深沢嘉紀 (Yoshinori Fukasawa) - マイポータル

基本情報

所属: 宇都宮大学バイオサイエンス教育研究センター准教授

学位: 博士（科学）(東京大学)

研究者番号: 50980447
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-0882-4392
J-GLOBAL ID: 202301013360040421
researchmap会員ID: R000050393

研究キーワード

研究分野

経歴

2023年4月 - 現在

宇都宮大学, バイオサイエンス教育研究センター, 准教授
2018年7月 - 2023年3月

King Abdullah University of Science and Technology, Core Labs, Team lead
2017年5月 - 2018年7月

King Abdullah University of Science and Technology, Core Labs, Staff scientist
2015年4月 - 2017年3月

国立研究開発法人産業技術総合研究所, 人工知能研究センター, 産総研特別研究員
2014年10月 - 2015年3月

独立行政法人日本学術振興会, 特別研究員 (PD)
2012年4月 - 2014年9月

独立行政法人日本学術振興会, 特別研究員 (DC1)

学歴

2009年10月 - 2014年9月

東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 情報生命科学専攻
2004年4月 - 2009年3月

東北大学, 農学部, 生物生産科学科
2007年9月 - 2008年8月

カリフォルニア大学デービス校, 生物科学部, 植物学科

委員歴

2023年9月 - 2024年9月

日本植物学会, 第88回大会実行委員会
2012年 - 2013年

Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (AYRCOB), Organizing committee

受賞

2024年9月

優秀発表賞, 第7回植物インフォマティクス研究会
2016年

CASP12 アセンブリ部門1位

チーム FONT
2014年

研究科長賞, 東京大学新領域創成科学研究科

AYRCOB運営委員会
2013年3月

優れた業績による返済免除制度における業績優秀者(修士課程), 日本学生支援機構
2012年9月

専攻長賞, 東京大学新領域創成科学研究科情報生命科学専攻
2011年3月

研究科公式ロゴマークへ採用, 東京大学新領域創成科学研究科

論文

Functional conservation of the non-canonical strigolactone biosynthetic pathway in root parasitic plants.

Daichi Okawa, Takumi Yuge, Mayu Kawabuchi, Shiho Jitsukawa, Masahiko Otani, Risa Fujita, Michio Kuruma, Kenji Miura, Satoko Yoshida, Kotaro Nishiyama …

Plant & cell physiology 2025年8月22日査読有り
Lipid droplets and small extracellular vesicles: More than two independent entities

Géraldine C. Genard, Luca Tirinato, Francesca Pagliari, Jessica Da Silva, Alessandro Giammona, Fatema Alquraish, Maria Parra Reyes, Marie Bordas, Maria Grazia Marafioti, Simone Di Franco …

Journal of Extracellular Biology 3(9) 2024年9月10日査読有り
Plasticity of repetitive sequences demonstrated by the complete mitochondrial genome of Eucalyptus camaldulensis.

Yoshinori Fukasawa, Patrick Driguez, Salim Bougouffa, Karen Carty, Alexander Putra, Ming-Sin Cheung, Luca Ermini

Frontiers in plant science 15 1339594-1339594 2024年3月査読有り筆頭著者責任著者
Prediction of mitochondrial targeting signals and their cleavage sites

Yoshinori Fukasawa, Kenichiro Imai, Paul Horton

Methods in Enzymology 161-192 2024年査読有り招待有り筆頭著者
Beyond the exome: utility of long-read whole genome sequencing in exome-negative autosomal recessive diseases.

Lama AlAbdi, Hanan E Shamseldin, Ebtissal Khouj, Rana Helaby, Bayan Aljamal, Mashael Alqahtani, Aisha Almulhim, Halima Hamid, Mais O Hashem, Firdous Abdulwahab …

Genome medicine 15(1) 114-114 2023年12月14日査読有り
LeafGo: Leaf to Genome, a quick workflow to produce high-quality de novo plant genomes using long-read sequencing technology

Patrick Driguez, Salim Bougouffa, Karen Carty, Alexander Putra, Kamel Jabbari, Muppala Reddy, Richard Soppe, Ming Sin Cheung, Yoshinori Fukasawa, Luca Ermini

GENOME BIOLOGY 22(1) 2021年9月査読有り
What is the right sequencing approach? Solo VS extended family analysis in consanguineous populations.

Yoshinori Fukasawa

BMC medical genomics 2020年7月17日査読有り
LongQC: A Quality Control Tool for Third Generation Sequencing Long Read Data

Yoshinori Fukasawa, Luca Ermini, Hai Wang, Karen Carty, Min-Sin Cheung

G3: Genes|Genomes|Genetics 10(4) 1193-1196 2020年4月査読有り筆頭著者責任著者
Accurate Classification of Biological and non-Biological Interfaces in Protein Crystal Structures using Subtle Covariation Signals

Yoshinori Fukasawa, Kentaro Tomii

Scientific Reports 2019年8月30日査読有り筆頭著者責任著者
Template-based quaternary structure prediction of proteins using enhanced profile--profile alignments

Nakamura, Tsukasa, Oda, Toshiyuki, Fukasawa, Yoshinori, Tomii, Kentaro

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 86 274-282 2018年査読有り
Designing better diffracting crystals of biotin carboxyl carrier protein from Pyrococcus horikoshii by a mutation based on the crystal-packing propensity of amino acids

Yamada, Kazunori D, Kunishima, Naoki, Matsuura, Yoshinori, Nakai, Koshiro, Naitow, Hisashi, Fukasawa, Yoshinori, Tomii, Kentaro

Acta Crystallographica Section D: Structural Biology 73(9) 2017年9月査読有り
Origin and Evolutionary Alteration of the Mitochondrial Import System in Eukaryotic Lineages.

