小林元樹 (Genki Kobayashi) - マイポータル

基本情報

所属: 大阪教育大学教育協働学科　環境安全科学コース特任講師

J-GLOBAL ID: 201901001735677871
researchmap会員ID: B000373271

外部リンク: https://sites.google.com/site/genkikobayashi5884/

研究キーワード

研究分野

経歴

2025年4月 - 現在

大阪教育大学, 教育協働学科環境安全科学コース, 特任講師
2024年4月 - 2025年3月

国立科学博物館, 分子生物多様性研究資料センター, 特定非常勤研究員
2022年4月 - 2024年3月

石巻専修大学, 共創研究センター, 特別研究員
2019年4月 - 2022年3月

日本学術振興会, 特別研究員 PD
2017年4月 - 2019年3月

日本学術振興会, 特別研究員 DC2

学歴

2016年4月 - 2019年3月

東京大学, 新領域創成科学研究科, 自然環境学専攻
2014年4月 - 2016年3月

東京大学, 新領域創成科学研究科, 自然環境学専攻
2010年4月 - 2014年3月

東北大学, 農学部, 生物生産科学科

委員歴

受賞

2024年9月

奨励賞, 日本ベントス学会

小林元樹
2022年9月

学生発表賞, 海産大型多毛類オニイソメ (Eunice aphroditois) の幼体型および成体型の分子・形態情報に基づく比較検討, 2022年日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会

四ノ宮千遥, 小林元樹, 清家弘治, 山下桃, 西川完途, 後藤龍太郎
2021年1月

日本自然保護大賞2021 特別賞沼田眞賞, 公益財団法人日本自然保護協会

畠島海岸生物群集一世紀間調査グループ
2019年11月

Student Poster Presentation Award, Morphological and molecular assessment of the species diversity of the genus Phascolion (Anneida: Sipuncula) in Japan, The 4th Asian Marine Biology Symposium

Oshiro, K, Yoshikawa, A, Kobayashi, G, Goto, R
2019年3月

新領域創成科学研究科研究科長賞（博士）, 東京大学大学院
2017年11月

Best Student Presentation Award, Recent population connectivity of Clymenella collaris (Annelida: Maldanidae) among bays of Tohoku, northeastern Japan, The 3rd Asian Marine Biology Symposium

Kobayashi, G, Itoh, H, Tsunamoto, Y, Mitsuyuki, C, Suyama, Y, Sato-Okoshi, W, Abe, H, Naiki, K, Kojima, S
2017年3月

最優秀ポスター賞, 日本堆積学会2017年松本大会

清家弘治, 白井厚太朗, 窪田薫, 小林元樹, 伊藤萌
2014年10月

Young Scientist Award, Transitions in macrobenthic fauna and chemicals in Onagawa Bay, northeastern Japan, after the Great East Japan Earthquake and tsunami, The 2nd Asian Marine Biology Symposium

Kobayashi, G, Abe, H, Nishitani, G, Endo, Y, Sato-Okoshi, W

論文

宮城県気仙沼市舞根湾におけるヤマトオサガニの初記録

小林元樹, 柚原剛

みちのくベントス (9) 34-36 2025年3月30日筆頭著者責任著者
石巻専修大学構内で見つかった外来性二枚貝タイワンシジミ

小林元樹, 古畑啓介, 阿部博和

みちのくベントス (9) 26-33 2025年3月30日筆頭著者責任著者
Description of a reef-forming Neosabellaria upopoy sp. nov. (Annelida: Polychaeta: Sabellariidae) from shallow waters off Iburi, Hokkaido, Japan, with notes on its reproduction and early development

Eijiroh Nishi, Hirokazu Abe, Naoto Jimi, Katsuhiko Tanaka, Genki Kobayashi, Norito Makiguchi, Elena K. Kupriyanova

Sessile Organisms 42(1) 1-17 2025年1月31日査読有り
岩手県小友浦で新規に形成されたヤマトオサガニ集団の分散経路

小林元樹, 松政正俊, 阿部博和, 鈴木孝男

日本ベントス学会誌 79(1) 18-23 2024年12月25日査読有り筆頭著者責任著者
Genetic homogeneity in soldier crab Mictyris guinotae populations across their geographic distribution in the Ryukyu Islands, Japan

Kobayashi, G., Yamamoto, T., Doi, W.

