横山文秋 (Fumiaki Yokoyama) - マイポータル - researchmap

基本情報

所属: 沖縄科学技術大学院大学微生物生命体動態グループぶりぶし（群星）フェロー（PI）

学位: 博士（農学）(2020年3月京都大学)

研究者番号: 90962647
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-4139-4072
J-GLOBAL ID: 202101007906197055
Researcher ID: GEQ-8857-2022
researchmap会員ID: R000024642

外部リンク: https://www.oist.jp/ja/research/buribushi/yokoyama

Scopus ID: 57194136874

研究キーワード

17

研究分野

4

経歴

10

2025年10月 - 現在

沖縄科学技術大学院大学, 微生物生命体動態グループ, ぶりぶし（群星）フェロー（PI）
2025年10月 - 現在

国立研究開発法人科学技術振興機構, 戦略的創造研究推進事業さきがけ, さきがけ研究者
2025年7月 - 2025年9月

California Institute of Technology, Division of Biology & Biological Engineering and Division of Geological and Planetary Sciences, 国際共同研究加速基金研究者
2023年4月 - 2025年9月

東京大学, 大学院理学系研究科物理学専攻, 日本学術振興会特別研究員（PD）
2024年10月 - 2024年10月

Korea Advanced Institute of Science and Technology (KAIST), Department of Bio and Brain Engineering, 客員研究員
2023年9月 - 2023年11月

The National Center for Scientific Research, Laboratory for Analysis and Architecture of Systems (LAAS-CNRS), 日本学術振興会 - 欧州研究評議会（JSPS-ERC）研究員
2022年4月 - 2023年3月

東京大学, 大学院理学系研究科物理学専攻, 特任研究員
2020年7月 - 2022年3月

ETH Zurich, Department of Biosystems Science and Engineering, 博士研究員
2020年4月 - 2020年6月

京都大学, 化学研究所, 博士研究員
2018年4月 - 2020年3月

京都大学, 大学院農学研究科応用生命科学専攻, 日本学術振興会特別研究員（DC2）

学歴

3

2017年4月 - 2020年3月

京都大学, 大学院農学研究科, 応用生命科学専攻（博士後期課程）
2015年4月 - 2017年3月

京都大学, 大学院農学研究科, 応用生命科学専攻（修士課程）
2011年4月 - 2015年3月

大阪府立大学, 理学部, 生物科学科

委員歴

1

2025年12月 - 現在

統合微生物科学研究会, コアメンバー

受賞

7

2023年6月

International Conference on Biological Physics (ICBP) 2023 若手支援, 日本生物物理学会

横山文秋
2020年3月

トピック賞, 日本農芸化学会

横山文秋
2019年11月

ポスター賞, 極限環境生物学会

横山文秋
2019年5月

最優秀プレゼンテーション賞, 日本生化学会近畿支部

横山文秋
2018年9月

Extremophiles 2018 トラベルフェローシップ, 極限環境生物学会

横山文秋
2018年3月

返還免除, 日本学生支援機構

横山文秋
2017年2月

最優秀ポスター賞, 京都大学化学研究所

横山文秋

論文

15

Biofilm initiation regulated by cell orientation patterning in Escherichia coli

Fumiaki Yokoyama, Kazumasa A. Takeuchi

bioRxiv 2026年3月26日筆頭著者責任著者
Biosynthesis and Export of Membrane-Enveloped Selenium Nanoparticles by Escherichia Coli

Anna Ochi, Kano Shibamoto, Yosuke Toyotake, Daiki Fujioka, Fumiaki Yokoyama, Hiroki Okanishi, Takeshi Imai, Daiki Fujita, Riku Aono, Masao Inoue …

Environmental Science & Technology 2025年11月21日査読有り
Smectic-like bundle formation of planktonic bacteria upon nutrient starvation

Takuro Shimaya, Fumiaki Yokoyama, Kazumasa A. Takeuchi

Soft Matter 21(15) 2868-2881 2025年査読有り
Extracellular-Vesicle Catch-and-Release Isolation System Using a Net-Charge Invertible Curvature-Sensing Peptide

Kenichi Kawano, Yuki Kuzuma, Koichi Yoshio, Kenta Hosokawa, Yuuto Oosugi, Takahiro Fujiwara, Fumiaki Yokoyama, Katsumi Matsuzaki

Analytical Chemistry 2024年3月5日査読有り
Capturing of extracellular vesicles derived from single cells of Escherichia coli

