工藤玄己 (Genki Kudo) - マイポータル

基本情報

所属: 筑波大学理工情報生命学術院数理物質科学研究群物理学学位プログラム

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-4727-7002
J-GLOBAL ID: 202301000512237124
researchmap会員ID: R000060980

受賞

2023年10月

ポスター賞, Comprehensive Structual analysis of PROTAC mediated ternary complexes using enhanced conformational sampling methods, CBI学会
2022年10月

ベストポスター賞, Amino acid preference mapping on protein-protein interaction surface using mixed-solvent molecular dynamics, CBI学会
2022年6月

学生口頭発表賞, 蛋白質構造情報に基づく化合物結合サイト予測の高精度化, 日本蛋白質科学会

論文

Molecular simulation-based 3D structural construction of olfactory receptor with agonist binding

Takumi Hirao, Yusuke Ihara, Chiori Ijichi, Genki Kudo, Ryunosuke Yoshino, Takatsugu Hirokawa

Journal of Computer-Aided Molecular Design 2026年12月
Alkyne Two-Phase Strategy: Rapid Generation of TK-285-Derived PROTACs as BRD4 Degraders

Hiroyuki Yamakoshi, Ryo Watanabe, Ryosuke Segawa, Ryosuke Ishihara, Ryo Tachibana, Genki Kudo, Shota Nagasawa, Satoshi Yamanaka, Ayano Ito, Hiroyuki Takeda …

Journal of Medicinal Chemistry 2026年4月9日
Catalytic Photooxygenation Demonstrates Therapeutic Efficacy in Transthyretin Amyloidosis

Mina Yamane, Hiroki Umeda, Moe Toyobe, Atsushi Iwai, Kuraudo Ishihara, Genki Kudo, Harunobu Mitsunuma, Yukiko Hori, Taisuke Tomita, Mineyuki Mizuguchi …

Journal of the American Chemical Society 2025年8月13日
Construction of PROTAC-Mediated Ternary Complex Structure Distribution Profiles Using Extensive Conformational Search

Genki Kudo, Takumi Hirao, Ryuhei Harada, Yasuteru Shigeta, Takatsugu Hirokawa, Ryunosuke Yoshino

Journal of Chemical Information and Modeling 2025年7月14日
CrypToth: Cryptic Pocket Detection through Mixed-Solvent Molecular Dynamics Simulations-Based Topological Data Analysis

Jun Koseki, Chie Motono, Keisuke Yanagisawa, Genki Kudo, Ryunosuke Yoshino, Takatsugu Hirokawa, Kenichiro Imai

Journal of Chemical Information and Modeling 2025年6月9日
Prediction of the binding mechanism of a selective DNA methyltransferase 3A inhibitor by molecular simulation.

Genki Kudo, Takumi Hirao, Ryuhei Harada, Takatsugu Hirokawa, Yasuteru Shigeta, Ryunosuke Yoshino

Scientific reports 14(1) 13508-13508 2024年6月12日
Site Identification and Next Choice Protocol for Hit-to-Lead Optimization.

Genki Kudo, Takumi Hirao, Ryunosuke Yoshino, Yasuteru Shigeta, Takatsugu Hirokawa

Journal of chemical information and modeling 2024年5月20日
AAp-MSMD: Amino Acid Preference Mapping on Protein-Protein Interaction Surfaces Using Mixed-Solvent Molecular Dynamics

Genki Kudo

Journal of Chemical Information and Modeling 2023年12月25日
Pocket to concavity: a tool for the refinement of protein-ligand binding site shape from alpha spheres

Genki Kudo

Bioinformatics 2023年4月3日
Inverse Mixed-Solvent Molecular Dynamics for Visualization of the Residue Interaction Profile of Molecular Probes

Genki Kudo

International Journal of Molecular Sciences 23(9) 4749-4749 2022年4月26日

共同研究・競争的資金等の研究課題

AIと分子シミュレーションの融合による創薬リード化合物最適化システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2024年4月 - 2026年3月

工藤玄己

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