Marine Biology Research 21(1) 38-46 2024年12月9日査読有り筆頭著者責任著者
宮城県におけるシワオウギガニ(オウギガニ科)の記録

小林元樹, 小松浩典

水生動物 2024 AA2024-31 2024年12月5日査読有り筆頭著者責任著者
三浦半島江奈湾の潮間帯砂泥底から採集されたアカムシ Halla okudai（環形動物門セグロイソメ科）

西栄二郎, 海上智央, 多留聖典, 横岡博之, 金谷弦, 柚原剛, 小林元樹, 阿部博和, 横山耕作

南紀生物 66(2) 104-108 2024年12月
大分県中津干潟の潮間帯砂泥底から採集されたウチワゴカイ（環形動物門ゴカイ科）

西栄二郎, 小林元樹, 海上智央, 上野綾子, 青木美鈴, 北西滋, 浜口昌巳

南紀生物 66(2) 139-142 2024年12月
The population structure and demography of an intertidal gastropod Lunella correensis around the Japanese Archipelago affected by past environmental change

Kagawa, O, Hirota, S.K, Hirano, T, Kimura, K, Kobayashi, G, Suyama, Y, Chiba, S, Yamazaki, D

Marine Biology 171 177 2024年8月査読有り
Cost-efficient PCR based DNA barcoding of marine invertebrate specimens with NovaSeq amplicon sequencing

Genki Kobayashi, Hirokazu Abe

Molecular Biology Reports 51 887 2024年8月査読有り筆頭著者責任著者
Heterogeneous shell growth of the neustonic goose barnacle Lepas anserifera: Its potential application for tracking floating materials

Watanabe, H.K, Nagai, Y, Sakai, S, Kobayashi, G, Yamamori, L, Tada, N, Kuwatani, T, Nishikawa, H, Horigome, T, Uehara, H …

Marine Biology 171 164 2024年7月査読有り
Newly detected lineage of Branchiomma and the first record of a fan worm Branchiomma sp. B sensu Capa et al. (2013) (Annelida: Sabellidae) from the Japanese Archipelago

Kobayashi, G, Nishi, E, Abe, H

Publications of the Seto Marine Biological Laboratory 47 1-11 2024年6月28日査読有り筆頭著者責任著者
深海性多毛類の深度分布および遺伝的多様性

小林元樹, 大越和加, 小島茂明

タクサ (56) 19-23 2024年3月招待有り筆頭著者責任著者
Worms that repair: reconstruction of tubes is faster than normal growth in Spirobranchus akitsushima (Annelida: Serpulidae)

Kobayashi, G, Goto, R

Marine Biology Research 20(1-2) 38-44 2024年査読有り筆頭著者責任著者
Buried treasure in a public repository: Mining mitochondrial genes of 32 annelid species from sequence reads deposited in the Sequence Read Archive (SRA)

Genki Kobayashi

PeerJ 11 e16446 2023年11月29日査読有り筆頭著者責任著者
Host-Shift Speciation Proceeded with Gene Flow in Algae Covering Shells

Osamu Kagawa, Shun K. Hirota, Takumi Saito, Shota Uchida, Hiroaki Watanabe, Ryusuke Miyazoe, Takanobu Yamaguchi, Taiki Matsuno, Kouta Araki, Hinata Wakasugi …

The American Naturalist 202(5) 721-732 2023年11月1日査読有り
Molecular and morphological assessment of juvenile and adult forms in the giant worm Eunice cf. aphroditois (Annelida: Eunicidae) and Its Phylogenetic Position in the Family

Chiharu Shinomiya, Genki Kobayashi, Koji Seike, Momo Yamashita, Luna Yamamori, Takahiro Sugiyama, Mariko Kawamura, Kanto Nishikawa, Ryutaro Goto

Zoological Science 40(4) 2023年7月24日査読有り
First report of the mitogenome of the invasive reef-building polychaete Ficopomatus enigmaticus (Annelida: Serpulidae) and a cryptic lineage from the Japanese Archipelago

Kobayashi,G., Itoh,H., Nakajima,N.

