12月

大阪大学, 基礎工学研究科, 特任研究員
2014年1月 - 2015年3月

東京大学, 分子細胞生物学研究所, 特任研究員

学歴

2009年4月 - 2013年12月

東京大学大学院, 新領域研究科博士後期課程, 情報生命科学
2007年4月 - 2009年3月

東京理科大学大学院, 理学研究科博課程前期, 化学研究科
2003年4月 - 2007年3月

東京理科大学, 理学部, 化学科

受賞

論文

PoSSuM v.3: A Major Expansion of the PoSSuM Database for Finding Similar Binding Sites of Proteins

Yuko Tsuchiya, Tomoki Yonezawa, Yu Yamamori, Hiroko Inoura, Masanori Osawa, Kazuyoshi Ikeda, Kentaro Tomii

Journal of Chemical Information and Modeling 63(23) 7578-7587 2023年11月28日査読有り
A multipoint guidance mechanism for beta-barrel folding on the SAM complex

Hironori Takeda, Jon V. Busto, Caroline Lindau, Akihisa Tsutsumi, Kentaro Tomii, Kenichiro Imai, Yu Yamamori, Takatsugu Hirokawa, Chie Motono, Iniyan Ganesan …

NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY 2023年1月査読有り
Protein-protein interaction prediction methods: from docking-based to AI-based approaches.

Yuko Tsuchiya, Yu Yamamori, Kentaro Tomii

Biophysical reviews 14(6) 1341-1348 2022年12月査読有り
Crystal structure of Tam41 cytidine diphosphate diacylglycerol synthase from a Firmicutes bacterium.

Keisuke Kimura, Fumihiro Kawai, Hisako Kubota-Kawai, Yasunori Watanabe, Kentaro Tomii, Rieko Kojima, Kunio Hirata, Yu Yamamori, Toshiya Endo, Yasushi Tamura

Journal of biochemistry 171(4) 429-441 2022年3月31日査読有り
Application of Homology Modeling by Enhanced Profile-Profile Alignment and Flexible-Fitting Simulation to Cryo-EM Based Structure Determination

Yu Yamamori, Kentaro Tomii

INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 23(4) 2022年2月査読有り筆頭著者
Modeling SARS-CoV-2 proteins in the CASP-commons experiment.

Andriy Kryshtafovych, John Moult, Wendy M Billings, Dennis Della Corte, Krzysztof Fidelis, Sohee Kwon, Kliment Olechnovič, Chaok Seok, Česlovas Venclovas, Jonghun Won

Proteins 89(12) 1987-1996 2021年12月査読有り
HMGB1 signaling phosphorylates Ku70 and impairs DNA damage repair in Alzheimer's disease pathology

Hikari Tanaka, Kanoh Kondo, Kyota Fujita, Hidenori Homma, Kazuhiko Tagawa, Xiaocen Jin, Meihua Jin, Yuki Yoshioka, Sumire Takayama, Hitomi Masuda …

COMMUNICATIONS BIOLOGY 4(1) 2021年10月査読有り
An ensemble reweighting method for combining the information of experiments and simulations

Yu Yamamori, Kentaro Tomii

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 779 2021年9月査読有り筆頭著者責任著者
Mitochondrial sorting and assembly machinery operates by beta-barrel switching

Hironori Takeda, Akihisa Tsutsumi, Tomohiro Nishizawa, Caroline Lindau, Jon Busto, Lena-Sophie Wenz, Lars Ellenrieder, Kenichiro Imai, Sebastian P. Straub, Waltraut Mossmann …

NATURE 590(7844) 163-+ 2021年2月査読有り
Crim1(C140S) mutant mice reveal the importance of cysteine 140 in the internal region 1 of CRIM1 for its physiological functions

Tatsuya Furuichi, Manami Tsukamoto, Masaki Saito, Yuriko Sato, Nobuyasu Oiji, Kazuhiro Yagami, Ryutaro Fukumura, Yoichi Gondo, Long Guo, Shiro Ikegawa …

MAMMALIAN GENOME 30(11-12) 329-338 2019年12月査読有り
Free-energy analysis of the hydration and cosolvent effects on the β-sheet aggregation through all-atom molecular dynamics simulation.