Fumiaki Yokoyama, André Kling, Petra S. Dittrich

Lab on a Chip 24(7) 2049-2057 2024年査読有り筆頭著者
Structural factors governing binding of curvature-sensing peptides to bacterial extracellular vesicles covered with hydrophilic polysaccharide chains

Kenichi Kawano, Kouhei Kamasaka, Fumiaki Yokoyama, Jun Kawamoto, Takuya Ogawa, Tatsuo Kurihara, Katsumi Matsuzaki

Biophysical Chemistry 299 107039-107039 2023年5月査読有り
Polysaccharide corona: The acetyl-rich envelope wraps the extracellular membrane vesicles and the cells of Shewanella vesiculosa providing adhesiveness

Angela Casillo, Rossella Di Guida, Domenico Cavasso, Antonietta Stellavato, Diksha Rai, Fumiaki Yokoyama, Kouhei Kamasaka, Jun Kawamoto, Tatsuo Kurihara, Chiara Schiraldi …

Carbohydrate Polymers 297 120036-120036 2022年8月査読有り
Parallel study of transient dosing of antibiotics in a microfluidic device

Darius G. Rackus, Petra Jusková, Fumiaki Yokoyama, Petra S. Dittrich

Biomicrofluidics 16(4) 044105-044105 2022年7月査読有り
Design of the N-Terminus Substituted Curvature-Sensing Peptides That Exhibit Highly Sensitive Detection Ability of Bacterial Extracellular Vesicles

Kenichi Kawano, Fumiaki Yokoyama, Kouhei Kamasaka, Jun Kawamoto, Takuya Ogawa, Tatsuo Kurihara, Shiroh Futaki

Chemical and Pharmaceutical Bulletin 69(11) 1075-1082 2021年11月1日査読有り
Identification of a Putative Sensor Protein Involved in Regulation of Vesicle Production by a Hypervesiculating Bacterium, Shewanella vesiculosa HM13.

Fumiaki Yokoyama, Tomoya Imai, Wataru Aoki, Mitsuyoshi Ueda, Jun Kawamoto, Tatsuo Kurihara

Frontiers in microbiology 12 629023-629023 2021年査読有り筆頭著者
Development of a Simple and Rapid Method for In Situ Vesicle Detection in Cultured Media.

Kenichi Kawano, Fumiaki Yokoyama, Jun Kawamoto, Takuya Ogawa, Tatsuo Kurihara, Shiroh Futaki

Journal of molecular biology 432(22) 5876-5888 2020年11月6日査読有り
Genetic characterization and functional implications of the gene cluster for selective protein transport to extracellular membrane vesicles of Shewanella vesiculosa HM13.

Kouhei Kamasaka, Jun Kawamoto, Chen Chen, Fumiaki Yokoyama, Tomoya Imai, Takuya Ogawa, Tatsuo Kurihara

Biochemical and biophysical research communications 526(2) 525-531 2020年5月28日査読有り
A Novel Lysophosphatidic Acid Acyltransferase of Escherichia coli Produces Membrane Phospholipids with a cis-vaccenoyl Group and Is Related to Flagellar Formation.

Yosuke Toyotake, Masayoshi Nishiyama, Fumiaki Yokoyama, Takuya Ogawa, Jun Kawamoto, Tatsuo Kurihara

Biomolecules 10(5) 2020年5月11日査読有り
Detailed Structural Characterization of the Lipooligosaccharide from the Extracellular Membrane Vesicles of Shewanella vesiculosa HM13.

Rossella Di Guida, Angela Casillo, Fumiaki Yokoyama, Jun Kawamoto, Tatsuo Kurihara, Maria Michela Corsaro

Marine drugs 18(5) 2020年4月27日査読有り
Characterization of extracellular membrane vesicles of an Antarctic bacterium, Shewanella livingstonensis Ac10, and their enhanced production by alteration of phospholipid composition.