Molecular Biology Reports 50 7183-7196 2023年7月査読有り筆頭著者責任著者
Populations of the Intertidal Crab Macrophthalmus banzai are Not Grouped by Latitude: Taiwan Population is Genetically Closer to the Populations in the Japanese Mainland Than the Ryukyu Islands

Genki Kobayashi, Hirokazu Abe, Masahiro Suzuki, Kenji Okoshi, Hsing-Juh Lin, Tung-Yun Chen, Waka Sato-Okoshi

Zoological Science 40(4) 278-283 2023年5月18日筆頭著者責任著者
Molecular phylogeny of thoracotreme crabs including nine newly determined mitochondrial genomes

Kobayashi, G, Itoh, H, Nakajima, N

Zoological Science 40(3) 224-234 2023年4月査読有り筆頭著者責任著者

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MISC

海産環形動物の多様性

小林元樹

うみうし通信 (122) 9-11 2024年4月招待有り筆頭著者最終著者責任著者
2022年度日本ベントス学会若手の会開催報告

山守瑠奈, 邉見由美, 小林元樹

日本ベントス学会誌 77 73-74 2022年12月
屋久島の多毛類の多様性

阿部博和, 菅孔太朗, 小林元樹

屋久島通信 (82) 4-5 2022年11月
北の海の語り釣り餌の定番「ゴカイ類」の多様性とくらし

阿部博和, 小林元樹, 冨岡森理

利尻島の水産だより (118) 5 2021年3月
白鳳丸世界一周KH-19-6航海での南半球ベントス採集記

小川晟人, 自見直人, 蛭田眞平, 小林元樹, 清家弘治, 野牧秀隆

日本ベントス学会誌 75 65-70 2020年12月25日
瀬戸臨海実験所: 紀伊半島の高い生物多様性を研究に活かす

小林元樹

日本進化学会ニュース 21(2) 5-8 2020年8月筆頭著者
13th International Polychaete Conference参加報告

小林元樹

日本ベントス学会誌 74(2) 123-123 2020年3月31日筆頭著者
2019年日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会自由集会2「環形動物の多様性と進化」開催報告

小林元樹, 杉山高大, 阿部博和, 中村真悠子, 自見直人, 後藤龍太郎

日本ベントス学会誌 74(2) 136-139 2020年3月31日筆頭著者
「若手分類学者の集い」の10年

伊勢戸徹, 岡西政典, 生野賢司, 瀬尾絵理子, 堀越彩香, 照屋清之介, 林亮太, 福森啓晶, 小林元樹, 自見直人 …

タクサ 47 30-38 2019年8月31日
研究航海レポート（白鳳丸航海 KH-18-4）

小林元樹

東京大学大気海洋研究所ニュースレター Ocean Breeze (30) 8 2019年2月22日筆頭著者

書籍等出版物

海産無脊椎動物多様性学 100年の歴史とフロンティア

小林元樹 (担当:分担執筆, 範囲:海産環形動物の系統学的研究)

京都大学学術出版会 2022年11月
Ecological impacts of tsunamis on coastal ecosystems: Lessons from the Great East Japan Earthquake

Abe, H, Kobayashi, G, Sato-Okoshi, W (担当:分担執筆, 範囲:Ecological impacts of earthquake and tsunami and the following succession on the subtidal macrobenthic community in Onagawa Bay, northeastern Japan, with special reference to the dominant taxon, polychaetes)