Masutani K, Yamamori Y, Kim K, Matubayasi N

The Journal of chemical physics 150(14) 145101 2019年4月査読有り
Probabilistic analysis for identifying the driving force of protein folding

Yoshihiko Tokunaga, Yu Yamamori, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 148(12) 2018年3月査読有り
Interaction-component analysis of the effects of urea and its alkylated derivatives on the structure of T4-lysozyme

Yu Yamamori, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 146(22) 225123 2017年6月査読有り筆頭著者
シトクロム c に対する水および尿素の溶媒和効果の相互作用成分解析

山守優

アンサンブル 19(8) 88-93 2017年招待有り筆頭著者
Interaction-component analysis of the hydration and urea effects on cytochrome c

Yu Yamamori, Ryosuke Ishizuka, Yasuhito Karino, Shun Sakuraba, Nobuyuki Matubayasi

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 144(8) 085152 2016年2月査読有り筆頭著者
MuSTAR MD: Multi-scale sampling using temperature accelerated and replica exchange molecular dynamics (vol 139, 145105, 2013)

Yu Yamamori, Akio Kitao

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 139(22) 2013年12月筆頭著者
MuSTAR MD: Multi-scale sampling using temperature accelerated and replica exchange molecular dynamics

Yu Yamamori, Akio Kitao

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 139(14) 145105 2013年10月査読有り筆頭著者

MISC

CENP–T 天然変性領域の翻訳後修飾が結合機構へ及ぼす影響の研究

山守優

スーパーコンピューティングニュース 23(1) 2021年筆頭著者
タンパク質-リガンド複合体への共溶媒効果の系統的解析

山守優

スーパーコンピューティングニュース 21(1) 27-32 2019年筆頭著者
タンパク質フォールディング駆動力の確率的解析

山守優

広報 17(1) 30-31 2018年筆頭著者
MuSTAR MD に基づくタンパク質構造変化の自由エネルギー経路計算手法の確立と応用

山守優

広報 16(1) 34-35 2017年筆頭著者
MuSTAR MD: Temperature Accelerated Molecular Dynamics とレプリカ交換法を用いたタンパク質構造空間の効率的サンプリング手法

山守優

新学術領域研究「柔らかな分子系」ニュースレター 7 14-14 2015年筆頭著者

講演・口頭発表等

2

異常検知による分子シミュレーションデータからの重要因子の同定手法

山守優,富井健太郎

第 24 回日本蛋白質科学会年会 2024年6月13日
マルチスケールサンプリング手法 MuSTAR MDを用いた自由エネルギー計算の成果

山守優

新学術領域「柔らかな分子系」第 2 回ワークショップ 2014年3月26日
モデリング・シミュレーションを用いたミトコンドリアトランスローケータの構造・機能解析

山守優

AMED BINDS第二回インシリコユニット進捗会議 2023年10月2日
粗視化MDを用いた Porin 多量体を介した脂質スクランブリングの研究

山守優

2023年度オルガネラ研究会リトリートAMED CREST遠藤グループ研究発表会 2023年9月4日
分子動力学シミュレーションのスパースな表現に基づく重要因子の同定手法

山守優

次世代若手研究者による応用計算・理論化学研究会 2023年7月25日招待有り
ヒトに感染するコロナウイルス蛋白質の配列・構造情報に基づく比較解析

山守優, 楊銘, 富井健太郎

第23回日本蛋白質科学会年会 2023年7月5日
多重配列アライメントとスクリーニング法による新規モータータンパク質の創生

大友章裕,山守優,Song Chihong, Raymond N. Burton-Smith, 富井健太, 村田和義, 小嶋誠司, 飯野亮太

令和4年度⽣物物理学会中部⽀部講演会 2023年3月31日
Databases of similar epitopes, PoSSuMAg and putative ligand-binding pockets on AlphaFold models, PoSSuM AF

土屋裕子、米澤朋起、大澤匡範、池田和由、山守優、富井健太郎

CBI学会2022年大会 2022年10月25日
変性剤存在下で現れる顆粒球コロニー刺激因子の局所的な不規則構造の探索

渋谷理紗、山守優、富井健太郎、本田真也

第22回日本蛋白質科学会年会, 2022年6月8日
A Holistic Approach to Integrate Template-based and Template-free Modeling

Yamamori Y., Takemoto M., Ishitani, R., Mizuno K., Tuchiya, Y., Ono, K., Tomii, K.

14th Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction(CASP) meeting 2020年12月4日
光操作による細胞死誘導システムの構築

高木菜那、中曽根祐介、山守優、富井健太郎、酒巻和弘

第42回日本分子生物学会年会 2019年12月4日
光操作による細胞死誘導システムの構築

高木菜那, 中曽根祐介, 山守優, 富井健太郎, 酒巻和弘

第42回日本分子生物学会年 2019年12月4日
Structural modeling of the entire EhV-ATPase in multiple states using cryo-EM data and homology modeling

山守優,角田潤,Ray Burton-Smith,ソンチホン,飯野亮太,村田和義,富井健太郎

AHeDD2019/IPAB2019 合同シンポジウム 2019年11月29日招待有り
Full atomic model building of Eh V-ATPase using homology modeling/molecular dynamics simulation based on the low resolution cryoEM map

第 57 回生物物理学会 2019年9月26日
The off-axis rotor of Enterococcus hirae V-type ATPase by Volta phase contrast cryo-EM

Burton-Smith, R., Tsunoda, J., Yamamori, Y., Miyazaki, N., Imai, F., Song, C., Tomii, K., Iwasaki, K., Takagi, J., Ueno, H., Murata, T., Iino, R., Murata, K.