Fumiaki Yokoyama, Jun Kawamoto, Tomoya Imai, Tatsuo Kurihara

Extremophiles : life under extreme conditions 21(4) 723-731 2017年7月査読有り筆頭著者

MISC

1

「アクティブマター物理学」の視点で見るバクテリアの群れ

横山文秋

生物工学会誌 100(12) 675-675 2022年12月招待有り筆頭著者最終著者責任著者

講演・口頭発表等

67

Single-Cell Analysis of Bacterial Extracellular Vesicle Secretion Using Nano/Microfluidic Platforms

Fumiaki Yokoyama

Q Microbio 2026 2026年5月18日
Anaerobic live-cell imaging platform with nano/microfluidics

Fumiaki Yokoyama

International Symposium of Life-Nonlife Transition: Boundaries Between Life and Nonlife 2026年3月18日
単一細胞由来膜小胞検出を指向したマイクロ流体デバイスNanoFlow iMMの開発

榊原紬希, 横山文秋, 田代陽介, 村上裕哉

化学工学会第91回年会 2026年3月17日
マイクロ流体デバイスNanoFlow iMMを用いた膜小胞産生の細菌一細胞解析

榊原紬希, 横山文秋, 村上裕哉, 田代陽介

日本農芸化学会 2026年度大会 2026年3月11日
Selenite-reducing Cellulomonas sp. D3a forms large intracellular spherical elemental selenium

Haruka Kamide, Anna Ochi, Fumiaki Yokoyama, Daiki Fujioka, Masao Inoue, Riku Aono, Tomoya Imai, N. Tejo Prakash, Hisaaki Mihara

The Joint Meeting of 8th Japanese Selenium Research Society and 13th International Symposium on Selenium in Biology and Medicine 2025年11月2日
Characterization of membrane-encapsulated selenium nanoparticles and their membrane-dependent export by Escherichia coli

Anna Ochi, Kano Shibamoto, Yosuke Toyotake, Daiki Fujioka, Fumiaki Yokoyama, Hiroki Okanishi, Takeshi Imai, Daiki Fujita, Riku Aono, Masao Inoue, Masaru Takizawa, Ryuta Tobe, Yoshikatsu Kanai, Tomoya Imai, Hisaaki Mihara

13th International Symposium on Selenium in Biology and Medicine 2025年10月27日
マイクロ流体デバイス NanoFlow iMM を用いた膜小胞産生の細菌一細胞解析

榊原紬希, 横山文秋, 村上裕哉, 田代陽介

第77回生物工学会 2025年9月11日
Biofilm Initiation Driven by Orientation Patterns in Rod-Shaped Bacterial Cells

Fumiaki Yokoyama, Kazumasa A. Takeuchi

FEMS Micro 2025 2025年7月17日
アクティブマター物理学とマイクロ流体工学で解き明かすバイオフィルム形成の始まり

横山文秋, 竹内一将

第98回日本細菌学会総会 2025年5月29日
細菌細胞生死境界の定量に向けた嫌気・マイクロ流体生細胞イメージングシステム

横山文秋, 姫岡優介

日本農芸化学会 2025年度大会 2025年3月7日
大腸菌によって形成された細胞外元素状セレンナノ粒子の解析

越智杏奈, 芝本佳永, 豊竹洋佑, 藤岡大毅, 岡西広樹, 横山文秋, 青野陸, 井上真男, 今井岳志, 滝沢優, 金井好克, 今井友也, 三原久明

日本農芸化学会 2025年度大会 2025年3月6日
pH依存的曲率認識ペプチドを用いた細胞外小胞単離法の開発

河野健一, 葛馬佑樹, 吉尾航一, 細川健太, 大杉悠斗, 藤原敬宏, 横山文秋, 松﨑勝巳

膜シンポジウム 2024 2024年11月28日
Heterogeneity of Bacterial Collectives through the Lens of Cell Orientational Order

Fumiaki Yokoyama

第47回日本分子生物学会 2024年11月27日招待有り
セレン蓄積土壌から単離された新奇亜セレン酸還元細菌による球形元素状セレンの細胞内形成

上出遥, 越智杏奈, 植田響輝, 横山文秋, 藤岡大毅, 芝本佳永, 井上真男, 青野陸, 今井友也, N. Tejo Prakash, 三原久明

メタルバイオサイエンス研究会2024 2024年10月17日
Investigating the surface glycans from the psychrotolerant bacterium Shewanella vesiculosa HM13

Angela Casillo, Noemi Gallucci, Jun Kawamoto, Fumiaki Yokoyama, Kouhei Kamasaka, Tatsuo Kurihara, Luigi Paduano, Maria Michela Corsaro

14th International Congress on Extremophiles
pH応答性電荷反転型曲率認識ペプチドを利用した細胞外小胞のキャッチ&リリース単離法の開発

河野健一, 葛馬佑樹, 吉尾航一, 細川健太, 大杉悠斗, 藤原敬宏, 横山文秋, 松崎勝巳

第18回バイオ関連化学シンポジウム 2024年9月12日
Non-Japanese and non-“Science Communication” Communication：世界中に友達を作って、語り合う人生って素晴らしくないか