Springer 2016年10月

講演・口頭発表等

環境研究総合推進費の若手枠による海産環形動物の網羅的DNAバーコーディング

阿部博和, 菅孔太朗, 小林元樹, 自見直人, 田中正敦

第72回日本生態学会大会．自由集会 W27・環境省の競争的研究費 “環境研究総合推進費” を活用した北海道の生態系研究 2025年3月18日招待有り
自然共生サイト「阪南セブンの海の森」の干潟におけるベントス群集の特徴と生物多様性

柚原剛, 赤星怜, 東博紀, 青木美鈴, 上野綾子, 石田惣, 菅孔太朗, 加藤健司, 小林元樹, 古賀庸憲, 上村了美, 三浦収, 多留聖典, 海上智央, 横岡博之, 金谷弦

第72回日本生態学会大会 2025年3月16日
北西太平洋の深海における多毛類の水平分布・深度分布

小林元樹, 大越和加, 小島茂明

北西太平洋の深海生物相白鳳丸KH-22-8、23-5次航海の成果を中心に 2025年2月19日招待有り
DNA barcoding of intertidal annelids in the Japanese Archipelago

Kobayashi, G., Kan, K., Souma, R., Tanaka, M., Jimi, N., Abe, H.

The 5th Asian Marine Biology Symposium 2024年10月28日
Unveiling the species diversity of Phascolosoma (Annelida: Phascolosomatidae), Sipunculan worms inhabiting hard substrates, in Japan

Shinomiya, C., Yamamori, L. Sugiyama, T., Kajihara, H., Jimi, N., Kobayashi, G., Asakura, A., Shimomura M., Goto, R.

The 5th Asian Marine Biology Symposium 2024年10月28日
内湾域に棲息するダルマゴカイ科環形動物の分類学的研究

向井稜, 小林元樹

日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会2024 2024年9月15日
海洋ベントスの多様性の維持・創出：遺伝子情報に基づく環形動物とカニ類の研究

小林元樹

奨励賞受賞講演．日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会2024 2024年9月15日招待有り
東北沖における深海性多毛類の深度分布と遺伝的多様性

小林元樹, 大越和加, 小島茂明

日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会2024 2024年9月15日
潮間帯性巻貝スガイの遺伝構造と集団動態：日本周辺における過去の環境変動との関連性

香川理, 廣田峻, 平野尚浩, 木村一貴, 小林元樹, 陶山佳久, 千葉聡, 山崎大志

日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会2024 2024年9月15日
Heteromastus 属多毛類のDNA解析と系統間の形態的差異の検出の試み

小林真緒, 小林元樹, 菅孔太朗, 阿部博和

日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会2024 2024年9月14日
分子情報および外部形態に基づく日本産サメハダホシムシ類の種多様性の解明

四ノ宮千遥, 山守瑠奈, 杉山高大, 柁原宏, 自見直人, 小林元樹, 朝倉彰, 下村通誉, 後藤龍太郎

日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会2024 2024年9月14日
日本産サメハダホシムシ属（環形動物門：ホシムシ類サメハダホシムシ科）の種多様性

四ノ宮千遥, 山守瑠奈, 杉山高大, 柁原宏, 自見直人, 小林元樹, 朝倉彰, 下村通誉, 後藤龍太郎

日本動物分類学会第59回大会 2024年6月
海洋浮遊物に付着するカルエボシの不均質な殻成長

渡部裕美, 長井裕季子, 坂井三郎, 小林元樹, 山守瑠奈, 多田訓子, 西川悠, 桑谷立, 上原春香, 遊佐陽一

JpGU 2024 2024年5月
海道胆振地方沿岸でゴカイ礁を形成するウポポイカンムリゴカイの生態と礁形成

西栄二郎, 阿部博和, 自見直人, 田中克彦, 小林元樹, 巻口範人

日本付着生物学会研究集会 2024年3月
深海性多毛類の水深方向に関する遺伝的交流の障壁はどこにあるか？

小林元樹, 大越和加, 小島茂明

日本動物学会第94回大会 2023 関連集会「小さきものたちの世界：ゴカイとヨコエビのおもしろ最新トピックス」 2023年9月7日招待有り
スピオ科多毛類における生殖群泳と生殖変態の発見

