2007年11月15日
高速アルゴリズムを適用したデータ駆動型確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装と評価
電子情報通信学会技術研究報告. RECONF, リコンフィギャラブルシステム : IEICE technical report
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- 巻
- 107
- 号
- 342
- 開始ページ
- 43
- 終了ページ
- 48
- 記述言語
- 日本語
- 掲載種別
- 出版者・発行元
- 一般社団法人電子情報通信学会
本研究報告では,確率モデル生化学シミュレーションアルゴリズムNext Reaction MethodをFPGAを用いて高速化するための回路構造を提案し,その評価を行った.提案する回路は,アルゴリズムが複数のモジュールとして区分化され,その間がネットワーク網で接続される構造を持つ.また,複数のシミュレーションスレッドが演算回路へ使用要求を出す方法により,データ駆動型の並列処理が行われる.3種類の接続網を実装し,それぞれの面積,動作周波数を測定した結果,Xeon 3.20GHzでの実行に比べ最大約3.6倍のスループットが得られた.大きな高速化は得られなかったものの,各回路の問題点について検討し,性能向上の見込みについて議論した.
- リンク情報
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- CiNii Articles
- http://ci.nii.ac.jp/naid/110006535143
- CiNii Books
- http://ci.nii.ac.jp/ncid/AA12046591
- URL
- http://id.ndl.go.jp/bib/9293966
- ID情報
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- ISSN : 0913-5685
- CiNii Articles ID : 110006535143
- CiNii Books ID : AA12046591