横山文秋

第64回生物物理若手の会夏の学校 2024年8月27日招待有り
Extracellular-vesicle catch-and-release isolation system using a net-charge invertible curvature-sensing peptide

Kenichi Kawano, Yuki Kuzuma, Koichi Yoshio, Kenta Hosokawa, Yuuto Oosugi, Takahiro Fujiwara, Fumiaki Yokoyama, Katsumi Matsuzaki

The 37th EPS and 14th IPS Symposia 2024年8月26日
Phenotypic Heterogeneity of Extracellular Matrix Production within Bacterial Proliferating Active Matter

Fumiaki Yokoyama

The physics of self-organizing active matter 2024年7月10日招待有り
Phenotypic Heterogeneity and Cell Orientation in Extracellular Matrix Production of Escherichia coli

Fumiaki Yokoyama, Kazumasa A. Takeuchi

IUPAB (International Union for Pure and Applied Biophysics) 2024 2024年6月26日

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担当経験のある科目(授業)

1

2021年5月 - 2021年5月

Analytical Methods and Lab-on-Chip Technology for Biology and Molecular Diagnosis（一部） (ETH Zurich)

所属学協会

4

2021年3月 - 現在

日本農芸化学会
2022年8月 - 現在

日本生物物理学会
2022年9月 - 現在

アメリカ微生物学会
2025年12月 - 現在

統合微生物科学研究会

共同研究・競争的資金等の研究課題

11

単・多細胞性が紡ぐ細菌多細胞生命体の生活史

国立研究開発法人科学技術振興機構戦略的創造研究推進事業さきがけ 2025年10月 - 2029年3月

横山文秋
大腸菌における「生命ー非生命転移境界」の可逆的横断

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究 (B) 2025年4月 - 2028年3月

姫岡優介, 横山文秋
細菌集団における一細胞の力学応答による遺伝子発現

公益財団法人発酵研究所助成事業若手研究者助成 2025年4月 - 2027年3月

横山文秋
細菌集団トポロジー解析と空間オミクスによる多細胞生物的形態形成の理解

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金（国際共同研究強化） 2025年3月 - 2027年3月

横山文秋
一微粒子解析プラットフォームの構築と細菌膜小胞における多様性の統合的理解

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究 (B) 2024年4月 - 2027年3月

田代陽介, 龍崎奏, 横山文秋
模倣血管上の動的環境における細菌一細胞観察による細菌の宿主内生存戦略の解明

公益財団法人中谷財団技術開発研究助成奨励研究助成 2024年4月 - 2026年3月

横山文秋
細菌集団立体化における微小環境駆動的な力学的相互作用を介した細胞外マトリクス生産

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2023年4月 - 2026年3月

横山文秋
微小流体デバイスを用いた血管模倣環境での細菌一細胞増殖ダイナミクスと表現型ゆらぎ

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2023年4月 - 2026年3月

横山文秋
模倣腸上の一細胞観察による細菌の宿主内生存戦略の解明

公益財団法人矢崎科学技術振興記念財団国際交流助成国際共同研究における海外渡航費用援助 2024年10月 - 2024年10月

横山文秋
細菌集団における微小環境依存的な力学的相互作用と細胞外マトリクス生産の協奏関係

日本学術振興会科学研究費助成事業研究活動スタート支援 2022年8月 - 2023年3月

横山文秋
細菌による膜小胞分泌機構の解明と膜小胞を基盤とした異種タンパク質生産への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2018年4月 - 2020年3月

横山文秋

その他

7

令和7年度科学技術国際交流助成

2025年7月 - 2025年7月

一般財団法人新技術振興渡辺記念会
第8回 JSPS-LEADSNET

2025年3月

https://www.jsps.go.jp/j-donation/leadsnet/index.html
JSPS Global Gathering 2025

2025年1月
第35回細胞生物学ワークショップ

2024年7月 - 2024年8月

オンライン参加 https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/eventinfo/detail/552
IUPAB2024 Hands-on Training Program

2024年6月

Program D: DNA nanomachine tutorial https://www.c-linkage.co.jp/iupab2024-bsj-kyoto/educational_program.html
Okinawa Microscopy Workshop 2024

2024年4月

https://www.aicjanelia.org/okinawa2024
世の中には面白いことがたくさんある東京大学横山文秋先生［研究者インタビュー］

2023年1月

https://note.com/watson_japan/n/n1eb129c0bcbd