阿部博和, 菅孔太朗, 小林元樹, 自見直人

2023年日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会 2023年9月3日
東北地方における Heteromastus 属多毛類（イトゴカイ科）の DNA 解析による分類学的検討

小林真緒, 近藤偉央, 小林元樹, 菅孔太朗, 阿部博和

2023年日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会 2023年9月3日
遺伝子流動を伴う種分化過程:貝殻付着藻類の宿主転換の例

香川理, 廣田峻, 齊藤匠, 内田翔太, 渡邊裕晶, 宮副竜輔, 山口敬信, 松野大貴, 荒木宏太, 若杉日向, 鈴木紗也華, 小林元樹, 宮﨑輝, 陶山佳久, 羽生田岳昭, 千葉聡

2023年日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会 2023年9月3日
DNA リファレンスデータベース構築から見えてきた干潟の環形動物の多様性

小林元樹, 菅孔太朗, 田中正敦, 自見直人, 阿部博和

2023年日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会 2023年9月3日
宮城県舞根湾で採集されたクサフグの口腔内に寄生していたウオノエ科等脚類について

小田晴翔, 大見川遥, 小林真緒, 小林元樹, 阿部博和

2023年日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会 2023年9月2日

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担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

大規模な解析による深海性環形動物の生息水深と遺伝的多様性の関連の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2022年4月 - 2025年3月

小林元樹
アジア太平洋生物多様性への全ゲノムアプローチ

笹川平和財団海洋政策研究所オーシャンショット研究助成 2023年12月
棲管を形成する環形動物の対捕食者戦略を飼育実験で読み解く

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2019年4月 - 2022年3月

小林元樹
大規模攪乱に対する底生生物群集の応答および回復機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2017年4月 - 2019年3月

小林元樹
環境DNAの生態学への応用研究：東北地方太平洋沖地震後に卓越した環形動物を材料として

公益財団法人日本科学協会笹川科学研究助成 2016年4月 - 2017年2月

小林元樹
三崎周辺における多毛類の分類学的研究―多毛類を用いた多様性評価を目指して

マリンバイオ共同推進機構（JAMBIO）公募型共同利用・共同研究 2015年4月 - 2016年3月

冨岡森理, 阿部博和, 寺本航, 田中正敦, 小林元樹, 自見直人, 荻野哲也, 折田亮
海外派遣

東京大学大気海洋研究所内田海洋学術基金 2016年 - 2016年

小林元樹
平成 27 年度海外渡航援助プログラム

日本海洋科学振興財団海外渡航援助 2015年 - 2015年

小林元樹
平成 26 年度第 2 期外国派遣研究者助成

公益財団法人翠生農学振興会 2014年 - 2014年

小林元樹

学術貢献活動

「2022年日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会若手会」世話人

企画立案・運営等

2022年9月
2019年日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会自由集会「環形動物の多様性と進化」

企画立案・運営等

小林元樹・後藤龍太郎 2019年9月
「第９回若手分類学者の集い」世話人

企画立案・運営等

2017年6月
「第８回若手分類学者の集い」世話人

企画立案・運営等

2016年6月
「第７回若手分類学者の集い」世話人

企画立案・運営等

2015年6月

社会貢献活動

研究者と飼育係のこだわり解説ツアー・バックヤードツアー

講師

京都大学白浜水族館 2019年7月
泥の下の力持ち！タケフシゴカイの生態

講師

利尻町立博物館釣り餌だけじゃない！愉快なゴカイのなかまたち 2017年8月

小林元樹

基本情報

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研究分野

経歴

学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

学術貢献活動

社会貢献活動

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