第 57 回生物物理学会 2019年9月24日
A novel multiple alignment method based on the distribution of possible alignments: cs-FORTE

Yamamori Y., Oda T., Yamada K., Tomii K.,

The 67th NIBB conference the 7th consortium meeting quest for orthologs 2019年8月2日
Eh V-ATPase の全複合体構造解析に向けた電子顕微鏡密度マップからの原子モデル構築

山守優, 角田潤, ソン・チホン, 富井健太郎, 村田和義, 飯野亮太

第 19 回日本蛋白質科学会年会 2019年6月26日
高精度ペアワイズアラインメントと中間アラインメント評価に基づく新規多重アラインメント手法 cs-FORTE の開発

山守優, 小田俊之, 山田和範, 富井健太郎,

第46回生体分子科学討論会 2019年6月23日
腸球菌V-ATPase の位相差クライオ電子顕微鏡による単粒子構造解析築

角田潤, ソン・チホン, 薬師寺 Lica Fabiana, 村田武史, 上野博史, 宮崎直幸, 岩崎憲治, 高木淳, 山守優,富井健太郎, 飯野亮太, 村田和義,

日本顕微鏡学会第75回日本蛋白質科学会年学術講演会 2019年6月18日
What went wrong and right in trying to improve models for CASP-SAXS targets?

Yamamori, Y., Nakamura, T., Fukuda, H., Tsuchiya, Y., Tomii, K.

Simulation of Small Angle Scattering for soft matter and life science 2019年4月8日

もっとみる

所属学協会

Works(作品等)

High Performance Computing のための Fortran-分子シミュレーションを例にして第二版

山守優, 松林伸幸

2019年1月教材
High Performance Computing のための Fortran-分子シミュレーションを例にして

山守優, 松林伸幸

2016年3月教材

共同研究・競争的資金等の研究課題

新しい分子モータータンパク質の創生を目指したボトムアップアプローチ

自然科学研究機構 OPEN MIX LAB公募研究プログラム 2023年4月 - 2025年3月

大友章裕, Raymond Burton-Smith, 山守優
ボトムアップアプローチによる分子モータータンパク質の機能改変

自然科学研究機構若手研究者による分野間連携研究プロジェクト 2022年12月 - 2023年3月

ソンチホン, 山守優
アンサンブル再重み付け法を用いた実験データと計算機シミュレーションデータの融合による熱力学量の高精度推

産業技術総合研究所産業技術総合研究所・情報人間工学領域・領域公募(萌芽) 2021年10月 - 2022年3月

山守優
ナトリウム輸送型EhVATPaseの動的分子機構の解明

自然科学研究機構若手研究者による分野間連携研究プロジェクト 2021年4月 - 2022年3月

ソンチホン, 山守優
CENP-T 天然変性領域の翻訳後修飾が結合機構へ及ぼす影響の研究

東京大学情報基盤センター東京大学情報基盤センター「若手・女性利用者推薦」2019 年度（前期-後期) 2019年4月 - 2020年3月

山守優
共溶媒を用いたタンパク質複合体構造安定性制御のための系統的研究

東京大学情報基盤センター HPCI京以外一般課題・H30 年度公募 2018年4月 - 2019年3月

山守優
タンパク質-リガンド複合体への共溶媒効果の系統的解

JHPCN 萌芽型共同研究課題,東京大学情報基盤センター「若手・女性利用者推薦」平成29年度（前期-後期) 同時採択 2017年4月 - 2018年3月

山守優
「疎構造学習に基づく分子シミュレーション解析手法の開発

JHPCN 平成 28 年度 JHPCN 萌芽型共同研究課題 TSUBAME 若手・女性利用者支援制度同時採択 2016年4月 - 2017年3月

山守優
MuSTAR MD に基づくタンパク質構造変化の自由エネルギー経路計算手法の確立と応用

京都大学 2016 年度京都大学スーパーコンピュータ共同研究制度（若手・女性研究者奨励枠） 2016年4月 - 2017年3月

山守優

学術貢献活動

chemical physics letters

査読

Elsevier
journal of chemical physics

査読

American Institute of Physics