MISC

2007年11月15日

高速アルゴリズムを適用したデータ駆動型確率モデル生化学シミュレータのFPGAへの実装と評価

電子情報通信学会技術研究報告. RECONF, リコンフィギャラブルシステム : IEICE technical report
  • 吉見 真聡
  • ,
  • 西川 由理
  • ,
  • 小嶋 利紀
  • ,
  • 長名 保範
  • ,
  • 舟橋 啓
  • ,
  • 広井 賀子
  • ,
  • 柴田 裕一郎
  • ,
  • 山田 英樹
  • ,
  • 北野 宏明
  • ,
  • 天野 英晴

107
342
開始ページ
43
終了ページ
48
記述言語
日本語
掲載種別
出版者・発行元
一般社団法人電子情報通信学会

本研究報告では,確率モデル生化学シミュレーションアルゴリズムNext Reaction MethodをFPGAを用いて高速化するための回路構造を提案し,その評価を行った.提案する回路は,アルゴリズムが複数のモジュールとして区分化され,その間がネットワーク網で接続される構造を持つ.また,複数のシミュレーションスレッドが演算回路へ使用要求を出す方法により,データ駆動型の並列処理が行われる.3種類の接続網を実装し,それぞれの面積,動作周波数を測定した結果,Xeon 3.20GHzでの実行に比べ最大約3.6倍のスループットが得られた.大きな高速化は得られなかったものの,各回路の問題点について検討し,性能向上の見込みについて議論した.

リンク情報
CiNii Articles
http://ci.nii.ac.jp/naid/110006535143
CiNii Books
http://ci.nii.ac.jp/ncid/AA12046591
URL
http://id.ndl.go.jp/bib/9293966
ID情報
  • ISSN : 0913-5685
  • CiNii Articles ID : 110006535143
  • CiNii Books ID : AA12046591

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