Fukasawa Y, Oda T, Tomii K, Imai K

Molecular Biology and Evolution 34(7) 1574-1586 2017年3月査読有り筆頭著者
Screening and discovery of lineage-specific mitosomal membrane proteins in Entamoeba histolytica.

Santos HJ, Imai K, Hanadate Y, Fukasawa Y, Oda T, Mi-Ichi F, Nozaki T

Molecular and Biochemical Parasitology 209(1-2) 10-17 2016年1月査読有り
Molecular architecture of the active mitochondrial protein gate

Takuya Shiota, Kenichiro Imai, Jian Qiu, Victoria L. Hewitt, Khershing Tan, Hsin-Hui Shen, Noriyuki Sakiyama, Yoshinori Fukasawa, Sikander Hayat, Megumi Kamiya …

Science 349(6255) 1544-1548 2015年9月25日査読有り
MitoFates: Improved Prediction of Mitochondrial Targeting Sequences and Their Cleavage Sites*

Yoshinori Fukasawa, Junko Tsuji, Szu-Chin Fu, Kentaro Tomii, Paul Horton, Kenichiro Imai

Molecular & Cellular Proteomics 14(4) 1113-1126 2015年4月査読有り筆頭著者
Research on the amino sequence characteristics determining the transport, membrane topology and peptidase processing of mitochondrial proteins

Yoshinori Fukasawa

2014年9月
Plus ça change--evolutionary sequence divergence predicts protein subcellular localization signals

Fukasawa, Yoshinori, Leung, Ross KK, Tsui, Stephen KW, Horton, Paul

BMC genomics 15(1) 1-1 2014年査読有り筆頭著者
Development of a novel mitochondrial cleavage site predictor

Yoshinori Fukasawa

2012年10月
Evolutionary sequence divergence predicts protein sub-cellular localization signals

Yoshinori Fukasawa, Ross KK Leung, Stephen KW Tsui, Paul Horton

2011 IEEE International Conference on Systems Biology (ISB) 2011年9月査読有り筆頭著者
Mitochondrial Protein Cleavage Site Predictor

Yoshinori F'ukasawa, Raymond Wan, Szu-Chin Fu, Junko Tsuji, Noriyuki Sakiyama, Kenichiro Imai, Paul Horton

2010 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS AND BIOMEDICINE WORKSHOPS (BIBMW) 870-871 2010年査読有り

MISC

Benchmarking long-read variant calling in diploid and polyploid genomes: insights from human and plants

biorxiv 2025年5月17日筆頭著者責任著者
Lipid Droplets Fuel Small Extracellular Vesicle Biogenesis

Géraldine Genard, Luca Tirinato, Francesca Pagliari, Jessica Da Silva, alessandro giammona, Fatema Alquraish, Marie Bordas, Maria Grazia Marafioti, simone di franco, Jeannette Jansen …

2022年10月24日

講演・口頭発表等

Navigating the Obstacles of Long-Read Variant Calling in Complex Genomes

Yoshinori Fukasawa

The Plant & Animal Genome Conference (PAG) 32 2025年1月12日招待有り
高精度ロングリード時代の変異検出

深沢嘉紀

第47回日本分子生物学会年会 2024年11月27日
Solutions and new challenges of bioinformatics in long-accurate read era.

Yoshinori Fukasawa

GIW/ISCB-Asia 2022 2022年12月14日招待有り
Reference-free data quality control using LongQC

Yoshinori Fukasawa

Nanopore Community Meeting 2020 2020年12月2日
Accurate prediction of mitochondrial presequence and their cleavage site with MitoFates identifies hundreds of novel human mitochondrial protein candidates

Yoshinori Fukasawa, Kenichiro Imai, Junko Tsuji, Szu-Chin Fu, Kentaro Tomii, Paul Horton

ISMB 2014 2014年7月

所属学協会

2023年 - 現在

植物インフォマティクス研究会
2023年 - 現在

日本分子生物学会
2023年 - 現在

日本植物学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

オルガネラ間相互作用の機能解析法の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(開拓) 2025年6月 - 2029年3月

児玉豊, 深沢嘉紀
多倍体ゲノムのためのハプロタイプを考慮した構造変異解析手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業研究活動スタート支援 2023年8月 - 2025年3月

深沢嘉紀
ライフサイエンス研究加速のためのバイオインフォマティクス研究

国立研究開発法人日本医療研究開発機構生命科学・創薬研究支援基盤事業 2024年4月

富井健太郎, 池田和由, 深沢嘉紀
ミトコンドリア内膜におけるタンパク質の制御機構に関する生命情報学的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2012年4月 - 2015年3月

深沢嘉紀

社会貢献活動

さくらサイエンスプログラム

講師

https://uu-a.utsunomiya-u.ac.jp/2025sakura-2-ja/ 2025年2月13日

深沢嘉紀

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研究分野

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学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

社会貢献活動

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